BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334H02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,693,757 - 118,835,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334H02.bB6Ng01-334H02.g
ACCGA119945GA119946
length1,140934
definitionB6Ng01-334H02.b B6Ng01-334H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,834,111 - 118,835,259)(118,693,757 - 118,694,686)
sequence
gaattctggggatggaactcttgtcctcatgcttgtatggcaagcactgc
actgaccgaataacttcctgagccccaattttcttaactttattgagtct
caactttcccacttctcaaatgttgattataatattaaccttgtcatctc
agaaagtggcagtgggaatttcacaaatttgtgtgtaaatgtaggctcct
gaaagagacatccaatttctataatgccactaaaacgcatattactataa
ttactagcacagcacaaagatttctttcataggaaataaaatataatgtt
cccttcaataataacatattacaacatagttaattcaatttcatgtactt
cttgagaactatagttttaaattacattaaatacctttacattgctttgg
gttttggaaggctgatgatttatgtgtagccttgcattaatccatcagta
gagtatatatggcagtagttactagtgtctgctacagagccagaatgtct
atattgaaatcctgttctatcatctttaggtcctgtgctgagcaagggag
tagattttctaattagtaaaatatgagtaacattgcagagagaatcaaga
acggcagtggctaagacttttttcactttaatgacacaatggacatttta
caagatttggatttatatacttatttaagaatttcaaccttgttttgccc
attttttttttgcccaataaagacctaaggacactgagttataaagacca
cagcacgattgaagggaagacccaggttcagggccagctggtgcttctaa
cagtctatgattttagttactagtttttgatggtctcatctacatacgca
gggaatgctaataattgcttttttcattgttacatccttcagtgaatatg
agactggggtaccagggatttatgctgtgcatgaagtcatgaaatctggt
gatagaatctgctagaagccattgagctcccatcacacacttcttattta
cgtatgtgctaacatcaccaaggacatgctgcaaaatttaatgcatgttt
gtatcatgatagaaatacgttgagacacatgcaagagtacaccaggcgag
agctgtcttaaacctgggtaaggtcctttgtgaactctaa

gaattcatatgtaaatccctccaggtgacttgaatttttatcttatcatc
acatacatttattcaatgaagggaggacataagtctgccacagcattcat
ataggagtcagaagaaatcatttctttccttccactttttgagtcctagg
tatcaaactcaaatgaactttgtcatctctctgacctaagaatttaagaa
tcctaatagtttgagccccacttcaaaatattttcatgcaataattgtta
aggataattcatgtggtcaacagaagttttgaaactctttatatgtttat
aattttaagagcagaaaataaattggctatacaaagaaaatatcaactgt
ttatagaaaagaacagaagccaaccgatgagaaaaaaatgaaggaaatgt
acaaagaagagggaaagattcatcttttcggtttacttgagagtttctac
gtttgcccacctgctgcacagcttaattcgtctgctatgactctgcacag
tgacttgacaatgaaagagttcatttcaagccataagtcaaaagtcaagg
agtggagctgcagagatggctcagtggttcagggcacctggtgctcttgg
gtagtggtcttgatcccagaaaacacatcaagctgctggcaactataggt
aattctacttccaggggtctaatgccctcttctggcctcaattggcattg
catgcacatagcggagatacccacatgcaggtaaaacacttatatactat
atatgtatagaatatgtttatagtattgctataaatatatttatatatat
gtatatatatgtatatacatatatataatatatttatatattatatataa
aatttttacacacacacacacactcacacacacacacatatatatatata
tatattatatatatatttatgttgtgtgtggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118834111_118835259
seq2: B6Ng01-334H02.b_46_1185 (reverse)

seq1  TTAGAGTCTACAAAGGAACTTAACCCAGTTTTAAGGACAGCTTCTCG-CT  49
      |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||
seq2  TTAGAGTTCACAAAGGACCTT-ACCCAGGTTTAA-GACAGC-TCTCGCCT  47

seq1  GGTGTTAACTCTTGCCAATGTGGTCTCAACGTATTTCTATCCATGATACA  99
      |||||  ||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTGT--ACTCTTGC--ATGT-GTCTCAACGTATTTCTAT-CATGATACA  91

seq1  AACATGCATTTAAATTTTGCAGCATGTCCTT-GTGATGTTAGGCACATAC  148
      |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  AACATGCA-TTAAATTTTGCAGCATGTCCTTGGTGATGTTA-GCACATAC  139

seq1  GTAAATAAGAAGTGTGTGATGGGAGCTCAATGGCTTCTAGCAGATTCTAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAGAAGTGTGTGATGGGAGCTCAATGGCTTCTAGCAGATTCTAT  189

seq1  CACCAGATTTCATGACTTCATGCACAGCATAAATCCCTGGTACCCCAGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGATTTCATGACTTCATGCACAGCATAAATCCCTGGTACCCCAGTC  239

seq1  TCATATTCACTGAAGGATGTAACAATGAAAAAAGCAATTATTAGCATTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTCACTGAAGGATGTAACAATGAAAAAAGCAATTATTAGCATTCC  289

seq1  CTGCGTATGTAGATGAGACCATCAAAAACTAGTAACTAAAATCATAGACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTATGTAGATGAGACCATCAAAAACTAGTAACTAAAATCATAGACT  339

seq1  GTTAGAAGCACCAGCTGGCCCTGAACCTGGGTCTTCCCTTCAATCGTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAGCACCAGCTGGCCCTGAACCTGGGTCTTCCCTTCAATCGTGCT  389

seq1  GTGGTCTTTATAACTCAGTGTCCTTAGGTCTTTATTGGGCAAAAAAAAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTTTATAACTCAGTGTCCTTAGGTCTTTATTGGGCAAAAAAAAAA  439

seq1  TGGGCAAAACAAGGTTGAAATTCTTAAATAAGTATATAAATCCAAATCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAAACAAGGTTGAAATTCTTAAATAAGTATATAAATCCAAATCTT  489

seq1  GTAAAATGTCCATTGTGTCATTAAAGTGAAAAAAGTCTTAGCCACTGCCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATGTCCATTGTGTCATTAAAGTGAAAAAAGTCTTAGCCACTGCCG  539

seq1  TTCTTGATTCTCTCTGCAATGTTACTCATATTTTACTAATTAGAAAATCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGATTCTCTCTGCAATGTTACTCATATTTTACTAATTAGAAAATCT  589

seq1  ACTCCCTTGCTCAGCACAGGACCTAAAGATGATAGAACAGGATTTCAATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTTGCTCAGCACAGGACCTAAAGATGATAGAACAGGATTTCAATA  639

seq1  TAGACATTCTGGCTCTGTAGCAGACACTAGTAACTACTGCCATATATACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATTCTGGCTCTGTAGCAGACACTAGTAACTACTGCCATATATACT  689

seq1  CTACTGATGGATTAATGCAAGGCTACACATAAATCATCAGCCTTCCAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGATGGATTAATGCAAGGCTACACATAAATCATCAGCCTTCCAAAA  739

seq1  CCCAAAGCAATGTAAAGGTATTTAATGTAATTTAAAACTATAGTTCTCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGCAATGTAAAGGTATTTAATGTAATTTAAAACTATAGTTCTCAA  789

seq1  GAAGTACATGAAATTGAATTAACTATGTTGTAATATGTTATTATTGAAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACATGAAATTGAATTAACTATGTTGTAATATGTTATTATTGAAGG  839

seq1  GAACATTATATTTTATTTCCTATGAAAGAAATCTTTGTGCTGTGCTAGTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTATATTTTATTTCCTATGAAAGAAATCTTTGTGCTGTGCTAGTA  889

seq1  ATTATAGTAATATGCGTTTTAGTGGCATTATAGAAATTGGATGTCTCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGTAATATGCGTTTTAGTGGCATTATAGAAATTGGATGTCTCTTT  939

seq1  CAGGAGCCTACATTTACACACAAATTTGTGAAATTCCCACTGCCACTTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCTACATTTACACACAAATTTGTGAAATTCCCACTGCCACTTTC  989

seq1  TGAGATGACAAGGTTAATATTATAATCAACATTTGAGAAGTGGGAAAGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGACAAGGTTAATATTATAATCAACATTTGAGAAGTGGGAAAGTT  1039

seq1  GAGACTCAATAAAGTTAAGAAAATTGGGGCTCAGGAAGTTATTCGGTCAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCAATAAAGTTAAGAAAATTGGGGCTCAGGAAGTTATTCGGTCAG  1089

seq1  TGCAGTGCTTGCCATACAAGCATGAGGACAAGAGTTCCATCCCCAGAATT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGCTTGCCATACAAGCATGAGGACAAGAGTTCCATCCCCAGAATT  1139

seq1  C  1149
      |
seq2  C  1140


seq1: chr3_118693757_118694686
seq2: B6Ng01-334H02.g_66_999

seq1  GAATTCATATGTAAATCCCTCCAGGTGACTTGAATTTTTATCTTATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGTAAATCCCTCCAGGTGACTTGAATTTTTATCTTATCATC  50

seq1  ACATACATTTATTCAATGAAGGGAGGACATAAGTCTGCCACAGCATTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATTTATTCAATGAAGGGAGGACATAAGTCTGCCACAGCATTCAT  100

seq1  ATAGGAGTCAGAAGAAATCATTTCTTTCCTTCCACTTTTTGAGTCCTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTCAGAAGAAATCATTTCTTTCCTTCCACTTTTTGAGTCCTAGG  150

seq1  TATCAAACTCAAATGAACTTTGTCATCTCTCTGACCTAAGAATTTAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACTCAAATGAACTTTGTCATCTCTCTGACCTAAGAATTTAAGAA  200

seq1  TCCTAATAGTTTGAGCCCCACTTCAAAATATTTTCATGCAATAATTGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATAGTTTGAGCCCCACTTCAAAATATTTTCATGCAATAATTGTTA  250

seq1  AGGATAATTCATGTGGTCAACAGAAGTTTTGAAACTCTTTATATGTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAATTCATGTGGTCAACAGAAGTTTTGAAACTCTTTATATGTTTAT  300

seq1  AATTTTAAGAGCAGAAAATAAATTGGCTATACAAAGAAAATATCAACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAGAGCAGAAAATAAATTGGCTATACAAAGAAAATATCAACTGT  350

seq1  TTATAGAAAAGAACAGAAGCCAACCGATGAGAAAAAAATGAAGGAAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAAAAGAACAGAAGCCAACCGATGAGAAAAAAATGAAGGAAATGT  400

seq1  ACAAAGAAGAGGGAAAGATTCATCTTTTCGGTTTACTTGAGAGTTTCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAGAGGGAAAGATTCATCTTTTCGGTTTACTTGAGAGTTTCTAC  450

seq1  GTTTGCCCACCTGCTGCACAGCTTAATTCGTCTGCTATGACTCTGCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCCACCTGCTGCACAGCTTAATTCGTCTGCTATGACTCTGCACAG  500

seq1  TGACTTGACAATGAAAGAGTTCATTTCAAGCCATAAGTCAAAAGTCAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGACAATGAAAGAGTTCATTTCAAGCCATAAGTCAAAAGTCAAGG  550

seq1  AGTGGAGCTGCAGAGATGGCTCAGTGGTTCAGGGCACCTGGTGCTCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGCTGCAGAGATGGCTCAGTGGTTCAGGGCACCTGGTGCTCTTGG  600

seq1  GTAGTGGTCTTGATCCCAGAAAACACATCAAGCTGCTGGCAACTATAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTCTTGATCCCAGAAAACACATCAAGCTGCTGGCAACTATAGGT  650

seq1  AATTCTACTTCCAGGGGTCTAATGCCCTCTTCTGGCCTCAATTGGCATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTACTTCCAGGGGTCTAATGCCCTCTTCTGGCCTCAATTGGCATTG  700

seq1  CATGCACATAGCGGAGATACCCACATGCAGGTAAAACACTTATATACTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACATAGCGGAGATACCCACATGCAGGTAAAACACTTATATACTAT  750

seq1  ATATGTATAGAATATGTTTATAGTATTGCTATAAATATA-TTATATATAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATATGTATAGAATATGTTTATAGTATTGCTATAAATATATTTATATATAT  800

seq1  GTATATATATGTATATACATATATATAATATATTTATATATTATATATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATATGTATATACATATATATAATATATTTATATATTATATATAA  850

seq1  AATTTTTACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATA  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTACACACACACACACACTCACACACACACACATATATATATATA  900

seq1  TATA-TATATATATATATATG-TGTGTGT-GTGT  930
      |||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||
seq2  TATATTATATATATATTTATGTTGTGTGTGGTGT  934


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |