BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336F12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 136,479,662 - 136,631,304
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp3ca, LOC668870
Upstream geneSlc39a8, LOC100039350, LOC383923, Bank1, LOC100039477, LOC668868
Downstream geneLOC100039447, Emcn, EG229862, Ddit4l, LOC668874, H2afz, Dnajb14, Map2k1ip1, Dapp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336F12.bB6Ng01-336F12.g
ACCGA121293GA121294
length1,2041,133
definitionB6Ng01-336F12.b B6Ng01-336F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,630,098 - 136,631,304)(136,479,662 - 136,480,815)
sequence
gaattcatgactcttattatttcctagtcctctctaattggaagagaaaa
gccaccatgttgagagctatttcatttatctctacatccacagtacatac
tgaggaagaatacatgagcaccaatgtttctgacttcctgctccaagttt
tcctcccaattttcagaaagccagtagtcattcaaacccctcacatgatt
cctagtttcggtttataacaaaagagagaagaggcatgtctgggagataa
ggtcatctatcttagctttctcaagaaggggacacatagatttttgtcag
ttctcttcctgattcacacacagatgatggcggcctcttattaattcctg
tataaaaaaaatcagaaaagaattctgaacgacatgaaggatcatcaatc
gattccatcatagaacatttggagaagggagggtttataactgcagggag
aggcgtagggaaatgcaaactcaaggcttgctttccatcaagagaacatt
cagaactcttccaaagcagaaaatcatttttctgggctcgatgcaagaaa
gacactgtgagaattgatccagatttagcacaagagacaaacatgaaagc
agttccttgctggaagcacattgtaaaattctgagatctgaaggctagag
tctgccatcacattggcaaagggagaagaaacaactgactttcatcttgg
ctcctgccacaagtgtgattgctttgtgattcttgcccactgtctctgat
tcagatgctcagtgtgccttccaaagtctctacattcagaagccaggatg
gaagacacaacacactctttccccttcatctccatggggagggacactta
aatgctttaaataataggttggatgcatagtttattctccagtgtaggag
gtgatctgctggttcttgggaaatttcatccaatttttaatcatctcctt
aatccatcctgtctatgcactcatcacatgtaagaacataaagttaaact
atctacagtatccttttatagtatcatttgataggtcagctatcagcagc
tgcatattatttttctatgaggataaattaatttcaagtagcagaaaaca
ggtagatcagagaaaaataggttattggagttcatcaattacattttacc
tttttcttttatggaccggacacagagtacctgcatttacgaatcaaaaa
aaaa

gaattcatagccttttgcattcttttagatcaagagctacacatagacta
gttagtacctgtatacatgcataaacatacatgtacacacacatacatac
atacatgtacatcatgttaaagtttacatgcatgtaatttatattcttct
tctagaactcattaatattgaaaaagctttaacacattattggaagaaat
gtgcccaaactaagtatgacttaggaaagatttgtcagattaaacataca
cataagtacaaaatggcttcaattgccctttaaaccataaagcataaacc
agacctccagtgtttcccctttggtaaaatattccctaatgacaattagt
tttgtgaagtatttgtggagaagtttattccactgggtggatcgattgct
tcattctcttgaaaactcagcttttaggtctatgttttaaaagagcttgt
attaaacaaaaaatatggaagaagccgaccttattgataaaaccatgttg
aaggaacccattgaccagcagacttgaatgtaaaggtcattgaattaaat
catttgtaagctagttattaaaagcccaagtgcctttttgtaaaatcaaa
atagtatgcaaagctccaactacaaagtagagaagtcaagggtaaaacag
taagtcccccgtacctataagcaaaactgttggaagataggcttgagaca
tattcacatccctgagagaagctgggaggcattgcaaggccgttgtgcta
gttagcacctgtcctgggatagaaatcagtgtcttcaactcttcctaagc
aggacatacttcataccactcttggccttgaacagtgtgcttctagttac
ctctactatacaagggaagtgaaggacatgaaaggatctggttcaaattc
tgcacctgctgggttgttccttaaacagcttaccacacccacactctact
tactggatatgttttcctctgcagcagaatggcactagatactctcagta
gtttttgttccaccaccttgtcaggaggatatgttatttggcattgatgt
ctcatgttcatagaatgcatgaactacttaataagactgaatttgatcac
aatttattttttatagaatcacctgtattatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_136630098_136631304
seq2: B6Ng01-336F12.b_45_1248 (reverse)

seq1  TTTTTTTTTCATCTGTAAAATGGCAGTTACTCTGTGTCGTGT-CAT-AAA  48
      ||||||||| ||  |||||   |||| |||||||||||  || ||| |||
seq2  TTTTTTTTTGATTCGTAAA--TGCAGGTACTCTGTGTCCGGTCCATAAAA  48

seq1  GAAAAGGTTAAAATTGTAAATGATGAAACTCAAATAACCCTATTTTTCTC  98
      ||||| | ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GAAAAAGGTAAAA-TGTAATTGATG-AACTCCAATAA-CCTATTTTTCTC  95

seq1  TTGATCCTACTG-TTTCTGCTACTTTGAAATTAATTTATCCTTATAGAAA  147
       |||||   ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  -TGATCTACCTGTTTTCTGCTAC-TTGAAATTAATTTATCCTCATAGAAA  143

seq1  A--TATATGCAGCTGCTGATAGCTGACCTATCAAATGATACTATAAAAGG  195
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATATGCAGCTGCTGATAGCTGACCTATCAAATGATACTATAAAAGG  193

seq1  ATACTTGTAGATAGTTTAACTTTATGTTCTTACATGTGATGAGTGCATAG  245
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAC-TGTAGATAGTTTAACTTTATGTTCTTACATGTGATGAGTGCATAG  242

seq1  ACAGGATGGATTAAGGAGATGATTAAAAATTGGATGAAATTTCCCAAGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGGATTAAGGAGATGATTAAAAATTGGATGAAATTTCCCAAGAA  292

seq1  CCAGCAGATCACCTCCTACACTGGAGAATAAACTATGCATCCAACCTATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGATCACCTCCTACACTGGAGAATAAACTATGCATCCAACCTATT  342

seq1  ATTTAAAGCATTTAAGTGTCCCTCCCCATGGAGATGAAGGGGAAAGAGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGCATTTAAGTGTCCCTCCCCATGGAGATGAAGGGGAAAGAGTG  392

seq1  TGTTGTGTCTTCCATCCTGGCTTCTGAATGTAGAGACTTTGGAAGGCACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGTCTTCCATCCTGGCTTCTGAATGTAGAGACTTTGGAAGGCACA  442

seq1  CTGAGCATCTGAATCAGAGACAGTGGGCAAGAATCACAAAGCAATCACAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATCTGAATCAGAGACAGTGGGCAAGAATCACAAAGCAATCACAC  492

seq1  TTGTGGCAGGAGCCAAGATGAAAGTCAGTTGTTTCTTCTCCCTTTGCCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCAGGAGCCAAGATGAAAGTCAGTTGTTTCTTCTCCCTTTGCCAA  542

seq1  TGTGATGGCAGACTCTAGCCTTCAGATCTCAGAATTTTACAATGTGCTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGGCAGACTCTAGCCTTCAGATCTCAGAATTTTACAATGTGCTTC  592

seq1  CAGCAAGGAACTGCTTTCATGTTTGTCTCTTGTGCTAAATCTGGATCAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGAACTGCTTTCATGTTTGTCTCTTGTGCTAAATCTGGATCAAT  642

seq1  TCTCACAGTGTCTTTCTTGCATCGAGCCCAGAAAAATGATTTTCTGCTTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGTGTCTTTCTTGCATCGAGCCCAGAAAAATGATTTTCTGCTTT  692

seq1  GGAAGAGTTCTGAATGTTCTCTTGATGGAAAGCAAGCCTTGAGTTTGCAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGTTCTGAATGTTCTCTTGATGGAAAGCAAGCCTTGAGTTTGCAT  742

seq1  TTCCCTACGCCTCTCCCTGCAGTTATAAACCCTCCCTTCTCCAAATGTTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTACGCCTCTCCCTGCAGTTATAAACCCTCCCTTCTCCAAATGTTC  792

seq1  TATGATGGAATCGATTGATGATCCTTCATGTCGTTCAGAATTCTTTTCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGGAATCGATTGATGATCCTTCATGTCGTTCAGAATTCTTTTCTG  842

seq1  ATTTTTTTTATACAGGAATTAATAAGAGGCCGCCATCATCTGTGTGTGAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTATACAGGAATTAATAAGAGGCCGCCATCATCTGTGTGTGAA  892

seq1  TCAGGAAGAGAACTGACAAAAATCTATGTGTCCCCTTCTTGAGAAAGCTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGAGAACTGACAAAAATCTATGTGTCCCCTTCTTGAGAAAGCTA  942

seq1  AGATAGATGACCTTATCTCCCAGACATGCCTCTTCTCTCTTTTGTTATAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATGACCTTATCTCCCAGACATGCCTCTTCTCTCTTTTGTTATAA  992

seq1  ACCGAAACTAGGAATCATGTGAGGGGTTTGAATGACTACTGGCTTTCTGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAAACTAGGAATCATGTGAGGGGTTTGAATGACTACTGGCTTTCTGA  1042

seq1  AAATTGGGAGGAAAACTTGGAGCAGGAAGTCAGAAACATTGGTGCTCATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGGAGGAAAACTTGGAGCAGGAAGTCAGAAACATTGGTGCTCATG  1092

seq1  TATTCTTCCTCAGTATGTACTGTGGATGTAGAGATAAATGAAATAGCTCT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTCCTCAGTATGTACTGTGGATGTAGAGATAAATGAAATAGCTCT  1142

seq1  CAACATGGTGGCTTTTCTCTTCCAATTAGAGAGGACTAGGAAATAATAAG  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGGTGGCTTTTCTCTTCCAATTAGAGAGGACTAGGAAATAATAAG  1192

seq1  AGTCATGAATTC  1207
      ||||||||||||
seq2  AGTCATGAATTC  1204


seq1: chr3_136479662_136480815
seq2: B6Ng01-336F12.g_66_1198

seq1  GAATTCATAGCCTTTTGCATTCTTTTAGATCAAGAGCTACACATAGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCCTTTTGCATTCTTTTAGATCAAGAGCTACACATAGACTA  50

seq1  GTTAGTACCTGTATACATGCATAAACATACATGTACACACACATACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTACCTGTATACATGCATAAACATACATGTACACACACATACATAC  100

seq1  ATACATGTACATCATGTTAAAGTTTACATGCATGTAATTTATATTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTACATCATGTTAAAGTTTACATGCATGTAATTTATATTCTTCT  150

seq1  TCTAGAACTCATTAATATTGAAAAAGCTTTAACACATTATTGGAAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAACTCATTAATATTGAAAAAGCTTTAACACATTATTGGAAGAAAT  200

seq1  GTGCCCAAACTAAGTATGACTTAGGAAAGATTTGTCAGATTAAACATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAAACTAAGTATGACTTAGGAAAGATTTGTCAGATTAAACATACA  250

seq1  CATAAGTACAAAATGGCTTCAATTGCCCTTTAAACCATAAAGCATAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTACAAAATGGCTTCAATTGCCCTTTAAACCATAAAGCATAAACC  300

seq1  AGACCTCCAGTGTTTCCCCTTTGGTAAAATATTCCCTAATGACAATTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCCAGTGTTTCCCCTTTGGTAAAATATTCCCTAATGACAATTAGT  350

seq1  TTTGTGAAGTATTTGTGGAGAAGTTTATTCCACTGGGTGGATCGATTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAAGTATTTGTGGAGAAGTTTATTCCACTGGGTGGATCGATTGCT  400

seq1  TCATTCTCTTGAAAACTCAGCTTTTAGGTCTATGTTTTAAAAGAGCTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTCTTGAAAACTCAGCTTTTAGGTCTATGTTTTAAAAGAGCTTGT  450

seq1  ATTAAACAAAAAATATGGAAGAAGCCGACCTTATTGATAAAACCATGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAAAAATATGGAAGAAGCCGACCTTATTGATAAAACCATGTTG  500

seq1  AAGGAACCCATTGACCAGCAGACTTGAATGTAAAGGTCATTGAATTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACCCATTGACCAGCAGACTTGAATGTAAAGGTCATTGAATTAAAT  550

seq1  CATTTGTAAGCTAGTTATTAAAAGCCCAAGTGCCTTTTTGTAAAATCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTAAGCTAGTTATTAAAAGCCCAAGTGCCTTTTTGTAAAATCAAA  600

seq1  ATAGTATGCAAAGCTCCAACTACAAAGTAGAGAAGTCAAGGGTAAAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGCAAAGCTCCAACTACAAAGTAGAGAAGTCAAGGGTAAAACAG  650

seq1  TAAGTCCCCCGTACCTATAAGCAAAACTGTTGGAAGATAGGCTTGAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCCCCGTACCTATAAGCAAAACTGTTGGAAGATAGGCTTGAGACA  700

seq1  TATTCACATCCCTGAGAGAAGCTGGGAGGCATTGCAAGGCCGTTGTGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACATCCCTGAGAGAAGCTGGGAGGCATTGCAAGGCCGTTGTGCTA  750

seq1  GTTAGCACCTGTCCTGGGATAGAAATCAGTGTCTTCAACTCTTCCTAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCACCTGTCCTGGGATAGAAATCAGTGTCTTCAACTCTTCCTAAGC  800

seq1  AGGACATACTTCATACCACTCTTGGCCTTGAACAGTGTGCTTCTAGTTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATACTTCATACCACTCTTGGCCTTGAACAGTGTGCTTCTAGTTAC  850

seq1  CTCTACTATACAAGGGAAGTGAAGGACATGAAAGGATCTGGTTCAAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTATACAAGGGAAGTGAAGGACATGAAAGGATCTGGTTCAAATTC  900

seq1  TGCACCTGCTGGGTTGTTCCTTAAACAGCTTACCACACCCACACTCTACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGCTGGGTTGTTCCTTAAACAGCTTACCACACCCACACTCTACT  950

seq1  TACTGGATAATGTTTTCCTCTGCAGCAAGAATGGCACTAGATACTCTCAG  1000
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAT-ATGTTTTCCTCTGCAGC-AGAATGGCACTAGATACTCTCAG  998

seq1  TAGGTTTTTGTTCCACCACCTTGTCAGGGAAGGATATGTTATTT-GCATT  1049
      || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||
seq2  TA-GTTTTTGTTCCACCACCTTGTCAGG--AGGATATGTTATTTGGCATT  1045

seq1  GATGTCCTCATTGTTCATAGAAATGCATTGAACTACTTAATAAGACTGAA  1099
      ||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GATGT-CTCA-TGTTCATAG-AATGCA-TGAACTACTTAATAAGACTGAA  1091

seq1  ATTTTGATTCACAAATTTTAAATTTTTTATATAGAAATCCACCTGTTATT  1149
        ||||| ||||||  ||||    |||| |||||||   |||||||   |
seq2  --TTTGA-TCACAA--TTTA----TTTTTTATAGAA--TCACCTGT--AT  1128

seq1  TATAG  1154
      |||||
seq2  TATAG  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |