BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329M13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 11,534,575 - 11,702,288
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667999
Upstream geneLOC670564, LOC383826, EG667978
Downstream geneEG621965, LOC100039798
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329M13.bB6Ng01-329M13.g
ACCGA116647GA116648
length1,1131,011
definitionB6Ng01-329M13.b B6Ng01-329M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,701,162 - 11,702,288)(11,534,575 - 11,535,556)
sequence
gaattctgtattcatggaaagaacatccaaattttaatatagacaaatat
atccataaattcttaaattatacttattcaatttacttttaatttctttt
gaaacattttcacattactatcatttgaaatactatagtatttcattcta
tagtatcctattctctacttgaacttatatcaacttaattgcgtagacta
ttctttgcatcatatatttttgttatataaacctatggttaatcacataa
ttctttgtctatattgtggtctctttctggctactcttctgcttttcact
gatcgtgtgttctcctaagtccatatcagaactaaataattcctaattgc
tctgcaatttcaagttgctgattattaaattttcatttataagtttgatg
ttatgttgtataaaaatttgaagttacttgtgctatgattaggtttgagt
aaatgtagcagtacatttggagagaaattgtatgtatttattctactaat
tctttgacataataaatcctttgtgattatttacacatgtaatgttttat
ttgtaaaagcttcacatacattttaggttttttttaaaaaagtatgtttg
taatctactatacagtttcatttctgatagttttcaatttccaaacttcc
aattgcatttgaattcttactaagtaagttgttttaatttataaacagat
cacaggttatttcaacaattttatttctaatttctatttgtgtttgtgtg
tgttcacatgtacactgtgtgttagtcctcttctaagcagcaataggatg
tcagccttcttctatgtctccagtaccagggaatctgatgtttgcctgtg
gcctctgtggtcagtaggtatgaaagtggtacatatggaaatataaaggg
aagcatttttacagataaaatgaaaataaataaattttaaataacattaa
gttgatactagttgaaagcatagcatacatagtgtgccactaatcaagta
acatttataactgtttatttgatactgatgctacatgtcctatttggcca
agggccaaagttatggatcaggcaccctgactccagggagtttgcccaga
atgctgagagaga

gaattctttgactaattaaattgtttcaaaagtaaggcattgtttaaagg
gataatagaatatcagctaacaattaacttgaagataggagagatggttc
agtacctaaaagttcttggtaataggactaattaatgaggttgacgcctg
gaattcacaagatagaaggagaaagtccacttctgcacattctctgtgac
ttccgcatttgtagagttgcatgtccacacctgcatttacacaaacactg
tacacacaaacaacaacaataaattaattaaaactttaaaaatgaattta
tttgaaatcacctcatacatatgagggcaagagtagtttaaatgccttaa
gagtaaaaaaaataaaataaaactgattcatatttaaacatgaggccatc
tgtgacatgtgattctgtgtaatagttctgcatgagggaagcttcctagt
tctgtctttgtattcttgttggcaataagctggttgttggagaaattttc
tgtttccctctttagtcagccttctcttcttcaccctaatatgcaccctg
gcaacttggctttttttttattaggtattttcctcgtttacattttcaat
gctatcccaaaggtcccccatacccacccaccccaatcccctacccaccc
acttcccctttttggccctggcgttcccctgtactggggcatataaagtt
tgcaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgactaggccatctt
ttgatacatatgcagctagagacaagatactggttagttcatattgttgt
tccacctatagggttgcagttccctttagctccttgggtactttctttag
ctcctccattgggggccctgtgacccatccaatagctgactgtgatcatc
cacttctgtgtttgctaggccccggcatagtctcacaagagacagctata
tctgggtccttcagcaaatcttgctagtgtatgcaatgtgtcagcattgg
agctgattatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_11701162_11702288
seq2: B6Ng01-329M13.b_43_1155 (reverse)

seq1  TCTCTCTCAGCATCTCTGCAAAACTTCCCTGGAGTCAGGTTGCCTGATCC  50
      ||||||||||||| ||||   ||  |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTCTCTCAGCAT-TCTGGGCAAACTCCCTGGAGTCAGGGTGCCTGATCC  49

seq1  CATTAACTTTTTGGCCTTTGGCAAATAAGGAACAATGTAAGCATCAGTAT  100
         ||||  ||||||| ||||| ||  ||||   |||| |||||||||||
seq2  --ATAAC--TTTGGCCCTTGGCCAAATAGGA--CATGT-AGCATCAGTAT  92

seq1  CAAATAAACAGTTAATAAATGTTAACTTGATTTAGTGGCACACTATGTAT  150
      ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAACAGTT-ATAAATGTT-ACTTGA-TTAGTGGCACACTATGTAT  139

seq1  GCTATGCTTTCAACTAGTATTCAACTTAATGTTTATTTTAAAATTTATTT  200
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  GCTATGCTTTCAACTAGTA-TCAACTTAATGTT--ATTTAAAATTTATTT  186

seq1  ATTTTCATTTTATCTGTAAAAATGCTTCCCTTTATATTTCCATATGTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTTTATCTGTAAAAATGCTTCCCTTTATATTTCCATATGTACC  236

seq1  ACTTTCATACCTACTGACCACAGAGGCCACAGGCAAACATCAGATTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCATACCTACTGACCACAGAGGCCACAGGCAAACATCAGATTCCCT  286

seq1  GGTACTGGAGACATAGAAGAAGGCTGACATCCTATTGCTGCTTAGAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGGAGACATAGAAGAAGGCTGACATCCTATTGCTGCTTAGAAGAG  336

seq1  GACTAACACACAGTGTACATGTGAACACACACAAACACAAATAGAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACACACAGTGTACATGTGAACACACACAAACACAAATAGAAATTA  386

seq1  GAAATAAAATTGTTGAAATAACCTGTGATCTGTTTATAAATTAAAACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAAATTGTTGAAATAACCTGTGATCTGTTTATAAATTAAAACAAC  436

seq1  TTACTTAGTAAGAATTCAAATGCAATTGGAAGTTTGGAAATTGAAAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAGTAAGAATTCAAATGCAATTGGAAGTTTGGAAATTGAAAACTA  486

seq1  TCAGAAATGAAACTGTATAGTAGATTACAAACATACTTTTTTAAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAATGAAACTGTATAGTAGATTACAAACATACTTTTTTAAAAAAAA  536

seq1  CCTAAAATGTATGTGAAGCTTTTACAAATAAAACATTACATGTGTAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAATGTATGTGAAGCTTTTACAAATAAAACATTACATGTGTAAATA  586

seq1  ATCACAAAGGATTTATTATGTCAAAGAATTAGTAGAATAAATACATACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAGGATTTATTATGTCAAAGAATTAGTAGAATAAATACATACAA  636

seq1  TTTCTCTCCAAATGTACTGCTACATTTACTCAAACCTAATCATAGCACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCCAAATGTACTGCTACATTTACTCAAACCTAATCATAGCACAA  686

seq1  GTAACTTCAAATTTTTATACAACATAACATCAAACTTATAAATGAAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCAAATTTTTATACAACATAACATCAAACTTATAAATGAAAATT  736

seq1  TAATAATCAGCAACTTGAAATTGCAGAGCAATTAGGAATTATTTAGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCAGCAACTTGAAATTGCAGAGCAATTAGGAATTATTTAGTTCT  786

seq1  GATATGGACTTAGGAGAACACACGATCAGTGAAAAGCAGAAGAGTAGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGACTTAGGAGAACACACGATCAGTGAAAAGCAGAAGAGTAGCCA  836

seq1  GAAAGAGACCACAATATAGACAAAGAATTATGTGATTAACCATAGGTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGACCACAATATAGACAAAGAATTATGTGATTAACCATAGGTTTA  886

seq1  TATAACAAAAATATATGATGCAAAGAATAGTCTACGCAATTAAGTTGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAAAATATATGATGCAAAGAATAGTCTACGCAATTAAGTTGATA  936

seq1  TAAGTTCAAGTAGAGAATAGGATACTATAGAATGAAATACTATAGTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCAAGTAGAGAATAGGATACTATAGAATGAAATACTATAGTATTT  986

seq1  CAAATGATAGTAATGTGAAAATGTTTCAAAAGAAATTAAAAGTAAATTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATAGTAATGTGAAAATGTTTCAAAAGAAATTAAAAGTAAATTGA  1036

seq1  ATAAGTATAATTTAAGAATTTATGGATATATTTGTCTATATTAAAATTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATAATTTAAGAATTTATGGATATATTTGTCTATATTAAAATTTG  1086

seq1  GATGTTCTTTCCATGAATACAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTTTCCATGAATACAGAATTC  1113


seq1: chr3_11534575_11535556
seq2: B6Ng01-329M13.g_68_1047

seq1  GAATTCTTTGACTAATTAAATTGTTTCAAAAGTAAGGCATTGTTTAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGACTAATTAAATTGTTTCAAAAGTAAGGCATTGTTTAAAGG  50

seq1  GATAATAGAATATCAGCTAACAATTAACTTGAAGATAGGAGAGATGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAGAATATCAGCTAACAATTAACTTGAAGATAGGAGAGATGGTTC  100

seq1  AGTACCTAAAAGTTCTTGGTAATAGGACTAATTAATGAGGTTGACGCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTAAAAGTTCTTGGTAATAGGACTAATTAATGAGGTTGACGCCTG  150

seq1  GAATTCACAAGATAGAAGGAGAAAGTCCACTTCTGCACATTCTCTGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAGATAGAAGGAGAAAGTCCACTTCTGCACATTCTCTGTGAC  200

seq1  TTCCGCATTTGTAGAGTTGCATGTCCACACCTGCATTTACACAAACACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGCATTTGTAGAGTTGCATGTCCACACCTGCATTTACACAAACACTG  250

seq1  TACACACAAACAACAACAATAAATTAATTAAAACTTTAAAAATGAATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACAAACAACAACAATAAATTAATTAAAACTTTAAAAATGAATTTA  300

seq1  TTTGAAATCACCTCATACATATGAGGGCAAGAGTAGTTTAAATGCCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATCACCTCATACATATGAGGGCAAGAGTAGTTTAAATGCCTTAA  350

seq1  GAGTAAAAAAAATAAAATAAAACTGATTCATATTTAAACATGAGGCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAAAAAAATAAAATAAAACTGATTCATATTTAAACATGAGGCCATC  400

seq1  TGTGACATGTGATTCTGTGTAATAGTTCTGCATGAGGGAAGCTTCCTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACATGTGATTCTGTGTAATAGTTCTGCATGAGGGAAGCTTCCTAGT  450

seq1  TCTGTCTTTGTATTCTTGTTGGCAATAAGCTGGTTGTTGGAGAAATTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTTGTATTCTTGTTGGCAATAAGCTGGTTGTTGGAGAAATTTTC  500

seq1  TGTTTCCCTCTTTAGTCAGCCTTCTCTTCTTCACCCTAATATGCACCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCTCTTTAGTCAGCCTTCTCTTCTTCACCCTAATATGCACCCTG  550

seq1  GCAACTTGGCTTTTTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTGGCTTTTTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAAT  600

seq1  GCTATCCCAAAGGTCCCCCATACCCACCCACCCCAATCCCCTACCCACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCCAAAGGTCCCCCATACCCACCCACCCCAATCCCCTACCCACCC  650

seq1  ACTTCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTT  700

seq1  TGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTT  750

seq1  TTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGATACTGGTTAGTTCATATTGTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACATATGCAGCTAGAGACAAGATACTGGTTAGTTCATATTGTTGT  800

seq1  TCCACCTATAGGGTTGCAGTTCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTATAGGGTTGCAGTTCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTTTAG  850

seq1  CTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGACCCATCCAATAGCTGACTGTGATCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGACCCATCCAATAGCTGACTGTGATCATC  900

seq1  CACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTATA  950

seq1  TCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGT  982
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TCTGGGTCC-TTCAGC-AAATCTTGCTAGTGT  980


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |