BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328N18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,584,161 - 38,704,772
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824
Downstream geneFat4, LOC100041432, LOC100040853, LOC100041443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328N18.bB6Ng01-328N18.g
ACCGA116006GA116007
length1,0281,045
definitionB6Ng01-328N18.b B6Ng01-328N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,703,747 - 38,704,772)(38,584,161 - 38,585,204)
sequence
gaattctctccacccatttgttcattgaactctaactcacatggcaatca
gttgtaaggcattggttagctctcttgctgtgacaaaaatacctgaagaa
aaaaaaaaaggcaagctaaagggggtgggggtggggcttgattaaccaca
gttgcgataaagctgttcaccaaagggatgaaagctgcggtcacactgca
tctagaaaccggaagtagagaacagatcagacaggaagtgggaccctgct
ataatgccttaaggcccacccagaatggcccattccccttgcctcaagca
agcctctaccacctcaagttcccacacagtgccatcagttgggcacaaga
gacatttatattcaaaccacagccagcatatcacatttctgtttcttatc
cccaagccccgcagccccagcccagggcaacccattcagacatttttctt
tcttttctttcagcctctaccaaacacagggtcacttgttagggtttgta
cactgccagctggaagtcacagacactgatggtcatgctaaaaaaggcct
taagctctcactgccctgcagaaggacttgagggacaggaccttcagggt
cccttagtcaaggctctgagagggagacttcctccatagcttcaccttct
acacagaagagtgggtgtagagccgggaataagtgctttgagatatgaga
acaagaagactgaagtttcatgcaacactcaagacagagaaattccaatt
tcttgtggtgtggacagtttacagtactgcccccaagagacatggagctc
acaagcaccgacctcggttagagaagagatttcccctggaggagtatctt
agttctcctgctcaccactgaaagtcctttcactagagtctccacaggat
ccataatcacatcaggtctagtcagagatccctgtttaagatgcttcgtg
aactcttgaatagtcctgaaactttgattactatactggtcttcaatggt
ggagttcaaggcctaaagaaaggctaaa

gaattcaaccccagttctctggaagaacattcagtgcttttaacctgcgg
agccttctctccagcccaacaatacaagttctagaatcgtgttgctgttc
gagtctggtcctcagtcaatctatattaatagagctcattgagctgatat
agttttgatagcttcccctcctcttctgtttgctattttatccctctaaa
tgtctctaccattagccccggttccctcccctctcatcctccctcaccta
cctagtggcctttgagtttctgaatattcgtctgggtcatgggggaaggt
aggatgttgggaaaatttatcagcaggaaagagaggctacaacagaaaca
aacagcatactttgttactgatataattttttatcttatgcctacaatat
gcaaagaagttacaattattatttcttgtagctatttacaggtcagaggt
tccttaacttgcttaggttacacattgattatttgtctactgacaaccaa
ttttcactaatttaatagctgactgattcatagatgtaatatatgaaggg
aattcttatgaacttacaaattatgacaaataagaaaggcttaattggtc
tttgtatacaactgggaacagctgattaaaaatccagctgactctatcag
ccttcatgtttgcataaaaataatcagtttatttctatttaaaggaagca
gaagcatataacttatataggtgataagagtattctgctttggcagaaat
taaaaaaaatatatggcctttataagaaagcataacactattctaaaatc
aacatgagaacagagaaggaaaatgtagcaaagcaggcaggcctcagagg
cccctgaatgtttcccgcgcctgtatgacatgccccaaggaaatgaagat
gctctaagaaggctgttgtgtctatcagagtgtcaagacaaagacccaca
gaaatgagaatttcctcagaattctcacaagagaaggaagggcaccagcc
taggaaggagggagcttgcccccagaagaggattttcaggcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38703747_38704772
seq2: B6Ng01-328N18.b_48_1075 (reverse)

seq1  TTTA-CCTTTCTTTAGGCCTTGAACTCCA-CATTGAAGACCAGTATAGTA  48
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTTTCTTTAGGCCTTGAACTCCACCATTGAAGACCAGTATAGTA  50

seq1  ATCAAAGTTTCAGGACTATTC-AGAGTTCACGAAGCATCTTAAAACAGGG  97
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCAAAGTTTCAGGACTATTCAAGAGTTCACGAAGCATCTT-AAACAGGG  99

seq1  ATCTCTGACTAGACCTGATGTGATTATGGATCCTGTGGAGACTCTAGTGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGACTAGACCTGATGTGATTATGGATCCTGTGGAGACTCTAGTGA  149

seq1  AAGGACTTTCAGTGGTGAGCAGGAGAACTAAGATACTCCTCCAGGGGAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTTTCAGTGGTGAGCAGGAGAACTAAGATACTCCTCCAGGGGAAA  199

seq1  TCTCTTCTCTAACCGAGGTCGGTGCTTGTGAGCTCCATGTCTCTTGGGGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTCTAACCGAGGTCGGTGCTTGTGAGCTCCATGTCTCTTGGGGG  249

seq1  CAGTACTGTAAACTGTCCACACCACAAGAAATTGGAATTTCTCTGTCTTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTGTAAACTGTCCACACCACAAGAAATTGGAATTTCTCTGTCTTG  299

seq1  AGTGTTGCATGAAACTTCAGTCTTCTTGTTCTCATATCTCAAAGCACTTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGCATGAAACTTCAGTCTTCTTGTTCTCATATCTCAAAGCACTTA  349

seq1  TTCCCGGCTCTACACCCACTCTTCTGTGTAGAAGGTGAAGCTATGGAGGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGGCTCTACACCCACTCTTCTGTGTAGAAGGTGAAGCTATGGAGGA  399

seq1  AGTCTCCCTCTCAGAGCCTTGACTAAGGGACCCTGAAGGTCCTGTCCCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCCTCTCAGAGCCTTGACTAAGGGACCCTGAAGGTCCTGTCCCTC  449

seq1  AAGTCCTTCTGCAGGGCAGTGAGAGCTTAAGGCCTTTTTTAGCATGACCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTTCTGCAGGGCAGTGAGAGCTTAAGGCCTTTTTTAGCATGACCA  499

seq1  TCAGTGTCTGTGACTTCCAGCTGGCAGTGTACAAACCCTAACAAGTGACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCTGTGACTTCCAGCTGGCAGTGTACAAACCCTAACAAGTGACC  549

seq1  CTGTGTTTGGTAGAGGCTGAAAGAAAAGAAAGAAAAATGTCTGAATGGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTGGTAGAGGCTGAAAGAAAAGAAAGAAAAATGTCTGAATGGGT  599

seq1  TGCCCTGGGCTGGGGCTGCGGGGCTTGGGGATAAGAAACAGAAATGTGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGGCTGGGGCTGCGGGGCTTGGGGATAAGAAACAGAAATGTGAT  649

seq1  ATGCTGGCTGTGGTTTGAATATAAATGTCTCTTGTGCCCAACTGATGGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGCTGTGGTTTGAATATAAATGTCTCTTGTGCCCAACTGATGGCA  699

seq1  CTGTGTGGGAACTTGAGGTGGTAGAGGCTTGCTTGAGGCAAGGGGAATGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGGAACTTGAGGTGGTAGAGGCTTGCTTGAGGCAAGGGGAATGG  749

seq1  GCCATTCTGGGTGGGCCTTAAGGCATTATAGCAGGGTCCCACTTCCTGTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCTGGGTGGGCCTTAAGGCATTATAGCAGGGTCCCACTTCCTGTC  799

seq1  TGATCTGTTCTCTACTTCCGGTTTCTAGATGCAGTGTGACCGCAGCTTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGTTCTCTACTTCCGGTTTCTAGATGCAGTGTGACCGCAGCTTTC  849

seq1  ATCCCTTTGGTGAACAGCTTTATCGCAACTGTGGTTAATCAAGCCCCACC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTTGGTGAACAGCTTTATCGCAACTGTGGTTAATCAAGCCCCACC  899

seq1  CCCACCCCCTTTAGCTTGCCTTTTTTTTTTTCTTCAGGTATTTTTGTCAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCTTTAGCTTGCCTTTTTTTTTTTCTTCAGGTATTTTTGTCAC  949

seq1  AGCAAGAGAGCTAACCAATGCCTTACAACTGATTGCCATGTGAGTTAGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGAGCTAACCAATGCCTTACAACTGATTGCCATGTGAGTTAGAG  999

seq1  TTCAATGAACAAATGGGTGGAGAGAATTC  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGAACAAATGGGTGGAGAGAATTC  1028


seq1: chr3_38584161_38585204
seq2: B6Ng01-328N18.g_67_1111

seq1  GAATTCAACCCCAGTTCTCTGGAAGAACATTCAGTGCTTTTAACCTGCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCCCAGTTCTCTGGAAGAACATTCAGTGCTTTTAACCTGCGG  50

seq1  AGCCTTCTCTCCAGCCCAACAATACAAGTTCTAGAATCGTGTTGCTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTCTCCAGCCCAACAATACAAGTTCTAGAATCGTGTTGCTGTTC  100

seq1  GAGTCTGGTCCTCAGTCAATCTATATTAATAGAGCTCATTGAGCTGATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGTCCTCAGTCAATCTATATTAATAGAGCTCATTGAGCTGATAT  150

seq1  AGTTTTGATAGCTTCCCCTCCTCTTCTGTTTGCTATTTTATCCCTCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGATAGCTTCCCCTCCTCTTCTGTTTGCTATTTTATCCCTCTAAA  200

seq1  TGTCTCTACCATTAGCCCCGGTTCCCTCCCCTCTCATCCTCCCTCACCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTACCATTAGCCCCGGTTCCCTCCCCTCTCATCCTCCCTCACCTA  250

seq1  CCTAGTGGCCTTTGAGTTTCTGAATATTCGTCTGGGTCATGGGGGAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGGCCTTTGAGTTTCTGAATATTCGTCTGGGTCATGGGGGAAGGT  300

seq1  AGGATGTTGGGAAAATTTATCAGCAGGAAAGAGAGGCTACAACAGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTGGGAAAATTTATCAGCAGGAAAGAGAGGCTACAACAGAAACA  350

seq1  AACAGCATACTTTGTTACTGATATAATTTTTTATCTTATGCCTACAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCATACTTTGTTACTGATATAATTTTTTATCTTATGCCTACAATAT  400

seq1  GCAAAGAAGTTACAATTATTATTTCTTGTAGCTATTTACAGGTCAGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAGTTACAATTATTATTTCTTGTAGCTATTTACAGGTCAGAGGT  450

seq1  TCCTTAACTTGCTTAGGTTACACATTGATTATTTGTCTACTGACAACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACTTGCTTAGGTTACACATTGATTATTTGTCTACTGACAACCAA  500

seq1  TTTTCACTAATTTAATAGCTGACTGATTCATAGATGTAATATATGAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACTAATTTAATAGCTGACTGATTCATAGATGTAATATATGAAGGG  550

seq1  AATTCTTATGAACTTACAAATTATGACAAATAAGAAAGGCTTAATTGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTATGAACTTACAAATTATGACAAATAAGAAAGGCTTAATTGGTC  600

seq1  TTTGTATACAACTGGGAACAGCTGATTAAAAATCCAGCTGACTCTATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATACAACTGGGAACAGCTGATTAAAAATCCAGCTGACTCTATCAG  650

seq1  CCTTCATGTTTGCATAAAAATAATCAGTTTATTTCTATTTAAAGGAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTTTGCATAAAAATAATCAGTTTATTTCTATTTAAAGGAAGCA  700

seq1  GAAGCATATAACTTATATAGGTGATAAGAGTATTCTGCTTTGGCAGAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATATAACTTATATAGGTGATAAGAGTATTCTGCTTTGGCAGAAAT  750

seq1  TAAAAAAAATATATGGCCTTTATAAGAAAGCATAACACTATTCTAAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAATATATGGCCTTTATAAGAAAGCATAACACTATTCTAAAATC  800

seq1  AACATGAGAACAGAGAAGGAAAATGTAGCAAAGCAGGCAGGCCTCAGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAGAACAGAGAAGGAAAATGTAGCAAAGCAGGCAGGCCTCAGAGG  850

seq1  CCCCTGAAATGTTTCCCGCGCCTGTATGACATGCCCCAAGGAAATGAAGA  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTG-AATGTTTCCCGCGCCTGTATGACATGCCCCAAGGAAATGAAGA  899

seq1  TGCTCTAAGAAGGCTGTTGTGTCTATCAGAGTGTCAAGACAAAGGACCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  TGCTCTAAGAAGGCTGTTGTGTCTATCAGAGTGTCAAGACAAAG--ACCC  947

seq1  ACAGAAATGAGAATTTCCTCAGAAATCTCACAGGAGAAGGAAAGGGCACC  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  ACAGAAATGAGAATTTCCTCAGAATTCTCACAAGAGAAGG-AAGGGCACC  996

seq1  AG-CTAG--AGGA-GGAGCTTGCCCCCAGAA-AGAGATTTCAGGCAGCT  1044
      || ||||  |||| ||||||||||||||||| ||   ||||||||||||
seq2  AGCCTAGGAAGGAGGGAGCTTGCCCCCAGAAGAGGATTTTCAGGCAGCT  1045


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |