BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323A23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 125,911,856 - 126,057,659
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdst4, Ugt8a
Downstream geneArsj, Camk2d, Ank2, LOC100043749
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323A23.bB6Ng01-323A23.g
ACCGA111738GA111739
length1,1671,091
definitionB6Ng01-323A23.b B6Ng01-323A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,911,856 - 125,913,040)(126,056,567 - 126,057,659)
sequence
gaattctttaagaaattatcttactctacttttcaaactaatataataaa
tgaactacatttattcagatatgtttatcctcaaaagtatttaatgttgc
cttgacatgtttttaacatgtgtgttgcatccccaggcctcattttgtgt
gcaatgaacagtcttgcacatttctcaggaagtttttctgtaagacttag
agaggttttactttccagatagaattgcacagaatttgcatatacacata
taacttgacaaagtaactgccaagtagctgttcagattcgtttctcaggc
atcttctcagcagctgtgaaaagagtatctcttgccaatgtgcttgctga
tattcgatattatccaacttttactgtcacactggttaatgcaactgata
ctcattgctgctatatacaggtaccatagtcctggtttccaggaagcagt
ttaatgctctttttgtgtctttttaaagtgaacgtttaaattattcttcc
aatttttggtatctgaaaatatcaaatatattcatcctttttttttcaga
atttctgttacatttcacacactctggtgtatccttcctccctatcctac
tgagctctggatggttggcacaggtatttaatggctttaaatatccattc
cagtcctgtgggatatcaatagatggtaaataattgaatctatacatctt
tgagaggctatggaagtcctctaagtggagaaactagtgcatgcttagtg
tgaaggatctgttgtgtatgtcagaaataaatatgaactttgtatatttt
gtactgtaatgaaacatgtttgaatatatgtaagtattatttcattcttc
aaattgctacatatttaactaagtaaggtatctaaaaatctacatgtctt
aatcacaatatatgccctgaaatagagacatggtcaggagttgttatgac
ataaacagagtaaaacagcactttcagagtttagagctaaactcatgctc
aagctgtttgtgctatttatgattctttttctaagaatcttgtgaccctc
ctatgagtacaccgaaaatagctctttactttacctttgggaagaaaatg
gatgtgactatgatggcttcattctttagaaaaatggtttaacttagaat
tctatacaagctcagtt

gaattcaagcagggcaggaacctgaaggcaggaaagtggcacagtgctgt
tcaggagtggccctatttccagtagactgggccctcccacttcagttact
aatttaaatgcttcacaagcttgcctacagcccaaccttatgggggaggc
atttccttaactgaggctccctccttcacaaggactctagcttgtgtcaa
gttgacacagaactaggcagcacagttagatatgagcatgtcagtgatat
gaaagcagcaaaactaaattcaaaatgaaacaaaactattttattttcac
tataaaacacgaaaaacagttaagcatgtatggaattaaaaagaattctt
tcaagttcataaaaaaaataccttccaataactctgtaaaatgtttggac
ccagttaatataaatagggatgagcgacaaggaaataagtcttcttagta
gtgaggactataaaataagcagcataaaacatgtttattatcttgaaatg
atcaattatactgctttataatgtggaatgttggtgagattagaatgaag
ctggtctttacatctctaagcaaacaattcaggagaataaagaaggtaaa
tctatgaaactggttaccatggcactagctcaacagaaaacatgataatt
atttaggaaagtagcttacatacatttggggacatccaaatgatgcaata
ctatgatcattagaagtgtttaaatataataaaaattaaattattttaca
atgcatcaaaaacatacagtattttctatgttaaacctataagttgcatt
taaatatttatgttaattccagaagataaatatttttttttaaattagtc
aggttgagtcactgggagagatagtgttaaacagaagagaggatcataag
aaatgggggagggaaagaacaccagctggacagagtggagatcccttccc
tgggcacagggaggccatcaactctgtctgcagggttagggttagggtcc
atgcaatgtctctcatgaatatagagcaagtccttaatttttcttgagtg
tgtgctcaataataaaaagagatgaggttccagggcccaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_125911856_125913040
seq2: B6Ng01-323A23.b_46_1212

seq1  GAATTCTTTAAGAAATTATCTTACTCTACTTTTCAAACTAATATAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAGAAATTATCTTACTCTACTTTTCAAACTAATATAATAAA  50

seq1  TGAACTACATTTATTCAGATATGTTTATCCTCAAAAGTATTTAATGTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACATTTATTCAGATATGTTTATCCTCAAAAGTATTTAATGTTGC  100

seq1  CTTGACATGTTTTTAACATGTGTGTTGCATCCCCAGGCCTCATTTTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACATGTTTTTAACATGTGTGTTGCATCCCCAGGCCTCATTTTGTGT  150

seq1  GCAATGAACAGTCTTGCACATTTCTCAGGAAGTTTTTCTGTAAGACTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAACAGTCTTGCACATTTCTCAGGAAGTTTTTCTGTAAGACTTAG  200

seq1  AGAGGTTTTACTTTCCAGATAGAATTGCACAGAATTTGCATATACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTTTACTTTCCAGATAGAATTGCACAGAATTTGCATATACACATA  250

seq1  TAACTTGACAAAGTAACTGCCAAGTAGCTGTTCAGATTCGTTTCTCAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGACAAAGTAACTGCCAAGTAGCTGTTCAGATTCGTTTCTCAGGC  300

seq1  ATCTTCTCAGCAGCTGTGAAAAGAGTATCTCTTGCCAATGTGCTTGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCAGCAGCTGTGAAAAGAGTATCTCTTGCCAATGTGCTTGCTGA  350

seq1  TATTCGATATTATCCAACTTTTACTGTCACACTGGTTAATGCAACTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCGATATTATCCAACTTTTACTGTCACACTGGTTAATGCAACTGATA  400

seq1  CTCATTGCTGCTATATACAGGTACCATAGTCCTGGTTTCCAGGAAGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGCTGCTATATACAGGTACCATAGTCCTGGTTTCCAGGAAGCAGT  450

seq1  TTAATGCTCTTTTTGTGTCTTTTTAAAGTGAACGTTTAAATTATTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTCTTTTTGTGTCTTTTTAAAGTGAACGTTTAAATTATTCTTCC  500

seq1  AATTTTTGGTATCTGAAAATATCAAATATATTCATCCTTTTTTTTTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGGTATCTGAAAATATCAAATATATTCATCCTTTTTTTTTCAGA  550

seq1  ATTTCTGTTACATTTCACACACTCTGGTGTATCCTTCCTCCCTATCCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTTACATTTCACACACTCTGGTGTATCCTTCCTCCCTATCCTAC  600

seq1  TGAGCTCTGGATGGTTGGCACAGGTATTTAATGGCTTTAAATATCCATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCTGGATGGTTGGCACAGGTATTTAATGGCTTTAAATATCCATTC  650

seq1  CAGTCCTGTGGGATATCAATAGATGGTAAATAATTGAATCTATACATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGTGGGATATCAATAGATGGTAAATAATTGAATCTATACATCTT  700

seq1  TGAGAGGCTATGGAAGTCCTCTAAGTGGAGAAACTAGTGCATGCTTAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGCTATGGAAGTCCTCTAAGTGGAGAAACTAGTGCATGCTTAGTG  750

seq1  TGAAGGATCTGTTGTGTATGTCAGAAATAAATATGAACTTTGTATATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATCTGTTGTGTATGTCAGAAATAAATATGAACTTTGTATATTTT  800

seq1  GTACTGTAATGAAACATGTTTGAATATATGTAAGTATTATTTCATTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTAATGAAACATGTTTGAATATATGTAAGTATTATTTCATTCTTC  850

seq1  AAATTGCTACATATTTAACTAAGTAAGGTATCTAAAAATCTACATGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTACATATTTAACTAAGTAAGGTATCTAAAAATCTACATGTCTT  900

seq1  AATCACAATATATGCCCTGAAATAGAGACATGGTCAGGGAGTTGTTATGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATCACAATATATGCCCTGAAATAGAGACATGGTCA-GGAGTTGTTATGA  949

seq1  CATAAACAGAGTAAAAACAGCACCTTCCAGAGTTTAGAAGCTAAACTCAT  1000
      |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CATAAACAGAGT-AAAACAGCA-CTTTCAGAGTTTAG-AGCTAAACTCAT  996

seq1  GCTCAAAGCTGTTTGTGCTATTTATGAATTCTTTTTTCCTAAG-ATC-TG  1048
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||| ||
seq2  GCTC-AAGCTGTTTGTGCTATTTATG-ATTCTTTTT--CTAAGAATCTTG  1042

seq1  TGACACTCCTATGGAGTACACC-AAAATAGCTCTTTAACTTTA-CTTTGG  1096
      |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TGACCCTCCTAT-GAGTACACCGAAAATAGCTCTTT-ACTTTACCTTTGG  1090

seq1  GAAG-AAATGAATGTGACTAGTATTGTTTTTAATCCTTTTAAGAAAAAAA  1145
      |||| ||||| |||||||||  || |   || || ||||    | |||||
seq2  GAAGAAAATGGATGTGACTATGATGG--CTTCATTCTTT----AGAAAAA  1134

seq1  TGTGTTATATAATTAAGATATACCCTATACAAGCTCAGTT  1185
      || |||   ||| | |||   |  ||||||||||||||||
seq2  TG-GTT---TAACTTAGA---ATTCTATACAAGCTCAGTT  1167


seq1: chr3_126056567_126057659
seq2: B6Ng01-323A23.g_64_1154 (reverse)

seq1  TTTGGGCCTGGGA--CTCATCTCTTTTTATGTATTTGAAGCCACCAACAC  48
      ||||||||  |||  ||||||||||||||| || ||||   |||  ||||
seq2  TTTGGGCCCTGGAACCTCATCTCTTTTTAT-TA-TTGA--GCAC--ACAC  44

seq1  TC-AGAAAAATTAAGGGACTTGCTCTATA-TCATGAGGAGACATTGCATG  96
      || ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| 
seq2  TCAAGAAAAATTAA-GGACTTGCTCTATATTCATGA-GAGACATTGCAT-  91

seq1  GGACCCTAACCCTAACCCTGCAGAACAGGAGTTGATGGCCTCCCTGTGCC  146
      ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTAACCCTAACCCTGCAG-ACA-GAGTTGATGGCCTCCCTGTGCC  139

seq1  CA-GGAAGGG-TCTCCACTCTGTCCAGCTGGTGTTCTTTCC--TCCCCAT  192
      || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  CAGGGAAGGGATCTCCACTCTGTCCAGCTGGTGTTCTTTCCCTCCCCCAT  189

seq1  TTCTTATGATCCTCTCTTCTGTTTAACACTATCTCTCCCAGTGACTCAAC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGATCCTCTCTTCTGTTTAACACTATCTCTCCCAGTGACTCAAC  239

seq1  CTGACTAATTT-AAAAAAAATATTTATCTTCTGGAATTAACATAAATATT  291
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAATTTAAAAAAAAATATTTATCTTCTGGAATTAACATAAATATT  289

seq1  TAAATGCAACTTATAGGTTTAACATAGAAAATACTGTATGTTTTTGATGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAACTTATAGGTTTAACATAGAAAATACTGTATGTTTTTGATGC  339

seq1  ATTGTAAAATAATTTAATTTTTATTATATTTAAACACTTCTAATGATCAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAAATAATTTAATTTTTATTATATTTAAACACTTCTAATGATCAT  389

seq1  AGTATTGCATCATTTGGATGTCCCCAAATGTATGTAAGCTACTTTCCTAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGCATCATTTGGATGTCCCCAAATGTATGTAAGCTACTTTCCTAA  439

seq1  ATAATTATCATGTTTTCTGTTGAGCTAGTGCCATGGTAACCAGTTTCATA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTATCATGTTTTCTGTTGAGCTAGTGCCATGGTAACCAGTTTCATA  489

seq1  GATTTACCTTCTTTATTCTCCTGAATTGTTTGCTTAGAGATGTAAAGACC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACCTTCTTTATTCTCCTGAATTGTTTGCTTAGAGATGTAAAGACC  539

seq1  AGCTTCATTCTAATCTCACCAACATTCCACATTATAAAGCAGTATAATTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATTCTAATCTCACCAACATTCCACATTATAAAGCAGTATAATTG  589

seq1  ATCATTTCAAGATAATAAACATGTTTTATGCTGCTTATTTTATAGTCCTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCAAGATAATAAACATGTTTTATGCTGCTTATTTTATAGTCCTC  639

seq1  ACTACTAAGAAGACTTATTTCCTTGTCGCTCATCCCTATTTATATTAACT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAAGAAGACTTATTTCCTTGTCGCTCATCCCTATTTATATTAACT  689

seq1  GGGTCCAAACATTTTACAGAGTTATTGGAAGGTATTTTTTTTATGAACTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCAAACATTTTACAGAGTTATTGGAAGGTATTTTTTTTATGAACTT  739

seq1  GAAAGAATTCTTTTTAATTCCATACATGCTTAACTGTTTTTCGTGTTTTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTCTTTTTAATTCCATACATGCTTAACTGTTTTTCGTGTTTTA  789

seq1  TAGTGAAAATAAAATAGTTTTGTTTCATTTTGAATTTAGTTTTGCTGCTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAAATAAAATAGTTTTGTTTCATTTTGAATTTAGTTTTGCTGCTT  839

seq1  TCATATCACTGACATGCTCATATCTAACTGTGCTGCCTAGTTCTGTGTCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATCACTGACATGCTCATATCTAACTGTGCTGCCTAGTTCTGTGTCA  889

seq1  ACTTGACACAAGCTAGAGTCCTTGTGAAGGAGGGAGCCTCAGTTAAGGAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACACAAGCTAGAGTCCTTGTGAAGGAGGGAGCCTCAGTTAAGGAA  939

seq1  ATGCCTCCCCCATAAGGTTGGGCTGTAGGCAAGCTTGTGAAGCATTTAAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCCCCCATAAGGTTGGGCTGTAGGCAAGCTTGTGAAGCATTTAAA  989

seq1  TTAGTAACTGAAGTGGGAGGGCCCAGTCTACTGGAAATAGGGCCACTCCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAACTGAAGTGGGAGGGCCCAGTCTACTGGAAATAGGGCCACTCCT  1039

seq1  GAACAGCACTGTGCCACTTTCCTGCCTTCAGGTTCCTGCCCTGCTTGAAT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCACTGTGCCACTTTCCTGCCTTCAGGTTCCTGCCCTGCTTGAAT  1089

seq1  TC  1093
      ||
seq2  TC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |