BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327D12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 5,355,531 - 5,468,822
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfhx4
Upstream geneLOC620283
Downstream genePxmp3, EG620382, EG667759, LOC100041165, LOC100041193, EG620570, LOC100041214, LOC383818
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327D12.bB6Ng01-327D12.g
ACCGA114825GA114826
length8741,128
definitionB6Ng01-327D12.b B6Ng01-327D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,467,955 - 5,468,822)(5,355,531 - 5,356,653)
sequence
gaattctgttctaatgagagacaaaaggtgagtttatctggagggggaag
gaggtggggagaaacaggaaggagtagaaggactagaaattataatctgg
atatattgtatgagaaaataattcagtaaaagaaaaaatctaattttcta
cactgtataagcatgtgactttatactgctgtggcactaaggtcatatga
tcataatctatgatatatatggttcaacagaaaaaatctgagacttcaaa
agtcgaccatcacacagtcatccacattaaggagatcagtgagaaatgca
aaagagtgttgtttccctgtctttcctaaaagactgaaaactccccatga
gccataactgccctgctcccaatttacttgggaccatacagtaataccaa
tacagaatagcccttggtagatatttggtgaaggaatgaatggaatgtgt
gccaaactaaaaggtatcagctccagctctatgtgaatcaacttgtgcct
tttcaatttaatgccagagagcttgaacatcagcacacatgctggggagc
aggtcattcttctatgagatgctttatttatccctacatctttcagacaa
gcagaggcaatgtgctccaggaaggagagtgggatgctgggtgtcgagtc
tcaagggtttaattcgcagctccaaatctcaccagctttcaaggcctttg
ggcaagtcacttaacctcttttctgagcagaaataataccacctttctcc
caggagcacaccaaggcatgtttgattgatggcttagctcttagagtctt
tgatgaaatgtgctgaatggctgccaagtaattatgactgctaataataa
ataatgtttttctcaacacagtcc

gaattctggaataaatgctattggggcagattgagttgataaaagaattt
cagaaattagatacaacctgcttcccaccccttacaggactcacttcact
ggcctgtctggcaggtactgcctgtgctttctcatgactcagtcactatg
gttcatcataggaaagcaggccttcttcccaatccccattacattccatc
tcactcaaaaaacatgaagtgtcatcctttgagaaacaagacttctaggt
ccagaccatttaatgtcttatgccattaagatgctgaggacagaatacat
ggatgaggaagctgcgtgaaattcctgtgactcggccaatgtgtcccagg
gagctctctacacatttattcaaaaggaactcggcaacactctccaaagc
cctcagtgaggacagtgaatgcagccagttcggattgtgtgaaaaatggg
actaaggatatatgaaggaaaaactttaacaaatatttttgcagggaatg
aaactgattaaagtaatgatcattttatgggaccgaacagacattttacg
tatgaccaccaaatagatattttcacttagatccatactttttttatgat
ataatttgcactttttagcttttgagtaaaaggaagcactcaacttttaa
ttattttgttaaatgtatccatagtttgaatattaaaatatttagtttct
gtagtcagttctaagagcccttagagatcttaagtctaatttgcatactg
gggtgaaagccaaatccctttccatttttttttaaaacccataccagcca
atccacaaagatgccttgtcacctctttgatgtgataaggaagtgttaaa
tcaaagggaatcccctattgggaggcacctagggacagaatggtgcttaa
gccaattgttggtactcatgagtgtttagacagagaacacacatctctct
cggatatcagagaggctatggcaggcatcctctgcacctgctatcactta
attagtatcatcagctgagttctaaatgaaaaattacagcagcatgcact
ttcttagttaaatataaatgtcagaaatatattcatggctacattatacc
caattatcatgagctatgactgtggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_5467955_5468822
seq2: B6Ng01-327D12.b_45_918 (reverse)

seq1  GGACTGTGTT-AGAAAAACATTA-TTATTATTAGCAGTCATAA-TACTTG  47
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGACTGTGTTGAGAAAAACATTATTTATTATTAGCAGTCATAATTACTTG  50

seq1  GCAGCCATTCAGCACATTTCATCAAAGACTCTAAGAGCTAAGCCATCAAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATTCAGCACATTTCATCAAAGACTCTAAGAGCTAAGCCATCAAT  100

seq1  CAAACATGCCTTGGTGTGCTCCTGGGAG-AAGGTGGTATTATTTCTGCTC  146
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGCCTTGGTGTGCTCCTGGGAGAAAGGTGGTATTATTTCTGCTC  150

seq1  AGAAAAGAGGTTAAGTGACTTGCCC-AAGGCCTTG-AAGCTGGTGAGATT  194
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGAAAAGAGGTTAAGTGACTTGCCCAAAGGCCTTGAAAGCTGGTGAGATT  200

seq1  TGGAGCTGCGAATTAAACCCTTGAGACTCGACACCCAGCATCCCACTCTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGCGAATTAAACCCTTGAGACTCGACACCCAGCATCCCACTCTC  250

seq1  CTTCCTGGAGCACATTGCCTCTGCTTGTCTGAAAGATGTAGGGATAAATA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGAGCACATTGCCTCTGCTTGTCTGAAAGATGTAGGGATAAATA  300

seq1  AAGCATCTCATAGAAGAATGACCTGCTCCCCAGCATGTGTGCTGATGTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATCTCATAGAAGAATGACCTGCTCCCCAGCATGTGTGCTGATGTTC  350

seq1  AAGCTCTCTGGCATTAAATTGAAAAGGCACAAGTTGATTCACATAGAGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTCTGGCATTAAATTGAAAAGGCACAAGTTGATTCACATAGAGCT  400

seq1  GGAGCTGATACCTTTTAGTTTGGCACACATTCCATTCATTCCTTCACCAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGATACCTTTTAGTTTGGCACACATTCCATTCATTCCTTCACCAA  450

seq1  ATATCTACCAAGGGCTATTCTGTATTGGTATTACTGTATGGTCCCAAGTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACCAAGGGCTATTCTGTATTGGTATTACTGTATGGTCCCAAGTA  500

seq1  AATTGGGAGCAGGGCAGTTATGGCTCATGGGGAGTTTTCAGTCTTTTAGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGAGCAGGGCAGTTATGGCTCATGGGGAGTTTTCAGTCTTTTAGG  550

seq1  AAAGACAGGGAAACAACACTCTTTTGCATTTCTCACTGATCTCCTTAATG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGGGAAACAACACTCTTTTGCATTTCTCACTGATCTCCTTAATG  600

seq1  TGGATGACTGTGTGATGGTCGACTTTTGAAGTCTCAGATTTTTTCTGTTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGACTGTGTGATGGTCGACTTTTGAAGTCTCAGATTTTTTCTGTTG  650

seq1  AACCATATATATCATAGATTATGATCATATGACCTTAGTGCCACAGCAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATATATATCATAGATTATGATCATATGACCTTAGTGCCACAGCAGT  700

seq1  ATAAAGTCACATGCTTATACAGTGTAGAAAATTAGATTTTTTCTTTTACT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTCACATGCTTATACAGTGTAGAAAATTAGATTTTTTCTTTTACT  750

seq1  GAATTATTTTCTCATACAATATATCCAGATTATAATTTCTAGTCCTTCTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATTTTCTCATACAATATATCCAGATTATAATTTCTAGTCCTTCTA  800

seq1  CTCCTTCCTGTTTCTCCCCACCTCCTTCCCCCTCCAGATAAACTCACCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCTGTTTCTCCCCACCTCCTTCCCCCTCCAGATAAACTCACCTT  850

seq1  TTGTCTCTCATTAGAACAGAATTC  868
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTCATTAGAACAGAATTC  874


seq1: chr3_5355531_5356653
seq2: B6Ng01-327D12.g_67_1194

seq1  GAATTCTGGAATAAATGCTATTGGGGCAGATTGAGTTGATAAAAGAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAATAAATGCTATTGGGGCAGATTGAGTTGATAAAAGAATTT  50

seq1  CAGAAATTAGATACAACCTGCTTCCCACCCCTTACAGGACTCACTTCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATTAGATACAACCTGCTTCCCACCCCTTACAGGACTCACTTCACT  100

seq1  GGCCTGTCTGGCAGGTACTGCCTGTGCTTTCTCATGACTCAGTCACTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTCTGGCAGGTACTGCCTGTGCTTTCTCATGACTCAGTCACTATG  150

seq1  GTTCATCATAGGAAAGCAGGCCTTCTTCCCAATCCCCATTACATTCCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCATAGGAAAGCAGGCCTTCTTCCCAATCCCCATTACATTCCATC  200

seq1  TCACTCAAAAAACATGAAGTGTCATCCTTTGAGAAACAAGACTTCTAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAAAAAACATGAAGTGTCATCCTTTGAGAAACAAGACTTCTAGGT  250

seq1  CCAGACCATTTAATGTCTTATGCCATTAAGATGCTGAGGACAGAATACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCATTTAATGTCTTATGCCATTAAGATGCTGAGGACAGAATACAT  300

seq1  GGATGAGGAAGCTGCGTGAAATTCCTGTGACTCGGCCAATGTGTCCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGGAAGCTGCGTGAAATTCCTGTGACTCGGCCAATGTGTCCCAGG  350

seq1  GAGCTCTCTACACATTTATTCAAAAGGAACTCGGCAACACTCTCCAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCTCTACACATTTATTCAAAAGGAACTCGGCAACACTCTCCAAAGC  400

seq1  CCTCAGTGAGGACAGTGAATGCAGCCAGTTCGGATTGTGTGAAAAATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGAGGACAGTGAATGCAGCCAGTTCGGATTGTGTGAAAAATGGG  450

seq1  ACTAAGGATATATGAAGGAAAAACTTTAACAAATATTTTTGCAGGGAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGATATATGAAGGAAAAACTTTAACAAATATTTTTGCAGGGAATG  500

seq1  AAACTGATTAAAGTAATGATCATTTTATGGGACCGAACAGACATTTTACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGATTAAAGTAATGATCATTTTATGGGACCGAACAGACATTTTACG  550

seq1  TATGACCACCAAATAGATATTTTCACTTAGATCCATACTTTTTTTATGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCACCAAATAGATATTTTCACTTAGATCCATACTTTTTTTATGAT  600

seq1  ATAATTTGCACTTTTTAGCTTTTGAGTAAAAGGAAGCACTCAACTTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGCACTTTTTAGCTTTTGAGTAAAAGGAAGCACTCAACTTTTAA  650

seq1  TTATTTTGTTAAATGTATCCATAGTTTGAATATTAAAATATTTAGTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGTTAAATGTATCCATAGTTTGAATATTAAAATATTTAGTTTCT  700

seq1  GTAGTCAGTTCTAAGAGCCCTTAGAGATCTTAAGTCTAATTTGCATACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAGTTCTAAGAGCCCTTAGAGATCTTAAGTCTAATTTGCATACTG  750

seq1  GGGTGAAAGCCAAATCCCTTTCCA-TTTTTTTTAAAACCCATACCAGCCA  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAAAGCCAAATCCCTTTCCATTTTTTTTTAAAACCCATACCAGCCA  800

seq1  ATCCACAAAGATGCCTTGTCACCTCTTTGATGTGATAAGGAAGTGTTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAAAGATGCCTTGTCACCTCTTTGATGTGATAAGGAAGTGTTAAA  850

seq1  TCAAAGGGAATCCCCTATT-GGAGGCACCTAGGGACAGAATGGTGCTTAA  898
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGGAATCCCCTATTGGGAGGCACCTAGGGACAGAATGGTGCTTAA  900

seq1  GCCAATTGTTGGTACTCATGAGTGTTTAGACAGAGAACACACATCTCTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTGTTGGTACTCATGAGTGTTTAGACAGAGAACACACATCTCTCT  950

seq1  CGGATATCAGAGAGGCTATGGCAGGCATCCTCTGCACCTGCTATCACTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATATCAGAGAGGCTATGGCAGGCATCCTCTGCACCTGCTATCACTTA  1000

seq1  ATTAGTATCATCAGCTGAGTTCTAAATGAAAAATTACAGCAGCATGCAC-  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTAGTATCATCAGCTGAGTTCTAAATGAAAAATTACAGCAGCATGCACT  1050

seq1  TTCTTAG-TAAATATAAATGTCAG-AATATATTCATGGTTACATTATACC  1095
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCTTAGTTAAATATAAATGTCAGAAATATATTCATGGCTACATTATACC  1100

seq1  --AATATCATAGAGCTATTGACTGTTGTGT  1123
        | |||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  CAATTATCAT-GAGCTA-TGACTGTGGTGT  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |