BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332J14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,319,883 - 117,456,667
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik, EG668759
Upstream geneSass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneSnx7, LOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332J14.bB6Ng01-332J14.g
ACCGA118653GA118654
length1,160291
definitionB6Ng01-332J14.b B6Ng01-332J14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,319,883 - 117,321,043)(117,456,377 - 117,456,667)
sequence
gaattctttctcccttattgctttggaagtagcctctctttcttgtctgc
ctcacgagaattgggactatcctaccactcacttattttctcaaatcttt
ctctgatttatcactttgtctgccactcaattagacagcattgtttggga
ttaaaggtatatactaaaggcaagactgtattccagctagagggattaaa
ggtatgtattccaaccagaagaattaaaggtgtatggcatggctacattc
cagctggatcatatctatggatgtaaatcccttgccaaagcagccatatt
cctggattagaatttctctataattggctatgagggatacagcaagagtg
gagtcagtagagaggtgatcccagaacagctgggtcatttatccacaagt
catcacagatgaagttagtgactcaatgacaccattctcggaatgcccta
ctagcacatattttctaaatcatgcaaaaaaagctcagcatatgaagtcc
tttacaactcaattattttgcttgagaccatcaaattgtatcctaatctc
ttctttgatcatcaatgtatcactatatctttaacagagaagattgctga
tctaactacagcctaaatatagtcatatctgattacagttctgggtaggt
atgcttgagaacatgagtgcagaggacacagaagtcagaaaaggatgtca
gagccttcagatggagattgttgtgagctacctaacatgaatgatgggaa
ctgaatttaaatctattgaaagagcaatatatgtccttaactattcagtc
atttctctggccccttaatttgttatttgggctgcttctttgaacttatc
tctcaagttcaagataaggttcttataaattgtaagagcaaccaaagaat
cccggcctggctttcagaaagatgataacaaggtacgtattcatagagca
gccaggatataaaatggtgtacctccatggaaagaggaaaaatgacattg
tgtgcttttacctaatctctacccattccccaataggttttgagaatatc
cctccatactgagactatttctggatgctaaatctgcttgacctagattt
cttatctcagcagaacaaatggacatggagcaatttctccaatgcacact
agtaggaact

tcgtgatttgtttgtttataatacttttgaatgacacatgagcatggagg
tatattagcaatatactggtatatgttataagtatacctgccagccactt
taattttcatagtacttgctttaggaagagatagacacatgaagcattgc
cctaatgatagtctcaatataagctgagaagagacattggacttttcagc
tatagtcttatcattttgacctatttggtaaacgtactgctttgtgtgtg
tgtgtgttcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117319883_117321043
seq2: B6Ng01-332J14.b_51_1210

seq1  GAATTCTTTCTCCCTTATTGCTTTGGAAGTAGCCTCTCTTTCTTGTCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCCTTATTGCTTTGGAAGTAGCCTCTCTTTCTTGTCTGC  50

seq1  CTCACGAGAATTGGGACTATCCTACCACTCACTTATTTTCTCAAATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGAGAATTGGGACTATCCTACCACTCACTTATTTTCTCAAATCTTT  100

seq1  CTCTGATTTATCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGACAGCATTGTTTGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATTTATCACTTTGTCTGCCACTCAATTAGACAGCATTGTTTGGGA  150

seq1  TTAAAGGTATATACTAAAGGCAAGACTGTATTCCAGCTAGAGGGATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTATATACTAAAGGCAAGACTGTATTCCAGCTAGAGGGATTAAA  200

seq1  GGTATGTATTCCAACCAGAAGAATTAAAGGTGTATGGCATGGCTACATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTATTCCAACCAGAAGAATTAAAGGTGTATGGCATGGCTACATTC  250

seq1  CAGCTGGATCATATCTATGGATGTAAATCCCTTGCCAAAGCAGCCATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGATCATATCTATGGATGTAAATCCCTTGCCAAAGCAGCCATATT  300

seq1  CCTGGATTAGAATTTCTCTATAATTGGCTATGAGGGATACAGCAAGAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATTAGAATTTCTCTATAATTGGCTATGAGGGATACAGCAAGAGTG  350

seq1  GAGTCAGTAGAGAGGTGATCCCAGAACAGCTGGGTCATTTATCCACAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGTAGAGAGGTGATCCCAGAACAGCTGGGTCATTTATCCACAAGT  400

seq1  CATCACAGATGAAGTTAGTGACTCAATGACACCATTCTCGGAATGCCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAGATGAAGTTAGTGACTCAATGACACCATTCTCGGAATGCCCTA  450

seq1  CTAGCACATATTTTCTAAATCATGCAAAAAAAGCTCAGCATATGAAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACATATTTTCTAAATCATGCAAAAAAAGCTCAGCATATGAAGTCC  500

seq1  TTTACAACTCAATTATTTTGCTTGAGACCATCAAATTGTATCCTAATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAACTCAATTATTTTGCTTGAGACCATCAAATTGTATCCTAATCTC  550

seq1  TTCTTTGATCATCAATGTATCACTATATCTTTAACAGAGAAGATTGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGATCATCAATGTATCACTATATCTTTAACAGAGAAGATTGCTGA  600

seq1  TCTAACTACAGCCTAAATATAGTCATATCTGATTACAGTTCTGGGTAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTACAGCCTAAATATAGTCATATCTGATTACAGTTCTGGGTAGGT  650

seq1  ATGCTTGAGAACATGAGTGCAGAGGACACAGAAGTCAGAAAAGGATGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAGAACATGAGTGCAGAGGACACAGAAGTCAGAAAAGGATGTCA  700

seq1  GAGCCTTCAGATGGAGATTGTTGTGAGCTACCTAACATGAATGATGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCAGATGGAGATTGTTGTGAGCTACCTAACATGAATGATGGGAA  750

seq1  CTGAATTTAAATCTATTGAAAGAGCAATATATGTCCTTAACTATTCAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTTAAATCTATTGAAAGAGCAATATATGTCCTTAACTATTCAGTC  800

seq1  ATTTCTCTGGCCCCTTAATTTGTTATTTGGGCTGCTTCTTTGAACTTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTGGCCCCTTAATTTGTTATTTGGGCTGCTTCTTTGAACTTATC  850

seq1  TCTCAAGTTCAAGATAAGGTTCTTATAAATTGTAAGAGCAACCAAAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTTCAAGATAAGGTTCTTATAAATTGTAAGAGCAACCAAAGAAT  900

seq1  CCCGGCCTGGCTTTCAGAAAGATGATAACAAGGTACGTATTCATAGAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCCTGGCTTTCAGAAAGATGATAACAAGGTACGTATTCATAGAGCA  950

seq1  GCCAGGATATAAAATGGTGTACCTCCATGGAAAGAGGAAAAATGACATTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGATATAAAATGGTGTACCTCCATGGAAAGAGGAAAAATGACATTG  1000

seq1  TGTGCTTTTTACCTAATCTCTACCCATTCCCCAATTAGGTTTTGAG-ATA  1049
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TGTGC-TTTTACCTAATCTCTACCCATTCCCCAA-TAGGTTTTGAGAATA  1048

seq1  TCCCTCCATACTGAGAACTATTTCTGGATGCTTAATCTGCTTTGACTTTG  1099
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  | 
seq2  TCCCTCCATACTGAG-ACTATTTCTGGATGCTAAATCTGC-TTGAC-CTA  1095

seq1  GATTTCTTATCTCAGCAG-ACAAAT-GACATTGAGCAATTTCTCCAATG-  1146
      |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GATTTCTTATCTCAGCAGAACAAATGGACATGGAGCAATTTCTCCAATGC  1145

seq1  -CACTAGTAGGGAACT  1161
       |||||||| ||||||
seq2  ACACTAGTA-GGAACT  1160


seq1: chr3_117456377_117456667
seq2: B6Ng01-332J14.g_74_364 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACGAACACACACACACACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACGAACACACACACACACAA  50

seq1  AGCAGTACGTTTACCAAATAGGTCAAAATGATAAGACTATAGCTGAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTACGTTTACCAAATAGGTCAAAATGATAAGACTATAGCTGAAAAG  100

seq1  TCCAATGTCTCTTCTCAGCTTATATTGAGACTATCATTAGGGCAATGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGTCTCTTCTCAGCTTATATTGAGACTATCATTAGGGCAATGCTT  150

seq1  CATGTGTCTATCTCTTCCTAAAGCAAGTACTATGAAAATTAAAGTGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTCTATCTCTTCCTAAAGCAAGTACTATGAAAATTAAAGTGGCTG  200

seq1  GCAGGTATACTTATAACATATACCAGTATATTGCTAATATACCTCCATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTATACTTATAACATATACCAGTATATTGCTAATATACCTCCATGC  250

seq1  TCATGTGTCATTCAAAAGTATTATAAACAAACAAATCACGA  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTCATTCAAAAGTATTATAAACAAACAAATCACGA  291


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |