BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318K05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,348,796 - 155,483,442
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668902
Upstream geneBC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956, Scp2-ps1
Downstream geneLOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, Negr1, LOC100041152, LOC668853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318K05.bB6Ng01-318K05.g
ACCGA108472GA108473
length1,1081,114
definitionB6Ng01-318K05.b B6Ng01-318K05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,482,331 - 155,483,442)(155,348,796 - 155,349,912)
sequence
gaattcacacccccttaaactttgttacttttccaaccagcaaaacattt
tctcaggtttccaggtacaaacaacagctacgtctcagactataaacaac
tggccaccttgcctgtgcctgaaatctggaaaatggtagatctcatggtc
agagcacaaaaggactcgagacgtcaacactcatacaagaactcatctcc
ttgctcgggagacaggcagatctttgaggatttgtaaatattcagaaata
aacttgtaaggaatttcttactatagaaacttctcaggggttcattcaaa
gatcactcacttcacaatacttcttacttgaacacacaagctgttaacta
aaacatgttttaaaaccagtttccctcatgggtaagaatgctgatggtgt
acttccaagaattagacttagtaggaactttaggaacttttgtgcgtgtt
tttctggtttctggcttaggatatgacccgagagcttagaaatttagtag
atgttggtgaccacctttattataagcacagtataggtaaatgctttgac
cctgctgtcttgatcactcggtggagttctgcactgcatgtttattgcat
gaaactcgtaagaatatccattacttagaacacttgcagggtctttgtta
tctgtggacagtcatatgactaacttacaccatgtggtacatgaaagtgg
acagttttgtaaaagaggacctggaaagtggaaccagcttcttgaagctg
ggggtcactgtagaatagaaagttggctggccttatgttaataatacatt
cattctgcttgacatacgttgtattttgggtgaaaaatcacagaccttat
gaagcagtgaaataacccttaggatttggggatattcttgtgactggtag
gaatgacacaatttaaatgaccattaaaagaccaaattaaataaatattt
aactcacttactattcatatattggatttgataacgcattgcacagaatg
agaagctatgcagttgagaagtttctctttctcttttacaagacatacta
tgtcatttccttgcaagtattcaatatcatgcctctaagaatgcaagaat
atgctttg

gaattcttttgtcccaagcatagttatcttgctccctttccaaatctatg
tgagtctttattttcaatactttggataagagtccaagaactagaaaata
catcccatgacactgcctaacagtaacaattattattgtaggtcagattt
atgtggccagaaatttcagaggttgggattttagtacaagataaaataac
agtggaatatatgctgttctccttctctgctttagacaaagaatgtgctt
ttagctggaagacaaaattaaaaacatgaaaaacgtattgaccttcaagt
cttataaatattctttcagagggcattaggaaaatggctgatgaaagcaa
ctcatctcttcccattgtgcatcacaagagtagtccagaatgagtggaat
atgctcacacaaaattaatttgatatagtgattttatagttaatatgata
gctaagctctacaaatttctctcaatgattggagtctctgagtttttgtt
ccttaacagctttcccccacattacatcttgccagtttctctctacaatg
taggtgaagtgctagggggagagattgtttccaagtagatgctgaaaggc
cctttatagatatttgcttggtgactctagtgctctggtttcaagtatca
gcatagaatgaatctgatgttcataccagcggtaggctgggtatgggaca
aaaaatgtaaaccaaggtaccacaccataagacaaccaaatgtgtctttt
aagtcattggttctgccagggaagatggcatggttctgcagttaaaccat
gatggtttgatgaccttaacacaggtccccttctaatgttctttgtgtct
ttgaaaccaaccactaaactgataaaaactttgttttcttctctgtaagg
aaaaataaatgtaattcagcaggaatggatgagatattgttatgaggatt
aaaaaaatattccccagccatttcaagtctatattaaaatactgtttgtt
tgtctttctgatgagaatatatgccaatgttgtggaaagatttaatgaac
atctcaagaacaagagctggcactgtgacccgggagtggtacctaagctt
cattgcacaatgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155482331_155483442
seq2: B6Ng01-318K05.b_48_1155 (reverse)

seq1  CAAAGCATATCTTTGCCATCTTTAGAGCACTGATATTTTGAATAACCTTG  50
      ||||||||||  ||| |||  ||||||   |||||  |||||||  ||||
seq2  CAAAGCATATTCTTG-CATTCTTAGAGGCATGATA--TTGAATA--CTTG  45

seq1  C-AGGAAATGACATAGTATGTCTTGT-AAAGAG-AAGAGAAACCTCTCAA  97
      | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
seq2  CAAGGAAATGACATAGTATGTCTTGTAAAAGAGAAAGAGAAACTTCTCAA  95

seq1  CTGCATAGGCTTCCTCCATTCTGTGCAATGCCTTATCAAATCCAATATAT  147
      ||||||| |||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTGCATA-GCTTC--TCATTCTGTGCAATGCGTTATCAAATCCAATATAT  142

seq1  GAATAGTAAGTGAGTTAAATATTTATTTAATTTGGTCTTTTAATGGTCAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTAAGTGAGTTAAATATTTATTTAATTTGGTCTTTTAATGGTCAT  192

seq1  TTAAATTGTGTCATTCCTACCAGTCACAAGAATATCCCCAAATCCTAA-G  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAATTGTGTCATTCCTACCAGTCACAAGAATATCCCCAAATCCTAAGG  242

seq1  GTTATTTCACTGCTTCATAAGGTCTGTGATTTTTCACCCAAAATACAACG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCACTGCTTCATAAGGTCTGTGATTTTTCACCCAAAATACAACG  292

seq1  TATGTCAAGCAGAATGAATGTATTATTAACATAAGGCCAGCCAACTTTCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAAGCAGAATGAATGTATTATTAACATAAGGCCAGCCAACTTTCT  342

seq1  ATTCTACAGTGACCCCCAGCTTCAAGAAGCTGGTTCCACTTTCCAGGTCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACAGTGACCCCCAGCTTCAAGAAGCTGGTTCCACTTTCCAGGTCC  392

seq1  TCTTTTACAAAACTGTCCACTTTCATGTACCACATGGTGTAAGTTAGTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTACAAAACTGTCCACTTTCATGTACCACATGGTGTAAGTTAGTCA  442

seq1  TATGACTGTCCACAGATAACAAAGACCCTGCAAGTGTTCTAAGTAATGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTGTCCACAGATAACAAAGACCCTGCAAGTGTTCTAAGTAATGGA  492

seq1  TATTCTTACGAGTTTCATGCAATAAACATGCAGTGCAGAACTCCACCGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTACGAGTTTCATGCAATAAACATGCAGTGCAGAACTCCACCGAG  542

seq1  TGATCAAGACAGCAGGGTCAAAGCATTTACCTATACTGTGCTTATAATAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAGACAGCAGGGTCAAAGCATTTACCTATACTGTGCTTATAATAA  592

seq1  AGGTGGTCACCAACATCTACTAAATTTCTAAGCTCTCGGGTCATATCCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTCACCAACATCTACTAAATTTCTAAGCTCTCGGGTCATATCCTA  642

seq1  AGCCAGAAACCAGAAAAACACGCACAAAAGTTCCTAAAGTTCCTACTAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAAACCAGAAAAACACGCACAAAAGTTCCTAAAGTTCCTACTAAG  692

seq1  TCTAATTCTTGGAAGTACACCATCAGCATTCTTACCCATGAGGGAAACTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTCTTGGAAGTACACCATCAGCATTCTTACCCATGAGGGAAACTG  742

seq1  GTTTTAAAACATGTTTTAGTTAACAGCTTGTGTGTTCAAGTAAGAAGTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAACATGTTTTAGTTAACAGCTTGTGTGTTCAAGTAAGAAGTAT  792

seq1  TGTGAAGTGAGTGATCTTTGAATGAACCCCTGAGAAGTTTCTATAGTAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTGAGTGATCTTTGAATGAACCCCTGAGAAGTTTCTATAGTAAG  842

seq1  AAATTCCTTACAAGTTTATTTCTGAATATTTACAAATCCTCAAAGATCTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCTTACAAGTTTATTTCTGAATATTTACAAATCCTCAAAGATCTG  892

seq1  CCTGTCTCCCGAGCAAGGAGATGAGTTCTTGTATGAGTGTTGACGTCTCG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCCGAGCAAGGAGATGAGTTCTTGTATGAGTGTTGACGTCTCG  942

seq1  AGTCCTTTTGTGCTCTGACCATGAGATCTACCATTTTCCAGATTTCAGGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTTTGTGCTCTGACCATGAGATCTACCATTTTCCAGATTTCAGGC  992

seq1  ACAGGCAAGGTGGCCAGTTGTTTATAGTCTGAGACGTAGCTGTTGTTTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAGGTGGCCAGTTGTTTATAGTCTGAGACGTAGCTGTTGTTTGT  1042

seq1  ACCTGGAAACCTGAGAAAATGTTTTGCTGGTTGGAAAAGTAACAAAGTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAAACCTGAGAAAATGTTTTGCTGGTTGGAAAAGTAACAAAGTTT  1092

seq1  AAGGGGGTGTGAATTC  1112
      ||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGTGTGAATTC  1108


seq1: chr3_155348796_155349912
seq2: B6Ng01-318K05.g_67_1180

seq1  GAATTCTTTTGTCCCAAGCATAGTTATCTTGCTCCCTTTCCAAATCTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTCCCAAGCATAGTTATCTTGCTCCCTTTCCAAATCTATG  50

seq1  TGAGTCTTTATTTTCAATACTTTGGATAAGAGTCCAAGAACTAGAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTTTATTTTCAATACTTTGGATAAGAGTCCAAGAACTAGAAAATA  100

seq1  CATCCCATGACACTGCCTAACAGTAACAATTATTATTGTAGGTCAGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCATGACACTGCCTAACAGTAACAATTATTATTGTAGGTCAGATTT  150

seq1  ATGTGGCCAGAAATTTCAGAGGTTGGGATTTTAGTACAAGATAAAATAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCCAGAAATTTCAGAGGTTGGGATTTTAGTACAAGATAAAATAAC  200

seq1  AGTGGAATATATGCTGTTCTCCTTCTCTGCTTTAGACAAAGAATGTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAATATATGCTGTTCTCCTTCTCTGCTTTAGACAAAGAATGTGCTT  250

seq1  TTAGCTGGAAGACAAAATTAAAAACATGAAAAACGTATTGACCTTCAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGAAGACAAAATTAAAAACATGAAAAACGTATTGACCTTCAAGT  300

seq1  CTTATAAATATTCTTTCAGAGGGCATTAGGAAAATGGCTGATGAAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAATATTCTTTCAGAGGGCATTAGGAAAATGGCTGATGAAAGCAA  350

seq1  CTCATCTCTTCCCATTGTGCATCACAAGAGTAGTCCAGAATGAGTGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTTCCCATTGTGCATCACAAGAGTAGTCCAGAATGAGTGGAAT  400

seq1  ATGCTCACACAAAATTAATTTGATATAGTGATTTTATAGTTAATATGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCACACAAAATTAATTTGATATAGTGATTTTATAGTTAATATGATA  450

seq1  GCTAAGCTCTACAAATTTCTCTCAATGATTGGAGTCTCTGAGTTTTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCTCTACAAATTTCTCTCAATGATTGGAGTCTCTGAGTTTTTGTT  500

seq1  CCTTAACAGCTTTCCCCCACATTACATCTTGCCAGTTTCTCTCTACAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACAGCTTTCCCCCACATTACATCTTGCCAGTTTCTCTCTACAATG  550

seq1  TAGGTGAAGTGCTAGGGGGAGAGATTGTTTCCAAGTAGATGCTGAAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAAGTGCTAGGGGGAGAGATTGTTTCCAAGTAGATGCTGAAAGGC  600

seq1  CCTTTATAGATATTTGCTTGGTGACTCTAGTGCTCTGGTTTCAAGTATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATAGATATTTGCTTGGTGACTCTAGTGCTCTGGTTTCAAGTATCA  650

seq1  GCATAGAATGAATCTGATGTTCATACCAGCGGTAGGCTGGGTATGGGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGAATGAATCTGATGTTCATACCAGCGGTAGGCTGGGTATGGGACA  700

seq1  AAAAATGTAAACCAAGGTACCACACCATAAGACAACCAAATGTGTCTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTAAACCAAGGTACCACACCATAAGACAACCAAATGTGTCTTTT  750

seq1  AAGTCATTGGTTCTGCCAGGGAAGATGGCATGGTTCTGCAGTTAAACCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTGGTTCTGCCAGGGAAGATGGCATGGTTCTGCAGTTAAACCAT  800

seq1  GATGGTTTGATGACCTTAACACAGGTCCCCTTCTAATGTTCTTTGTGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTGATGACCTTAACACAGGTCCCCTTCTAATGTTCTTTGTGTCT  850

seq1  TTGAAACCAACCACTAAACTGATAAAAACTTTGTTTTCTTCTCTGTAAGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGAAACCAACCACTAAACTGATAAAAACTTTGTTTTCTTCTCTGTAA-G  899

seq1  GAAAAATAAATGTAATTCAGCAGGAATGGATGAGATATTGTTTATGAGGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAAAATAAATGTAATTCAGCAGGAATGGATGAGATATTG-TTATGAGGA  948

seq1  TTAAAAAAATATTCCCCAGCCATTTCAAGTTCTATATT-AAATACTGTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TTAAAAAAATATTCCCCAGCCATTTCAAG-TCTATATTAAAATACTGTTT  997

seq1  TGTTTTGTCTTTCTGATGAG-ATATATGCC-ATG-TGTGGAAAGATTAAA  1046
         ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||
seq2  --GTTTGTCTTTCTGATGAGAATATATGCCAATGTTGTGGAAAGATTTAA  1045

seq1  TGACCATCTCAAGACAAAGAGCTTGCAACTGTGA-ACAGGAGTGTGACCC  1095
      ||| ||||||||||  ||||||| || |||||||  | ||||||  ||| 
seq2  TGAACATCTCAAGAACAAGAGCTGGC-ACTGTGACCCGGGAGTGGTACC-  1093

seq1  TAAAGCTTCAGTGCACAATGCC  1117
        |||||||| |||||||||||
seq2  -TAAGCTTCATTGCACAATGCC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |