BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312L11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 148,187,873 - 148,386,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040354
Upstream genenone
Downstream geneLphn2, LOC100040368, LOC668893, EG381483, LOC100040620
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312L11.bB6Ng01-312L11.g
ACCGA104117GA104118
length1,1181,124
definitionB6Ng01-312L11.b B6Ng01-312L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,385,138 - 148,386,257)(148,187,873 - 148,189,014)
sequence
gaattcagaggacaacattaagagttgtcaacatgggcccccggtatgaa
atacataggccattaggctcaggggaaagggcttttgtgtgcttagacat
tttgccagaccaagaaataaatttatgtataaaccactgagttcatggta
tttgttacagcaactaaggtaactaatttgtgcaattagtaaaagtatat
ttcagtctctctcattgtacagtgagccacaggaattaggagaattttgc
tctatccctatttagttctttaaaatgcaggaaagtgcattctgcaccga
gtgattaatatttatttattaagtagaagaatatatgctctgaagggaga
cagtagaaattagaggcatcagcatgttgccaaagaaactcatgagtaga
ggaagacaccatagggctaagcaatcatgttatatattaatatggtgcct
catgtgaacttgttgagggattaaaccatgagcagcctactcagaattcc
taagacagctctgagaacccattaggcaacaccggctgatgcctctgctg
cctttctattggtgccataaataaccacaaatttagccacttacaacaat
gcacagttaagtctttagtcaagctcactgtcttgctgggttaaaaatca
gtgtatttttaggctggattccttttggggtctcacttcagttgctggtc
cttgagagactgggactgaagtccctcttccatataggctgttagtgaga
gtcctctccaggcttgcaggcttccttaatgatgccatcagtcctaggtg
cattcaaattaaaaaatacagcaacatttattgagtatgagtctttcctg
tgtttgacattgccagtctctgatctattactttgtcagacacaaactga
ctacatcaagcctactagatacttcagatattcacaggatattaatatct
gtgtggtagacagactatctctctaaaagatgtccacattctaccccttg
aaacataagaacatgaagttccatagcaagaagattgtgttagcagaatg
aaatcaagctataactagcatactgggttatctatgatttcaaccctaac
cactaatgtctggtgtat
gaattccatgggtagagctttgatttctgtccatgtacccagaagagatg
gaaaccatgcctaagttgatgaggactgagctcagtatttctcaagtctc
aagactttggcaccaacttcaggatcaaggatttcaacattgtttgaccc
gaaaataccttcctgctgaaatcctgcctccttttacagaaatgtctgtt
tctaagtccataccacctgacagcattccctttcttctccagaagctgta
cacccttcatatctggaggtggatgtcacaagtctccaactcagactacc
cctatgcctgcagttgcctgatgaatattgatgggacacatatttctctt
agtcatttataagatctcaagtaacagatgaatttttctacccctgctgc
tctctaaactttaggaagtatcaagtgaaccattaagcatctcatgatat
tcaacttgggagaccacgctgggaacagttgcaacttaatgcctttttaa
atatacaactgtgggctgtgtcagatcccatcctattacatttttctgcc
atttctttttcattttattgtgcaactaattgtttattatcagtactttt
cctatcaaataatattaattatgttattgacatgaattctttatttcttt
ttataaagtttgtaacatttacaaaaatcttgggccgtatcttgagagga
cagcaaggtctctgacttagcctgtgccaacttgtcattgtggaaccctt
gctgggatctgtttgggcatttctcacatatgtaacagtgaatgctgggt
tacttagtaactgccttttcctctttatcctgtagttttatgtaatatat
aaaactagaaaacaaatggtgctattctcaatatggatcagttttctagg
aaattttaacaggcttttattcctagcaaaaaatatacatgttgtaggaa
tcttgataattctgtgttaattactttttctattatagcaataaaaccca
tgaccagcatttgcaaaagaagccgttgcttattggtctaggttccagag
ggtttagagccatgatggcctgagcaaaagctgtggcagaactacctaca
agcctcacatctttaaggagagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_148385138_148386257
seq2: B6Ng01-312L11.b_49_1166 (reverse)

seq1  ATACA-CAGACCTTAGTGGTTAGGTTTGAATCCATTAGATAACCCAGTAT  49
      ||||| ||||| |||||||||||| |||||  || |||||||||||||||
seq2  ATACACCAGACATTAGTGGTTAGGGTTGAAATCA-TAGATAACCCAGTAT  49

seq1  GCTAGTTATAGCTTGATTTCA-TCTGCTACCACAATCCTTCTTTGCTATG  98
      ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||
seq2  GCTAGTTATAGCTTGATTTCATTCTGCTAACACAAT-CTTC-TTGCTATG  97

seq1  GAACTTCATGTTCTTATGTTTCAAGGGGTAGAATGTGGACATCTTTTAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCATGTTCTTATGTTTCAAGGGGTAGAATGTGGACATCTTTTAGA  147

seq1  GAGATAGTCTGTCTACCACACAGATATTAATATCCTGTGAATATCCTGAA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGATAGTCTGTCTACCACACAGATATTAATATCCTGTGAATAT-CTGAA  196

seq1  GTATCTAGTAGGCTTGATGTAGTCAGTTTGTGTCTGACAAAGTAATAGAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTAGTAGGCTTGATGTAGTCAGTTTGTGTCTGACAAAGTAATAGAT  246

seq1  CAGAGACTGGCAATGTCAAACACAGGAAAGACTCATACTCAATAAATGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTGGCAATGTCAAACACAGGAAAGACTCATACTCAATAAATGTT  296

seq1  GCTGTATTTTTTAATTTGAATGCACCTAGGACTGATGGCATCATTAAGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTTTTTAATTTGAATGCACCTAGGACTGATGGCATCATTAAGGA  346

seq1  AGCCTGCAAGCCTGGAGAGGACTCTCACTAACAGCCTATATGGAAGAGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCAAGCCTGGAGAGGACTCTCACTAACAGCCTATATGGAAGAGGG  396

seq1  ACTTCAGTCCCAGTCTCTCAAGGACCAGCAACTGAAGTGAGACCCCAAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGTCCCAGTCTCTCAAGGACCAGCAACTGAAGTGAGACCCCAAAA  446

seq1  GGAATCCAGCCTAAAAATACACTGATTTTTAACCCAGCAAGACAGTGAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCAGCCTAAAAATACACTGATTTTTAACCCAGCAAGACAGTGAGC  496

seq1  TTGACTAAAGACTTAACTGTGCATTGTTGTAAGTGGCTAAATTTGTGGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTAAAGACTTAACTGTGCATTGTTGTAAGTGGCTAAATTTGTGGTT  546

seq1  ATTTATGGCACCAATAGAAAGGCAGCAGAGGCATCAGCCGGTGTTGCCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGCACCAATAGAAAGGCAGCAGAGGCATCAGCCGGTGTTGCCTA  596

seq1  ATGGGTTCTCAGAGCTGTCTTAGGAATTCTGAGTAGGCTGCTCATGGTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTCTCAGAGCTGTCTTAGGAATTCTGAGTAGGCTGCTCATGGTTT  646

seq1  AATCCCTCAACAAGTTCACATGAGGCACCATATTAATATATAACATGATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTCAACAAGTTCACATGAGGCACCATATTAATATATAACATGATT  696

seq1  GCTTAGCCCTATGGTGTCTTCCTCTACTCATGAGTTTCTTTGGCAACATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCCCTATGGTGTCTTCCTCTACTCATGAGTTTCTTTGGCAACATG  746

seq1  CTGATGCCTCTAATTTCTACTGTCTCCCTTCAGAGCATATATTCTTCTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCTCTAATTTCTACTGTCTCCCTTCAGAGCATATATTCTTCTAC  796

seq1  TTAATAAATAAATATTAATCACTCGGTGCAGAATGCACTTTCCTGCATTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAATAAATATTAATCACTCGGTGCAGAATGCACTTTCCTGCATTT  846

seq1  TAAAGAACTAAATAGGGATAGAGCAAAATTCTCCTAATTCCTGTGGCTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACTAAATAGGGATAGAGCAAAATTCTCCTAATTCCTGTGGCTCA  896

seq1  CTGTACAATGAGAGAGACTGAAATATACTTTTACTAATTGCACAAATTAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAATGAGAGAGACTGAAATATACTTTTACTAATTGCACAAATTAG  946

seq1  TTACCTTAGTTGCTGTAACAAATACCATGAACTCAGTGGTTTATACATAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTAGTTGCTGTAACAAATACCATGAACTCAGTGGTTTATACATAA  996

seq1  ATTTATTTCTTGGTCTGGCAAAATGTCTAAGCACACAAAAGCCCTTTCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTCTTGGTCTGGCAAAATGTCTAAGCACACAAAAGCCCTTTCCC  1046

seq1  CTGAGCCTAATGGCCTATGTATTTCATACCGGGGGCCCATGTTGACAACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTAATGGCCTATGTATTTCATACCGGGGGCCCATGTTGACAACT  1096

seq1  CTTAATGTTGTCCTCTGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGTTGTCCTCTGAATTC  1118

seq1: chr3_148187873_148189014
seq2: B6Ng01-312L11.g_70_1193

seq1  GAATTCCATGGGTAGAGCTTTGATTTCTGTCCATGTACCCAGAAGAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGGTAGAGCTTTGATTTCTGTCCATGTACCCAGAAGAGATG  50

seq1  GAAACCATGCCTAAGTTGATGAGGACTGAGCTCAGTATTTCTCAAGTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATGCCTAAGTTGATGAGGACTGAGCTCAGTATTTCTCAAGTCTC  100

seq1  AAGACTTTGGCACCAACTTCAGGATCAAGGATTTCAACATTGTTTGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTGGCACCAACTTCAGGATCAAGGATTTCAACATTGTTTGACCC  150

seq1  GAAAATACCTTCCTGCTGAAATCCTGCCTCCTTTTACAGAAATGTCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACCTTCCTGCTGAAATCCTGCCTCCTTTTACAGAAATGTCTGTT  200

seq1  TCTAAGTCCATACCACCTGACAGCATTCCCTTTCTTCTCCAGAAGCTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTCCATACCACCTGACAGCATTCCCTTTCTTCTCCAGAAGCTGTA  250

seq1  CACCCTTCATATCTGGAGGTGGATGTCACAAGTCTCCAACTCAGACTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCATATCTGGAGGTGGATGTCACAAGTCTCCAACTCAGACTACC  300

seq1  CCTATGCCTGCAGTTGCCTGATGAATATTGATGGGACACATATTTCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCCTGCAGTTGCCTGATGAATATTGATGGGACACATATTTCTCTT  350

seq1  AGTCATTTATAAGATCTCAAGTAACAGATGAATTTTTCTACCCCTGCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTATAAGATCTCAAGTAACAGATGAATTTTTCTACCCCTGCTGC  400

seq1  TCTCTAAACTTTAGGAAGTATCAAGTGAACCATTAAGCATCTCATGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAACTTTAGGAAGTATCAAGTGAACCATTAAGCATCTCATGATAT  450

seq1  TCAACTTGGGAGACCACGCTGGGAACAGTTGCAACTTAATGCCTTTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGGGAGACCACGCTGGGAACAGTTGCAACTTAATGCCTTTTTAA  500

seq1  ATATACAACTGTGGGCTGTGTCAGATCCCATCCTATTACATTTTTCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAACTGTGGGCTGTGTCAGATCCCATCCTATTACATTTTTCTGCC  550

seq1  ATTTCTTTTTCATTTTATTGTGCAACTAATTGTTTATTATCAGTACTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTTCATTTTATTGTGCAACTAATTGTTTATTATCAGTACTTTT  600

seq1  CCTATCAAATAATATTAATTATGTTATTGACATGAATTCTTTATTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCAAATAATATTAATTATGTTATTGACATGAATTCTTTATTTCTTT  650

seq1  TTATAAAGTTTGTAACATTTACAAAAATCTTGGGCCGTATCTTGAGAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGTTTGTAACATTTACAAAAATCTTGGGCCGTATCTTGAGAGGA  700

seq1  CAGCAAGGTCTCTGACTTAGCCTGTGCCAACTTGTCATTGTGGAACCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTCTCTGACTTAGCCTGTGCCAACTTGTCATTGTGGAACCCTT  750

seq1  GCTGGGATCTGTTTGGGCATTTCTCACATATGTAACAGTGAATGCTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATCTGTTTGGGCATTTCTCACATATGTAACAGTGAATGCTGGGT  800

seq1  TACTTAGTAACTGCCTTTTCCTCTTTATCCTGTAGTTTTATGTAATATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGTAACTGCCTTTTCCTCTTTATCCTGTAGTTTTATGTAATATAT  850

seq1  AAAACTAGAAAACAAATGGTGCTATTCTCAATATGGATCAGTTTTCTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAGAAAACAAATGGTGCTATTCTCAATATGGATCAGTTTTCTAGG  900

seq1  AAATTTTAACAGGCTTTTATTCCTAGCAAAAAATATACATGTTGTAGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAACAGGCTTTTATTCCTAGCAAAAAATATACATGTTGTAGGAA  950

seq1  TCTTGATAATTCTGTGTTAATTAC-TTTTCTATTATAGCAATAAAACCCA  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATAATTCTGTGTTAATTACTTTTTCTATTATAGCAATAAAACCCA  1000

seq1  TGACCAAGGCAATTTGCAAAAGAAGCCGTTGCTTAATTGGTCTTAGGGTT  1049
      ||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||
seq2  TGACCA--GC-ATTTGCAAAAGAAGCCGTTGCTT-ATTGGTCT--AGGTT  1044

seq1  CCAGAGGG-TTAGAGCCCATGATGG-CTGAGCAAAAGCTGTGGCAGGACC  1097
      |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || 
seq2  CCAGAGGGTTTAGAG-CCATGATGGCCTGAGCAAAAGCTGTGGCAGAACT  1093

seq1  AACTACAAG-CTCACATCTTAAAGAGAGGGACAACCAGGGAGAGTA  1142
      | ||||||| |||||||||| ||               ||||||||
seq2  ACCTACAAGCCTCACATCTTTAA---------------GGAGAGTA  1124