BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318O08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,466,145 - 52,634,956
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039832
Upstream geneMgst2, Maml3, LOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762
Downstream geneCog6, Lhfp, LOC100039808, LOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318O08.bB6Ng01-318O08.g
ACCGA108669GA108670
length1,148684
definitionB6Ng01-318O08.b B6Ng01-318O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,633,811 - 52,634,956)(52,466,145 - 52,466,828)
sequence
gaattcctgagaggaattcgtcctaagcatttttagaagggagctatctc
tgatccgttatcctcacacatgttttaattttcctcgtaggatttataac
aatgtagatttcttctactcttctgttgatttaggagttcacttgtttat
tgttccttcttcatcagaatttaggttctgtaccgccgaggatcatttct
gtcttcttgggtattaaactcttagtgccaaggttggcacaatgccaacc
acacagttgattctcagcaaatgtttggtgaatccattgaataaactcag
actctatcatgcttatcctttatgtcatatgcttcaaagactcttcatat
cctatagaagaaagaccaacttcatggcataatcacatgatgtcagcttg
ccgtgacttctattctctggtcttagaaactaatttgcattttaaataga
gcctattctttttagcctccatgtggacactaagtgttttctcataatgt
tggcctctgcagttcctacacacaatccttttgggtatttccaatttgtt
tttcaaagctctgtccgggagccaatgagatggctcagtgagtaaaagag
cttgccatgcaagtgagaagatatgagttcaaatctccaaaatatctgta
cagccgggtacagtagtgtgttatgacagcacttctgatagtgagatggg
aggcagggacaggaaaccacctagaagcctgtgggctggatgacatgata
cttgcaataaaacgacaacaaagaaactccacaaacaaggtagaaagcta
ggctcaacacctgagttatcctttggcagtcacatgacaaatgtgcacct
gtacttacacaaaggactacaacccccaccaccactatcagccaccagcc
aatcaatcaagcaagcaagcaagcaagccacctctcagttcagacacctc
ttttagaataccagttggggatactttctcttggtagtgcacacatttct
ccaacagcaacccgcaccaatgcatcaaagtaggacattacccaatctct
gtttgtgaccgcaagagtatttccttctcactcctctgtgtctttacgac
ttggctatacagtacaagatatcatgcctcttgaaatagctttaaaag
gaattctcagccaagtcaccatctccctgtgcgactgctgcatggaagtg
aaaccacgccagataaatagatagtatgggagcccagaagggaagctgag
tctatgatacacagaaacactgttagaggagagccctgcttcattgtcag
tgataacaataattaaagggctctggaacctcggcgctcacccctgggat
gtttaatagtaattattggtaattacatattattatgtcagagatatata
atcatataattgttattattaagtatgatgttggccattgaggtttcaac
cccttcttcatttgtgggtccgctgttgggctggtaattgagataatagg
ggctaaggtacagaagagggaaagtaattgggcgagggcatgcttgcttg
gctcctacagaaccccgggagtcagcggcctcggtaccccagtggtttgg
ttggcatctctggctgacccaggagataatgattctcaaagaatttctgg
cacagaggaatctggctccatcctcctcccttccccacagcctctgcaga
atgtctggctggcattgcttgtgggcaggttgtgtggcaccctgcctgcc
gtagtcttcattgtgcctgggaacagcagaattggtgagggacagcagaa
agagaaagagcagacaggatgggggctggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_52633811_52634956
seq2: B6Ng01-318O08.b_47_1194 (reverse)

seq1  CTTTCTAAAGCTA-TTCAAGA-GCATGTATTAATCTTGTACTGTATA-CC  47
      |||| |||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||
seq2  CTTT-TAAAGCTATTTCAAGAGGCATG-AT--ATCTTGTACTGTATAGCC  46

seq1  AGGCCGTAAAGACACAGA-GAGTGAGAA-GAAATACTCTTGGCGGTCAAC  95
      | | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| ||
seq2  AAGTCGTAAAGACACAGAGGAGTGAGAAGGAAATACTCTT-GCGGTC-AC  94

seq1  AAACAGAGATTGGGTAATGTCCTACTTGGATGCA-TGGTGCGGGTTGCTG  144
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  AAACAGAGATTGGGTAATGTCCTACTTTGATGCATTGGTGCGGGTTGCTG  144

seq1  TTGGAG-AATGTGTGCACTACCAAGAGAAAGTAT-CCCAACTGGTATTCT  192
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGAGAAATGTGTGCACTACCAAGAGAAAGTATCCCCAACTGGTATTCT  194

seq1  AAAAGAGGTGTCTGAACTGAGAGGTGGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGATT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGTGTCTGAACTGAGAGGTGGCTTGCTTGCTTGCTTGCTTGATT  244

seq1  GATTGGCTGGTGGCTGATAGTGGTGGTGGGGGTTGTAGTCCTTTGTGTAA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGCTGGTGGCTGATAGTGGTGGTGGGGGTTGTAGTCCTTTGTGTAA  294

seq1  GTACAGGTGCACATTTGTCATGTGACTGCCAAAGGATAACTCAGGTGTTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGTGCACATTTGTCATGTGACTGCCAAAGGATAACTCAGGTGTTG  344

seq1  AGCCTAGCTTTCTACCTTGTTTGTGGAGTTTCTTTGTTGTCGTTTTATTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGCTTTCTACCTTGTTTGTGGAGTTTCTTTGTTGTCGTTTTATTG  394

seq1  CAAGTATCATGTCATCCAGCCCACAGGCTTCTAGGTGGTTTCCTGTCCCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATCATGTCATCCAGCCCACAGGCTTCTAGGTGGTTTCCTGTCCCT  444

seq1  GCCTCCCATCTCACTATCAGAAGTGCTGTCATAACACACTACTGTACCCG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCATCTCACTATCAGAAGTGCTGTCATAACACACTACTGTACCCG  494

seq1  GCTGTACAGATATTTTGGAGATTTGAACTCATATCTTCTCACTTGCATGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTACAGATATTTTGGAGATTTGAACTCATATCTTCTCACTTGCATGG  544

seq1  CAAGCTCTTTTACTCACTGAGCCATCTCATTGGCTCCCGGACAGAGCTTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTTTTACTCACTGAGCCATCTCATTGGCTCCCGGACAGAGCTTT  594

seq1  GAAAAACAAATTGGAAATACCCAAAAGGATTGTGTGTAGGAACTGCAGAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAATTGGAAATACCCAAAAGGATTGTGTGTAGGAACTGCAGAG  644

seq1  GCCAACATTATGAGAAAACACTTAGTGTCCACATGGAGGCTAAAAAGAAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACATTATGAGAAAACACTTAGTGTCCACATGGAGGCTAAAAAGAAT  694

seq1  AGGCTCTATTTAAAATGCAAATTAGTTTCTAAGACCAGAGAATAGAAGTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTATTTAAAATGCAAATTAGTTTCTAAGACCAGAGAATAGAAGTC  744

seq1  ACGGCAAGCTGACATCATGTGATTATGCCATGAAGTTGGTCTTTCTTCTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAAGCTGACATCATGTGATTATGCCATGAAGTTGGTCTTTCTTCTA  794

seq1  TAGGATATGAAGAGTCTTTGAAGCATATGACATAAAGGATAAGCATGATA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATATGAAGAGTCTTTGAAGCATATGACATAAAGGATAAGCATGATA  844

seq1  GAGTCTGAGTTTATTCAATGGATTCACCAAACATTTGCTGAGAATCAACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGAGTTTATTCAATGGATTCACCAAACATTTGCTGAGAATCAACT  894

seq1  GTGTGGTTGGCATTGTGCCAACCTTGGCACTAAGAGTTTAATACCCAAGA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTTGGCATTGTGCCAACCTTGGCACTAAGAGTTTAATACCCAAGA  944

seq1  AGACAGAAATGATCCTCGGCGGTACAGAACCTAAATTCTGATGAAGAAGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAATGATCCTCGGCGGTACAGAACCTAAATTCTGATGAAGAAGG  994

seq1  AACAATAAACAAGTGAACTCCTAAATCAACAGAAGAGTAGAAGAAATCTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAACAAGTGAACTCCTAAATCAACAGAAGAGTAGAAGAAATCTA  1044

seq1  CATTGTTATAAATCCTACGAGGAAAATTAAAACATGTGTGAGGATAACGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTATAAATCCTACGAGGAAAATTAAAACATGTGTGAGGATAACGG  1094

seq1  ATCAGAGATAGCTCCCTTCTAAAAATGCTTAGGACGAATTCCTCTCAGGA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGATAGCTCCCTTCTAAAAATGCTTAGGACGAATTCCTCTCAGGA  1144

seq1  ATTC  1146
      ||||
seq2  ATTC  1148

seq1: chr3_52466145_52466828
seq2: B6Ng01-318O08.g_67_750

seq1  GAATTCTCAGCCAAGTCACCATCTCCCTGTGCGACTGCTGCATGGAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCCAAGTCACCATCTCCCTGTGCGACTGCTGCATGGAAGTG  50

seq1  AAACCACGCCAGATAAATAGATAGTATGGGAGCCCAGAAGGGAAGCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACGCCAGATAAATAGATAGTATGGGAGCCCAGAAGGGAAGCTGAG  100

seq1  TCTATGATACACAGAAACACTGTTAGAGGAGAGCCCTGCTTCATTGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATACACAGAAACACTGTTAGAGGAGAGCCCTGCTTCATTGTCAG  150

seq1  TGATAACAATAATTAAAGGGCTCTGGAACCTCGGCGCTCACCCCTGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACAATAATTAAAGGGCTCTGGAACCTCGGCGCTCACCCCTGGGAT  200

seq1  GTTTAATAGTAATTATTGGTAATTACATATTATTATGTCAGAGATATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATAGTAATTATTGGTAATTACATATTATTATGTCAGAGATATATA  250

seq1  ATCATATAATTGTTATTATTAAGTATGATGTTGGCCATTGAGGTTTCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATAATTGTTATTATTAAGTATGATGTTGGCCATTGAGGTTTCAAC  300

seq1  CCCTTCTTCATTTGTGGGTCCGCTGTTGGGCTGGTAATTGAGATAATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTCATTTGTGGGTCCGCTGTTGGGCTGGTAATTGAGATAATAGG  350

seq1  GGCTAAGGTACAGAAGAGGGAAAGTAATTGGGCGAGGGCATGCTTGCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGGTACAGAAGAGGGAAAGTAATTGGGCGAGGGCATGCTTGCTTG  400

seq1  GCTCCTACAGAACCCCGGGAGTCAGCGGCCTCGGTACCCCAGTGGTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTACAGAACCCCGGGAGTCAGCGGCCTCGGTACCCCAGTGGTTTGG  450

seq1  TTGGCATCTCTGGCTGACCCAGGAGATAATGATTCTCAAAGAATTTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCATCTCTGGCTGACCCAGGAGATAATGATTCTCAAAGAATTTCTGG  500

seq1  CACAGAGGAATCTGGCTCCATCCTCCTCCCTTCCCCACAGCCTCTGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGAATCTGGCTCCATCCTCCTCCCTTCCCCACAGCCTCTGCAGA  550

seq1  ATGTCTGGCTGGCATTGCTTGTGGGCAGGTTGTGTGGCACCCTGCCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGGCTGGCATTGCTTGTGGGCAGGTTGTGTGGCACCCTGCCTGCC  600

seq1  GTAGTCTTCATTGTGCCTGGGAACAGCAGAATTGGTGAGGGACAGCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTTCATTGTGCCTGGGAACAGCAGAATTGGTGAGGGACAGCAGAA  650

seq1  AGAGAAAGAGCAGACAGGATGGGGGCTGGGGGGG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGAGCAGACAGGATGGGGGCTGGGGGGG  684