BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336N19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 121,779,023 - 121,909,009
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbca4, EG668788
Upstream gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29
Downstream geneLOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336N19.bB6Ng01-336N19.g
ACCGA121659GA121660
length547969
definitionB6Ng01-336N19.b B6Ng01-336N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,908,458 - 121,909,009)(121,779,023 - 121,779,983)
sequence
ttttgaaagtagatgctcgtattctcaggcaagaacctcaagatactggg
gtggggagcagtatgcattcaagaagaaaatgagtggcagaggtaataga
agcagacaggagatgccgacacatgccctcttcatgcttcgctgagagac
gttggagctaataaacatgcttgctttcacagggactcgggctctaggct
actgacatatcccagtaccatggggctgggaattagaagacaatggccca
agtaaggcccaaactttggccaatggattcatggttccttcatgtcagaa
gaaagtggttcctacccagtttagaattgcttggttataaaaagtgggga
cttttgtgaacttttgccctgtaatgcaggatatttacatatatgtttgt
atgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatctatatatacatac
atatacatatatatatacacacatacacacacacacacacaatttgtata
cacagtgtctatgaatgcatgaaaaggacattgatgtctccaggaac
gaattcagtcatgagggagaccccatgtcattgtaacccagtatatactg
agctacagagctcagggcgacaggtagaaaatcataacacagatgtgact
gcacatctggggtccagcacagtgtcagctaactcccaggactctgagct
gctacttcagcctagcctcagcactggccaggtatttcttccttctgagg
acaggcaggtgcagaaagccatgctggtttctggtgttgtcactgacctt
ggctcttttcataaacctcctcagcactggctcttgagtgtgagaccagt
ggtagaggccgagtcctgggccacctgctgacacacacaggcatccccta
gtgacccagacactgctttctggctactgtctaacaatttggggttgttt
ctagggaccattccttccacgtttgtgaaattgacagtaagacccatgtg
acacctgtcatgggattgcagtggcatttgtattagagaaaagatgggaa
acacactttgaaaccaaagatgttttgcttattccaaagtgaaagggtgg
gctggggtgggtagttcagtcagtgtcttagtcagtaaagtagttggcct
acacatacaagggtttgtgttcaatacttagaacctatgtggaaaagcca
gatgtggtagagcatgcttatagatccctgcactagggaggcaaaggaaa
agtgtattcctaggcctcactggccagccagcctagcatacttagtaagc
tctgtgccagttagagaccatgtctcaaagttcaaaattgaataaattca
ctcattcattcattaaagggttgaatggtgcctgagaaatggcccctgaa
gtttgtcctctggccctgttacatatgtacacacacatatacacatgtca
cacatactcatcatacactacagaactcacatacaccttaccccaacata
cattttcctatggacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_121908458_121909009
seq2: B6Ng01-336N19.b_47_599 (reverse)

seq1  GTTCCTGGAGAC-CCAATGTCCTTTTCATGCCTTCATAGACACTGTGTAT  49
      ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGAGACATCAATGTCCTTTTCATGCATTCATAGACACTGTGTAT  50

seq1  ACAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATATATATATGTATATGTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATATATATATGTATATGTA  100

seq1  TGTATATATAGATACATATACATACATACATACATACATACATACATACA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATAGATACATATACATACATACATACATACATACATACATACA  150

seq1  AACATATATGTAAATATCCTGCATTACAGGGCAAAAGTTCACAAAAGTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATATGTAAATATCCTGCATTACAGGGCAAAAGTTCACAAAAGTCC  200

seq1  CCACTTTTTATAACCAAGCAATTCTAAACTGGGTAGGAACCACTTTCTTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTTATAACCAAGCAATTCTAAACTGGGTAGGAACCACTTTCTTC  250

seq1  TGACATGAAGGAACCATGAATCCATTGGCCAAAGTTTGGGCCTTACTTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGAAGGAACCATGAATCCATTGGCCAAAGTTTGGGCCTTACTTGG  300

seq1  GCCATTGTCTTCTAATTCCCAGCCCCATGGTACTGGGATATGTCAGTAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGTCTTCTAATTCCCAGCCCCATGGTACTGGGATATGTCAGTAGC  350

seq1  CTAGAGCCCGAGTCCCTGTGAAAGCAAGCATGTTTATTAGCTCCAACGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCCCGAGTCCCTGTGAAAGCAAGCATGTTTATTAGCTCCAACGTC  400

seq1  TCTCAGCGAAGCATGAAGAGGGCATGTGTCGGCATCTCCTGTCTGCTTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCGAAGCATGAAGAGGGCATGTGTCGGCATCTCCTGTCTGCTTCT  450

seq1  ATTACCTCTGCCACTCATTTTCTTCTTGAATGCATACTGCTCCCCACCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTCTGCCACTCATTTTCTTCTTGAATGCATACTGCTCCCCACCCC  500

seq1  AGTATCTTGAGGTTCTTGCCTGAGAATACGAGCATCTACTTTCAAAAGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTGAGGTTCTTGCCTGAGAATACGAGCATCTACTTTCAAAAGAA  550

seq1  TTC  552
      |||
seq2  TTC  553

seq1: chr3_121779023_121779983
seq2: B6Ng01-336N19.g_68_1036

seq1  GAATTCAGTCATGAGGGAGACCCCATGTCATTGTAACCCAGTATATACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCATGAGGGAGACCCCATGTCATTGTAACCCAGTATATACTG  50

seq1  AGCTACAGAGCTCAGGGCGACAGGTAGAAAATCATAACACAGATGTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGAGCTCAGGGCGACAGGTAGAAAATCATAACACAGATGTGACT  100

seq1  GCACATCTGGGGTCCAGCACAGTGTCAGCTAACTCCCAGGACTCTGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCTGGGGTCCAGCACAGTGTCAGCTAACTCCCAGGACTCTGAGCT  150

seq1  GCTACTTCAGCCTAGCCTCAGCACTGGCCAGGTATTTCTTCCTTCTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTCAGCCTAGCCTCAGCACTGGCCAGGTATTTCTTCCTTCTGAGG  200

seq1  ACAGGCAGGTGCAGAAAGCCATGCTGGTTTCTGGTGTTGTCACTGACCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGGTGCAGAAAGCCATGCTGGTTTCTGGTGTTGTCACTGACCTT  250

seq1  GGCTCTTTTCATAAACCTCCTCAGCACTGGCTCTTGAGTGTGAGACCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTTTCATAAACCTCCTCAGCACTGGCTCTTGAGTGTGAGACCAGT  300

seq1  GGTAGAGGCCGAGTCCTGGGCCACCTGCTGACACACACAGGCATCCCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGCCGAGTCCTGGGCCACCTGCTGACACACACAGGCATCCCCTA  350

seq1  GTGACCCAGACACTGCTTTCTGGCTACTGTCTAACAATTTGGGGTTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCAGACACTGCTTTCTGGCTACTGTCTAACAATTTGGGGTTGTTT  400

seq1  CTAGGGACCATTCCTTCCACGTTTGTGAAATTGACAGTAAGACCCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGACCATTCCTTCCACGTTTGTGAAATTGACAGTAAGACCCATGTG  450

seq1  ACACCTGTCATGGGATTGCAGTGGCATTTGTATTAGAGAAAAGATGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGTCATGGGATTGCAGTGGCATTTGTATTAGAGAAAAGATGGGAA  500

seq1  ACACACTTTGAAACCAAAGATGTTTTGCTTATTCCAAAGTGAAAGGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTTGAAACCAAAGATGTTTTGCTTATTCCAAAGTGAAAGGGTGG  550

seq1  GCTGGGGTGGGTAGTTCAGTCAGTGTCTTAGTCAGTAAAGTAGTTGGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTGGGTAGTTCAGTCAGTGTCTTAGTCAGTAAAGTAGTTGGCCT  600

seq1  ACACATACAAGGGTTTGTGTTCAATACTTAGAACCTATGTGGAAAAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATACAAGGGTTTGTGTTCAATACTTAGAACCTATGTGGAAAAGCCA  650

seq1  GATGTGGTAGAGCATGCTTATAGATCCCTGCACTAGGGAGGCAAAGG-AA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GATGTGGTAGAGCATGCTTATAGATCCCTGCACTAGGGAGGCAAAGGAAA  700

seq1  AGTGTATTCCTAGGCCTCACTGGCCAGCCAGCCTAGCATACTTAGTAAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTCCTAGGCCTCACTGGCCAGCCAGCCTAGCATACTTAGTAAGC  750

seq1  TCTGTGCCAGTTAGAGACCATGTCTCAAAGTTCAAAATTGAATAAATTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCCAGTTAGAGACCATGTCTCAAAGTTCAAAATTGAATAAATTCA  800

seq1  CTCATTCATTCATTAAA-GGTTGAATGGTGCCTGAGAAATGGCCCCTGAA  848
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCATTCATTAAAGGGTTGAATGGTGCCTGAGAAATGGCCCCTGAA  850

seq1  G-TTGTCCTCTGG-CCTG-TACATATGTACACACACACATACACATGTCA  895
      | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTTGTCCTCTGGCCCTGTTACATATGTACACACACATATACACATGTCA  900

seq1  CACATACACA-CATACACTACAG-ACACACATACACATACCACAAACATA  943
      ||||||| || |||||||||||| || ||||||||| |  | | ||||||
seq2  CACATACTCATCATACACTACAGAACTCACATACACCTTACCCCAACATA  950

seq1  CA-TATACTATGGACACAC  961
      || | | ||||||||||||
seq2  CATTTTCCTATGGACACAC  969