BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316L04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 33,265,236 - 33,371,276
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1, Gnb4, LOC100040977, Actl6a, Mrpl47, Ndufb5, Usp13, Pex2
Downstream geneEG545512, LOC100041058, Ttc14, Ccdc39, LOC100040232, LOC100041072, Fxr1h, Dnajc19, LOC435727, EG665636
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316L04.bB6Ng01-316L04.g
ACCGA107030GA107031
length1,0241,154
definitionB6Ng01-316L04.b B6Ng01-316L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,370,259 - 33,371,276)(33,265,236 - 33,266,395)
sequence
gaattcagagacttccagaggactgtgtataataatgattagttgataac
tgagctgatgtgtctctgctgatggcccagtactggcctacggaaccgat
tatagcagccgagctctggagagtgaggcttaatagacttagccacattg
acgtcaacgctaactgtgctactaacaagggtagaggcaggtgctatgta
tgtctccaacataaacctgatgatgttggtttctatctcatttagaccgt
acaagcataatagactgattattctttatcatgtttgtgagtagaatgtt
ttagattttaattttgtgtgattttggagtatatgtgtatgcactcatgc
ctgtgagtgcatgtccgtgagtgcacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacatacacacacctaccgtttggtggatggggactaag
tctaggcacacagttcattccggttttatgtatacagtagacatatggct
tgaagatattttatgcattacaaatatctgtattccaatacagatgataa
cagaatgtcagatatggaggttccccttgttggtgtcttgttagtctcta
aaaatgctgggttttgaacatttctgactttagatttccagatcagagct
ggctagtgtctgccaactctgaagtaggcaccataacaatattaaagcct
cagtgatctttgcaaaattacataataagtaacatcaggcatttagaccc
tacataaatagtaccaagaagcacatgtttctcagatgtaacttaatatg
tcccttagttggcaaataatagacagccaatattcaataaatgtttgctt
tgcagtttgagaaaagatgaaagcgatgggtaattaatagtacatcctat
gtacaaaaaggagattgtaaaatccaaagctctcaatgtcaagagacaga
aaagaaaatgcagtattggagttgatgttcagagttgggaacacctgagg
ctaaatggaaaggaaaaatgaaat
gaattcaatcttaggtgggttctcatacaagcacagtaaaaacttttacc
cactgaaccatcatcccaggaccttctggaatttgtcgatagatgtatcc
agatactgcagcatatccacataaccacatttacattatttcatgaacat
agtctttctacctcaggtggcaagtgagaatggaaagcatccatcacatg
tagcaaatgatggccattcccatcatgacctagcctctccatttcagttt
cttccaatggacgccttataggtaactggcggaatccttacaggtaacca
gtgaaaaccatacatgtaacaatgggttactaaagagatggaaataaaag
ctacattagtgaagacatggcatgatcagaagtctcatgagctatagatg
tagatgtaaaatggtggaaacgcttagcaagatggcccggcagtttctta
caaagttaagcatgagctttacaagggctcttgcccttttacctgcttct
aggtctctttcgttgtcttccatctacggctcagggcacaatcaagagga
aaatggaaatcccagccatgatgtttaaagtgtcctctagatgggctatc
ctatctgctgctcattatcattctattccactacaaaatggccatgtaga
tgaaggagagctggcacacactaggaactgctctgggctccatttactga
ttcctccagttggttttggtttttatctgtgggacaatactcctaaagcc
ataccagcaggatgccagcacgatcatcagccttcaggaggacttcagga
tccagtccttcttttacacaatttgttttcgaaccttgtacagttgtgta
aatttgtagcattctaaatgtttaaaatgatataagcttgacaacccaga
aagccttaaaacactgtccccacaatccctctctgatgagttctaacaat
gctttctgggaaagatgtggttgagagggatgtggataattttgctagtg
ctaagctttattttgcaaaagaggtagacagataactcggattcactgca
gttggtcagccaccctggcccagcaactaagacatgcataggttacatcc
tcatgaaacttcatacatgcgtatattctgaaattggccacaggggtcac
acag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_33370259_33371276
seq2: B6Ng01-316L04.b_47_1070 (reverse)

seq1  ATTTCATTTTT-CTTTCCATTTAGCCTCA-GTGTT-CCAACTCTGAACAT  47
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTCATTTTTCCTTTCCATTTAGCCTCAGGTGTTCCCAACTCTGAACAT  50

seq1  CAACTCCAAATACTGCA-TGTCTTTTCTGTCTCTTGACATTGAGAGCTTT  96
      ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCC-AATACTGCATTTTCTTTTCTGTCTCTTGACATTGAGAGCTTT  99

seq1  GGATTTTACAATCTCCTTTTTGTACATAGGATGTACTATT-ATTACCCAT  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGATTTTACAATCTCCTTTTTGTACATAGGATGTACTATTAATTACCCAT  149

seq1  CGCTTTCATCTTTTCTC-AACTGC-AAGCAAACATTTATTGAATATTGGC  193
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTTCATCTTTTCTCAAACTGCAAAGCAAACATTTATTGAATATTGGC  199

seq1  TGTCTATTATTTGCCAACCTAAGGGACATATTAAGTTACATCTGAG-AAC  242
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTCTATTATTTGCCAA-CTAAGGGACATATTAAGTTACATCTGAGAAAC  248

seq1  ATGTGCTTCTTGGTACTATTTATGTAGGGTCTAAATGCCTGATGTTACTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTTCTTGGTACTATTTATGTAGGGTCTAAATGCCTGATGTTACTT  298

seq1  ATTATGTAATTTTGCAAAGATCACTGAGGCTTTAATATTGTTATGGTGCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTAATTTTGCAAAGATCACTGAGGCTTTAATATTGTTATGGTGCC  348

seq1  TACTTCAGAGTTGGCAGACACTAGCCAGCTCTGATCTGGAAATCTAAAGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAGAGTTGGCAGACACTAGCCAGCTCTGATCTGGAAATCTAAAGT  398

seq1  CAGAAATGTTCAAAACCCAGCATTTTTAGAGACTAACAAGACACCAACAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGTTCAAAACCCAGCATTTTTAGAGACTAACAAGACACCAACAA  448

seq1  GGGGAACCTCCATATCTGACATTCTGTTATCATCTGTATTGGAATACAGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACCTCCATATCTGACATTCTGTTATCATCTGTATTGGAATACAGA  498

seq1  TATTTGTAATGCATAAAATATCTTCAAGCCATATGTCTACTGTATACATA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTAATGCATAAAATATCTTCAAGCCATATGTCTACTGTATACATA  548

seq1  AAACCGGAATGAACTGTGTGCCTAGACTTAGTCCCCATCCACCAAACGGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGGAATGAACTGTGTGCCTAGACTTAGTCCCCATCCACCAAACGGT  598

seq1  AGGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  648

seq1  GTGCACTCACGGACATGCACTCACAGGCATGAGTGCATACACATATACTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTCACGGACATGCACTCACAGGCATGAGTGCATACACATATACTC  698

seq1  CAAAATCACACAAAATTAAAATCTAAAACATTCTACTCACAAACATGATA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCACACAAAATTAAAATCTAAAACATTCTACTCACAAACATGATA  748

seq1  AAGAATAATCAGTCTATTATGCTTGTACGGTCTAAATGAGATAGAAACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAATCAGTCTATTATGCTTGTACGGTCTAAATGAGATAGAAACCA  798

seq1  ACATCATCAGGTTTATGTTGGAGACATACATAGCACCTGCCTCTACCCTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCAGGTTTATGTTGGAGACATACATAGCACCTGCCTCTACCCTT  848

seq1  GTTAGTAGCACAGTTAGCGTTGACGTCAATGTGGCTAAGTCTATTAAGCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTAGCACAGTTAGCGTTGACGTCAATGTGGCTAAGTCTATTAAGCC  898

seq1  TCACTCTCCAGAGCTCGGCTGCTATAATCGGTTCCGTAGGCCAGTACTGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTCCAGAGCTCGGCTGCTATAATCGGTTCCGTAGGCCAGTACTGG  948

seq1  GCCATCAGCAGAGACACATCAGCTCAGTTATCAACTAATCATTATTATAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAGCAGAGACACATCAGCTCAGTTATCAACTAATCATTATTATAC  998

seq1  ACAGTCCTCTGGAAGTCTCTGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCTCTGGAAGTCTCTGAATTC  1024

seq1: chr3_33265236_33266395
seq2: B6Ng01-316L04.g_68_1221

seq1  GAATTCAATCTTAGGTGGGTTCTCATACAAGCACAGTAAAAACTTTTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTTAGGTGGGTTCTCATACAAGCACAGTAAAAACTTTTACC  50

seq1  CACTGAACCATCATCCCAGGACCTTCTGGAATTTGTCGATAGATGTATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAACCATCATCCCAGGACCTTCTGGAATTTGTCGATAGATGTATCC  100

seq1  AGATACTGCAGCATATCCACATAACCACATTTACATTATTTCATGAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGCAGCATATCCACATAACCACATTTACATTATTTCATGAACAT  150

seq1  AGTCTTTCTACCTCAGGTGGCAAGTGAGAATGGAAAGCATCCATCACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCTACCTCAGGTGGCAAGTGAGAATGGAAAGCATCCATCACATG  200

seq1  TAGCAAATGATGGCCATTCCCATCATGACCTAGCCTCTCCCATTTCAGTT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGCAAATGATGGCCATTCCCATCATGACCTAGCCTCT-CCATTTCAGTT  249

seq1  TCTTCCAATGGACGCCTTATAGGTAACTGGCGGAATCCTTACAGGTAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAATGGACGCCTTATAGGTAACTGGCGGAATCCTTACAGGTAACC  299

seq1  AGTGAAAACCATACATGTAACAATGGGTTACTAAAGAGATGGAAATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAACCATACATGTAACAATGGGTTACTAAAGAGATGGAAATAAAA  349

seq1  GCTACATTAGTGAAGACATGGCATGATCAGAAGTCTCATGAGCTATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATTAGTGAAGACATGGCATGATCAGAAGTCTCATGAGCTATAGAT  399

seq1  GTAGATGTAAAATGGTGGAAACGCTTAGCAAGATGGCCCGGCAGTTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTAAAATGGTGGAAACGCTTAGCAAGATGGCCCGGCAGTTTCTT  449

seq1  ACAAAGTTAAGCATGAGCTTTACAAGGGCTCTTGCCCTTTTACCTGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTAAGCATGAGCTTTACAAGGGCTCTTGCCCTTTTACCTGCTTC  499

seq1  TAGGTCTCTTTCGTTGTCTTCCATCTACGGCTCAGGGCACAATCAAGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTCTTTCGTTGTCTTCCATCTACGGCTCAGGGCACAATCAAGAGG  549

seq1  AAAATGGAAATCCCAGCCATGATGTTTAAAGTGTCCTCTAGATGGGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAAATCCCAGCCATGATGTTTAAAGTGTCCTCTAGATGGGCTAT  599

seq1  CCTATCTGCTGCTCATTATCATTCTATTCCACTACAAAATGGCCATGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGCTGCTCATTATCATTCTATTCCACTACAAAATGGCCATGTAG  649

seq1  ATGAAGGAGAGCTGGCACACACTAGGAACTGCTCTGGGCTCCATTTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGAGAGCTGGCACACACTAGGAACTGCTCTGGGCTCCATTTACTG  699

seq1  ATTCCTCCAGTTGGTTTTGGTTTTTATCTGTGGGACAATACTCCTAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCAGTTGGTTTTGGTTTTTATCTGTGGGACAATACTCCTAAAGC  749

seq1  CATACCAGCAGGATGCCAGCACGATCATCAGCCTTCAGGAGGACTTCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGCAGGATGCCAGCACGATCATCAGCCTTCAGGAGGACTTCAGG  799

seq1  ATCCAGTCCTTCTTTTACACAATTTGTTTTCGAACCTTGTACAGTTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTCCTTCTTTTACACAATTTGTTTTCGAACCTTGTACAGTTGTGT  849

seq1  AAATTTGTAGCATTCTAAATGTTTAAAATGATATAAGCTTGACAACCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTAGCATTCTAAATGTTTAAAATGATATAAGCTTGACAACCCAG  899

seq1  AAAGCCTTAAAACACTGTCCCCACAATCCCTCTCTGATGAGTTCTAACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTAAAACACTGTCCCCACAATCCCTCTCTGATGAGTTCTAACAA  949

seq1  TGCTTTCT-GGAAAGATGTGGTTTGAGAGGGATGTGGATAATTTTGCTAG  999
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTGGGAAAGATGTGG-TTGAGAGGGATGTGGATAATTTTGCTAG  998

seq1  TGCTAAGCTTTATTTTGCAAAAGAAGTAGACAGATAACTCCGGAATTCAC  1049
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||
seq2  TGCTAAGCTTTATTTTGCAAAAGAGGTAGACAGATAACTC--GGATTCAC  1046

seq1  TGCAGTTTGTTCCAGGCACCCT-GCCCAGCACCTAGGACATGCATAGTGT  1098
      ||||||| ||  ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||  |
seq2  TGCAGTTGGT--CAGCCACCCTGGCCCAGCAACTAAGACATGCATAGGTT  1094

seq1  ACAATCTCATGAAACTCTCAATACCAGTGCTTATTATCTGGAAAATGGCC  1148
      |||  ||||||||||| || ||||   ||| |||  ||| |||| |||||
seq2  ACATCCTCATGAAACT-TC-ATAC--ATGCGTATATTCT-GAAATTGGCC  1139

seq1  A---GGGTCACACAG  1160
      |   |||||||||||
seq2  ACAGGGGTCACACAG  1154