BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326M01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,771,878 - 122,922,789
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSynpo2
Upstream geneAbca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2
Downstream geneSec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3, LOC100043333
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326M01.bB6Ng01-326M01.g
ACCGA114485GA114486
length7471,154
definitionB6Ng01-326M01.b B6Ng01-326M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,771,878 - 122,772,623)(122,921,611 - 122,922,789)
sequence
gaattcacagtttatgcaattacccaacaagttggttttgcttcccatac
tgagataacaccagggagagggtgactagtaccagttggcaaggtaggaa
ctgaagtagatgctgtagacctagacaagagcctgctgaggtgcaaagga
acatggatagcaaaactgggggaatggactgatgataaccctctagagga
gcagtgggaactgagcaagagactggttagtactgacaaggccaatggcc
ttcaggagggcagaaaagaggcaagcgaaagtagttcaatataacaaagt
ctcagtgtggggtgtaactatgaagacctgcagagggaaagacatggcct
gaggccactttgataatccaagtagagagagaagaatgtggagttggaag
ggaggtggtaacatgaatggagtgtttctgtgctccactgggcgactatg
gcctaatgtactttccttatcgatggtacaaaatactgataaaaacaact
taaagaaggaatgcttgagatgggatgcagtctatcaccgtgggaaggga
aggcattgagagcatctctggctattgtggtaggagcctgaagcagctgg
gctcatccaacccattattaaattattattcaaattattattcaatctat
ggcttattatattgcaactgtagacaatgagtagttaccatgaaaaccac
aaactatgattgctatctcctcctcttcctcttcctcttcctcctcc
gaattctcctgtctctacctcccatctttcagtagccatttgggggttgt
aggtgtacacttctttgttgaacttttataagggttctggggatccaaac
tcaagacttcacactttaacaattgctttatccacagacctatacttcca
gtctccaaaattatatagtctagcccaggcttgattggaactcactatgt
agactaggcttgccttgagctcacagagatcactctgtctctgcctctgt
agctctgggattaaatgtgtgcttctacacattactaaaattatatattt
ctaaggcaaaataaggttaaatgagtgagccatttaaaatggtatggatt
ttaaaagatctaccacaataaaattgatttattacttattcacacattag
taaatgactgtaacagttatgtaactgtcaagctgcatttacagcgagag
gactttatctttgtggcttcatctcctcgctttgagatggctatagtgag
agctgtgttgacaagacttgtttatagggttagaaattatacatgataat
tacttgaagaaacggtcaagattttaaaaatctgttagtaatcaccttgg
tggtttttgaactttaaaaaaaaaatcaactttgtgcagtcaaggctttg
attccggggagtattggcaaggcgtagctctttgtcctcttcctgggagg
tggtgttaatggttccagaatgtcatctcttttttatgggatgctccatg
ttttagggttttattgctgtgatgaaacaccatgatcacagcaactttta
taaaggaaaatatttacttgggaccggcttacagttcagaggtttagttc
agtattatcatggcgggaagcatggcagcatgtggggcagacataatgct
gggaggaagagctgagagttctacatcttaatcagcaagttagcatgaga
gaactgacttgagcttctgagatcacaaagccctccccacagtcatacac
ttctcacagccacacctcttgcacaaggccacacctcccgcagcaggcac
acctctgcagcaggcatgccttctattattgtcctcgtagctagcagtcg
cacacttgactatgtactttctatccaactcgatcctattcagtctttgg
ttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122771878_122772623
seq2: B6Ng01-326M01.b_51_797

seq1  GAATTCACAGTTTATGCAATTACCCAACAAGTTGGTTTTGCTTCCCATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTTTATGCAATTACCCAACAAGTTGGTTTTGCTTCCCATAC  50

seq1  TGAGATAACACCAGGGAGAGGGTGACTAGTACCAGTTGGCAAGGTAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAACACCAGGGAGAGGGTGACTAGTACCAGTTGGCAAGGTAGGAA  100

seq1  CTGAAGTAGATGCTGTAGACCTAGACAAGAGCCTGCTGAGGTGCAAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTAGATGCTGTAGACCTAGACAAGAGCCTGCTGAGGTGCAAAGGA  150

seq1  ACATGGATAGCAAAACTGGGGGAATGGACTGATGATAACCCTCTAGAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATAGCAAAACTGGGGGAATGGACTGATGATAACCCTCTAGAGGA  200

seq1  GCAGTGGGAACTGAGCAAGAGACTGGTTAGTACTGACAAGGCCAATGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGAACTGAGCAAGAGACTGGTTAGTACTGACAAGGCCAATGGCC  250

seq1  TTCAGGAGGGCAGAAAAGAGGCAAGCGAAAGTAGTTCAATATAACAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAGGGCAGAAAAGAGGCAAGCGAAAGTAGTTCAATATAACAAAGT  300

seq1  CTCAGTGTGGGGTGTAACTATGAAGACCTGCAGAGGGAAAGACATGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTGGGGTGTAACTATGAAGACCTGCAGAGGGAAAGACATGGCCT  350

seq1  GAGGCCACTTTGATAATCCAAGTAGAGAGAGAAGAATGTGGAGTTGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCACTTTGATAATCCAAGTAGAGAGAGAAGAATGTGGAGTTGGAAG  400

seq1  GGAGGTGGTAACATGAATGGAGTGTTTCTGTGCTCCACTGGGCGACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGTAACATGAATGGAGTGTTTCTGTGCTCCACTGGGCGACTATG  450

seq1  GCCTAATGTACTTTCCTTATCGATGGTACAAAATACTGATAAAAACAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATGTACTTTCCTTATCGATGGTACAAAATACTGATAAAAACAACT  500

seq1  TAAAGAAGGAATGCTTGAGATGGGATGCAGTCTATCACCGTGGGAAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAGGAATGCTTGAGATGGGATGCAGTCTATCACCGTGGGAAGGGA  550

seq1  AGGCATTGAGAGCATCTCTGGCTATTGTGGTAGGAGCCTGAAGCAGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGAGAGCATCTCTGGCTATTGTGGTAGGAGCCTGAAGCAGCTGG  600

seq1  GCTCATCCAACCCATTATTAAATTATTATTCAAATTATTATTCAATCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCCAACCCATTATTAAATTATTATTCAAATTATTATTCAATCTAT  650

seq1  GGCTTATTATATTGCAACTGTAGACAATGAGTAGTTACCATGAAAACCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATTATATTGCAACTGTAGACAATGAGTAGTTACCATGAAAACCAC  700

seq1  -AACTATGATTGCTATCTCCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTCC  746
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATGATTGCTATCTCCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTCC  747

seq1: chr3_122921611_122922789
seq2: B6Ng01-326M01.g_64_1217 (reverse)

seq1  CCAACCAAAGAATG-ATAGGGTGTCGGGTTTTGAATAGGAATAGTTCCCA  49
      ||||||||||| || |||||   ||| |  ||| ||||  | |||   ||
seq2  CCAACCAAAGACTGAATAGG--ATCGAG--TTGGATAG--AAAGT--ACA  42

seq1  TAGCTCAGGTGTGCGACTGCTTGGCCCTTAGGGAGTGCCACTATTAGGAG  99
      ||| ||| ||||||||||||| |   |     ||| | || || ||| ||
seq2  TAG-TCAAGTGTGCGACTGCTAGCTAC-----GAG-GACAATAATAGAAG  85

seq1  GCATGGCCTTGCTGCAGGAGGTGTGGCCTTGCTGCGGGAGGTGTGGCCTT  149
      |||||  | ||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||
seq2  GCATG--CCTGCTGCA-GAGGTGTG--CCTGCTGCGGGAGGTGTGGCCTT  130

seq1  GTTGCAAGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTATGACTGTGGGGGAGG  199
      | |||||||||||||||  |||  || ||||||||||||||| |||||||
seq2  G-TGCAAGAGGTGTGGC--TGT--GA-GAAGTGTATGACTGT-GGGGAGG  173

seq1  GCTTTGTGATCTCAGAAGCTCAAGTCAGTTCTTCTCCTGCT-ACCTGCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||
seq2  GCTTTGTGATCTCAGAAGCTCAAGTCAGTTC-TCTCATGCTAACTTGCTG  222

seq1  ATTAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTTCCT-CCAGCATTATGTCTG-CCC  296
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||
seq2  ATTAAGATGTAGAACTCTCAGCT-CTTCCTCCCAGCATTATGTCTGCCCC  271

seq1  ACATGCTGCCATGCTTCCCGCCATGATAATACTGAACTAAACCTCTGAAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGCCATGCTTCCCGCCATGATAATACTGAACTAAACCTCTGAAC  321

seq1  TGTAAGCCGGTCCCAAGTAAATATTTTCCTTTATAAAAGTTGCTGTGATC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCGGTCCCAAGTAAATATTTTCCTTTATAAAAGTTGCTGTGATC  371

seq1  ATGGTGTTTCATCACAGCAATAAAACCCTAAAACATGGAGCATCCCATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTTCATCACAGCAATAAAACCCTAAAACATGGAGCATCCCATAA  421

seq1  AAAAGAGATGACATTCTGGAACCATTAACACCACCTCCCAGGAAGAGGAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGATGACATTCTGGAACCATTAACACCACCTCCCAGGAAGAGGAC  471

seq1  AAAGAGCTACGCCTTGCCAATACTCCCCGGAATCAAAGCCTTGACTGCAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCTACGCCTTGCCAATACTCCCCGGAATCAAAGCCTTGACTGCAC  521

seq1  AAAGTTGATTTTTTTTTTAAAGTTCAAAAACCACCAAGGTGATTACTAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGATTTTTTTTTTAAAGTTCAAAAACCACCAAGGTGATTACTAAC  571

seq1  AGATTTTTAAAATCTTGACCGTTTCTTCAAGTAATTATCATGTATAATTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTAAAATCTTGACCGTTTCTTCAAGTAATTATCATGTATAATTT  621

seq1  CTAACCCTATAAACAAGTCTTGTCAACACAGCTCTCACTATAGCCATCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCTATAAACAAGTCTTGTCAACACAGCTCTCACTATAGCCATCTC  671

seq1  AAAGCGAGGAGATGAAGCCACAAAGATAAAGTCCTCTCGCTGTAAATGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGAGGAGATGAAGCCACAAAGATAAAGTCCTCTCGCTGTAAATGCA  721

seq1  GCTTGACAGTTACATAACTGTTACAGTCATTTACTAATGTGTGAATAAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGACAGTTACATAACTGTTACAGTCATTTACTAATGTGTGAATAAGT  771

seq1  AATAAATCAATTTTATTGTGGTAGATCTTTTAAAATCCATACCATTTTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCAATTTTATTGTGGTAGATCTTTTAAAATCCATACCATTTTAA  821

seq1  ATGGCTCACTCATTTAACCTTATTTTGCCTTAGAAATATATAATTTTAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCACTCATTTAACCTTATTTTGCCTTAGAAATATATAATTTTAGT  871

seq1  AATGTGTAGAAGCACACATTTAATCCCAGAGCTACAGAGGCAGAGACAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTAGAAGCACACATTTAATCCCAGAGCTACAGAGGCAGAGACAGA  921

seq1  GTGATCTCTGTGAGCTCAAGGCAAGCCTAGTCTACATAGTGAGTTCCAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTCTGTGAGCTCAAGGCAAGCCTAGTCTACATAGTGAGTTCCAAT  971

seq1  CAAGCCTGGGCTAGACTATATAATTTTGGAGACTGGAAGTATAGGTCTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGGGCTAGACTATATAATTTTGGAGACTGGAAGTATAGGTCTGT  1021

seq1  GGATAAAGCAATTGTTAAAGTGTGAAGTCTTGAGTTTGGATCCCCAGAAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAGCAATTGTTAAAGTGTGAAGTCTTGAGTTTGGATCCCCAGAAC  1071

seq1  CCTTATAAAAGTTCAACAAAGAAGTGTACACCTACAACCCCCAAATGGCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATAAAAGTTCAACAAAGAAGTGTACACCTACAACCCCCAAATGGCT  1121

seq1  ACTGAAAGATGGGAGGTAGAGACAGGAGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGATGGGAGGTAGAGACAGGAGAATTC  1154