BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312L04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 149,766,779 - 149,876,989
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668893, EG381483, LOC100040620, LOC100040633
Downstream geneLOC100040455, LOC100040463, LOC623554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312L04.bB6Ng01-312L04.g
ACCGA104103GA104104
length1,1431,001
definitionB6Ng01-312L04.b B6Ng01-312L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,875,849 - 149,876,989)(149,766,779 - 149,767,758)
sequence
gaattctagcccactctaactcatatacttaaagatatgtttacatttct
ttgtcatctgtagccgtgcttttaatagtactaatacatttgagttcatt
gaaaatagtatttacaaatattttaaattactgcaacttaaaaacaattg
tggaactatagtgtttgttggtttgtttctaacattattgcactgataag
taaattggttattaagattttataggtattttcttttatatttttatcat
gtgacagtttcatttatacatatctttttagcaagtcacacattcattat
ctccaacattccttatagcccactatgttcccttcccaacaactttctct
ctttttctcagcccttccaagtccattcagagctgcccttttctgtgaag
ggtggcactccatgatcccttcccttatctgtgatggggttttagttggc
ttgattgtgtgtaggtactgtgcatgatagcacaatcaccagtagtgtgt
tcagtattgctgtaaatattgaagcaatattgtttacctgctgacaatga
cagcaattacatgaatatctttcaatccttccagttcctgttgaaagtga
actacgtaggacagatgagatatgaggtagctgatccactcagctgatcc
attccccactttgctttcttcacagatctactttgctctatttcccttca
gaaaagaactggcctccaacagacaacaaccaaacacaacaacataatat
caaataagacaaataataaaaccaaacaagacaagacaaagtccctccta
tctagtctggataaggcaaccaaataggaggaaaggagtcccaataacag
gcaaaaaggagacagagacatgcctgttccaactcttgggaatccaacaa
ggtaacagccataatatatacacaaagacctgatgcaggcacatgtaggg
cccatgcttactgcttcagtctttgtgagtttatatgagtcctatttagt
tgatttagtgggccatgtcctcccaaaatctcatcctcttctacctctat
attcctttgtctctctatatattatatactctgtctaaactgtgggtctt
tcacctgcctctttatcaaatttaggaaagtagttaagggaca

gaattctcacctgaggaataactaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcagcatccttaatcatcagagaagtgaaaatcaaaataaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggataagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgtggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctgggttcctcaga
aaattggacatagtcataccagaggatcccgcaatacctctcttgggcat
atatccagaggatattccaacaggtaagaaggacacatgctccactatgc
tcatagcagccttatttatagtagccagaagcaggaaagaacccagatgc
ccctcaacagaggaatgaatacagaaaatgtggtacatttacacaatgga
gtactactcagctaatatccgcttataattgagtacataacataaatgtc
ctttagggactgggttacttcactcaggatgatattttcaatatctattc
tttagcctacaaatttcatgtttttgtttttaataggtgaataatattcc
atcatataggtgtaccacattttttaaactatttttcagttgagagacat
ctgggttgttttcagtttctagctattacaaaacattgttgaacaaatgt
ctttgtggaaaggtagaatatctttttgcatatatgcccagatgctaggc
cttcaagtagaattattgcaagttttcctgagaaaccaccatattaattt
ccaagttggttattcaagtttgcattctcaacagcaatggagtgttctcc
ttactccacatccttctcatgcatgtgctatcacttgagtttttatctta
atcaattctgaccagtgtaagatggaatctcaagtttttcatttgcattt
caactgatgactaaaggtctttgaacatttcttttattggtgcattgcag
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149875849_149876989
seq2: B6Ng01-312L04.b_46_1188 (reverse)

seq1  TGTCCCTT-ACTACTTTCTTAATTTTGAT-AAGA-GCAGGTGAAAAGACC  47
      |||||||| ||||||||| ||| |||||| |||| ||||||| |||||||
seq2  TGTCCCTTAACTACTTTCCTAAATTTGATAAAGAGGCAGGTG-AAAGACC  49

seq1  CACAG-TTAGACAGAGTATAT-ATATATAGAGAGACAAA-GAATATAGGA  94
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CACAGTTTAGACAGAGTATATAATATATAGAGAGACAAAGGAATATA-GA  98

seq1  GTTAG-AGAGGATGGAGGATTTTGGGAGGACATGGCCCACTAAATCAACT  143
      | ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAGAGGATG--AGATTTTGGGAGGACATGGCCCACTAAATCAACT  146

seq1  AAATAGGACTCATATAAACTCACAAAGACTGAAGCAGTAAGCATGGGCCC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGACTCATATAAACTCACAAAGACTGAAGCAGTAAGCATGGGCCC  196

seq1  TACATGTGCCTGCATCAGGTCTTTTGTGTATATATTATGGCTGTTACCTT  243
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGCCTGCATCAGGTC-TTTGTGTATATATTATGGCTGTTACCTT  245

seq1  GTTGGATTCCCAAGAGTTGGAACAGGCATGTCTCTGTCTCCTTTTTGCCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATTCCCAAGAGTTGGAACAGGCATGTCTCTGTCTCCTTTTTGCCT  295

seq1  GTTATTGGGACTCCTTTCCTCCTATTTGGTTGCCTTATCCAGACTAGATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGGACTCCTTTCCTCCTATTTGGTTGCCTTATCCAGACTAGATA  345

seq1  GGAGGGACTTTGTCTTGTCTTGTTTGGTTTTATTATTTGTCTTATTTGAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGACTTTGTCTTGTCTTGTTTGGTTTTATTATTTGTCTTATTTGAT  395

seq1  ATTATGTTGTTGTGTTTGGTTGTTGTCTGTTGGAGGCCAGTTCTTTTCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTGTTGTGTTTGGTTGTTGTCTGTTGGAGGCCAGTTCTTTTCTG  445

seq1  AAGGGAAATAGAGCAAAGTAGATCTGTGAAGAAAGCAAAGTGGGGAATGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAATAGAGCAAAGTAGATCTGTGAAGAAAGCAAAGTGGGGAATGG  495

seq1  ATCAGCTGAGTGGATCAGCTACCTCATATCTCATCTGTCCTACGTAGTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTGAGTGGATCAGCTACCTCATATCTCATCTGTCCTACGTAGTTC  545

seq1  ACTTTCAACAGGAACTGGAAGGATTGAAAGATATTCATGTAATTGCTGTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAACAGGAACTGGAAGGATTGAAAGATATTCATGTAATTGCTGTC  595

seq1  ATTGTCAGCAGGTAAACAATATTGCTTCAATATTTACAGCAATACTGAAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAGCAGGTAAACAATATTGCTTCAATATTTACAGCAATACTGAAC  645

seq1  ACACTACTGGTGATTGTGCTATCATGCACAGTACCTACACACAATCAAGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACTGGTGATTGTGCTATCATGCACAGTACCTACACACAATCAAGC  695

seq1  CAACTAAAACCCCATCACAGATAAGGGAAGGGATCATGGAGTGCCACCCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAAACCCCATCACAGATAAGGGAAGGGATCATGGAGTGCCACCCT  745

seq1  TCACAGAAAAGGGCAGCTCTGAATGGACTTGGAAGGGCTGAGAAAAAGAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAAAGGGCAGCTCTGAATGGACTTGGAAGGGCTGAGAAAAAGAG  795

seq1  AGAAAGTTGTTGGGAAGGGAACATAGTGGGCTATAAGGAATGTTGGAGAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTGTTGGGAAGGGAACATAGTGGGCTATAAGGAATGTTGGAGAT  845

seq1  AATGAATGTGTGACTTGCTAAAAAGATATGTATAAATGAAACTGTCACAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGTGTGACTTGCTAAAAAGATATGTATAAATGAAACTGTCACAT  895

seq1  GATAAAAATATAAAAGAAAATACCTATAAAATCTTAATAACCAATTTACT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAATATAAAAGAAAATACCTATAAAATCTTAATAACCAATTTACT  945

seq1  TATCAGTGCAATAATGTTAGAAACAAACCAACAAACACTATAGTTCCACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTGCAATAATGTTAGAAACAAACCAACAAACACTATAGTTCCACA  995

seq1  ATTGTTTTTAAGTTGCAGTAATTTAAAATATTTGTAAATACTATTTTCAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTTAAGTTGCAGTAATTTAAAATATTTGTAAATACTATTTTCAA  1045

seq1  TGAACTCAAATGTATTAGTACTATTAAAAGCACAGCTACAGATGACAAAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAAATGTATTAGTACTATTAAAAGCACGGCTACAGATGACAAAG  1095

seq1  AAATGTAAACATATCTTTAAGTATATGAGTTAGAGTGGGCTAGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAAACATATCTTTAAGTATATGAGTTAGAGTGGGCTAGAATTC  1143


seq1: chr3_149766779_149767758
seq2: B6Ng01-312L04.g_66_1048

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATAACTAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATAACTAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAGCATCCTTAATCATCAGAGAAGTGAAAATCAAAATAACCCTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATCCTTAATCATCAGAGAAGTGAAAATCAAAATAACCCTGAGAT  100

seq1  TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGATAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGATAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150

seq1  AGATGCTGGCGTGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGCGTGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  200

seq1  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGGTTCCTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGGTTCCTCAGA  250

seq1  AAATTGGACATAGTCATACCAGAGGATCCCGCAATACCTCTCTTGGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGACATAGTCATACCAGAGGATCCCGCAATACCTCTCTTGGGCAT  300

seq1  ATATCCAGAGGATATTCCAACAGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAGAGGATATTCCAACAGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGC  350

seq1  TCATAGCAGCCTTATTTATAGTAGCCAGAAGCAGGAAAGAACCCAGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCAGCCTTATTTATAGTAGCCAGAAGCAGGAAAGAACCCAGATGC  400

seq1  CCCTCAACAGAGGAATGAATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAACAGAGGAATGAATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGA  450

seq1  GTACTACTCAGCTAATATCCGCTTATAATTGAGTACATAACATAAATGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTACTCAGCTAATATCCGCTTATAATTGAGTACATAACATAAATGTC  500

seq1  CTTTAGGGACTGGGTTACTTCACTCAGGATGATATTTTCAATATCTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGGACTGGGTTACTTCACTCAGGATGATATTTTCAATATCTATTC  550

seq1  TTTAGCCTACAAATTTCATGTTTTTGTTTTTAATAGGTGAATAATATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTACAAATTTCATGTTTTTGTTTTTAATAGGTGAATAATATTCC  600

seq1  ATCATATAGGTGTACCACATTTTTTAAACTATTTTTCAGTTGAGAGACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATAGGTGTACCACATTTTTTAAACTATTTTTCAGTTGAGAGACAT  650

seq1  CTGGGTTGTTTTCAGTTTCTAGCTATTACAAAACATTGTTGAACAAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTGTTTTCAGTTTCTAGCTATTACAAAACATTGTTGAACAAATGT  700

seq1  CTTTGTGGAAAGGTAGAATATCTTTTTGCATATATGCCCAGATGCTAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGAAAGGTAGAATATCTTTTTGCATATATGCCCAGATGCTAGGC  750

seq1  CTTCAAGTAGAATTATTGCAAGTTTTCCTGAGAAACCACCATATTAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTAGAATTATTGCAAGTTTTCCTGAGAAACCACCATATTAATTT  800

seq1  CCAAGTTGGTTATTCAAGTTTGCATTCTCAACAGCAATGGAGTGTTCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTGGTTATTCAAGTTTGCATTCTCAACAGCAATGGAGTGTTCTCC  850

seq1  TTACTCCACATCCTTCTCATGCATGTGCTATCACTTGAGTTTTTTATCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTACTCCACATCCTTCTCATGCATGTGCTATCACTTGAG-TTTTTATCTT  899

seq1  AATC-ATTCTGACCAGTGTAAGATGGAATCTCAAG-TTTTCATTTGCATT  948
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATCAATTCTGACCAGTGTAAGATGGAATCTCAAGTTTTTCATTTGCATT  949

seq1  TC-ACTGATGACT-AAGGTCTTTGAACATTTCTT  980
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGATGACTAAAGGTCTTTGAACATTTCTT  983


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |