BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319F04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 50,956,601 - 51,136,151
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcrn4l, Elf2
Upstream geneLOC100039628, LOC639469, Slc7a11, EG621304, LOC100039667
Downstream geneA630062H14, 4930583H14Rik, LOC669130, Ndufc1, Narg1, Rab33b, Setd7, LOC100039684, Mgst2, Maml3, LOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319F04.bB6Ng01-319F04.g
ACCGA108981GA108982
length1,0781,091
definitionB6Ng01-319F04.b B6Ng01-319F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,956,601 - 50,957,618)(51,135,127 - 51,136,151)
sequence
gaattcaagcccctggacctacatgaaggtagaaggagagaactaactcc
acaaaggtgtcctctgacctccaaatgaacttcgtggaatatgtgctcac
acacatacaccatgcacatgcatacacacacacatactatgcacccacac
acatacacacacgcagcatgaacacataccatgtactcacacacatacat
acacatataccatgcacacacatacatacacaatgcacacacatatacac
gtacaccatgaacacataccatgtactcacacacatacatacacacacat
accatgcacacacatacattatgtacaaccacacacaccgtgcacacaga
cacaccatacacacagacacacaatgtacacacaccaagcacgcacacac
atacaccatgcacacagacacaccatgcatacacacaccatgcactcaca
caaaaccacaccatgtatgcacacatacactcactcatatgcatacacac
acacacacaataataacacattttaaaaaaacaatataaaatgtaatttt
taaaaggcataagacctaaaaccaagagaaagaagaaaggagggagtcag
gatggagaggcagggaggaaaacatcagctctgcttgctcagcatccagg
tctctaactgaaagggaagaaccctgccagccctaggatccctgtaggac
tccagcccagcaagcgtggacctattctaatcggacatctctcacagagg
gaaaaggactcccactaagtgacatcttcccaggtgggtttttttgaagt
ctcttttcagaagaccatttacagatccaattacgcagctctgtggcctc
ctacccagctcagtttggcatactccagggcctggcccacaaccatgctg
tgtggtcgggcccttgatgtcccacgggggctcttaggagtcctagcatg
tagctgcacgtcttgatgggacactctgccacccaagctgccccttcctg
ttcctacagttgggcttattcccagtcatgctgcagcccaatggtgaggg
ctttcaagcctgattcaacaggtgtcag
gaattcactctgaagatcaggctggcctcgaactcacagagatttgtatg
cccctaccgcctaaattctagaattaaaagtatacctggtggggctggtt
ctctcctggactatttggagactgaacttggcaacaagtggttttttttt
ttttttttgtcttctggtttttccagacagggtttctctgtgtagccctg
gcatgcaccatcactgcccgatgacaagtgtcttaacccttaggccttaa
ctaaccttaatctagctggagggctgggattacaggaatgtaccacacag
tccctggctaacttaataaaccttgattttttcccccaattatttttaga
tttaatttatgtgtattagtgttttgcctgatatatctgtgtgaaagttg
tactatttgtgtgcctgatgcccacagaaggcggaagacagtgctgcatc
ccctgggactggatagttgtgggtgccaggaactgaacccagggctgctg
caagagcagcagatgctcttaactgccgagccatctctccagcccccctg
atgattatttcttgaaatatcttacctctccctgacctgctctgtagggt
aactgatttctagtcatgaattttcaagtttgttaagtgtggtattcaaa
tgtgttgagctttgttagtgaggtttttttttttttaaatttcttttatt
ttatgtgtgtgtgtcttttgccttcgtgcatatatgtgcatcatgacgga
catggcagtgcctgcgggggctgtgagccaccatgtgggtgctgggaacc
taacctggggtccttgcaagagcaacgattgcttctcatttcccgagcca
tctgtcccggctcctttcgctgattgacattgtttttgttttgttttgct
tgtttgttttgtttttgagaacaagggcttctcttgtgtagccctgggct
tgtcttagaatctcacaggactcaggactggtcctcgaactcatcagaag
atctgtctgcttctgcttcctgagatgtctgagattaaaggacatgcatc
accatgcccacatagattttaatttactgcttttaccatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_50956601_50957618
seq2: B6Ng01-319F04.b_103_1124

seq1  GTGTCCTCTGACCTCCAAATGAACTTCGTGGAATATGTGCTCACACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTCTGACCTCCAAATGAACTTCGTGGAATATGTGCTCACACACAT  50

seq1  ACACCATGCACATGCATACACACACACATACTATGCACCCACACACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATGCACATGCATACACACACACATACTATGCACCCACACACATAC  100

seq1  ACACACGCAGCATGAACACATACCATGTACTCACACACATACATACACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGCAGCATGAACACATACCATGTACTCACACACATACATACACAT  150

seq1  ATACCATGCACACACATACATACACAATGCACACACATATACACGTACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGCACACACATACATACACAATGCACACACATATACACGTACAC  200

seq1  CATGAACACATACCATGTACTCACACACATACATACACACACATACCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACACATACCATGTACTCACACACATACATACACACACATACCATG  250

seq1  CACACACATACATTATGTACAACCACACACACCGTGCACACAGACACACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACATTATGTACAACCACACACACCGTGCACACAGACACACC  300

seq1  ATACACACAGACACACAATGTACACACACCAAGCACGCACACACATACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAGACACACAATGTACACACACCAAGCACGCACACACATACAC  350

seq1  CATGCACACAGACACACCATGCATACACACACCATGCACTCACACAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACACAGACACACCATGCATACACACACCATGCACTCACACAAAAC  400

seq1  CACACCATGTATGCACACATACACTCACTCATATGCATACACACACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCATGTATGCACACATACACTCACTCATATGCATACACACACACAC  450

seq1  ACAATAATAACACATTTTAAAAAAACAATATAAAATGTAATTTTTAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATAACACATTTTAAAAAAACAATATAAAATGTAATTTTTAAAAG  500

seq1  GCATAAGACCTAAAACCAAGAGAAAGAAGAAAGGAGGGAGTCAGGATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGACCTAAAACCAAGAGAAAGAAGAAAGGAGGGAGTCAGGATGGA  550

seq1  GAGGCAGGGAGGAAAACATCAGCTCTGCTTGCTCAGCATCCAGGTCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGGAGGAAAACATCAGCTCTGCTTGCTCAGCATCCAGGTCTCTA  600

seq1  ACTGAAAGGGAAGAACCCTGCCAGCCCTAGGATCCCTGTAGGACTCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGGGAAGAACCCTGCCAGCCCTAGGATCCCTGTAGGACTCCAGC  650

seq1  CCAGCAAGCGTGGACCTATTCTAATCGGACATCTCTCACAGAGGGAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAGCGTGGACCTATTCTAATCGGACATCTCTCACAGAGGGAAAAG  700

seq1  GACTCCCACTAAGTGACATCTTCCCAGGTGGGTTTTTTTGAAGTCTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCACTAAGTGACATCTTCCCAGGTGGGTTTTTTTGAAGTCTCTTT  750

seq1  TCAGAAGACCATTTACAGATCCAATTACGCAGCTCTGTGGCCTCCTACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGACCATTTACAGATCCAATTACGCAGCTCTGTGGCCTCCTACCC  800

seq1  AGCTCAGTTTGGCATACTCCAGGGCCTGGCCCACAACCATGCTGTGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTTTGGCATACTCCAGGGCCTGGCCCACAACCATGCTGTGTGGT  850

seq1  CGGG-CCTTGATGTCCCACGGGGGCTCTTAGGAGTCCTAGCATGTAGCTG  899
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCCCTTGATGTCCCACGGGGGCTCTTAGGAGTCCTAGCATGTAGCTG  900

seq1  CACGTCTTGAT-GGACACTCTGCCACCCAAGCTGCCCCTTCCTGTTCCTA  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTCTTGATGGGACACTCTGCCACCCAAGCTGCCCCTTCCTGTTCCTA  950

seq1  CAGTTGGGCTTATTCCCAGTCATGCTGCAG-CCAAT-GTGAGGGCTTCAA  996
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |
seq2  CAGTTGGGCTTATTCCCAGTCATGCTGCAGCCCAATGGTGAGGGCTTTCA  1000

seq1  AGCCTGATTCAAACAGTGTCAG  1018
      ||||||||||||   |||||||
seq2  AGCCTGATTCAACAGGTGTCAG  1022

seq1: chr3_51135127_51136151
seq2: B6Ng01-319F04.g_112_1155 (reverse)

seq1  TAATGTTAAAAGCAGTAAAATTAAAAATCTATGTGGGCATGGTGATGCAT  50
      ||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTAAAAGCAGTAAA--TTAAAATCTATGTGGGCATGGTGATGCAT  48

seq1  GT-CTTTAATCTCAG-CA-CTCAGGGAGCAGAAGCAGACAGATC-TCTG-  95
      || |||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||| 
seq2  GTCCTTTAATCTCAGACATCTCAGGAAGCAGAAGCAGACAGATCTTCTGA  98

seq1  TGAGTTCGAGG-CCAGTCCTG-GTCCTGTGAG-TTCTAGGACA--GCCAG  140
      ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||   ||||
seq2  TGAGTTCGAGGACCAGTCCTGAGTCCTGTGAGATTCTAAGACAAGCCCAG  148

seq1  GGCTACAC-AGAGAAGCCCT--GTCTCAAAAAC-AAACAAACAAGC-AAA  185
      |||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||| |||
seq2  GGCTACACAAGAGAAGCCCTTGTTCTCAAAAACAAAACAAACAAGCAAAA  198

seq1  CAAAAC-AAAACAATGTC-ATCAGCG-AAGGAGCC-GGACAGATGGCTCG  231
      |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAAACAATGTCAATCAGCGAAAGGAGCCGGGACAGATGGCTCG  248

seq1  GGAATTGAG-AGCAATCGTTGCTCTTGCAAGGA-CCCAGGTTAGGTTCCC  279
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAGAAGCAATCGTTGCTCTTGCAAGGACCCCAGGTTAGGTTCCC  298

seq1  AGCACCCACATGGTGGCTCACAGCCCCCGCAGGCACTGCCATGTCCGTCA  329
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCACATGGTGGCTCACAGCCCCCGCAGGCACTGCCATGTCCGTCA  348

seq1  TGATGCACATATATGCACGAAGGCAAAAGACACACACACATAAAATAAAA  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCACATATATGCACGAAGGCAAAAGACACACACACATAAAATAAAA  398

seq1  GAAATTTAAAAAAAAAAAAACCTCACTAACAAAGCTCAACACATTTGAAT  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTAAAAAAAAAAAAACCTCACTAACAAAGCTCAACACATTTGAAT  448

seq1  ACCACACTTAACAAACTTGAAAATTCATGACTAGAAATCAGTTACCCTAC  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTTAACAAACTTGAAAATTCATGACTAGAAATCAGTTACCCTAC  498

seq1  AGAGCAGGTCAGGGAGAGGTAAGATATTTCAAGAAATAATCATCAGGGGG  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGTCAGGGAGAGGTAAGATATTTCAAGAAATAATCATCAGGGGG  548

seq1  GCTGGAGAGATGGCTCGGCAGTTAAGAGCATCTGCTGCTCTTGCAGCAGC  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGATGGCTCGGCAGTTAAGAGCATCTGCTGCTCTTGCAGCAGC  598

seq1  CCTGGGTTCAGTTCCTGGCACCCACAACTATCCAGTCCCAGGGGATGCAG  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTCAGTTCCTGGCACCCACAACTATCCAGTCCCAGGGGATGCAG  648

seq1  CACTGTCTTCCGCCTTCTGTGGGCATCAGGCACACAAATAGTACAACTTT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTTCCGCCTTCTGTGGGCATCAGGCACACAAATAGTACAACTTT  698

seq1  CACACAGATATATCAGGCAAAACACTAATACACATAAATTAAATCTAAAA  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGATATATCAGGCAAAACACTAATACACATAAATTAAATCTAAAA  748

seq1  ATAATTGGGGGAAAAAATCAAGGTTTATTAAGTTAGCCAGGGACTGTGTG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGGGGGAAAAAATCAAGGTTTATTAAGTTAGCCAGGGACTGTGTG  798

seq1  GTACATTCCTGTAATCCCAGCCCTCCAGCTAGATTAAGGTTAGTTAAGGC  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTCCTGTAATCCCAGCCCTCCAGCTAGATTAAGGTTAGTTAAGGC  848

seq1  CTAAGGGTTAAGACACTTGTCATCGGGCAGTGATGGTGCATGCCAGGGCT  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGTTAAGACACTTGTCATCGGGCAGTGATGGTGCATGCCAGGGCT  898

seq1  ACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAACCAGAAGACAAAAAAAAAAAAAAA  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAACCAGAAGACAAAAAAAAAAAAAAA  948

seq1  AACCACTTGTTGCCAAGTTCAGTCTCCAAATAGTCCAGGAGAGAACCAGC  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTTGTTGCCAAGTTCAGTCTCCAAATAGTCCAGGAGAGAACCAGC  998

seq1  CCCACCAGGTATACTTTTAATTCTAGAATTTAGGCGGTAGGGGCAT  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAGGTATACTTTTAATTCTAGAATTTAGGCGGTAGGGGCAT  1044