BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334M10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,545,617 - 122,663,796
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53
Upstream geneArhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1
Downstream geneMyoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334M10.bB6Ng01-334M10.g
ACCGA120198GA120199
length1,0911,174
definitionB6Ng01-334M10.b B6Ng01-334M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,662,702 - 122,663,796)(122,545,617 - 122,546,792)
sequence
gaattcatttgtttatataacgtatatataacctgacagaaattttatat
agtatttgtagtgagcctgcatcttaaatggagctcatcacataaactta
ggtttagaatttaccattcatagcaataatattagctctcaaatttcaga
ttttggagcatttcagactaaatacattctataataaaatgcaggattta
tatcttttatatttatagcagacctttggactgggaaaatgaccttaaag
caaggaactcattggtagatgaactgcacaagacaccttcatctttactt
agctgctccccttgtattggccttgtctctaccctcgtctcctttacagt
gataaaagccgagataaagggaaaagaaaggaaagcgcgaatttaacctt
aggttattgtattttagacctcaggagtcaactgtaaaagtttgccttgc
ttactgcctgcctgtctgccagctccttctctctccctctcagaaacagc
tagaaatgcaaactctagccttagaccttatgcagcatttgtcatcaaag
ttcctttgagtcctttatcaatttagtgagcttaatctacctcataggtg
gatggattaagatggaaacccaagtctgattacaaaatgtctcattactc
caatactggcagttttgttatttcagtgtttatcaggctgagtgtgttct
agtgtacttgtgcagtgtgttagagaagtactcttggttactgactatta
gtggcttatttcaaccacgcacctatgaagcgtataccagaattagagcg
tctggaatggacagtagtgatggtgtaacagtttctgttgaaaatgctta
tatagttgttttaaggtatcacatgccttgatattttacagtgtgaagga
taattcccagtaatgtctgtcccatctctaatcaaagccattagtattca
caatacaagcaaaagcagaagtctagtacttaggtaactttgctggtaga
gtctgccatctcctaactgaaatgcttgacttgacctctgcaactttagc
ccaaagaaacgtctacaattttgcttgtagggtagatttaa
gaattcaggtgacccaccataatccaggactgtccttattaagatgtgtg
atgttatccttctggtaaacccggatgatttcatctcactatcaatgtgg
aaaaaccaatgatagcaggcaagatttacccccaaggaccaacttcagca
actcccagggcaaccaaaacagggaagctatatattgtagtcacaacagc
caaataaatactgtttgttctttggtcttcaaattttgagtgttctcttg
ttaagcaggttttaattgaagtcttttttataaccagtaacaacttactg
aggataaatattcacaagatttgggggtttctttctcccttaacagagca
atgctgatgacagcctgcgacctctctgcgattactaaaccctggcctat
tcaacaacgggtatgttcctcagtagtgatcaaagccaagctaaaaagtc
aaagtcagaaaaaaaaatctcttcacttaaaggtatctttggaaataaat
agactttaattcctttatgtataagacagaggcacataactcatcgagag
ttttaatgattaagtgacactgcttcatacaaaatgcatacatggtcgtt
gctaccacctctgccacttcagctgtggtgaagagtgtgatgtctcaggg
gcactggtgtttgtctcaagaagcagcgttgagcacccttagaattctta
ttcttccatgcctctcctccaggagtaagtgagaaacactgccaggttca
gcggccagcttggggtggatcctgacccacaccccatcaaatcataactt
aaaaatcaagaatggggacagctctgcagttcttgggttgtttaagatta
ctttaactatgctgaggtttttgttttattttgtttccatatgaagttta
tttttttttcaaatttctgtgaagaatactgttggaatttggatggcgat
tgtgttcatctattgacttcttttggtaggtggccattcccccaatatta
atcctaccaattcatgagctctatcttctgataatcagcttcaatttctt
tattcagtgtcttaggatttttatttatgtaagtatttcactcaatcatt
tcctgatatgtcgctgttttgtatgaagggaaagtactgcttttgtggtg
ttatgtatactgcatgattgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122662702_122663796
seq2: B6Ng01-334M10.b_48_1138 (reverse)

seq1  TTAAATTCTACCCTAACAAGCAAAATTTGTAGACGTTTCTTTGGCTTAAA  50
      ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||
seq2  TTAAA-TCTACCCT-ACAAGCAAAA-TTGTAGACGTTTCTTTGGGCTAAA  47

seq1  GTTGCCAGAGGTCAAGTCAAGCATTTCAGTTAGGAGATGGCAGACTCTAC  100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTG-CAGAGGTCAAGTCAAGCATTTCAGTTAGGAGATGGCAGACTCTAC  96

seq1  CAGCAAAGTTACCTAAGTACTAGACTTCTGCCTTTTGCTTGTATTGTGAA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAGTTACCTAAGTACTAGACTTCTG-CTTTTGCTTGTATTGTGAA  145

seq1  TACTAATGGCTTTG-TTAGAGATGGGACAGACATTACTGGGAATTATCCT  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATGGCTTTGATTAGAGATGGGACAGACATTACTGGGAATTATCCT  195

seq1  TCACACTGTAAAATATCAAGGCATGTGATACCTTAAAACAACTATATAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGTAAAATATCAAGGCATGTGATACCTTAAAACAACTATATAAG  245

seq1  CATTTTCAACAGAAACTGTTACACCATCACTACTGTCCATTCCAGACGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAACAGAAACTGTTACACCATCACTACTGTCCATTCCAGACGCT  295

seq1  CTAATTCTGGTATACGCTTCATAGGTGCGTGGTTGAAATAAGCCACTAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTGGTATACGCTTCATAGGTGCGTGGTTGAAATAAGCCACTAAT  345

seq1  AGTCAGTAACCAAGAGTACTTCTCTAACACACTGCACAAGTACACTAGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTAACCAAGAGTACTTCTCTAACACACTGCACAAGTACACTAGAA  395

seq1  CACACTCAGCCTGATAAACACTGAAATAACAAAACTGCCAGTATTGGAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAGCCTGATAAACACTGAAATAACAAAACTGCCAGTATTGGAGT  445

seq1  AATGAGACATTTTGTAATCAGACTTGGGTTTCCATCTTAATCCATCCACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGACATTTTGTAATCAGACTTGGGTTTCCATCTTAATCCATCCACC  495

seq1  TATGAGGTAGATTAAGCTCACTAAATTGATAAAGGACTCAAAGGAACTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGTAGATTAAGCTCACTAAATTGATAAAGGACTCAAAGGAACTTT  545

seq1  GATGACAAATGCTGCATAAGGTCTAAGGCTAGAGTTTGCATTTCTAGCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACAAATGCTGCATAAGGTCTAAGGCTAGAGTTTGCATTTCTAGCTG  595

seq1  TTTCTGAGAGGGAGAGAGAAGGAGCTGGCAGACAGGCAGGCAGTAAGCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGAGGGAGAGAGAAGGAGCTGGCAGACAGGCAGGCAGTAAGCAA  645

seq1  GGCAAACTTTTACAGTTGACTCCTGAGGTCTAAAATACAATAACCTAAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACTTTTACAGTTGACTCCTGAGGTCTAAAATACAATAACCTAAGG  695

seq1  TTAAATTCGCGCTTTCCTTTCTTTTCCCTTTATCTCGGCTTTTATCACTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCGCGCTTTCCTTTCTTTTCCCTTTATCTCGGCTTTTATCACTG  745

seq1  TAAAGGAGACGAGGGTAGAGACAAGGCCAATACAAGGGGAGCAGCTAAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGAGACGAGGGTAGAGACAAGGCCAATACAAGGGGAGCAGCTAAGT  795

seq1  AAAGATGAAGGTGTCTTGTGCAGTTCATCTACCAATGAGTTCCTTGCTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGAAGGTGTCTTGTGCAGTTCATCTACCAATGAGTTCCTTGCTTT  845

seq1  AAGGTCATTTTCCCAGTCCAAAGGTCTGCTATAAATATAAAAGATATAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCATTTTCCCAGTCCAAAGGTCTGCTATAAATATAAAAGATATAAA  895

seq1  TCCTGCATTTTATTATAGAATGTATTTAGTCTGAAATGCTCCAAAATCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATTTTATTATAGAATGTATTTAGTCTGAAATGCTCCAAAATCTG  945

seq1  AAATTTGAGAGCTAATATTATTGCTATGAATGGTAAATTCTAAACCTAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGAGAGCTAATATTATTGCTATGAATGGTAAATTCTAAACCTAAG  995

seq1  TTTATGTGATGAGCTCCATTTAAGATGCAGGCTCACTACAAATACTATAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGATGAGCTCCATTTAAGATGCAGGCTCACTACAAATACTATAT  1045

seq1  AAAATTTCTGTCAGGTTATATATACGTTATATAAACAAATGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCTGTCAGGTTATATATACGTTATATAAACAAATGAATTC  1091

seq1: chr3_122545617_122546792
seq2: B6Ng01-334M10.g_67_1240

seq1  GAATTCAGGTGACCCACCATAATCCAGGACTGTCCTTATTAAGATGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTGACCCACCATAATCCAGGACTGTCCTTATTAAGATGTGTG  50

seq1  ATGTTATCCTTCTGGTAAACCCGGATGATTTCATCTCACTATCAATGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATCCTTCTGGTAAACCCGGATGATTTCATCTCACTATCAATGTGG  100

seq1  AAAAACCAATGATAGCAGGCAAGATTTACCCCCAAGGACCAACTTCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAATGATAGCAGGCAAGATTTACCCCCAAGGACCAACTTCAGCA  150

seq1  ACTCCCAGGGCAACCAAAACAGGGAAGCTATATATTGTAGTCACAACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGGCAACCAAAACAGGGAAGCTATATATTGTAGTCACAACAGC  200

seq1  CAAATAAATACTGTTTGTTCTTTGGTCTTCAAATTTTGAGTGTTCTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATACTGTTTGTTCTTTGGTCTTCAAATTTTGAGTGTTCTCTTG  250

seq1  TTAAGCAGGTTTTAATTGAAGTCTTTTTTATAACCAGTAACAACTTACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAGGTTTTAATTGAAGTCTTTTTTATAACCAGTAACAACTTACTG  300

seq1  AGGATAAATATTCACAAGATTTGGGGGTTTCTTTCTCCCTTAACAGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAATATTCACAAGATTTGGGGGTTTCTTTCTCCCTTAACAGAGCA  350

seq1  ATGCTGATGACAGCCTGCGACCTCTCTGCGATTACTAAACCCTGGCCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATGACAGCCTGCGACCTCTCTGCGATTACTAAACCCTGGCCTAT  400

seq1  TCAACAACGGGTATGTTCCTCAGTAGTGATCAAAGCCAAGCTAAAAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAACGGGTATGTTCCTCAGTAGTGATCAAAGCCAAGCTAAAAAGTC  450

seq1  AAAGTCAGAAAAAAAAATCTCTTCACTTAAAGGTATCTTTGGAAATAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGAAAAAAAAATCTCTTCACTTAAAGGTATCTTTGGAAATAAAT  500

seq1  AGACTTTAATTCCTTTATGTATAAGACAGAGGCACATAACTCATCGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTAATTCCTTTATGTATAAGACAGAGGCACATAACTCATCGAGAG  550

seq1  TTTTAATGATTAAGTGACACTGCTTCATACAAAATGCATACATGGTCGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGATTAAGTGACACTGCTTCATACAAAATGCATACATGGTCGTT  600

seq1  GCTACCACCTCTGCCACTTCAGCTGTGGTGAAGAGTGTGATGTCTCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCACCTCTGCCACTTCAGCTGTGGTGAAGAGTGTGATGTCTCAGGG  650

seq1  GCACTGGTGTTTGTCTCAAGAAGCAGCGTTGAGCACCCTTAGAATTCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTGTTTGTCTCAAGAAGCAGCGTTGAGCACCCTTAGAATTCTTA  700

seq1  TTCTTCCATGCCTCTCCTCCAGGAGTAAGTGAGAAACACTGCCAGGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCATGCCTCTCCTCCAGGAGTAAGTGAGAAACACTGCCAGGTTCA  750

seq1  GCGGCCAGCTTGGGGTGGATCCTGACCCACACCCCATCAAATCATAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCCAGCTTGGGGTGGATCCTGACCCACACCCCATCAAATCATAACTT  800

seq1  AAAAATCAAGAATGGGGACAGCTCTGCAGTTCTTGGGTTGTTTAAGATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCAAGAATGGGGACAGCTCTGCAGTTCTTGGGTTGTTTAAGATTA  850

seq1  CTTTAACTATGCTGAGGTTTTTGTTTTATTTTGTTTCCATATGAAGTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTATGCTGAGGTTTTTGTTTTATTTTGTTTCCATATGAAGTTTA  900

seq1  TTTTTTTTTCAAATTTCTGTGAAGAATACTGTTGGAATTTGGATGGCGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCAAATTTCTGTGAAGAATACTGTTGGAATTTGGATGGCGAT  950

seq1  TGTGTTCAATCTATTGACTTCTTTTGGTAGGTGGCCATTCCCCCAATATT  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTC-ATCTATTGACTTCTTTTGGTAGGTGGCCATTCCCCCAATATT  999

seq1  AATCCTACCAATTCATGAGCTCTATCTTCTGAT-ATCAGCTTCCATTTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AATCCTACCAATTCATGAGCTCTATCTTCTGATAATCAGCTTCAATTTCT  1049

seq1  TTATTCAGTGTCTTAAGATTTTTA-TTATGTAAGTATTTCACTCATTCAT  1098
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTATTCAGTGTCTTAGGATTTTTATTTATGTAAGTATTTCACTCAATCAT  1099

seq1  TTCTTGGTATGTTCGCTG-TTTGTATGAAGGGAAAGTACTGGTTTTGT-G  1146
      ||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  TTCCTGATATG-TCGCTGTTTTGTATGAAGGGAAAGTACTGCTTTTGTGG  1148

seq1  TGTTAATTTTGTATACTGCTAGTTTGCTGA  1176
      |||||    ||||||||||  | |||||||
seq2  TGTTA----TGTATACTGCATGATTGCTGA  1174