BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335C03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 127,988,111 - 128,116,743
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp, BC002199, 5730508B09Rik, LOC100043382, EG668828
Downstream geneLOC100043393, EG668831, Pitx2, Enpep, LOC100043415
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335C03.bB6Ng01-335C03.g
ACCGA120455GA120456
length1,1021,153
definitionB6Ng01-335C03.b B6Ng01-335C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,988,111 - 127,989,195)(128,115,572 - 128,116,743)
sequence
gaattcttcttagaagcctggtaccgtgacccccaaatttcacacttttt
tttaaatgctgggaagaaaacatagtttttctgggtttagtttataatag
ttggtggtgatatatgataagggtcgggtgtttatattagccatgtcagg
attcccttaggtctataattaacacactcaccaaacactgttgaattccc
tgacgaatgtacccagccttttaagtgaccgacccagggttctgttgctt
ttcaccctcacccgactcctacatccacctttcccaaatattttatttgg
catttatcacatgcagtaaccccccattctttttatccttcttgttttat
tgatgaataatgagaatgttaacactgcttatctggacgtgggcaaatga
agagtgacttgcctaagagcctcttgtcagaatccaccgggtggtttctt
tgtgtttgcttccagttttaagctatgattgcttacacccaacagtagct
ataaaatacacatttgtgggaaaagccctaatctcatagtcaacgaaagt
aatcttattctgtgatgtgactataaatgaaatcctactttacagtggct
agtctgatgcccatgaagaaccttaagggtttgcgggcacagatgtgtag
cagaagagctagctcggcaagaattttttgtctatctctccctgccctcc
ccctttttttttcttctgttatttcaatcactgctgggatggatattttc
atgacatttttatagtttgaaagttttgagctttattttctatttacaaa
atcaaggcttttaatcttatgaagtcaccctggattgacgttttgttatt
ccccgagattttactgggagatgcaatgatggttcagttgataaagtgct
tgttgttcacacatgagaccctgagcacgatgccctgggactcatgtaga
agcatggcacaatggcacaaacatgggaatttccagtgttgcagaagtcc
gaaacccgaagaaaactcgtggaactttaactgggcgacttaagtcttaa
gcctaattgatgaagcttcagggtcaatgtttgttaaaacattgaaggta
ca
gaattcactgccttctcaaaacaaaaatgaattatataaacagagattac
atagtgtgggagaatatagaaagggtaactctgagtactctcagctcgcc
aggtctgtgtcttttctatcaccagctgcacacacaaacaccttataaat
catattaggagaacagactaaatgccagttagagtttaaaattatgtgtc
ttactctagtctgattccatatgttctcaggcatatgcaagcatccacac
aggcattcattctgcatgtatgtaggcatgtgatatatgagaaagttcac
tgttctattaccaatctaaaatgaatggacactttacaaaggtcttgaag
aaaataatgtatgtcaacatgtgtgtacatatgtgagatttgtacatata
tgtggtgtcactatactgagtaaaaagagagaagcttaagatgttataaa
tgtgattaaagcatttgtaggataatctaatgaatggaaaagtcgtatct
tgtacctcagttggaaattgggtattttattaatcacctaacttcataat
catattacctacattcatgtaagtgtgtgtttgaaaacataaaggagaag
ggtgtctcaatgagttttagcagtcccaccatctgccagtcaccagtgaa
aggcagaaggttttcatccatcattatgggtcagatctccatgattaaaa
cctcagggcttctcaggggtataaactcctggctctccacctgcacactt
ccctgtggactcatcacccttgactttaaacaactctgcaaaagcaagtt
aattttaattgagaagcagaatttaacaatgaataaaaagggaagctagt
taacattattcaccaggtaaagttaacagaggattttgtttgaaaaataa
ataaattctgggaaaaaatgcttgtcttgttttttatattaaattattat
taactgattgaaaaatggttcttaaattagaaagaaccaagaattatatt
cttggttcttctaattatatatagttgccctctctggaacaatagctgca
tcccagcgctgcaagcccaatttgacttccatgcttggagtcataaaatc
caatgatttggggcatcacctctccagttgttaaattcagtcatttagag
aaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_127988111_127989195
seq2: B6Ng01-335C03.b_46_1147

seq1  GAATTCTTCTTAGAAGCCTGGTACCGTGACCCCCAAATTTCACACTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTAGAAGCCTGGTACCGTGACCCCCAAATTTCACACTTTTT  50

seq1  TTTAAATGCTGGGAAGAAAACATAGTTTTTCTGGGTTTAGTTTATAATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGCTGGGAAGAAAACATAGTTTTTCTGGGTTTAGTTTATAATAG  100

seq1  TTGGTGGTGATATATGATAAGGGTCGGGTGTTTATATTAGCCATGTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTGATATATGATAAGGGTCGGGTGTTTATATTAGCCATGTCAGG  150

seq1  ATTCCCTTAGGTCTATAATTAACACACTCACCAAACACTGTTGAATTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTTAGGTCTATAATTAACACACTCACCAAACACTGTTGAATTCCC  200

seq1  TGACGAATGTACCCAGCCTTTTAAGTGACCGACCCAGGGTTCTGTTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGAATGTACCCAGCCTTTTAAGTGACCGACCCAGGGTTCTGTTGCTT  250

seq1  TTCACCCTCACCCGACTCCTACATCCACCTTTCCCAAATATTTTATTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTCACCCGACTCCTACATCCACCTTTCCCAAATATTTTATTTGG  300

seq1  CATTTATCACATGCAGTAACCCCCCATTCTTTTTATCCTTCTTGTTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATCACATGCAGTAACCCCCCATTCTTTTTATCCTTCTTGTTTTAT  350

seq1  TGATGAATAATGAGAATGTTAACACTGCTTATCTGGACGTGGGCAAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAATAATGAGAATGTTAACACTGCTTATCTGGACGTGGGCAAATGA  400

seq1  AGAGTGACTTGCCTAAGAGCCTCTTGTCAGAATCCACCGGGTGGTTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACTTGCCTAAGAGCCTCTTGTCAGAATCCACCGGGTGGTTTCTT  450

seq1  TGTGTTTGCTTCCAGTTTTAAGCTATGATTGCTTACACCCAACAGTAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGCTTCCAGTTTTAAGCTATGATTGCTTACACCCAACAGTAGCT  500

seq1  ATAAAATACACATTTGTGGGAAAAGCCCTAATCTCATAGTCAACGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATACACATTTGTGGGAAAAGCCCTAATCTCATAGTCAACGAAAGT  550

seq1  AATCTTATTCTGTGATGTGACTATAAATGAAATCCTACTTTACAGTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTATTCTGTGATGTGACTATAAATGAAATCCTACTTTACAGTGGCT  600

seq1  AGTCTGATGCCCATGAAGAACCTTAAGGGTTTGCGGGCACAGATGTGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGATGCCCATGAAGAACCTTAAGGGTTTGCGGGCACAGATGTGTAG  650

seq1  CAGAAGAGCTAGCTCGGCAAGAATTTTTTGTCTATCTCTCCCTGCCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGCTAGCTCGGCAAGAATTTTTTGTCTATCTCTCCCTGCCCTCC  700

seq1  CCCTTTTTTTTTCTTCTGTTATTTCAATCACTGCTGGGATGGATATTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTTTTTTCTTCTGTTATTTCAATCACTGCTGGGATGGATATTTTC  750

seq1  ATGACATTTTTATAGTTTGAAAGTTTTGAGCTTTATTTTCTATTTACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATTTTTATAGTTTGAAAGTTTTGAGCTTTATTTTCTATTTACAAA  800

seq1  ATCAAGGCTTTTAATC-TATGAAGTCACCCTGGATTGACGTTTTGTTATT  849
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGCTTTTAATCTTATGAAGTCACCCTGGATTGACGTTTTGTTATT  850

seq1  CCCCGAGATTTTACTGGGAGATGCAATGATGGTTCAGTTGATAAAGTGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAGATTTTACTGGGAGATGCAATGATGGTTCAGTTGATAAAGTGCT  900

seq1  TGTTGTTCACACATGAGACCCTGAGCACGATGCCCT-GGACTCATGTAGA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTTGTTCACACATGAGACCCTGAGCACGATGCCCTGGGACTCATGTAGA  950

seq1  AGCAGGGCACAATGGCACAAACATGG--AATTCCAGTGTTGGAGAAGT-C  995
      |||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||| |
seq2  AGCATGGCACAATGGCACAAACATGGGAATTTCCAGTGTTGCAGAAGTCC  1000

seq1  GAAA-CCGAAGAAA--CCCTGG-ACTTT-ACT-GGCGAC-TAAGTCT--A  1036
      |||| |||||||||   | ||| ||||| ||| |||||| |||||||  |
seq2  GAAACCCGAAGAAAACTCGTGGAACTTTAACTGGGCGACTTAAGTCTTAA  1050

seq1  GCCAAATTGTTG-AGCTCCAGGGTCAATGTTTG-TAAAACATTG-AGGTA  1083
      ||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GCCTAATTGATGAAGCTTCAGGGTCAATGTTTGTTAAAACATTGAAGGTA  1100

seq1  CA  1085
      ||
seq2  CA  1102

seq1: chr3_128115572_128116743
seq2: B6Ng01-335C03.g_64_1216 (reverse)

seq1  TTTCTCTAAAATGAACCTGAATTTAAACAACTGGGAGA-GTGATTGGCCC  49
      ||||||| ||||||  |||||||| ||||||| ||||| |||||  ||||
seq2  TTTCTCT-AAATGA--CTGAATTT-AACAACT-GGAGAGGTGAT--GCCC  43

seq1  CAAATCATTTGGGATTTTATTGACTCCAAAGCATTGGAAAGTCAAATTGG  99
      |||||||||  |||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||||
seq2  CAAATCATT--GGATTTTA-TGACTCC-AAGCAT--GGAAGTCAAATTGG  87

seq1  GCTTTGCAGGCGGCTGGGATGCAGCTATTGTTCCAGAGAGGGCAACTATA  149
      || ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC-TTGCAG--CGCTGGGATGCAGCTATTGTTCCAGAGAGGGCAACTATA  134

seq1  TATAATTAGAAAGAACCAAGAATATAATTCTTGGTTCTTTCTAATTTTAA  199
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATAATTAG-AAGAACCAAGAATATAATTCTTGGTTCTTTCTAA-TTTAA  182

seq1  GAACCATTTTTCAATCAGTTAATAATAATTTTAATATAAAAAACAAGACA  249
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAACCATTTTTCAATCAGTTAATAATAA-TTTAATATAAAAAACAAGACA  231

seq1  AGCATTTTTTCCCAGAATTTATTTATTTTTTCAAACAAAATCCTCTGTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTTTTCCCAGAATTTATTTA-TTTTTCAAACAAAATCCTCTGTTA  280

seq1  ACTTTACCTGGTGAATAATGTTAACTAGCTTCCCTTTTTATTCATTGTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACCTGGTGAATAATGTTAACTAGCTTCCCTTTTTATTCATTGTTA  330

seq1  AATTCTGCTTCTCAATTAAAATTAACTTGCTTTTGCAGAGTTGTTTAAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGCTTCTCAATTAAAATTAACTTGCTTTTGCAGAGTTGTTTAAAG  380

seq1  TCAAGGGTGATGAGTCCACAGGGAAGTGTGCAGGTGGAGAGCCAGGAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGTGATGAGTCCACAGGGAAGTGTGCAGGTGGAGAGCCAGGAGTT  430

seq1  TATACCCCTGAGAAGCCCTGAGGTTTTAATCATGGAGATCTGACCCATAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCCCTGAGAAGCCCTGAGGTTTTAATCATGGAGATCTGACCCATAA  480

seq1  TGATGGATGAAAACCTTCTGCCTTTCACTGGTGACTGGCAGATGGTGGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGATGAAAACCTTCTGCCTTTCACTGGTGACTGGCAGATGGTGGGA  530

seq1  CTGCTAAAACTCATTGAGACACCCTTCTCCTTTATGTTTTCAAACACACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAACTCATTGAGACACCCTTCTCCTTTATGTTTTCAAACACACA  580

seq1  CTTACATGAATGTAGGTAATATGATTATGAAGTTAGGTGATTAATAAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATGAATGTAGGTAATATGATTATGAAGTTAGGTGATTAATAAAAT  630

seq1  ACCCAATTTCCAACTGAGGTACAAGATACGACTTTTCCATTCATTAGATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATTTCCAACTGAGGTACAAGATACGACTTTTCCATTCATTAGATT  680

seq1  ATCCTACAAATGCTTTAATCACATTTATAACATCTTAAGCTTCTCTCTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACAAATGCTTTAATCACATTTATAACATCTTAAGCTTCTCTCTTT  730

seq1  TTACTCAGTATAGTGACACCACATATATGTACAAATCTCACATATGTACA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAGTATAGTGACACCACATATATGTACAAATCTCACATATGTACA  780

seq1  CACATGTTGACATACATTATTTTCTTCAAGACCTTTGTAAAGTGTCCATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTGACATACATTATTTTCTTCAAGACCTTTGTAAAGTGTCCATT  830

seq1  CATTTTAGATTGGTAATAGAACAGTGAACTTTCTCATATATCACATGCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAGATTGGTAATAGAACAGTGAACTTTCTCATATATCACATGCCT  880

seq1  ACATACATGCAGAATGAATGCCTGTGTGGATGCTTGCATATGCCTGAGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGCAGAATGAATGCCTGTGTGGATGCTTGCATATGCCTGAGAA  930

seq1  CATATGGAATCAGACTAGAGTAAGACACATAATTTTAAACTCTAACTGGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGAATCAGACTAGAGTAAGACACATAATTTTAAACTCTAACTGGC  980

seq1  ATTTAGTCTGTTCTCCTAATATGATTTATAAGGTGTTTGTGTGTGCAGCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCTGTTCTCCTAATATGATTTATAAGGTGTTTGTGTGTGCAGCT  1030

seq1  GGTGATAGAAAAGACACAGACCTGGCGAGCTGAGAGTACTCAGAGTTACC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAGAAAAGACACAGACCTGGCGAGCTGAGAGTACTCAGAGTTACC  1080

seq1  CTTTCTATATTCTCCCACACTATGTAATCTCTGTTTATATAATTCATTTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTATATTCTCCCACACTATGTAATCTCTGTTTATATAATTCATTTT  1130

seq1  TGTTTTGAGAAGGCAGTGAATTC  1172
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAGAAGGCAGTGAATTC  1153