BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333J16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 123,107,211 - 123,224,201
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrss12, EG668804
Upstream geneBcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik
Downstream geneNdst3, LOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333J16.bB6Ng01-333J16.g
ACCGA119355GA119356
length1,1131,089
definitionB6Ng01-333J16.b B6Ng01-333J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,107,211 - 123,108,332)(123,223,081 - 123,224,201)
sequence
gaattccaggctagtcagagctttatagagacacttcatttcaaatgata
caaaacaaaaaaacaaaacaacaaaaataaaaacaagcagaaaatgttca
tatatagttttcaaaaggatttgaaatgtcaacagcgtcatctaactgtt
acagtgaacacttaggattcactagaatgaaaagtggattttactacaga
aaattaaagtttttgtttgtacatagactttaacattttggggttattga
aataactacctgtccaccctttcatcttagctccaaactttgtctctgta
actcctttcatgggtattttgttccctattctaaggaggaatgaaatatc
cacccattggtcttccctcttcttgattttcttgtgttttgcaaattgta
gcttgggtattctaagtttctgggctaatatccacttatcagtgagtgca
tatcaagtgacttcttttgtgattgggttacctcactcaggatgatatcc
tccagatacatccatttgcccaccccgggatccatcccataatcagccac
caaatgcagacaatattgcacatgccagaaagattttgctgaaaggaccc
tgatatagctgtcttgatacatgaagcaactgctgatgtgacaacatact
atctcagtaggttttttaattattctctaaaataatgacaaaggaatggt
gtgttaagtatatgagccagtacgctagttatttattaactctgcttgct
ttgtttttgcataactgacagcgcataggttggcttacacatcctcagca
ctaacgtggtgtggctactctgtgcagtgctgtactgtgttatctttagg
tccaatggctaatcttcattgtcagcttgagcaggttaacatgatagggg
ttagcactttgtgtgtgtgtctgtgtctgagagggtgtttccagagaaga
ctaacagagggaagaaaacatgccatgcatgttgggggaggcaccacaca
cagatgggatctcatatgaacacaaacagagagagaagcagctgagtgac
agcgttcttttctctctctgctctgttctgattaaggtgaagagcagctt
tctgatgattagc
gaattcctctgatgtccataggaaccagcactcacatgtatacacacaga
gatatacactcatacatatccatgcggatccatcaaagccctaagtgaat
gtgaattattgacaaggaccagtgaatgccagagacctttggagatttgc
aaagtcttcctccaggtgccaagccttcttctggtccagatacaagtgtt
tatgactgattgtccagtgtgtgataaaaactggcaaatgtagcttcctc
taccccaatgactagaaccggaggcttctcccctacaaagacctagcaag
actagctaacccctccccaggttacataagaggcctggttctgtgtcagt
gcataggtgatgctgttccaccagagagctcagcatgtgtgtctgtgtgt
ctgtcttttctttattccctcattagctcagtcaggtgtcaaggaccaag
gcatgtaagatgtggcagatacacatataattaataaataagccactatt
ttcaaaaataactggcttgacaaacagcaactgcgccagctggccccagt
taatgacaactctgcaaaggaccaaggatgcccagggactccatgatctt
tcatctccaatcattattttttcccataggacccctggatgcagccaaga
gtggggaacacacccctaagctttcaggttgacaccgaaagctacaaagt
cagttttaatgatgatgatgaaaggattttatgtgcctgttacaggagat
caggaaagccccaagggctggcttccaacagccactggggcaatatccac
cctgattcagcttatgttcgtcaatgaatgttccgtgggcttaggggaga
gattggctatgaactattttaccatgcaggtaaaagcgccacctgtacag
accctttatctgcagctgtgaaccctgaaccactgaattgtcattcacat
gcatgacaggcactccaggagagctaaacactgtgctctcaagcatttaa
aacagatacgcacctttcctagcaagcagctttgagcacttagcatccac
atgtcactactctaaagcatgatcagccatgcctgtctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_123107211_123108332
seq2: B6Ng01-333J16.b_45_1157

seq1  GAATTCCAGGCTAGTCAGAGCTTTATAGAGACACTTCATTTCAAATGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGTCAGAGCTTTATAGAGACACTTCATTTCAAATGATA  50

seq1  CAAAACAAAAAAACAAAACAACAAAAATAAAAACAAGCAGAAAATGTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAAAAACAAAACAACAAAAATAAAAACAAGCAGAAAATGTTCA  100

seq1  TATATAGTTTTCAAAAGGATTTGAAATGTCAACAGCGTCATCTAACTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTTTTCAAAAGGATTTGAAATGTCAACAGCGTCATCTAACTGTT  150

seq1  ACAGTGAACACTTAGGATTCACTAGAATGAAAAGTGGATTTTACTACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAACACTTAGGATTCACTAGAATGAAAAGTGGATTTTACTACAGA  200

seq1  AAATTAAAGTTTTTGTTTGTACATAGACTTTAACATTTTGGGGTTATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGTTTTTGTTTGTACATAGACTTTAACATTTTGGGGTTATTGA  250

seq1  AATAACTACCTGTCCACCCTTTCATCTTAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTACCTGTCCACCCTTTCATCTTAGCTCCAAACTTTGTCTCTGTA  300

seq1  ACTCCTTTCATGGGTATTTTGTTCCCTATTCTAAGGAGGAATGAAATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTTCATGGGTATTTTGTTCCCTATTCTAAGGAGGAATGAAATATC  350

seq1  CACCCATTGGTCTTCCCTCTTCTTGATTTTCTTGTGTTTTGCAAATTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATTGGTCTTCCCTCTTCTTGATTTTCTTGTGTTTTGCAAATTGTA  400

seq1  GCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGCA  450

seq1  TATCAAGTGACTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTGACTTCTTTTGTGATTGGGTTACCTCACTCAGGATGATATCC  500

seq1  TCCAGATACATCCATTTGCCCACCCCGGGATCCATCCCATAATCAGCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATACATCCATTTGCCCACCCCGGGATCCATCCCATAATCAGCCAC  550

seq1  CAAATGCAGACAATATTGCACATGCCAGAAAGATTTTGCTGAAAGGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAGACAATATTGCACATGCCAGAAAGATTTTGCTGAAAGGACCC  600

seq1  TGATATAGCTGTCTTGATACATGAAGCAACTGCTGATGTGACAACATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAGCTGTCTTGATACATGAAGCAACTGCTGATGTGACAACATACT  650

seq1  ATCTCAGTAGGTTTTTTAATTATTCTCTAAAATAATGACAAAGGAATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGTAGGTTTTTTAATTATTCTCTAAAATAATGACAAAGGAATGGT  700

seq1  GTGTTAAGTATATGAGCCAGTACGCTAGTTATTTATTAACTCTGCTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAGTATATGAGCCAGTACGCTAGTTATTTATTAACTCTGCTTGCT  750

seq1  TTGTTTTTGCATAACTGACAGCGCATAGGTTGGCTTACACATCCTCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTGCATAACTGACAGCGCATAGGTTGGCTTACACATCCTCAGCA  800

seq1  CTAACGTGGTGTGGCTACTCTGTGCAGTGCTGTACTGTGTTATCTTTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACGTGGTGTGGCTACTCTGTGCAGTGCTGTACTGTGTTATCTTTAGG  850

seq1  TCCAATGGCTAATCTTCATTGTCAGCTTGAGCAGGTTAACATGATAGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGGCTAATCTTCATTGTCAGCTTGAGCAGGTTAACATGATAGGGG  900

seq1  TTAGCACTTTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGAGAGGGTGTTTCCAGAGAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACTTTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGAGAGGGTGTTTCCAGAGAAGA  950

seq1  CTAACAGAGGGAAGAAAACATGCCATGCATGTTGGGGGAGGCACCACACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGAGGGAAGAAAACATGCCATGCATGTTGGGGGAGGCACCACACA  1000

seq1  CAGATGGGATCTCATATGAAACACAAACAGAAGAGGAGA-AAGCAAGCTG  1049
      |||||||||||||||||| ||||||||||||    |||| |||| |||||
seq2  CAGATGGGATCTCATATG-AACACAAACAGA----GAGAGAAGC-AGCTG  1044

seq1  AGTGACAGCGTTCTTTTCTCTCTCTGCTTCCTGTTCTGATTAAGGTGAAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||
seq2  AGTGACAGCGTTCTTTTCTCTCTCTGCT--CTGTTCTGATTAAGGTG-AA  1091

seq1  GAGCAGCTTTCTGATGATATAGC  1122
      |||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGCAGCTTTCTGATGAT-TAGC  1113

seq1: chr3_123223081_123224201
seq2: B6Ng01-333J16.g_66_1154 (reverse)

seq1  GAGACAGGCATGGCTGAATCAAATTGCTTTTTAGAAGTGTGTGGAACATG  50
      |||||||||||||||| ||||   ||||||  || ||||      |||||
seq2  GAGACAGGCATGGCTG-ATCA---TGCTTTAGAGTAGTG------ACATG  40

seq1  GTTTGGATTTGCTTAAGTGCCTCCAAAAGCCCTGCTTTGCTTAGGGGAAA  100
         ||||  ||| |||||| |||  ||||  |||| |||||    |||||
seq2  ---TGGA--TGC-TAAGTG-CTC--AAAG--CTGC-TTGCT---AGGAAA  75

seq1  GTTGGCGTATCTTGTTTTAAATGGCTTTTGAGAGCACAGTGTTTTAGCTC  150
      | | ||||||| |||||||||||    |||||||||||||| ||||||||
seq2  GGT-GCGTATC-TGTTTTAAATG---CTTGAGAGCACAGTG-TTTAGCTC  119

seq1  TTCCTGGAGTGCCCTGGTTCATGCATGTGAATTGACAATTCAGTGGTTTC  200
       |||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  -TCCTGGAGTG-CCTG--TCATGCATGTGAA-TGACAATTCAGTGG-TTC  163

seq1  AGGGTTCACAGCTGCAGATAAAGGGTCTGTACAGGTGGCGCTTTTACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCACAGCTGCAGATAAAGGGTCTGTACAGGTGGCGCTTTTACCTG  213

seq1  CATGGTAAAATAGTTCATAGCCAATCTCT-CCCTA--GCCACGGAACATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||
seq2  CATGGTAAAATAGTTCATAGCCAATCTCTCCCCTAAGCCCACGGAACATT  263

seq1  CATTGACGAACATAAGCTGAATCA-GGTGGATATTG-CCCAGTGGCTGTT  345
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTGACGAACATAAGCTGAATCAGGGTGGATATTGCCCCAGTGGCTGTT  313

seq1  GGAAGCCAGCCCTTGGGGCTTTCCTGATCTCCTGTAACAGGCACATAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAGCCCTTGGGGCTTTCCTGATCTCCTGTAACAGGCACATAAAA  363

seq1  TCCTTTCATCATCATCATTAAAACTGACTTTGTAGCTTTCGGTGTCAACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCATCATCATCATTAAAACTGACTTTGTAGCTTTCGGTGTCAACC  413

seq1  TGAAAGCTTAGGGGTGTGTTCCCCACTCTTGGCTGCATCCAGGGGTCCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTTAGGGGTGTGTTCCCCACTCTTGGCTGCATCCAGGGGTCCTA  463

seq1  TGGGAAAAAATAATGATTGGAGATGAAAGATCATGGAGTCCCTGGGCATC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAAAATAATGATTGGAGATGAAAGATCATGGAGTCCCTGGGCATC  513

seq1  CTTGGTCCTTTGCAGAGTTGTCATTAACTGGGGCCAGCTGGCGCAGTTGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCCTTTGCAGAGTTGTCATTAACTGGGGCCAGCTGGCGCAGTTGC  563

seq1  TGTTTGTCAAGCCAGTTATTTTTGAAAATAGTGGCTTATTTATTAATTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTCAAGCCAGTTATTTTTGAAAATAGTGGCTTATTTATTAATTAT  613

seq1  ATGTGTATCTGCCACATCTTACATGCCTTGGTCCTTGACACCTGACTGAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATCTGCCACATCTTACATGCCTTGGTCCTTGACACCTGACTGAG  663

seq1  CTAATGAGGGAATAAAGAAAAGACAGACACACAGACACACATGCTGAGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAGGGAATAAAGAAAAGACAGACACACAGACACACATGCTGAGCT  713

seq1  CTCTGGTGGAACAGCATCACCTATGCACTGACACAGAACCAGGCCTCTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGGAACAGCATCACCTATGCACTGACACAGAACCAGGCCTCTTA  763

seq1  TGTAACCTGGGGAGGGGTTAGCTAGTCTTGCTAGGTCTTTGTAGGGGAGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCTGGGGAGGGGTTAGCTAGTCTTGCTAGGTCTTTGTAGGGGAGA  813

seq1  AGCCTCCGGTTCTAGTCATTGGGGTAGAGGAAGCTACATTTGCCAGTTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCGGTTCTAGTCATTGGGGTAGAGGAAGCTACATTTGCCAGTTTT  863

seq1  TATCACACACTGGACAATCAGTCATAAACACTTGTATCTGGACCAGAAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACACACTGGACAATCAGTCATAAACACTTGTATCTGGACCAGAAGA  913

seq1  AGGCTTGGCACCTGGAGGAAGACTTTGCAAATCTCCAAAGGTCTCTGGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGCACCTGGAGGAAGACTTTGCAAATCTCCAAAGGTCTCTGGCA  963

seq1  TTCACTGGTCCTTGTCAATAATTCACATTCACTTAGGGCTTTGATGGATC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGGTCCTTGTCAATAATTCACATTCACTTAGGGCTTTGATGGATC  1013

seq1  CGCATGGATATGTATGAGTGTATATCTCTGTGTGTATACATGTGAGTGCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATGGATATGTATGAGTGTATATCTCTGTGTGTATACATGTGAGTGCT  1063

seq1  GGTTCCTATGGACATCAGAGGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTATGGACATCAGAGGAATTC  1089