BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319P15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 31,300,392 - 31,411,039
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMds1, LOC100040727, LOC100040734, LOC100040749, Arpm1, Mynn, Lrrc34, 4930558O21Rik, E230002P03Rik, Samd7, Tloc1, Gpr160, Phc3, LOC100040809, Prkci, Skil, Cldn11, Slc7a14
Downstream geneLOC625125, Kcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319P15.bB6Ng01-319P15.g
ACCGA109473GA109474
length1,0831,127
definitionB6Ng01-319P15.b B6Ng01-319P15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,300,392 - 31,301,474)(31,409,903 - 31,411,039)
sequence
gaattcatggaggagtgttgcttactgccttgcttcctatggcttgctca
ccttgctttcttatatacccagaaccacctgctcaggtgtgctgtgaccc
tcaatagttttggccctctcacatcaatcagtaattaagaccacgtctca
cagacttgctcatgggccaatcctatggagtcattcctcaatgtggcttc
agataaattggtcaggtctgtcaaagcaatatcccactccctcataccaa
gttttgtttcttattgttagtgttatttttgtttgcttgttttttttttg
tttgtttgtttctttgtttttgatttttagtttagtttttttttttttca
agattgtatttctctgtgtagctctggccgtcctagagcttgctctgtag
accaggctggcatcaaactcaaagatttgcctgcctcttcctcccgagtg
ctaacacactaacaaaaaaacaaccaagacaagcttcctagaggataaga
acccctcttagcagcaaagtatgacagcaagccacatgctggagtgagat
gctgaggacttccatgttgaactgcaagcaagaccagaggaagtggacag
ggacttatgtgtggctttgaacctcagatcctgttccaatgacacacttc
ctccatccaggccacattttctaagctttccagaatacccttcccagcta
aggaccaagtattcaaacagtcaaacatctgagcctttgtggggcattct
cattctagccatcaaaactacctatctgtatattgattacctattgtctg
tctgtctgtctataaacccatccatccattatctaccatctatctaccta
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcttctgtca
tctatctatattgagatccgcttttggtccagagacttatagtaggacat
ctattaaatagatctcatccacagattcactggaaactgcagaaatggga
tgcttcttgtgatgttcatctacttgtgacttgagtttgagtctcctctt
tgttgcctcatactttgtgatgccaccctgcat
gaattctttgcctgtatgtgggatgtgttctacctgggctactttgctgg
cttcaatgggatatgaatcacctaaccttgtagacttgaagtgccatggt
atgagttgagggtgggcagggataaaggggcaggggaagaaaaaaagaaa
aaaaatagagtcacaagattaaggagttcaattacaaggacgagctacac
atggcaaatacatgtatatccatagagtcatgtaaatagcaagagatgaa
gtaaattcacacctatcctctacccctgggtggagcacaaaaatacattc
ccagtacaattctgtgtttgaagaaactgaggctacaagattcacatctt
gttttcctggagctgtctcacacacattcagaattttcatacaactccat
tctggaactatattctgacaaatgggcataactgtttcaattttgggggc
ttgcatgacttaccatgaagtaaatatcctcagtttactacacattgttc
aagaggaaccaactgattctctcagcactgccaagtgaattatattcaaa
tttataattgctgatagagaaataatgtttgaagactaagtattttcctt
gatcttttagttaagtgtttgttctaagggagtaagtagaatgatattta
aatacagacaaaatatctgtataatccaaacctccattacctgactgaaa
ttaactaaccttgcgtcaatggatactttggtcatttacctcaatctatc
agttcccatattacaaagtttatggatacatattttgaatacattctaaa
tagtaatgaatatttgtaggattcaaattctgtaataaagattttaaaga
ctgctttgctactctgggtgtgagggagccataaaggggatggtatacca
gtcgagcaaaaccatctaaaataatgaacaaactcaataactcaaagata
tgacaaaaagtatatgagacaacactctacaaaatatcactgagttcatt
atgtgttttatcatctctgtagcatggggcctaccctgagtgtgctgcat
acccattatattcccagcagaagaaaaatattttttacattacagccatg
tatcactgtggttagcctagggaatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_31300392_31301474
seq2: B6Ng01-319P15.b_50_1132

seq1  GAATTCATGGAGGAGTGTTGCTTACTGCCTTGCTTCCTATGGCTTGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGAGGAGTGTTGCTTACTGCCTTGCTTCCTATGGCTTGCTCA  50

seq1  CCTTGCTTTCTTATATACCCAGAACCACCTGCTCAGGTGTGCTGTGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTTTCTTATATACCCAGAACCACCTGCTCAGGTGTGCTGTGACCC  100

seq1  TCAATAGTTTTGGCCCTCTCACATCAATCAGTAATTAAGACCACGTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAGTTTTGGCCCTCTCACATCAATCAGTAATTAAGACCACGTCTCA  150

seq1  CAGACTTGCTCATGGGCCAATCCTATGGAGTCATTCCTCAATGTGGCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGCTCATGGGCCAATCCTATGGAGTCATTCCTCAATGTGGCTTC  200

seq1  AGATAAATTGGTCAGGTCTGTCAAAGCAATATCCCACTCCCTCATACCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAATTGGTCAGGTCTGTCAAAGCAATATCCCACTCCCTCATACCAA  250

seq1  GTTTTGTTTCTTATTGTTAGTGTTATTTTTGTTTGCTTGTTTTTTTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTCTTATTGTTAGTGTTATTTTTGTTTGCTTGTTTTTTTTTTG  300

seq1  TTTGTTTGTTTCTTTGTTTTTGATTTTTAGTTTAGTTTTTTTTTTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTCTTTGTTTTTGATTTTTAGTTTAGTTTTTTTTTTTTTCA  350

seq1  AGATTGTATTTCTCTGTGTAGCTCTGGCCGTCCTAGAGCTTGCTCTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTATTTCTCTGTGTAGCTCTGGCCGTCCTAGAGCTTGCTCTGTAG  400

seq1  ACCAGGCTGGCATCAAACTCAAAGATTTGCCTGCCTCTTCCTCCCGAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTGGCATCAAACTCAAAGATTTGCCTGCCTCTTCCTCCCGAGTG  450

seq1  CTAACACACTAACAAAAAAACAACCAAGACAAGCTTCCTAGAGGATAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACACTAACAAAAAAACAACCAAGACAAGCTTCCTAGAGGATAAGA  500

seq1  ACCCCTCTTAGCAGCAAAGTATGACAGCAAGCCACATGCTGGAGTGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCTTAGCAGCAAAGTATGACAGCAAGCCACATGCTGGAGTGAGAT  550

seq1  GCTGAGGACTTCCATGTTGAACTGCAAGCAAGACCAGAGGAAGTGGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGACTTCCATGTTGAACTGCAAGCAAGACCAGAGGAAGTGGACAG  600

seq1  GGACTTATGTGTGGCTTTGAACCTCAGATCCTGTTCCAATGACACACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTATGTGTGGCTTTGAACCTCAGATCCTGTTCCAATGACACACTTC  650

seq1  CTCCATCCAGGCCACATTTTCTAAGCTTTCCAGAATACCCTTCCCAGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCAGGCCACATTTTCTAAGCTTTCCAGAATACCCTTCCCAGCTA  700

seq1  AGGACCAAGTATTCAAACAGTCAAACATCTGAGCCTTTGTGGGGCATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAAGTATTCAAACAGTCAAACATCTGAGCCTTTGTGGGGCATTCT  750

seq1  CATTCTAGCCATCAAAACTACCTATCTGTATATTGATTACCTATTGTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGCCATCAAAACTACCTATCTGTATATTGATTACCTATTGTCTG  800

seq1  TCTGTCTGTCTATAAACCCATCCATCCATTATCTACCATCTATCTACCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTATAAACCCATCCATCCATTATCTACCATCTATCTACCTA  850

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCTGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTCTGTCA  900

seq1  TCTATCTATATTGAGATCCGCTCTTGGTCCAGAGAC-TATAGTAGGAACA  949
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TCTATCTATATTGAGATCCGCTTTTGGTCCAGAGACTTATAGTAGG-ACA  949

seq1  TCTAATTAAATAGATCTCATCCACAGATTCACTGGAAACTGCAGAAATGG  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCT-ATTAAATAGATCTCATCCACAGATTCACTGGAAACTGCAGAAATGG  998

seq1  GATGCT--CTGTGATGTTCCATCTACTTGTGGCCTTGAGTTTGAGTCTCC  1047
      ||||||   ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||
seq2  GATGCTTCTTGTGATGTT-CATCTACTTGT-GACTTGAGTTTGAGTCTCC  1046

seq1  TC-TTGTCTGCTCATACTTTGTGATGCCACCCTGCAT  1083
      || ||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTTGCCTCATACTTTGTGATGCCACCCTGCAT  1083

seq1: chr3_31409903_31411039
seq2: B6Ng01-319P15.g_69_1195 (reverse)

seq1  ATATTCCCCTAGCTAACAACAGTTGATACATGCTTGTAAATGTAAAAAAT  50
      ||||||||   |||||| |||| |||||||||  ||| ||||||||||||
seq2  ATATTCCCTAGGCTAACCACAG-TGATACATGGCTGT-AATGTAAAAAAT  48

seq1  ATTTTTTCTCTGCT-GGAATATTAATGGGTATGCAACCACACTTCAGGGT  99
      ||||||  |||||| |||||| |||||||||||| | ||||| |||||||
seq2  ATTTTTCTTCTGCTGGGAATA-TAATGGGTATGC-AGCACAC-TCAGGGT  95

seq1  AGGCCCCATGCCTACAGAAGATGAT-AAACACATAATGAACTCAGTGATA  148
      |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCATG-CTACAG-AGATGATAAAACACATAATGAACTCAGTGATA  143

seq1  TTTTTGTAGAGTGTTTGTCTCATATTACTTTTTGTCATATCTTTGAGTTA  198
       |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTGTAGAGTG-TTGTCTCATA-TACTTTTTGTCATATCTTTGAGTTA  190

seq1  TTTGAGTTTTGTTCATTTATTTTAGATGGTTTTGCTCGACTGGTATACCA  248
       ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTGAG-TTTGTTCA-TTATTTTAGATGGTTTTGCTCGACTGGTATACCA  237

seq1  TCCCC-TTATGGCTCCCTCACACCCAGAGTAGCAAAGCAGTCTTTAAAAT  297
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTTATGGCTCCCTCACACCCAGAGTAGCAAAGCAGTCTTTAAAAT  287

seq1  CTTTATTACAGAATTTGAATCCTACAAATATTCATTACTATTTAGAATGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTACAGAATTTGAATCCTACAAATATTCATTACTATTTAGAATGT  337

seq1  ATTCAAAATATGTATCCATAAACTTTGTAATATGGGAACTGATAGATTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAATATGTATCCATAAACTTTGTAATATGGGAACTGATAGATTGA  387

seq1  GGTAAATGACCAAAGTATCCATTGACGCAAGGTTAGTTAATTTCAGTCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATGACCAAAGTATCCATTGACGCAAGGTTAGTTAATTTCAGTCAG  437

seq1  GTAATGGAGGTTTGGATTATACAGATATTTTGTCTGTATTTAAATATCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGAGGTTTGGATTATACAGATATTTTGTCTGTATTTAAATATCAT  487

seq1  TCTACTTACTCCCTTAGAACAAACACTTAACTAAAAGATCAAGGAAAATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTACTCCCTTAGAACAAACACTTAACTAAAAGATCAAGGAAAATA  537

seq1  CTTAGTCTTCAAACATTATTTCTCTATCAGCAATTATAAATTTGAATATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCTTCAAACATTATTTCTCTATCAGCAATTATAAATTTGAATATA  587

seq1  ATTCACTTGGCAGTGCTGAGAGAATCAGTTGGTTCCTCTTGAACAATGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTTGGCAGTGCTGAGAGAATCAGTTGGTTCCTCTTGAACAATGTG  637

seq1  TAGTAAACTGAGGATATTTACTTCATGGTAAGTCATGCAAGCCCCCAAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAACTGAGGATATTTACTTCATGGTAAGTCATGCAAGCCCCCAAAA  687

seq1  TTGAAACAGTTATGCCCATTTGTCAGAATATAGTTCCAGAATGGAGTTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACAGTTATGCCCATTTGTCAGAATATAGTTCCAGAATGGAGTTGT  737

seq1  ATGAAAATTCTGAATGTGTGTGAGACAGCTCCAGGAAAACAAGATGTGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATTCTGAATGTGTGTGAGACAGCTCCAGGAAAACAAGATGTGAA  787

seq1  TCTTGTAGCCTCAGTTTCTTCAAACACAGAATTGTACTGGGAATGTATTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTAGCCTCAGTTTCTTCAAACACAGAATTGTACTGGGAATGTATTT  837

seq1  TTGTGCTCCACCCAGGGGTAGAGGATAGGTGTGAATTTACTTCATCTCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTCCACCCAGGGGTAGAGGATAGGTGTGAATTTACTTCATCTCTT  887

seq1  GCTATTTACATGACTCTATGGATATACATGTATTTGCCATGTGTAGCTCG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTACATGACTCTATGGATATACATGTATTTGCCATGTGTAGCTCG  937

seq1  TCCTTGTAATTGAACTCCTTAATCTTGTGACTCTATTTTTTTTCTTTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAATTGAACTCCTTAATCTTGTGACTCTATTTTTTTTCTTTTTT  987

seq1  TCTTCCCCTGCCCCTTTATCCCTGCCCACCCTCAACTCATACCATGGCAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCCTGCCCCTTTATCCCTGCCCACCCTCAACTCATACCATGGCAC  1037

seq1  TTCAAGTCTACAAGGTTAGGTGATTCATATCCCATTGAAGCCAGCAAAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTCTACAAGGTTAGGTGATTCATATCCCATTGAAGCCAGCAAAGT  1087

seq1  AGCCCAGGTAGAACACATCCCACATACAGGCAAAGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGTAGAACACATCCCACATACAGGCAAAGAATTC  1127