BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328I08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,326,960 - 38,451,017
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665838, Ankrd50, LOC100041378
Upstream geneSpata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785
Downstream geneLOC665855, LOC100040824, Fat4, LOC100041432, LOC100040853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328I08.bB6Ng01-328I08.g
ACCGA115763GA115764
length1,0901,202
definitionB6Ng01-328I08.b B6Ng01-328I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,449,914 - 38,451,017)(38,326,960 - 38,328,170)
sequence
gaattctaaatgctactcttttttaaaaagtttatttatttatgtgtttg
tgtgtgaattgtgcagaggtcagaagacaccttcttagagtcagttctct
ttccaacatatgggtccccggggattgaactcaggtctttagacttggct
acaagtgcctttacctgctgagccagtcctctcaagcagtagaaggaaat
caatgtccatcggtggtccaccaaagttcagcaggatgaggaacaaagga
cattaaaagtcctcatttgtggaataagactcaagcttatgcaggaaaca
ctctctttccagatgactcaggactatgtaatgacacattgcatcaatga
gagcattgtcagctttgtcctgggaccatagagttcataaatattagaaa
atagatgggccaggtgtgcatctagtattctgaatattcaaattaggcaa
ctgccaggtggcaggccttgggtttagcactgtattgagttacaaaggta
cataagacttggattttgtcctaaggaaatatcacaatgttaagtaaaag
cacatgaattttataagttaaactgtgtctactaaattgataagttttag
cctagatattctgagcattatagacactcagtctccattacccacaaatg
atagcttctccaagcaccaatagttagagcatgtaagaaaaagcaattaa
ttttacctggaaactaaacaattaaaaatttatataaaactgtaattcat
atatatatgtatatatgaatatacagatctatggctattaatgtaatttt
acttgtccagcagtgctatggatacagcttggttatttgtttcataccaa
atttagttatttctgtacctgaaaatcacatgaattctagagcctggctt
ggggcaagagtcaagactgagtgatgcagagggcgctatcaaaggctgtt
actttgtggttgagaagacgcactgctcttgtgtgtctgaaagacagatc
acagcagactttagtgcaatagatgatggagtagattctaaacaaattgc
tttgtataaaatttgaaactactcagctggggagaaatat

gaattccactgtgactttcagttgctcttcaggtctgacaagtcacctat
agaagacaaaaacagatctaggttcagtgcagcagattcaaagaggaagg
taaacgaattctgtaaaaatctgtaatcactctggtctgttacttggcag
gaataatggcagccaacagcagacctccagatcccataatggtatcttcc
atattccctcaccataagtagacaagagaaggttcttatttatgagaaaa
aaatggtcacttgacatatgtgtggaagaagacatactcctcaagctgag
agctagaatataagaccctaaataattaaagtactactatttcaaggaat
ctaattattaacacaccctgagcctgtttctaatgttcctggtattgaga
aagcagaaccaattaatgagaatgtgaataaattaattaacttttccgta
aagattacgtgtttttattagaagttcaaacaatgacttttgtaatctta
caaaattcaaatattttgattaccaggtcttttgatcaaattaattataa
ttccaaaggaactaattaattataattaataattaattagtaaaactaga
ctgtccttttgacctaacagctttggttatctgaagtatggtttccaaac
taccagtctatagggaccaaacagtggaccatgcaaagggacaccagggc
acagggtctaagcaatgctctagaatgtggagtgtttatcacagaaattc
agttactgcttaccctgtccactgtcagcaaccaaaaaattcacttgttt
gtatgtcactttatgcactctgttttgtattgatcattctcttgttgaaa
tgaaacctgtttctggaaaacaatggaccccaaagaattctgattcccca
gttatcctgtgttggggaaggagcccagttgcctcccaggaagagactcc
acataagtcctggtggttaaatctacctacctcctgggtttcatctttcc
gtaaaactgtagtatcttacaggaatgggatggggacagggtgagaacag
gagtgctgctctctctactttggccaagtataaacacattcacttctttt
taccatttctgtttttctagaacataaatttctgctgaaacaggaaacta
gcatcaggcttatgtgaaagtttttatagatgacctaggccagggttact
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38449914_38451017
seq2: B6Ng01-328I08.b_46_1135 (reverse)

seq1  ATATATCTCCCCAGCTGAGGTAGTTTTCAAATTTTATACAAAGCAATTTG  50
      |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTCCCCAGCTGA-GTAG-TTTCAAATTTTATACAAAGCAATTTG  48

seq1  TTTAGAATTCTACCTTCCATCAATTCTATTGCACTAAAGTCTGCTGTGAA  100
      ||||||| |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTAGAA-TCTAC--TCCATCA--TCTATTGCACTAAAGTCTGCTGTGA-  92

seq1  TTCTTGTTCTTTCAGACACACAAGAGCAGTGCCTTCTTCTTCAACCACAA  150
       |||   |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||
seq2  -TCT--GTCTTTCAGACACACAAGAGCAGTG-CGTCTTC-TCAACCACAA  137

seq1  AGTAACAGCCTTTGATAGCGCCCTCTGCATCACTCAGTCTTGACTCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACAGCCTTTGATAGCGCCCTCTGCATCACTCAGTCTTGACTCTTGC  187

seq1  CCCAAGCCAGGCTCTAGAATTCATGTGATTTTCAGGTACAGAAATAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCCAGGCTCTAGAATTCATGTGATTTTCAGGTACAGAAATAACTA  237

seq1  AATTTGGTATGAAACAAATAACCAAGCTGTATCCATAGCACCTGCTGGAC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATTTGGTATGAAACAAATAACCAAGCTGTATCCATAGCA-CTGCTGGAC  286

seq1  AAGTAAAATTACATTAATAGCCATAGATCTGTATATTCATATATACATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATTACATTAATAGCCATAGATCTGTATATTCATATATACATAT  336

seq1  ATATATGAATTACAGTTTTATATAAATTTTTAATTGTTTAGTTTCCAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAATTACAGTTTTATATAAATTTTTAATTGTTTAGTTTCCAGGT  386

seq1  AAAATTAATTGCTTTTTCTTACATGCTCTAACTATTGGTGCTTGGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATTGCTTTTTCTTACATGCTCTAACTATTGGTGCTTGGAGAAG  436

seq1  CTATCATTTGTGGGTAATGGAGACTGAGTGTCTATAATGCTCAGAATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATTTGTGGGTAATGGAGACTGAGTGTCTATAATGCTCAGAATATC  486

seq1  TAGGCTAAAACTTATCAATTTAGTAGACACAGTTTAACTTATAAAATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTAAAACTTATCAATTTAGTAGACACAGTTTAACTTATAAAATTCA  536

seq1  TGTGCTTTTACTTAACATTGTGATATTTCCTTAGGACAAAATCCAAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTTTACTTAACATTGTGATATTTCCTTAGGACAAAATCCAAGTCT  586

seq1  TATGTACCTTTGTAACTCAATACAGTGCTAAACCCAAGGCCTGCCACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACCTTTGTAACTCAATACAGTGCTAAACCCAAGGCCTGCCACCTG  636

seq1  GCAGTTGCCTAATTTGAATATTCAGAATACTAGATGCACACCTGGCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGCCTAATTTGAATATTCAGAATACTAGATGCACACCTGGCCCAT  686

seq1  CTATTTTCTAATATTTATGAACTCTATGGTCCCAGGACAAAGCTGACAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCTAATATTTATGAACTCTATGGTCCCAGGACAAAGCTGACAAT  736

seq1  GCTCTCATTGATGCAATGTGTCATTACATAGTCCTGAGTCATCTGGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCATTGATGCAATGTGTCATTACATAGTCCTGAGTCATCTGGAAAG  786

seq1  AGAGTGTTTCCTGCATAAGCTTGAGTCTTATTCCACAAATGAGGACTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTTCCTGCATAAGCTTGAGTCTTATTCCACAAATGAGGACTTTT  836

seq1  AATGTCCTTTGTTCCTCATCCTGCTGAACTTTGGTGGACCACCGATGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCTTTGTTCCTCATCCTGCTGAACTTTGGTGGACCACCGATGGAC  886

seq1  ATTGATTTCCTTCTACTGCTTGAGAGGACTGGCTCAGCAGGTAAAGGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTCCTTCTACTGCTTGAGAGGACTGGCTCAGCAGGTAAAGGCAC  936

seq1  TTGTAGCCAAGTCTAAAGACCTGAGTTCAATCCCCGGGGACCCATATGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCCAAGTCTAAAGACCTGAGTTCAATCCCCGGGGACCCATATGTT  986

seq1  GGAAAGAGAACTGACTCTAAGAAGGTGTCTTCTGACCTCTGCACAATTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAGAACTGACTCTAAGAAGGTGTCTTCTGACCTCTGCACAATTCA  1036

seq1  CACACAAACACATAAATAAATAAACTTTTTAAAAAAGAGTAGCATTTAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAACACATAAATAAATAAACTTTTTAAAAAAGAGTAGCATTTAGA  1086

seq1  ATTC  1104
      ||||
seq2  ATTC  1090


seq1: chr3_38326960_38328170
seq2: B6Ng01-328I08.g_65_1266

seq1  GAATTCCACTGTGACTTTCAGTTGCTCTTCAGGTCTGACAAGTCACCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTGACTTTCAGTTGCTCTTCAGGTCTGACAAGTCACCTAT  50

seq1  AGAAGACAAAAACAGATCTAGGTTCAGTGCAGCAGATTCAAAGAGGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACAAAAACAGATCTAGGTTCAGTGCAGCAGATTCAAAGAGGAAGG  100

seq1  TAAACGAATTCTGTAAAAATCTGTAATCACTCTGGTCTGTTACTTGGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACGAATTCTGTAAAAATCTGTAATCACTCTGGTCTGTTACTTGGCAG  150

seq1  GAATAATGGCAGCCAACAGCAGACCTCCAGATCCCATAATGGTATCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGGCAGCCAACAGCAGACCTCCAGATCCCATAATGGTATCTTCC  200

seq1  ATATTCCCTCACCATAAGTAGACAAGAGAAGGTTCTTATTTATGAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCTCACCATAAGTAGACAAGAGAAGGTTCTTATTTATGAGAAAA  250

seq1  AAATGGTCACTTGACATATGTGTGGAAGAAGACATACTCCTCAAGCTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTCACTTGACATATGTGTGGAAGAAGACATACTCCTCAAGCTGAG  300

seq1  AGCTAGAATATAAGACCCTAAATAATTAAAGTACTACTATTTCAAGGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAATATAAGACCCTAAATAATTAAAGTACTACTATTTCAAGGAAT  350

seq1  CTAATTATTAACACACCCTGAGCCTGTTTCTAATGTTCCTGGTATTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATTAACACACCCTGAGCCTGTTTCTAATGTTCCTGGTATTGAGA  400

seq1  AAGCAGAACCAATTAATGAGAATGTGAATAAATTAATTAACTTTTCCGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAACCAATTAATGAGAATGTGAATAAATTAATTAACTTTTCCGTA  450

seq1  AAGATTACGTGTTTTTATTAGAAGTTCAAACAATGACTTTTGTAATCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTACGTGTTTTTATTAGAAGTTCAAACAATGACTTTTGTAATCTTA  500

seq1  CAAAATTCAAATATTTTGATTACCAGGTCTTTTGATCAAATTAATTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTCAAATATTTTGATTACCAGGTCTTTTGATCAAATTAATTATAA  550

seq1  TTCCAAAGGAACTAATTAATTATAATTAATAATTAATTAGTAAAACTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGGAACTAATTAATTATAATTAATAATTAATTAGTAAAACTAGA  600

seq1  CTGTCCTTTTGACCTAACAGCTTTGGTTATCTGAAGTATGGTTTCCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTTTGACCTAACAGCTTTGGTTATCTGAAGTATGGTTTCCAAAC  650

seq1  TACCAGTCTATAGGGACCAAACAGTGGACCATGCAAAGGGACACCAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTCTATAGGGACCAAACAGTGGACCATGCAAAGGGACACCAGGGC  700

seq1  ACAGGGTCTAAGCAATGCTCTAGAATGTGGAGTGTTTATCACAGAAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCTAAGCAATGCTCTAGAATGTGGAGTGTTTATCACAGAAATTC  750

seq1  AGTTACTGCTTACCCTGTCCACTGTCAGCAACCAAAAAATTCACTTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTGCTTACCCTGTCCACTGTCAGCAACCAAAAAATTCACTTGTTT  800

seq1  GTATGTCACTTTATGCACTCTGTTTTGTATTGATCATTCTCTTGTTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCACTTTATGCACTCTGTTTTGTATTGATCATTCTCTTGTTGAAA  850

seq1  TGAAACCTGTTTCTGGAAAACAATGGACCCCAAAGAATTCTGATTCCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCTGTTTCTGGAAAACAATGGACCCCAAAGAATTCTGATTCCCCA  900

seq1  GTTATCCTGTGTTGGGGAAGGGAGCCCAGTTGCCTCCCAGGAAGAGACTC  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCTGTGTTGGGGAA-GGAGCCCAGTTGCCTCCCAGGAAGAGACTC  949

seq1  CACATAAGTCCTGGTGGTTAAATCTACCTACCTCCTGGGTTTCATCTTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACATAAGTCCTGGTGGTTAAATCTACCTACCTCCTGGGTTTCATC-TTT  998

seq1  CCGTAAAACTGTAGTATCCTTACAGGAATGGGATGGGGACAGGGTGAGAC  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCGTAAAACTGTAGTAT-CTTACAGGAATGGGATGGGGACAGGGTGAGAA  1047

seq1  AAGGAGTGCTGCTCTCTCTACTTTGGCAAAAGTATAAACACATTCACTTC  1100
       ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTGCTGCTCTCTCTACTTTGGC-CAAGTATAAACACATTCACTTC  1096

seq1  TTTTTACCAATTTCTG-TTTTCTAG-ACATAAATTTCTGTTTGAAAACAG  1148
      |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |   ||||||
seq2  TTTTTACC-ATTTCTGTTTTTCTAGAACATAAATTTCTGCT--GAAACAG  1143

seq1  AGAAACTAGGGCATCAGGTTTATGTAGAAG--TTTATAGATAGACCTAAG  1196
       |||||||  |||||||| ||||||  |||  ||||||||| ||||| ||
seq2  -GAAACTA--GCATCAGGCTTATGTGAAAGTTTTTATAGAT-GACCT-AG  1188

seq1  CCCAGGTGTTACTTT  1211
       ||||| ||||||||
seq2  GCCAGG-GTTACTTT  1202


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |