BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320E04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 43,089,204 - 43,199,938
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039204, LOC100039219, LOC677788
Downstream geneLOC100039264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320E04.bB6Ng01-320E04.g
ACCGA109675GA109676
length1,0081,080
definitionB6Ng01-320E04.b B6Ng01-320E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,089,204 - 43,089,761)(43,198,850 - 43,199,938)
sequence
gaattcaggaggaatggctaactggggtgcctattaacatatcaatgcag
atattgttttatttttatttattcacttaacatcctgctcacttagtgcc
cacctgctggtcacccttgcccaaatcctcccctaacccatctgctcctc
ctctcctctgagagggtgaggttcttctggtatcccaagatcctggaaca
tcaagtctctgcagggctatgggcatcctcttccactgaggtcagacaag
gcagtccactagaagtacatattccatggacaggaaacagcctttcggat
agctactgcttctgtggttcaggactcacatgaaagccaagcttcacatc
tgctacatatgtgtaggaaggccaaggtccagtctgtgtatgttctttgt
ttggtggttcattctctgaaagcaataagggtacaggtttgttcacacta
ttggtattcctctggagttcctatctcctttgggacctatgatcctgtgc
cctgcaatttcagaagaatccccaagctccttccactatttggctgtggt
tgccttcatccatctgctgggtgaagcctctcagaggacagccatgctaa
ggcacaaacaagggttcttgaatctcacttagaagaaggaataacatagt
catgaaaaggcagatagacaaaggaacctggatggtaaaggggatgcaaa
ggggaacaggggatataggatcaggagtgcagtggcacaggaaatatagc
cagatgaccagaagaatgaaaatctcaagtgacagggatggggacgtggg
ggacatccccaagaagtgacagagacctgggaaaatggaggcacccaaga
attaatggggtgattttagctgtgactcacagcattgtgaataaggaacc
taaagaggccaactcctatcgctagacagaaactccagtggggcaatagg
acaccgacccacccacaaaacttcaacccaaaatttatcctgtttacaga
actgcatg

gaattcaatgctggaaatatgaatcagtatgtaaagtactttctagttaa
atataaagacttggatttgtgtccaccgattagtgtgaaatattaggcaa
agcagtgtgaaccccaaagccaagccataaggaaagggatccaggtggaa
caagggatccaggtggatgataaggactctgtggccaagcagctgatcta
acccaaggacaagctccagtttcagaaagggaggcaccaaacacctaact
actaatatccatgcactaatgcactaatgagtacatgcacatgtgtgcat
gcttgttctcacctacaaacacacatacacacacacatatatatatatat
agagagagacagagagagaaagacagagacagagatagatacaaatacac
cacaaagctgtattttaaagactctacttatatagataaagcaaacatgg
taaaaaaaaaaaaaaaaaaaggagggtgatgtacatgtaactgaactgat
tgaagtcttatcatcatcctcagtcagcaattttatttgagacccttctc
atcaatacgcctgagaagtggtgttgtcttgctgtttgatattgtttgtg
aggtttctcttttacacgtagaaagaccgaagaacagatattttcgtata
tttcaagagccatgtgcttcccttatttttataattgatgtcccacccta
tgctccttgaaactattaactttgtcagctgacatcatacagatgtcctt
cttttgttttctgagggttaacatgaaaattaagcatgtttgattttttt
ttatcttatataatttttcaattagtaaattccaggtagtgttaagttct
aaatttagaatatgtttgcataatatgtagtatcataagtacatactatg
tatttctgagctctaatacctcatggaatccctaaccttatataaaattt
aagcatctaacattgctgctagtggtccattctcaatatgtactgtcatt
taatgtaaaataagcaatataaaaatcccaatttataggtatattctaga
agcaaagagatatacaatatggtggtactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_43089204_43089761
seq2: B6Ng01-320E04.b_44_601

seq1  GAATTCAGGAGGAATGGCTAACTGGGGTGCCTATTAACATATCAATGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAGGAATGGCTAACTGGGGTGCCTATTAACATATCAATGCAG  50

seq1  ATATTGTTTTATTTTTATTTATTCACTTAACATCCTGCTCACTTAGTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTTTATTTTTATTTATTCACTTAACATCCTGCTCACTTAGTGCC  100

seq1  CACCTGCTGGTCACCCTTGCCCAAATCCTCCCCTAACCCATCTGCTCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTGGTCACCCTTGCCCAAATCCTCCCCTAACCCATCTGCTCCTC  150

seq1  CTCTCCTCTGAGAGGGTGAGGTTCTTCTGGTATCCCAAGATCCTGGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCTGAGAGGGTGAGGTTCTTCTGGTATCCCAAGATCCTGGAACA  200

seq1  TCAAGTCTCTGCAGGGCTATGGGCATCCTCTTCCACTGAGGTCAGACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTCTGCAGGGCTATGGGCATCCTCTTCCACTGAGGTCAGACAAG  250

seq1  GCAGTCCACTAGAAGTACATATTCCATGGACAGGAAACAGCCTTTCGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCACTAGAAGTACATATTCCATGGACAGGAAACAGCCTTTCGGAT  300

seq1  AGCTACTGCTTCTGTGGTTCAGGACTCACATGAAAGCCAAGCTTCACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGCTTCTGTGGTTCAGGACTCACATGAAAGCCAAGCTTCACATC  350

seq1  TGCTACATATGTGTAGGAAGGCCAAGGTCCAGTCTGTGTATGTTCTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATATGTGTAGGAAGGCCAAGGTCCAGTCTGTGTATGTTCTTTGT  400

seq1  TTGGTGGTTCATTCTCTGAAAGCAATAAGGGTACAGGTTTGTTCACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTTCATTCTCTGAAAGCAATAAGGGTACAGGTTTGTTCACACTA  450

seq1  TTGGTATTCCTCTGGAGTTCCTATCTCCTTTGGGACCTATGATCCTGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTCCTCTGGAGTTCCTATCTCCTTTGGGACCTATGATCCTGTGC  500

seq1  CCTGCAATTTCAGAAGAATCCCCAAGCTCCTTCCACTATTTGGCTGTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAATTTCAGAAGAATCCCCAAGCTCCTTCCACTATTTGGCTGTGGT  550

seq1  TGCCTTCA  558
      ||||||||
seq2  TGCCTTCA  558


seq1: chr3_43198850_43199938
seq2: B6Ng01-320E04.g_66_1145 (reverse)

seq1  AAGTACCCCACCATATTTGGTATAATCTCTTTGCTTTCTAAGAAATTATA  50
      |||||  ||||||||||  |||| |||||||||| |||| ||||  ||||
seq2  AAGTA--CCACCATATT--GTAT-ATCTCTTTGC-TTCT-AGAA--TATA  41

seq1  -CTATAAATTGGGATTTTTATATGGCTTA-TTTACATTAAATGACAAGTA  98
       |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CCTATAAATTGGGATTTTTATATTGCTTATTTTACATTAAATGAC-AGTA  90

seq1  CAATATTGAGAATGGACCACTAGCAGCAATGTTAGATGCTTTAAAATTTT  148
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  C-ATATTGAGAATGGACCACTAGCAGCAATGTTAGATGCTT--AAATTTT  137

seq1  ATATAA-GTTAGGGATTCCATGAGGTATTAGAGCTCAGAAATACATAGTA  197
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGGTTAGGGATTCCATGAGGTATTAGAGCTCAGAAATACATAGTA  187

seq1  TGTACTTATGATACTACATATTATGCAAACATATTCTAAATTTAGAACTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTATGATACTACATATTATGCAAACATATTCTAAATTTAGAACTT  237

seq1  AACACTACCTGGAATTTACTAATTGAAAAATTATATAAGAT-AAAAAAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACACTACCTGGAATTTACTAATTGAAAAATTATATAAGATAAAAAAAAA  287

seq1  TCAAACATGCTTAATTTTCATGTTAACCCTCAGAAAACAAAAGAAGGACA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACATGCTTAATTTTCATGTTAACCCTCAGAAAACAAAAGAAGGACA  337

seq1  TCTGTATGATGTCAGCTGACAAAGTTAATAGTTTCAAGGAGCATAGGGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATGATGTCAGCTGACAAAGTTAATAGTTTCAAGGAGCATAGGGTG  387

seq1  GGACATCAATTATAAAAATAAGGGAAGCACATGGCTCTTGAAATATACGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCAATTATAAAAATAAGGGAAGCACATGGCTCTTGAAATATACGA  437

seq1  AAATATCTGTTCTTCGGTCTTTCTACGTGTAAAAGAGAAACCTCACAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTGTTCTTCGGTCTTTCTACGTGTAAAAGAGAAACCTCACAAAC  487

seq1  AATATCAAACAGCAAGACAACACCACTTCTCAGGCGTATTGATGAGAAGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAAACAGCAAGACAACACCACTTCTCAGGCGTATTGATGAGAAGG  537

seq1  GTCTCAAATAAAATTGCTGACTGAGGATGATGATAAGACTTCAATCAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAATAAAATTGCTGACTGAGGATGATGATAAGACTTCAATCAGTT  587

seq1  CAGTTACATGTACATCACCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCATGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACATGTACATCACCCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCATGTT  637

seq1  TGCTTTATCTATATAAGTAGAGTCTTTAAAATACAGCTTTGTGGTGTATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATCTATATAAGTAGAGTCTTTAAAATACAGCTTTGTGGTGTATT  687

seq1  TGTATCTATCTCTGTCTCTGTCTTTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATATATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTATCTCTGTCTCTGTCTTTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATATATA  737

seq1  TATATATGTGTGTGTGTATGTGTGTTTGTAGGTGAGAACAAGCATGCACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTGTGTGTGTATGTGTGTTTGTAGGTGAGAACAAGCATGCACA  787

seq1  CATGTGCATGTACTCATTAGTGCATTAGTGCATGGATATTAGTAGTTAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATGTACTCATTAGTGCATTAGTGCATGGATATTAGTAGTTAGG  837

seq1  TGTTTGGTGCCTCCCTTTCTGAAACTGGAGCTTGTCCTTGGGTTAGATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTGCCTCCCTTTCTGAAACTGGAGCTTGTCCTTGGGTTAGATCA  887

seq1  GCTGCTTGGCCACAGAGTCCTTATCATCCACCTGGATCCCTTGTTCCACC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTGGCCACAGAGTCCTTATCATCCACCTGGATCCCTTGTTCCACC  937

seq1  TGGATCCCTTTCCTTATGGCTTGGCTTTGGGGTTCACACTGCTTTGCCTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCTTTCCTTATGGCTTGGCTTTGGGGTTCACACTGCTTTGCCTA  987

seq1  ATATTTCACACTAATCGGTGGACACAAATCCAAGTCTTTATATTTAACTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCACACTAATCGGTGGACACAAATCCAAGTCTTTATATTTAACTA  1037

seq1  GAAAGTACTTTACATACTGATTCATATTTCCAGCATTGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTACTTTACATACTGATTCATATTTCCAGCATTGAATTC  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |