BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317H12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 103,874,740 - 104,031,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi3
Upstream geneAmpd1, Dennd2c, Bcas2, Trim33, Syt6, Atg4a-ps, LOC100043538, Olfml3, Hipk1, Dclre1b, Ap4b1, Gm566, Ptpn22, LOC668452, Rsbn1, Phtf1
Downstream geneEG433634, LOC668622, Lrig2, Slc16a1, EG624251, 7530404M11Rik, Ppm1j, Rhoc, Mov10, Capza1, St7l, LOC100043572, Wnt2b, Cttnbp2nl, 4930564D02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317H12.bB6Ng01-317H12.g
ACCGA107605GA107606
length6431,116
definitionB6Ng01-317H12.b B6Ng01-317H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,031,183 - 104,031,825)(103,874,740 - 103,875,853)
sequence
gaattcaacaccgacactgtcttattgtcagatgtcacaggctgagggct
cagctctcctcttcacatgtccattgcaagctgcaggtaaccatgagctt
tttcctgtgcttctgcttgatcagctctaagctggtgttcctacaacttc
ctccttgcagagctcagggagactcgcctttacaatgggagtcagggttg
ggggaagggaccctgtctgggtgtgccaccctccgggacttcccattgtt
ccagaagctctctgaaccttgtcctgggcagttttatggagacttcactg
catgcacgtgactgacatagaggcaccggggtaggaaggtgattggacag
agaaagcaggagaggctcacagaggactggggagcctatcaaagttgtct
gtccagattctccttggcctcttttgtgcagcattccttcttgctgggtg
tggacaagactggggattttatgatctcctagacaaggagagtcagagag
tttctttacagccagctccaagaaagaaaggcaggggaaaatcagagtga
gtggccaaagacagttatgaatgaggctcaatacaaaaatcataacctta
agaggtggtttttgttgttattgttgttgggttttttttttgg
gaattcaacactcaatatttataagatgtctttggcaatttaatcttaat
ctttctttcatcagataagaaacggggtgggttgagagtataatggaatt
ctgatgttgtagttttaatataattatttaagcaaaaacactaattactt
tatttgaatggaagacaaatgtgctcatcagttaaatcatcagatagtgt
ggagacatagatttcagaagagcagtaaagaaaggacaagtttagaactg
gtggagttttcctaaatcttaaatgatcagtcaatggcaaacagcatctt
aaactataaagtttcaaatattattttcttttcaacatgtatactccatg
atagagaataccagtgggagtcagatatcgtctattctttctcatggagg
gagacagaaagtgcagagaaagtggtcagggttgacaagcataaaacaaa
agaagctcaaggttctaatcatgacctcccaccagattacaggcaggcaa
tattagaatctacatctagttgtaatccttctactaaaggtgcttaagta
ttcttaaagtaaatgtacaagaacggtttgatgaagtgtccttgttggtt
tgtttatgtgcatctatgtgtggataagctccacaatgcacatgtggagg
ttagggaacaacttttaggatcggttctcatctttttggttggggaattg
aaagcagacagtcaggcttggcaacaagacatctttacctgctgagccat
tttggtgagccaaattgtctacttttgagactaaattaataattatgttg
taatttaaagaaatagtctgaatttgtcaaattccatagagatgaatgag
agaaacatttctagtttctttgagcccttcagctcctttgcaagtaaaag
tatccttttgactaatgagctttacagaatgtaatccaagttatgcttga
gactcctagaactctgttttcagatgccacctgccttggagaaaatcggt
aatagtctgtcctctactatgcctgctcagggacaggacctcacactgct
cagtgctactgcccacagagttaaactcgcttaccgaatgcaggctccac
acctatgggttagccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_104031183_104031825
seq2: B6Ng01-317H12.b_46_688 (reverse)

seq1  CCAAAAAAAAAACCCAACAACAATAACAACAAAAACCACCTCTTAAGGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAAAAAAACCCAACAACAATAACAACAAAAACCACCTCTTAAGGTT  50

seq1  ATGATTTTTGTATTGAGCCTCATTCATAACTGTCTTTGGCCACTCACTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTTGTATTGAGCCTCATTCATAACTGTCTTTGGCCACTCACTCT  100

seq1  GATTTTCCCCTGCCTTTCTTTCTTGGAGCTGGCTGTAAAGAAACTCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCCCCTGCCTTTCTTTCTTGGAGCTGGCTGTAAAGAAACTCTCTG  150

seq1  ACTCTCCTTGTCTAGGAGATCATAAAATCCCCAGTCTTGTCCACACCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTTGTCTAGGAGATCATAAAATCCCCAGTCTTGTCCACACCCAG  200

seq1  CAAGAAGGAATGCTGCACAAAAGAGGCCAAGGAGAATCTGGACAGACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGGAATGCTGCACAAAAGAGGCCAAGGAGAATCTGGACAGACAAC  250

seq1  TTTGATAGGCTCCCCAGTCCTCTGTGAGCCTCTCCTGCTTTCTCTGTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGGCTCCCCAGTCCTCTGTGAGCCTCTCCTGCTTTCTCTGTCCA  300

seq1  ATCACCTTCCTACCCCGGTGCCTCTATGTCAGTCACGTGCATGCAGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTCCTACCCCGGTGCCTCTATGTCAGTCACGTGCATGCAGTGAA  350

seq1  GTCTCCATAAAACTGCCCAGGACAAGGTTCAGAGAGCTTCTGGAACAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATAAAACTGCCCAGGACAAGGTTCAGAGAGCTTCTGGAACAATG  400

seq1  GGAAGTCCCGGAGGGTGGCACACCCAGACAGGGTCCCTTCCCCCAACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCCCGGAGGGTGGCACACCCAGACAGGGTCCCTTCCCCCAACCCT  450

seq1  GACTCCCATTGTAAAGGCGAGTCTCCCTGAGCTCTGCAAGGAGGAAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCATTGTAAAGGCGAGTCTCCCTGAGCTCTGCAAGGAGGAAGTTG  500

seq1  TAGGAACACCAGCTTAGAGCTGATCAAGCAGAAGCACAGGAAAAAGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACACCAGCTTAGAGCTGATCAAGCAGAAGCACAGGAAAAAGCTCA  550

seq1  TGGTTACCTGCAGCTTGCAATGGACATGTGAAGAGGAGAGCTGAGCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACCTGCAGCTTGCAATGGACATGTGAAGAGGAGAGCTGAGCCCTC  600

seq1  AGCCTGTGACATCTGACAATAAGACAGTGTCGGTGTTGAATTC  643
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGACATCTGACAATAAGACAGTGTCGGTGTTGAATTC  643

seq1: chr3_103874740_103875853
seq2: B6Ng01-317H12.g_67_1182

seq1  GAATTCAACACTCAATATTTATAAGATGTCTTTGGCAATTTAATCTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACACTCAATATTTATAAGATGTCTTTGGCAATTTAATCTTAAT  50

seq1  CTTTCTTTCATCAGATAAGAAACGGGGTGGGTTGAGAGTATAATGGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTCATCAGATAAGAAACGGGGTGGGTTGAGAGTATAATGGAATT  100

seq1  CTGATGTTGTAGTTTTAATATAATTATTTAAGCAAAAACACTAATTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTTGTAGTTTTAATATAATTATTTAAGCAAAAACACTAATTACTT  150

seq1  TATTTGAATGGAAGACAAATGTGCTCATCAGTTAAATCATCAGATAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAATGGAAGACAAATGTGCTCATCAGTTAAATCATCAGATAGTGT  200

seq1  GGAGACATAGATTTCAGAAGAGCAGTAAAGAAAGGACAAGTTTAGAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACATAGATTTCAGAAGAGCAGTAAAGAAAGGACAAGTTTAGAACTG  250

seq1  GTGGAGTTTTCCTAAATCTTAAATGATCAGTCAATGGCAAACAGCATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTTTCCTAAATCTTAAATGATCAGTCAATGGCAAACAGCATCTT  300

seq1  AAACTATAAAGTTTCAAATATTATTTTCTTTTCAACATGTATACTCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATAAAGTTTCAAATATTATTTTCTTTTCAACATGTATACTCCATG  350

seq1  ATAGAGAATACCAGTGGGAGTCAGATATCGTCTATTCTTTCTCATGGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAATACCAGTGGGAGTCAGATATCGTCTATTCTTTCTCATGGAGG  400

seq1  GAGACAGAAAGTGCAGAGAAAGTGGTCAGGGTTGACAAGCATAAAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAAAGTGCAGAGAAAGTGGTCAGGGTTGACAAGCATAAAACAAA  450

seq1  AGAAGCTCAAGGTTCTAATCATGACCTCCCACCAGATTACAGGCAGGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTCAAGGTTCTAATCATGACCTCCCACCAGATTACAGGCAGGCAA  500

seq1  TATTAGAATCTACATCTAGTTGTAATCCTTCTACTAAAGGTGCTTAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAATCTACATCTAGTTGTAATCCTTCTACTAAAGGTGCTTAAGTA  550

seq1  TTCTTAAAGTAAATGTACAAGAACGGTTTGATGAAGTGTCCTTGTTGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAAGTAAATGTACAAGAACGGTTTGATGAAGTGTCCTTGTTGGTT  600

seq1  TGTTTATGTGCATCTATGTGTGGATAAGCTCCACAATGCACATGTGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGTGCATCTATGTGTGGATAAGCTCCACAATGCACATGTGGAGG  650

seq1  TTAGGGAACAACTTTTAGGATCGGTTCTCATCTTTTTGGTTGGGGAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAACAACTTTTAGGATCGGTTCTCATCTTTTTGGTTGGGGAATTG  700

seq1  AAAGCAGACAGTCAGGCTTGGCAACAAGACATCTTTACCTGCTGAGCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGACAGTCAGGCTTGGCAACAAGACATCTTTACCTGCTGAGCCAT  750

seq1  TTTGGTGAGCCAAATTGTCTACTTTTGAGACTAAATTAATAATTATGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGAGCCAAATTGTCTACTTTTGAGACTAAATTAATAATTATGTTG  800

seq1  TAA-TTAAAGAAATAGTCTGAATTTGTCAAATTCCATAGAGATGAATGAG  849
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAAAGAAATAGTCTGAATTTGTCAAATTCCATAGAGATGAATGAG  850

seq1  AGAAACATTTCTAGTTTCTTTGAGCCCTTCAGCTCCTTTGCAAAGTAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAACATTTCTAGTTTCTTTGAGCCCTTCAGCTCCTTTGC-AAGTAAAA  899

seq1  GTATCCTTTTGACTAATGAGCTTTACAGAATGTAAT-CAAG-TATGCTTG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  GTATCCTTTTGACTAATGAGCTTTACAGAATGTAATCCAAGTTATGCTTG  949

seq1  AGACT-CTAGAACTCCTGTTTCAGATGCCACCTGCC-TGGAGAAAAAC-G  994
      ||||| |||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||| | |
seq2  AGACTCCTAGAACTCTGTTTTCAGATGCCACCTGCCTTGGAGAAAATCGG  999

seq1  TTATAGTCTGTCCTCTACTATGCCTGCCTCAGGGGACAAGACCTCACACT  1044
      | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||
seq2  TAATAGTCTGTCCTCTACTATGCCTG-CTCA-GGGACAGGACCTCACACT  1047

seq1  GCTCAGTGCTACTGCCCACAGAGGTAAAACCGCTTACACGAATGCAGGCT  1094
      ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCAGTGCTACTGCCCACAGAGTTAAACTCGCTTAC-CGAATGCAGGCT  1096

seq1  CCACACTCATGGGTAAGCCC  1114
      ||||||  |||||| |||||
seq2  CCACACCTATGGGTTAGCCC  1116