BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335I11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,025,379 - 122,174,420
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043726, Bcar3
Upstream geneAlg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117
Downstream geneFnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik, Prss12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335I11.bB6Ng01-335I11.g
ACCGA120727GA120728
length1,1261,036
definitionB6Ng01-335I11.b B6Ng01-335I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,173,300 - 122,174,420)(122,025,379 - 122,026,420)
sequence
gaattcaactgagcacacacaccccgatcctaacacagccacctgggcct
gggaaagaccagagcccagctggagccttggggcacaggaagcggtccat
cagcttcgcagcttcttctgcacagaaagctctttggagagggtgaatgg
aggctttatgcagtaagttctcatccacaagctaataaatatgtggaatg
gcctctcggaccaggttcctgcagcctggacactgaggtcattcaagaaa
caattagatgccatctggagagaactgggaaattgcctcagagggccaaa
cagtatgttctcattcccagggtctgacacatccttatctcatttccaga
gagaaaggcatggaggctggccagctcatccacacacggagtgagcaagc
gtgcacttgggcagctgataaaaatggatgggtcaggagagtgtgccttt
ccagcctgccccacgtaaatccatccccctaaatgaatttatcccttgcc
tgcacggaactccaagcatagcatctttgtaaattgggccttggcctcgt
ctaaagttgggtttgcacagctttaatataaagtaattacagattagcaa
cggcttctggcccagccctttgcagtatatagtgattaatgatttagtta
tgttccgctgttaggagctatacagggttcacagctcaccctgtggtaag
gaacaggcccctgtctgagagctgttatttccataatatattctcatttt
aaaataaaaagttaatatctctctatattaataatcagtttttaaatata
aacgcaattgttagttaaggctgagatggggtgtggggcaacttagataa
atagcaaagagctatttacgttttagtatttctacagttcttaagtgccg
ggccaaccccagtccaaggtccaggagactaaagcttcttttcataatac
tactgagactttcgtcggctgttacgctgtgtcacaagtcactccgatgg
gggaaacctatgctggggtgaaaacaggttccttaagaggaagcaagggc
aggatgggtcaagctatactgaatcctgtctcccactctgaccgtccgga
gccaacaggtgtaagaaaaggatgta
gaattctcatttcctgaacaactcacggagtaaaggtttaaagcagtaaa
ggaagaggctcagattcctaaagattttgtgtcaccatgactaatgtcag
acgccctgcccctaggtgcctccaaggccccgttcctccttggccagcgt
tctcttcagcagactccagttctcacagccgcgctcacccggcctcatct
tgtttattgttgcgctttatgtctgctggtgcctcctatgtccattgtca
ctgtctccattcttagatgccacctgccattcccacgagaatggaagccc
cctgagatcggaggctgccgtctgtcagccgtgagtgcctggccttgagc
agggttcagttaatggttaagaacagatggataaatgaatgaatgaatga
atgaatgaatgattggcttaggtggaccttccttccgccatacatggttg
aaggtgtggtcacatgattgtgactctaacgatttggttagcttagctat
tgggtggcctatcttcactacatctcctatactaaaacatatttcctgaa
attcagtgcccacatctctccgtcaaactttcatccaatctaggctaaga
gctaataaatacttcagctgctcgccttccgcactggtaacccttcatct
tgcccctccccccaacccacttttctgatgttggtcaagatagcagaacc
taagattacatcagaaaattgagcccctaccatgaccccttccagggcct
gtgggggatttgatcattaaacacgtataagataatatgataaggacagg
agaactcccttcagaaagattccctcaggaatgaccccaccatacctgag
tataaaggataaattggattttgctgaataataaacttttggggaaatgc
acttcagtcaagtccctggcgttaaagtagggcctgatagagaaccagcc
atgtcttagaatgccagagccacgggagataggagtagtggggttaaacc
tgggagtcccaggtcccctgctaccgtccaagtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122173300_122174420
seq2: B6Ng01-335I11.b_45_1170 (reverse)

seq1  TACAT-CTTTTCTTACATACTGTGTGCTCGGGACGGTCAGGAGT-GGAGA  48
      ||||| |||||||||||  ||||  |||| ||||||||| |||| |||||
seq2  TACATCCTTTTCTTACA-CCTGTTGGCTCCGGACGGTCA-GAGTGGGAGA  48

seq1  CAGGA-TCAGTATAGCTGGCCCC--TCTG-CCTTGCTTCCTCTTAAGGAA  94
      ||||| ||||||||||| | |||   ||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTCAGTATAGCTTGACCCATCCTGCCCTTGCTTCCTCTTAAGGAA  98

seq1  CCTG-TTTCA-CCCAGCATAGGTTTCCCCCATCGGAGTGACTTGTTGACA  142
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGTTTTCACCCCAGCATAGGTTTCCCCCATCGGAGTGACTTG-TGACA  147

seq1  CAGCGTAACAGGCGACGAAAGTCTCAGTAGTATTATGAAAAGAAGCTTTA  192
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTAACAGCCGACGAAAGTCTCAGTAGTATTATGAAAAGAAGCTTTA  197

seq1  GTCTCCTGGACCTTGGACTTGGGGTTGGCCCGGCACTTAAGAACTGTAGA  242
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGGACCTTGGAC-TGGGGTTGGCCCGGCACTTAAGAACTGTAGA  246

seq1  AATACTAAAACGTAAATAGCTCTTTGCTATTTATCTAAGTTGCCCCACAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAAAACGTAAATAGCTCTTTGCTATTTATCTAAGTTGCCCCACAC  296

seq1  CCCATCTCAGCCTTAACTAACAATTGCGTTTATATTTAAAAACTGATTAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTCAGCCTTAACTAACAATTGCGTTTATATTTAAAAACTGATTAT  346

seq1  TAATATAGAGAGATATTAACTTTTTA-TTTAAAATGAGAATATATTATGG  391
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAGAGAGATATTAACTTTTTATTTTAAAATGAGAATATATTATGG  396

seq1  AAATAACAGCTCTCAGACAGGGGCCTGTTCCTTACCACAGGGTGAGCTGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAGCTCTCAGACAGGGGCCTGTTCCTTACCACAGGGTGAGCTGT  446

seq1  GAACCCTGTATAGCTCCTAACAGCGGAACATAACTAAATCATTAATCACT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGTATAGCTCCTAACAGCGGAACATAACTAAATCATTAATCACT  496

seq1  ATATACTGCAAAGGGCTGGGCCAGAAGCCGTTGCTAATCTGTAATTACTT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTGCAAAGGGCTGGGCCAGAAGCCGTTGCTAATCTGTAATTACTT  546

seq1  TATATTAAAGCTGTGCAAACCCAACTTTAGACGAGGCCAAGGCCCAATTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAAGCTGTGCAAACCCAACTTTAGACGAGGCCAAGGCCCAATTT  596

seq1  ACAAAGATGCTATGCTTGGAGTTCCGTGCAGGCAAGGGATAAATTCATTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGATGCTATGCTTGGAGTTCCGTGCAGGCAAGGGATAAATTCATTT  646

seq1  AGGGGGATGGATTTACGTGGGGCAGGCTGGAAAGGCACACTCTCCTGACC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGATGGATTTACGTGGGGCAGGCTGGAAAGGCACACTCTCCTGACC  696

seq1  CATCCATTTTTATCAGCTGCCCAAGTGCACGCTTGCTCACTCCGTGTGTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTTTTATCAGCTGCCCAAGTGCACGCTTGCTCACTCCGTGTGTG  746

seq1  GATGAGCTGGCCAGCCTCCATGCCTTTCTCTCTGGAAATGAGATAAGGAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGCTGGCCAGCCTCCATGCCTTTCTCTCTGGAAATGAGATAAGGAT  796

seq1  GTGTCAGACCCTGGGAATGAGAACATACTGTTTGGCCCTCTGAGGCAATT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGACCCTGGGAATGAGAACATACTGTTTGGCCCTCTGAGGCAATT  846

seq1  TCCCAGTTCTCTCCAGATGGCATCTAATTGTTTCTTGAATGACCTCAGTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTTCTCTCCAGATGGCATCTAATTGTTTCTTGAATGACCTCAGTG  896

seq1  TCCAGGCTGCAGGAACCTGGTCCGAGAGGCCATTCCACATATTTATTAGC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTGCAGGAACCTGGTCCGAGAGGCCATTCCACATATTTATTAGC  946

seq1  TTGTGGATGAGAACTTACTGCATAAAGCCTCCATTCACCCTCTCCAAAGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATGAGAACTTACTGCATAAAGCCTCCATTCACCCTCTCCAAAGA  996

seq1  GCTTTCTGTGCAGAAGAAGCTGCGAAGCTGATGGACCGCTTCCTGTGCCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGTGCAGAAGAAGCTGCGAAGCTGATGGACCGCTTCCTGTGCCC  1046

seq1  CAAGGCTCCAGCTGGGCTCTGGTCTTTCCCAGGCCCAGGTGGCTGTGTTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCCAGCTGGGCTCTGGTCTTTCCCAGGCCCAGGTGGCTGTGTTA  1096

seq1  GGATCGGGGTGTGTGTGCTCAGTTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGGGGTGTGTGTGCTCAGTTGAATTC  1126

seq1: chr3_122025379_122026420
seq2: B6Ng01-335I11.g_65_1100

seq1  GAATTCTCATTTCCTGAACAACTCACGGAGTAAAGGTTTAAAGCAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTCCTGAACAACTCACGGAGTAAAGGTTTAAAGCAGTAAA  50

seq1  GGAAGAGGCTCAGATTCCTAAAGATTTTGTGTCACCATGACTAATGTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGCTCAGATTCCTAAAGATTTTGTGTCACCATGACTAATGTCAG  100

seq1  ACGCCCTGCCCCTAGGTGCCTCCAAGGCCCCGTTCCTCCTTGGCCAGCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCCTGCCCCTAGGTGCCTCCAAGGCCCCGTTCCTCCTTGGCCAGCGT  150

seq1  TCTCTTCAGCAGACTCCAGTTCTCACAGCCGCGCTCACCCGGCCTCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCAGCAGACTCCAGTTCTCACAGCCGCGCTCACCCGGCCTCATCT  200

seq1  TGTTTATTGTTGCGCTTTATGTCTGCTGGTGCCTCCTATGTCCATTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTGTTGCGCTTTATGTCTGCTGGTGCCTCCTATGTCCATTGTCA  250

seq1  CTGTCTCCATTCTTAGATGCCACCTGCCATTCCCACGAGAATGGAAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCATTCTTAGATGCCACCTGCCATTCCCACGAGAATGGAAGCCC  300

seq1  CCTGAGATCGGAGGCTGCCGTCTGTCAGCCGTGAGTGCCTGGCCTTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGATCGGAGGCTGCCGTCTGTCAGCCGTGAGTGCCTGGCCTTGAGC  350

seq1  AGGGTTCAGTTAATGGTTAAGAACAGATGGATAAATGAATGAATGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCAGTTAATGGTTAAGAACAGATGGATAAATGAATGAATGAATGA  400

seq1  ATGAATGAATGATTGGCTTAGGTGGACCTTCCTTCCGCCATACATGGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAATGATTGGCTTAGGTGGACCTTCCTTCCGCCATACATGGTTG  450

seq1  AAGGTGTGGTCACATGATTGTGACTCTAACGATTTGGTTAGCTTAGCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGGTCACATGATTGTGACTCTAACGATTTGGTTAGCTTAGCTAT  500

seq1  TGGGTGGCCTATCTTCACTACATCTCCTATACTAAAACATATTTCCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGCCTATCTTCACTACATCTCCTATACTAAAACATATTTCCTGAA  550

seq1  ATTCAGTGCCCACATCTCTCCGTCAAACTTTCATCCAATCTAGGCTAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGCCCACATCTCTCCGTCAAACTTTCATCCAATCTAGGCTAAGA  600

seq1  GCTAATAAATACTTCAGCTGCTCGCCTTCCGCACTGGTAACCCTTCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATAAATACTTCAGCTGCTCGCCTTCCGCACTGGTAACCCTTCATCT  650

seq1  TGCCCCTCCCCCCAACCCACTTTTCTGATGTTGGTCAAGATAGCAGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTCCCCCCAACCCACTTTTCTGATGTTGGTCAAGATAGCAGAACC  700

seq1  TAAGATTACATCAGAAAATTGAGCCCCTACCATGACCCCTTCCAGGGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTACATCAGAAAATTGAGCCCCTACCATGACCCCTTCCAGGGCCT  750

seq1  GTGGGGGATTTGATCATTAAACACGTATAAGATAATATGATAAGGACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGATTTGATCATTAAACACGTATAAGATAATATGATAAGGACAGG  800

seq1  AGAACTCCCTTCAGAAAGATTTCCCTCAAGGAATGACCCCACCATACCTG  850
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCCCTTCAGAAAGA-TTCCCTC-AGGAATGACCCCACCATACCTG  848

seq1  AGTATAAAGGATAAATTGGATTTTGCTGAATAATAAACTTTTGGGGAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAAAGGATAAATTGGATTTTGCTGAATAATAAACTTTTGGGGAAAT  898

seq1  GCACTTCAGGTCAAGTCCCTGGCGTTAAAGTAGGGCCTGATAGAAGAACC  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCACTTCA-GTCAAGTCCCTGGCGTTAAAGTAGGGCCTGATAG-AGAACC  946

seq1  AGCCATGTCTTAGAATGCCAGAGCCCACGGGAGATAGGAGTAGTGGGGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTCTTAGAATGCCAGAG-CCACGGGAGATAGGAGTAGTGGGGTT  995

seq1  AAACCTGGGAGTCCCAGGTCCCCTGCTTACTGTCCAAGTGAA  1042
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAACCTGGGAGTCCCAGGTCCCCTGC-TACCGTCCAAGTGAA  1036