BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326N09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 27,415,037 - 27,482,604
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFndc3b
Upstream geneSpata16, LOC665258, Ect2, Aadacl1, LOC100040527, Tnfsf10, Ghsr
Downstream geneE030011K20Rik, Pld1, Tnik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326N09.bB6Ng01-326N09.g
ACCGA114544GA114545
length8391,157
definitionB6Ng01-326N09.b B6Ng01-326N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,415,037 - 27,415,874)(27,481,248 - 27,482,604)
sequence
gaattcaagcgtccatcataagtgaggtcattaaatctttgctgtgggtc
actaactctccaggccctagacgactgcttggcacagggactctagccaa
atgaggaacacagtcccccgcacagacattgggctttattttctcagtgt
gaggaaacaagtgtgaacttaaagccatcatgatggagagatctgttaag
gaaggaaccttagaaaatcttagcatcacatcgaatatctctaagacaaa
actgtgccagaaatctgtggatccacactgtcacatgagatacaaacata
cattagcaaaatatactcaacaataaccttaatttaatggagactagaaa
tatttccgcagacaaaccaagtgtgcttggcagttgcctcaggggtcatg
atgtgtgctgtcacactatggggctcgggtgtaatctggggaattactga
tgtaaagaagaattcttagaccttactgcagaggacaggatcttaaactg
tgacttacaaccacacatgaggttggagaactgaaggtgggggctttgaa
ataccagacaacagtaaagaaggcttctgattgaacaatagtcaaaactt
aactcaggactgagttagcaaggaatctgcagtgctgccctctgctgccg
tatgagcctcatgttagctgaacaagcaacgctgaggtttgaatgtgaag
tgccggccaccccgcccccccccccccccaggcttgggggcttgaacata
ctatactgtctccagctggtggtagagtttcagatggctgtggagcctat
ctgagatggagcctggagagaagtggatggggggtgggg

gaattctaggacagcccggactacatagagagaccctatctcaaaatcca
aaccaatccaaaccaaaccaaacaaacaaaataaaattagaactcaacct
gaagaatatacatcgagtcctacctaacagcttatttttattaaattttt
caccacgcacttcattttatgtttctatacatgcacagggttgcatgtgc
tgtggtacacacacagaggtcggctctctccttccaacatggggttctta
gggattgatcccaggccatcattcttggcaacagcgccctttacccactg
ggccatctcaacagcctcctatttttatttgaagcagcatttgatgcaga
gtagcccagcacagtcctccttgcttgttcctatgtagagtggtgaggct
gaagttggggtcggtgagtttccagtccagggctctacactgagcacgct
gtagatggtttgctctcggtcattcattctagatcccgggtatcaggaca
tgcttagtgtgggggtcttcacacgcctccttccaccgaggcacttttaa
tacagcgtgtccctttgcctttgctcatggctctattgtgtgcacccctg
tttccttgctgcatgttctccttacctgctggaagaagggacttaggaat
gagtgctcatgcagaacagggaagccgaacacacttgctcggctttacaa
ccggggaactctgcattttccttaacactaatatttgctcagggaaaata
gtgaccttgtctaaataatacattttgatcataacaacttgatgctcaca
gttgtttctaatttttaaaacatcatttactgttttatcatggttctctc
ttaaaagggagaatgcagaaaggtttaaattcctatattgtcatagtaac
agcatagttgtcaggatgaggaagaaatgttttgtacttgagataaagtt
gtaggggttcacacctccgctctgtcccctgcaatgccctcataggttat
tggctagctttccatttcaaattttctgtgcaagctgctcttatttcacc
actgaatcacaatggcaacaggtactctcttctattttagagccatgaaa
tagtgcgtcttttcccttataataatgtatgctcgaatccaagctgtgag
gactgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_27415037_27415874
seq2: B6Ng01-326N09.b_49_887

seq1  GAATTCAAGCGTCCATCATAAGTGAGGTCATTAAATCTTTGCTGTGGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCGTCCATCATAAGTGAGGTCATTAAATCTTTGCTGTGGGTC  50

seq1  ACTAACTCTCCAGGCCCTAGACGACTGCTTGGCACAGGGACTCTAGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTCTCCAGGCCCTAGACGACTGCTTGGCACAGGGACTCTAGCCAA  100

seq1  ATGAGGAACACAGTCCCCCGCACAGACATTGGGCTTTATTTTCTCAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAACACAGTCCCCCGCACAGACATTGGGCTTTATTTTCTCAGTGT  150

seq1  GAGGAAACAAGTGTGAACTTAAAGCCATCATGATGGAGAGATCTGTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAACAAGTGTGAACTTAAAGCCATCATGATGGAGAGATCTGTTAAG  200

seq1  GAAGGAACCTTAGAAAATCTTAGCATCACATCGAATATCTCTAAGACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAACCTTAGAAAATCTTAGCATCACATCGAATATCTCTAAGACAAA  250

seq1  ACTGTGCCAGAAATCTGTGGATCCACACTGTCACATGAGATACAAACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCCAGAAATCTGTGGATCCACACTGTCACATGAGATACAAACATA  300

seq1  CATTAGCAAAATATACTCAACAATAACCTTAATTTAATGGAGACTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCAAAATATACTCAACAATAACCTTAATTTAATGGAGACTAGAAA  350

seq1  TATTTCCGCAGACAAACCAAGTGTGCTTGGCAGTTGCCTCAGGGGTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCCGCAGACAAACCAAGTGTGCTTGGCAGTTGCCTCAGGGGTCATG  400

seq1  ATGTGTGCTGTCACACTATGGGGCTCGGGTGTAATCTGGGGAATTACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGCTGTCACACTATGGGGCTCGGGTGTAATCTGGGGAATTACTGA  450

seq1  TGTAAAGAAGAATTCTTAGACCTTACTGCAGAGGACAGGATCTTAAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGAAGAATTCTTAGACCTTACTGCAGAGGACAGGATCTTAAACTG  500

seq1  TGACTTACAACCACACATGAGGTTGGAGAACTGAAGGTGGGGGCTTTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTACAACCACACATGAGGTTGGAGAACTGAAGGTGGGGGCTTTGAA  550

seq1  ATACCAGACAACAGTAAAGAAGGCTTCTGATTGAACAATAGTCAAAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGACAACAGTAAAGAAGGCTTCTGATTGAACAATAGTCAAAACTT  600

seq1  AACTCAGGACTGAGTTAGCAAGGAATCTGCAGTGCTGCCCTCTGCTGCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGACTGAGTTAGCAAGGAATCTGCAGTGCTGCCCTCTGCTGCCG  650

seq1  TATGAGCCTCATGTTAGCTGAACAAGCAACGCTGAGGTTTGAATGTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCCTCATGTTAGCTGAACAAGCAACGCTGAGGTTTGAATGTGAAG  700

seq1  TGCCGGCCACCCCGCCCCCCCCCCCCCCCAGGCTTGGGGGCTTGAACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGCCACCCCGCCCCCCCCCCCCCCCAGGCTTGGGGGCTTGAACATA  750

seq1  CTATACTGTCTCCAGCTGGTGGTAGAGTTTCAGATGGCTGTGGAGCCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTGTCTCCAGCTGGTGGTAGAGTTTCAGATGGCTGTGGAGCCTAT  800

seq1  CTGAGATGGAGCCTGGAGAGAAGTGGAT-GGGGGTGGGG  838
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGAGATGGAGCCTGGAGAGAAGTGGATGGGGGGTGGGG  839


seq1: chr3_27481248_27482604
seq2: B6Ng01-326N09.g_65_1221 (reverse)

seq1  TCCAGTCCTCACAACTGTAAGCTCCAACAACCTGTTCAGCTACTTAACTT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CATTGATTTTTCTATCTGCACACAGGTGTGTAGCTAAGTGAACAAGCCTC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  GGAATACCACTATCCCTGTTAGTGAATAATGAAAGATTTCCAAAGTCACA  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AACATTACAGTATTTCAGATTTTTAAAGAAGCAAAGAAAAACAAGTCTTC  200
                                               | |||| ||
seq2  ----------------------------------------TCCAGTCCTC  10

seq1  ACAGCTCTGGTTTTCTGGAGCCATCACTTATTATTAGAGAAAAGACGGCA  250
      |||||| ||| |   | ||| |||   ||||||| || |||||||| |||
seq2  ACAGCT-TGGAT---TCGAG-CATACATTATTATAAGGGAAAAGAC-GCA  54

seq1  CTATTTTCATGCTCCAAAAATAGAAGAGAGTACCTGTTGCCATGGTGA-T  299
      ||| |||||||   | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  CTA-TTTCATGGCTCTAAAATAGAAGAGAGTACCTGTTGCCATTGTGATT  103

seq1  CAGTGGTGGAAATAAGAGCAGCCTGCCACAGAAAATTTGAAATGGAAAGC  349
      ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGTGGT-GAAATAAGAGCAGCTTG-CACAGAAAATTTGAAATGGAAAG-  150

seq1  CTAGCCAATTACCTATGAAGGGCATTGCAGGGGACAGAGCGGAGGTGTGA  399
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAATAACCTATG-AGGGCATTGCAGGGGACAGAGCGGAGGTGTGA  199

seq1  ACCCCCTACAACTTTATCTCAAGTACAAAACATTTCTTCCTCATCCTGAC  449
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CCCCTACAACTTTATCTCAAGTACAAAACATTTCTTCCTCATCCTGAC  248

seq1  AACTATGCTGTTACTATGACAATATAGGAA-TTAAACCTTTCTGCATTCT  498
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACTATGCTGTTACTATGACAATATAGGAATTTAAACCTTTCTGCATTCT  298

seq1  CCCTTTTAAGAGAGAACCATGATAAAACAGTAAATGATGTTTTAAAAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTAAGAGAGAACCATGATAAAACAGTAAATGATGTTTTAAAAATT  348

seq1  AGAAACAACTGTGAGCATCAAGTTGTTATGATCAAAATGTATTATTTAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAACTGTGAGCATCAAGTTGTTATGATCAAAATGTATTATTTAGA  398

seq1  CAAGGTCACTATTTTCCCTGAGCAAATATTAGTGTTAAGGAAAATGCAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCACTATTTTCCCTGAGCAAATATTAGTGTTAAGGAAAATGCAGA  448

seq1  GTTCCCCGGTTGTAAAGCCGAGCAAGTGTGTTCGGCTTCCCTGTTCTGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCCGGTTGTAAAGCCGAGCAAGTGTGTTCGGCTTCCCTGTTCTGCA  498

seq1  TGAGCACTCATTCCTAAGTCCCTTCTTCCAGCAGGTAAGGAGAACATGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACTCATTCCTAAGTCCCTTCTTCCAGCAGGTAAGGAGAACATGCA  548

seq1  GCAAGGAAACAGGGGTGCACACAATAGAGCCATGAGCAAAGGCAAAGGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAAACAGGGGTGCACACAATAGAGCCATGAGCAAAGGCAAAGGGA  598

seq1  CACGCTGTATTAAAAGTGCCTCGGTGGAAGGAGGCGTGTGAAGACCCCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCTGTATTAAAAGTGCCTCGGTGGAAGGAGGCGTGTGAAGACCCCCA  648

seq1  CACTAAGCATGTCCTGATACCCGGGATCTAGAATGAATGACCGAGAGCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGCATGTCCTGATACCCGGGATCTAGAATGAATGACCGAGAGCAA  698

seq1  ACCATCTACAGCGTGCTCAGTGTAGAGCCCTGGACTGGAAACTCACCGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTACAGCGTGCTCAGTGTAGAGCCCTGGACTGGAAACTCACCGAC  748

seq1  CCCAACTTCAGCCTCACCACTCTACATAGGAACAAGCAAGGAGGACTGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTTCAGCCTCACCACTCTACATAGGAACAAGCAAGGAGGACTGTG  798

seq1  CTGGGCTACTCTGCATCAAATGCTGCTTCAAATAAAAATAGGAGGCTGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTACTCTGCATCAAATGCTGCTTCAAATAAAAATAGGAGGCTGTT  848

seq1  GAGATGGCCCAGTGGGTAAAGGGCGCTGTTGCCAAGAATGATGGCCTGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCCCAGTGGGTAAAGGGCGCTGTTGCCAAGAATGATGGCCTGGG  898

seq1  ATCAATCCCTAAGAACCCCATGTTGGAAGGAGAGAGCCGACCTCTGTGTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCCCTAAGAACCCCATGTTGGAAGGAGAGAGCCGACCTCTGTGTG  948

seq1  TGTACCACAGCACATGCAACCCTGTGCATGTATAGAAACATAAAATGAAG  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACAGCACATGCAACCCTGTGCATGTATAGAAACATAAAATGAAG  998

seq1  TGCGTGGTGAAAAATTTAATAAAAATAAGCTGTTAGGTAGGACTCGATGT  1248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGGTGAAAAATTTAATAAAAATAAGCTGTTAGGTAGGACTCGATGT  1048

seq1  ATATTCTTCAGGTTGAGTTCTAATTTTATTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTT  1298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTCAGGTTGAGTTCTAATTTTATTTTGTTTGTTTGGTTTGGTTT  1098

seq1  GGATTGGTTTGGATTTTGAGATAGGGTCTCTCTATGTAGTCCGGGCTGTC  1348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGTTTGGATTTTGAGATAGGGTCTCTCTATGTAGTCCGGGCTGTC  1148

seq1  CTAGAATTC  1357
      |||||||||
seq2  CTAGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |