BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337A16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 85,465,864 - 85,582,559
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9930021J17Rik
Upstream geneTmem154, LOC624889, Fbxw7, Dear1, LOC100042237, LOC100042125, Pet112l
Downstream geneGlt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201, Lrba, Mab21l2, EG667024, LOC100042319
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337A16.bB6Ng01-337A16.g
ACCGA121786GA121787
length1,1711,072
definitionB6Ng01-337A16.b B6Ng01-337A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,465,864 - 85,467,037)(85,581,469 - 85,582,559)
sequence
gaattcacacagccatcaggatctaatggcaacaaagggcttggacagcc
agcacttaaagagggctccaggggcctgtgtctccctcagcaacataaat
ctaagatggcacgagcccaggttccaacacatccagctgatttgcatttt
tataccaaatcggttctcctaattaaaatggttcaatctccctgactgat
tcctgagctctccagccctcatatgtttgtaggagttctttatgccacct
ctgcccctccccaaatgatcccatcaaccctcccaaatcacggtatccag
gctcttcattattctggctgctttttagaattcagccccatttttcaaca
cttttcagagtgttgcttaacgacggcactaaaaattcttgacatttata
gtactttctacatctcactactatagtctttagtgttaaaaaaaatcctc
tactttgctgctttaaatatccttttggattaaagcatatcacagttcgt
gtcacagagaagttgttgagaatctgtctcctactatctcttatcagagc
tccctctagccccatcaggggtattaacaatgcagaggcccaaggtcagc
cttggtgacccacccacactggtcctcagacacttcaggtctcccacgag
ccatcggagctcactggggaagctggcctggatccactggggatcagaac
acccagactggaatctatgctgtgctggctgcctcgtcccctgcagctcc
gtccccacatttcccttcacccacatcttactaagcttcagaggcactgg
gactatagctaagagcacagattctgtgacctacctaccagctgggctac
tccaggcaagtggcttcacctctctgtgctctcacttcctctgactgtca
gaagctcatggcattgctataatgatcaagtgagtcaccaggtatcaata
cacaggggccacactagactgcatgtggccacttcagctgccactcactt
tcccgaaagcccctctctgccgggttccttgccccatttcactggagctg
gcacaggatttcagccacaccactgctctttttcaagagcagcccctgag
atgtcttcacaaagcctggcagtctattccagggagccttcacaaacgtt
gcgaatgtgtgaccagaaata
gaattcaggtcctcatgcttgtaatgttcagcatattaccagctgagtga
tcgccttaacctcctagtagttataccaagtaacatgcgaataaacccag
acttcagtgacacaactggagcttttgatctgcacctttcctgtcactgg
gccagcgaagtcaagaacaatctcttctgggttaactcagttagtttccc
atacatttttttttcctgagtatatgttttcttaagtgctattaattaat
cttctgtgtgtttttattattcctactggaagtgttggggaaggagaaag
agttgaatgtcagtagagaggacctagtacttcttttttatagtggaaga
gctgggctgtcagagttttactcatgacaggataatagaaaggccaggac
tactatactatccagatgttccaatccacagtctctcttcttggctttcc
ttgggccattttttttttcttttttctctctttttttttttttttttttt
ttttttttttttggcagcaacacgtgccatcctgtctccttggagtggaa
gttcatgtgaccttggctggtgaatgagagcacagactccactctggctg
tgagttttggcatgtggggctatggcagtgaccgggcaggacagagctct
atacatcctgcttaccaggaggttgggagccactgtgggactctgagaag
cttaccatgaacaagttagtattccagggaaaaccttgccctggaagata
ggcacagggaggtcagctggaagtgcctctggaagtggtaagctcttgac
atgtgcttcaaggctctctggtttgagaaactataataaatactggacat
aaataggaatcatcttgaatggcaggtcagctttatctcttttgctctgc
atttgatgactatcttattttcacactctgaagtgtcatcatatttgtgg
aaccctccatcatagaagggcaagactctggatttcgatcaagctagtat
cagtgtcagctcatggctgagcacatgctaacgaagtctgtggacttctc
tggttggatccagtccagacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_85465864_85467037
seq2: B6Ng01-337A16.b_44_1214

seq1  GAATTCACACAGCCATCAGGATCTAATGGCAACAAAGGGCTTGGACAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACAGCCATCAGGATCTAATGGCAACAAAGGGCTTGGACAGCC  50

seq1  AGCACTTAAAGAGGGCTCCAGGGGCCTGTGTCTCCCTCAGCAACATAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTAAAGAGGGCTCCAGGGGCCTGTGTCTCCCTCAGCAACATAAAT  100

seq1  CTAAGATGGCACGAGCCCAGGTTCCAACACATCCAGCTGATTTGCATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATGGCACGAGCCCAGGTTCCAACACATCCAGCTGATTTGCATTTT  150

seq1  TATACCAAATCGGTTCTCCTAATTAAAATGGTTCAATCTCCCTGACTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAAATCGGTTCTCCTAATTAAAATGGTTCAATCTCCCTGACTGAT  200

seq1  TCCTGAGCTCTCCAGCCCTCATATGTTTGTAGGAGTTCTTTATGCCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGCTCTCCAGCCCTCATATGTTTGTAGGAGTTCTTTATGCCACCT  250

seq1  CTGCCCCTCCCCAAATGATCCCATCAACCCTCCCAAATCACGGTATCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTCCCCAAATGATCCCATCAACCCTCCCAAATCACGGTATCCAG  300

seq1  GCTCTTCATTATTCTGGCTGCTTTTTAGAATTCAGCCCCATTTTTCAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCATTATTCTGGCTGCTTTTTAGAATTCAGCCCCATTTTTCAACA  350

seq1  CTTTTCAGAGTGTTGCTTAACGACGGCACTAAAAATTCTTGACATTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGAGTGTTGCTTAACGACGGCACTAAAAATTCTTGACATTTATA  400

seq1  GTACTTTCTACATCTCACTACTATAGTCTTTAGTGTTAAAAAAAATCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCTACATCTCACTACTATAGTCTTTAGTGTTAAAAAAAATCCTC  450

seq1  TACTTTGCTGCTTTAAATATCCTTTTGGATTAAAGCATATCACAGTTCGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGCTGCTTTAAATATCCTTTTGGATTAAAGCATATCACAGTTCGT  500

seq1  GTCACAGAGAAGTTGTTGAGAATCTGTCTCCTACTATCTCTTATCAGAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGAGAAGTTGTTGAGAATCTGTCTCCTACTATCTCTTATCAGAGC  550

seq1  TCCCTCTAGCCCCATCAGGGGTATTAACAATGCAGAGGCCCAAGGTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTAGCCCCATCAGGGGTATTAACAATGCAGAGGCCCAAGGTCAGC  600

seq1  CTTGGTGACCCACCCACACTGGTCCTCAGACACTTCAGGTCTCCCACGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGACCCACCCACACTGGTCCTCAGACACTTCAGGTCTCCCACGAG  650

seq1  CCATCGGAGCTCACTGGGGAAGCTGGCCTGGATCCACTGGGGATCAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGGAGCTCACTGGGGAAGCTGGCCTGGATCCACTGGGGATCAGAAC  700

seq1  ACCCAGACTGGAATCTATGCTGTGCTGGCTGCCTCGTCCCCTGCAGCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGACTGGAATCTATGCTGTGCTGGCTGCCTCGTCCCCTGCAGCTCC  750

seq1  GTCCCCACATTTCCCTTCACCCACATCTTACTAAGCTTCAGAGGCACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCACATTTCCCTTCACCCACATCTTACTAAGCTTCAGAGGCACTGG  800

seq1  GACTATAGCTAAGAGCACAGATTCTGTGACCTACCTACCAGCTGGGCTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATAGCTAAGAGCACAGATTCTGTGACCTACCTACCAGCTGGGCTAC  850

seq1  TCCAGGCAAGTGGCTTCACCTCTCTGTGCTCTCACTTCCTCTGACTGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCAAGTGGCTTCACCTCTCTGTGCTCTCACTTCCTCTGACTGTCA  900

seq1  GAAGCTCATGGCATTGCTATAATGATCAAGTGAGTCACCAGGTATCAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCATGGCATTGCTATAATGATCAAGTGAGTCACCAGGTATCAATA  950

seq1  CACAGGGGCCACACTAGACTGCATGTGGCCCACTTCAGCTGCCACTCAC-  999
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  CACAGGGGCCACACTAGACTGCATGTGG-CCACTTCAGCTGCCACTCACT  999

seq1  TTCCCGAAAGCCCCTCTCTGCCCGGGTCCCTGCCCCA-TTCACTGGAGGC  1048
      |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||
seq2  TTCCCGAAAGCCCCTCTCTGCCGGGTTCCTTGCCCCATTTCACTGGA-GC  1048

seq1  TGGCACAGGGTTTCAGCCACA-CACTGCTC-TTTTCAAGAGCCAAGCCCC  1096
      ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  || |||
seq2  TGGCACAGGATTTCAGCCACACCACTGCTCTTTTTCAAGAGC--AG-CCC  1095

seq1  CTGAGAATGTC-TCACAAACCCTGGCCAGTCTA-TCCAGGGAGCCTACA-  1143
      ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || 
seq2  CTGAG-ATGTCTTCACAAAGCCTGG-CAGTCTATTCCAGGGAGCCTTCAC  1143

seq1  ACACTTTGCAGAATGTGTGACCAAGGAAATA  1174
      | || |||| |||||||||||||  ||||||
seq2  AAACGTTGC-GAATGTGTGACCA--GAAATA  1171

seq1: chr3_85581469_85582559
seq2: B6Ng01-337A16.g_63_1134 (reverse)

seq1  CTGTCCTGGACTGGATCACAAACCCAGGAGAAGCTCACAGAACATCGTGT  50
      |||| |||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||| || |||| |
seq2  CTGT-CTGGACTGGATC-CAA--CCA-GAGAAGTCCACAG-ACTTCGT-T  43

seq1  AGCATGGTGGCCTTCAAGCCAGGGAGCTGACACTGGAATACTAGCTGGGC  100
      ||||| |||  |    |||||  ||||||||||||  ||||||||| |  
seq2  AGCAT-GTGCTC----AGCCA-TGAGCTGACACTG--ATACTAGCTTGAT  85

seq1  CGGAATTCCAGAGTCCTGCCCTTTCTATTGAATGGAGGGGTTCCAC-AAT  149
      | ||| ||||||||| ||||| ||||||   ||||| ||||||||| |||
seq2  C-GAAATCCAGAGTCTTGCCC-TTCTAT--GATGGA-GGGTTCCACAAAT  130

seq1  ATGATGACACTTCAGAGTGTGAAAATAAGATAGTCATCAAAATGCAGAGC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGATGACACTTCAGAGTGTGAAAATAAGATAGTCATC-AAATGCAGAGC  179

seq1  AAAAGAGATAAAGCTGACCTGCCATTCAAGATGATTCCTATTTATGTCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGATAAAGCTGACCTGCCATTCAAGATGATTCCTATTTATGTCCA  229

seq1  GTATTTATTATAGTTTCTCAAACCAGAGAGCCTTG-AGCACATGTCAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTATTTATTATAGTTTCTCAAACCAGAGAGCCTTGAAGCACATGTCAAGA  279

seq1  GCTTACCACTTCCAGAGGCACTTCCAGCTGACCTCCCTGTGCCTATCCTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTTACCACTTCCAGAGGCACTTCCAGCTGACCTCCCTGTGCCTATCTTC  329

seq1  CAGGGCAAGGTTTTCCCTGGAATACTAACTTGTTCATGGTAAGCTTCTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAAGGTTTTCCCTGGAATACTAACTTGTTCATGGTAAGCTTCTCA  379

seq1  GAGTCCCACAGTGGCTCCCAACCTCCTGGTAAGCAGGATGTATAGAGCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCACAGTGGCTCCCAACCTCCTGGTAAGCAGGATGTATAGAGCTC  429

seq1  TGTCCTGCCCGGTCACTGCCATAGCCCCACATGCCAAAACTCACAGCCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGCCCGGTCACTGCCATAGCCCCACATGCCAAAACTCACAGCCAG  479

seq1  AGTGGAGTCTGTGCTCTCATTCACCAGCCAAGGTCACATGAACTTCCACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGTCTGTGCTCTCATTCACCAGCCAAGGTCACATGAACTTCCACT  529

seq1  CCAAGGAGACAGGATGGCACGTGTTGCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGACAGGATGGCACGTGTTGCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  579

seq1  AAAAAAAAAAAAAGAGAGAAAAAAGAAAAAAAAAATGGCCCAAGGAAAGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAGAGAGAAAAAAGAAAAAAAAAATGGCCCAAGGAAAGC  629

seq1  CAAGAAGAGAGACTGTGGATTGGAACATCTGGATAGTATAGTAGTCCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAGAGACTGTGGATTGGAACATCTGGATAGTATAGTAGTCCTGG  679

seq1  CCTTTCTATTATCCTGTCATGAGTAAAACTCTGACAGCCCAGCTCTTCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTATTATCCTGTCATGAGTAAAACTCTGACAGCCCAGCTCTTCCA  729

seq1  CTATAAAAAAGAAGTACTAGGTCCTCTCTACTGACATTCAACTCTTTCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAAAAGAAGTACTAGGTCCTCTCTACTGACATTCAACTCTTTCTC  779

seq1  CTTCCCCAACACTTCCAGTAGGAATAATAAAAACACACAGAAGATTAATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAACACTTCCAGTAGGAATAATAAAAACACACAGAAGATTAATT  829

seq1  AATAGCACTTAAGAAAACATATACTCAGGAAAAAAAAATGTATGGGAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCACTTAAGAAAACATATACTCAGGAAAAAAAAATGTATGGGAAAC  879

seq1  TAACTGAGTTAACCCAGAAGAGATTGTTCTTGACTTCGCTGGCCCAGTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGTTAACCCAGAAGAGATTGTTCTTGACTTCGCTGGCCCAGTGA  929

seq1  CAGGAAAGGTGCAGATCAAAAGCTCCAGTTGTGTCACTGAAGTCTGGGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGGTGCAGATCAAAAGCTCCAGTTGTGTCACTGAAGTCTGGGTT  979

seq1  TATTCGCATGTTACTTGGTATAACTACTAGGAGGTTAAGGCGATCACTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCGCATGTTACTTGGTATAACTACTAGGAGGTTAAGGCGATCACTCA  1029

seq1  GCTGGTAATATGCTGAACATTACAAGCATGAGGACCTGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTAATATGCTGAACATTACAAGCATGAGGACCTGAATTC  1072