BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337P21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 112,765,199 - 112,786,502
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625585, EG229746, LOC668717
Downstream geneUtp14B-ps, EG433643, OTTMUSG00000022462, LOC668723, Amy2-2, Amy2-1, LOC100043684, LOC100043686, LOC100043688, LOC100043207, Amy1, Rnpc3, Col11a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337P21.bB6Ng01-337P21.g
ACCGA122437GA122438
length1,140973
definitionB6Ng01-337P21.b B6Ng01-337P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,785,366 - 112,786,502)(112,765,199 - 112,766,171)
sequence
gaattccttgatgtctttaatatgtaggtaatgctactttatcatgtgta
aatcaagcatgtaggcacatttcaaattaattttgaatatttgcatcctt
cctagtttttgcttgctgtcataattcatgattcctattaatgagtagta
atatgttaatgaaaagtaatatgttggtaatcttatatgatatataacac
actgtagccattttggattctttttgttcttctaactgctgtcttgtttt
ggtggtgaattatgcttctgaacttatgtgaaatatttcttcaatgttag
gtgttaccaattctgtataggtttagtatttacttatccactcatttatt
agtatgactcatttagcatcttccatctacttacatgtttcagaggcaaa
tgaatgattcccttagagaatatgctgatgtctcaagctcataaatttcc
cccatgtcccttctacttgtgtgagaaagaaggctcatgcataaaagggc
cacaagttcacattttccttgtcttccactcccactgagctctctggggt
tcccttgattttcttactgtagctgtcaactaaggatgtatgaagaattt
attatctcatttcccctctacctttcttgtttgcagttttcttttgattc
ccatgtgctcacctgaccatcctgatttgtgtctaccttcagcagcatgg
attgttgtgagagttcatcaaccaaaatgataacatggaatgctgtcagg
caagggggcagtaacgttttctcactgtgcaaacagtcttggagttgctg
cctgccttttttggtttatacattgtcctgaaaacttcataagaagctga
ccattgttacacttatttttctgttgacattaattgctcattttctttgg
agcaattgctaaaaaagaaagatgaccctttatcatataagaaggaatat
aatttgatatactaatatcttgtatacccctagaataaaaactcttatga
taaacttaattatattaacataattctcagagacacacttatttaataat
atcagaacagttagacttcttttattttgaacatcctatgtgctttcaga
attaaaaccagggacgtgacgaataatatatttacatagt

attcattcattcacattctcatggattcattcattcaacatatactgttg
aagtgtatgtagtatgctaagcattgtcttgctatagagatacagagatg
tcatcaaaaaaaaaaaaaagtgaaaacacccctaagaaaaactaaataat
gagaatacaatgtgtaaaaaagttttaaatgtgtaaaaatataagttagg
ataactttatatttaggcataggactaccatgacaatattagaaaatcca
ccttctattttgagagtaatgtaaaagtattaaaaaaaaaggatccttct
agaaatatttagaatgagttttctaagtacaaaagtacagtgcaaaaaaa
attacagtacctaaaatcttatcaagcaaatagtcatgagtaggaccaat
aaaaaatgtaaatgaccaagcactggtagataaataaagaaatggcttaa
aatataatctagaggtctcctcctctagcagatcctctgccatagggctc
catacacaaatagcactgggagggagggagccctccaggagtgtagacag
gcctgtgagtacaggtaggacgactactgctgctcagaggacccatccca
gatcccacaggacacaggaaccgaagggtgatctgggacaggagtcttct
ggtcttcatctgcactcaggactgatcctgttccacaggctacatataca
attaccaccaggagagagctagtctcctaggtgagcctacacccttgtaa
tcacaggtaggaccaccacttctcttcgaattcctggctaaagagagacc
ctcacagagccttcaggaaccaagaatcagctggggacaggatccttctg
gtccctctctctgcacctcagagctgaatctgtaccacagctttccatac
ccaaattcctgggttcccaaaagtactcacacacaggctcataggagtta
gagacagcaagaccagctaacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_112785366_112786502
seq2: B6Ng01-337P21.b_47_1186 (reverse)

seq1  ACTATGTAAAATATATTTATTTTGTTAATGTCCCTGTTTTAAATTCTG-A  49
      ||||||| ||||||||   | ||  | | ||||||| ||| ||||||| |
seq2  ACTATGT-AAATATAT---TATTCGTCACGTCCCTGGTTTTAATTCTGAA  46

seq1  AGCACATA-GATG-TCAAAAT-AAAGAAGTCTAACTGTTCTGATTATTTA  96
      |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  | | 
seq2  AGCACATAGGATGTTCAAAATAAAAGAAGTCTAACTGTTCTGATATTATT  96

seq1  TAATAAGTGTGTCCTCTGAGAATTATGTTAATTATATTAAGTTTATCATA  146
       ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  AAATAAGTGTGT-CTCTGAGAATTATGTTAATATAATTAAGTTTATCATA  145

seq1  AGAG-TTTTATTCTAGGGGTATACAAAGATATTAGTATATCAAA-TATAT  194
      |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAGTTTTTATTCTAGGGGTATAC-AAGATATTAGTATATCAAATTATAT  194

seq1  TCC-TCTTATATGATAAA-GGTCATCTTTC-TTTTTAGCAATTGCTCCAA  241
      ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTATATGATAAAGGGTCATCTTTCTTTTTTAGCAATTGCTCCAA  244

seq1  AGAAAATGAGCAATTAATGTCAACAGAAAAATAAGTGTAACAATGGTCAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGAGCAATTAATGTCAACAGAAAAATAAGTGTAACAATGGTCAG  294

seq1  CTTCTTATGAAGTTTTCAGGACAATGTATAAACCAAAAAAGGCAGGCAGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTATGAAGTTTTCAGGACAATGTATAAACCAAAAAAGGCAGGCAGC  344

seq1  AACTCCAAGACTGTTTGCACAGTGAGAAAACGTTACTGCCCCCTTGCCTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAAGACTGTTTGCACAGTGAGAAAACGTTACTGCCCCCTTGCCTG  394

seq1  ACAGCATTCCATGTTATCATTTTGGTTGATGAACTCTCACAACAATCCAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTCCATGTTATCATTTTGGTTGATGAACTCTCACAACAATCCAT  444

seq1  GCTGCTGAAGGTAGACACAAATCAGGATGGTCAGGTGAGCACATGGGAAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGAAGGTAGACACAAATCAGGATGGTCAGGTGAGCACATGGGAAT  494

seq1  CAAAAGAAAACTGCAAACAAGAAAGGTAGAGGGGAAATGAGATAATAAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAAAACTGCAAACAAGAAAGGTAGAGGGGAAATGAGATAATAAAT  544

seq1  TCTTCATACATCCTTAGTTGACAGCTACAGTAAGAAAATCAAGGGAACCC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATACATCCTTAGTTGACAGCTACAGTAAGAAAATCAAGGGAACCC  594

seq1  CAGAGAGCTCAGTGGGAGTGGAAGACAAGGAAAATGTGAACTTGTGGCCC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCTCAGTGGGAGTGGAAGACAAGGAAAATGTGAACTTGTGGCCC  644

seq1  TTTTATGCATGAGCCTTCTTTCTCACACAAGTAGAAGGGACATGGGGGAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCATGAGCCTTCTTTCTCACACAAGTAGAAGGGACATGGGGGAA  694

seq1  ATTTATGAGCTTGAGACATCAGCATATTCTCTAAGGGAATCATTCATTTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGAGCTTGAGACATCAGCATATTCTCTAAGGGAATCATTCATTTG  744

seq1  CCTCTGAAACATGTAAGTAGATGGAAGATGCTAAATGAGTCATACTAATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGAAACATGTAAGTAGATGGAAGATGCTAAATGAGTCATACTAATA  794

seq1  AATGAGTGGATAAGTAAATACTAAACCTATACAGAATTGGTAACACCTAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGGATAAGTAAATACTAAACCTATACAGAATTGGTAACACCTAA  844

seq1  CATTGAAGAAATATTTCACATAAGTTCAGAAGCATAATTCACCACCAAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAGAAATATTTCACATAAGTTCAGAAGCATAATTCACCACCAAAA  894

seq1  CAAGACAGCAGTTAGAAGAACAAAAAGAATCCAAAATGGCTACAGTGTGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGCAGTTAGAAGAACAAAAAGAATCCAAAATGGCTACAGTGTGT  944

seq1  TATATATCATATAAGATTACCAACATATTACTTTTCATTAACATATTACT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCATATAAGATTACCAACATATTACTTTTCATTAACATATTACT  994

seq1  ACTCATTAATAGGAATCATGAATTATGACAGCAAGCAAAAACTAGGAAGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTAATAGGAATCATGAATTATGACAGCAAGCAAAAACTAGGAAGG  1044

seq1  ATGCAAATATTCAAAATTAATTTGAAATGTGCCTACATGCTTGATTTACA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATATTCAAAATTAATTTGAAATGTGCCTACATGCTTGATTTACA  1094

seq1  CATGATAAAGTAGCATTACCTACATATTAAAGACATCAAGGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAAAGTAGCATTACCTACATATTAAAGACATCAAGGAATTC  1140


seq1: chr3_112765199_112766171
seq2: B6Ng01-337P21.g_68_1040

seq1  ATTCATTCATTCACATTCTCATGGATTCATTCATTCAACATATACTGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCATTCACATTCTCATGGATTCATTCATTCAACATATACTGTTG  50

seq1  AAGTGTATGTAGTATGCTAAGCATTGTCTTGCTATAGAGATACAGAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTATGTAGTATGCTAAGCATTGTCTTGCTATAGAGATACAGAGATG  100

seq1  TCATCAAAAAAAAAAAAAAGTGAAAACACCCCTAAGAAAAACTAAATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAAAAAAAAAAAAAGTGAAAACACCCCTAAGAAAAACTAAATAAT  150

seq1  GAGAATACAATGTGTAAAAAAGTTTTAAATGTGTAAAAATATAAGTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATACAATGTGTAAAAAAGTTTTAAATGTGTAAAAATATAAGTTAGG  200

seq1  ATAACTTTATATTTAGGCATAGGACTACCATGACAATATTAGAAAATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTTATATTTAGGCATAGGACTACCATGACAATATTAGAAAATCCA  250

seq1  CCTTCTATTTTGAGAGTAATGTAAAAGTATTAAAAAAAAAGGATCCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTATTTTGAGAGTAATGTAAAAGTATTAAAAAAAAAGGATCCTTCT  300

seq1  AGAAATATTTAGAATGAGTTTTCTAAGTACAAAAGTACAGTGCAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTTAGAATGAGTTTTCTAAGTACAAAAGTACAGTGCAAAAAAA  350

seq1  ATTACAGTACCTAAAATCTTATCAAGCAAATAGTCATGAGTAGGACCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTACCTAAAATCTTATCAAGCAAATAGTCATGAGTAGGACCAAT  400

seq1  AAAAAATGTAAATGACCAAGCACTGGTAGATAAATAAAGAAATGGCTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTAAATGACCAAGCACTGGTAGATAAATAAAGAAATGGCTTAA  450

seq1  AATATAATCTAGAGGTCTCCTCCTCTAGCAGATCCTCTGCCATAGGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATCTAGAGGTCTCCTCCTCTAGCAGATCCTCTGCCATAGGGCTC  500

seq1  CATACACAAATAGCACTGGGAGGGAGGGAGCCCTCCAGGAGTGTAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAAATAGCACTGGGAGGGAGGGAGCCCTCCAGGAGTGTAGACAG  550

seq1  GCCTGTGAGTACAGGTAGGACGACTACTGCTGCTCAGAGGACCCATCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGAGTACAGGTAGGACGACTACTGCTGCTCAGAGGACCCATCCCA  600

seq1  GATCCCACAGGACACAGGAACCGAAGGGTGATCTGGGACAGGAGTCTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCACAGGACACAGGAACCGAAGGGTGATCTGGGACAGGAGTCTTCT  650

seq1  GGTCTTCATCTGCACTCAGGACTGATCCTGTTCCACAGGCTACATATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCATCTGCACTCAGGACTGATCCTGTTCCACAGGCTACATATACA  700

seq1  ATTACCACCAGGAGAGAGCTAGTCTCCTAGGTGAGCCTACACCCTTGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACCAGGAGAGAGCTAGTCTCCTAGGTGAGCCTACACCCTTGTAA  750

seq1  TCACAGGTAGGACCACCACTTCTCTTCGAATTCCTGGCTAAAGAGAGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTAGGACCACCACTTCTCTTCGAATTCCTGGCTAAAGAGAGACC  800

seq1  CTCACAGAGCCTTCAGGAACCAAGAATCAGCTGGGGACAGGATCCTTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGCCTTCAGGAACCAAGAATCAGCTGGGGACAGGATCCTTCTG  850

seq1  GTCCCTCTCTCTGCACCTCAGAGCTGAATCTGTACCACAGCTTTCCATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCTCTCTGCACCTCAGAGCTGAATCTGTACCACAGCTTTCCATAC  900

seq1  CCAAATTCCTGGTTTCCCAAAAGTACTCACACACAGGCTCATAGGAGTTA  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTCCTGGGTTCCCAAAAGTACTCACACACAGGCTCATAGGAGTTA  950

seq1  GAGACAGCAAGACCAGCTAACAC  973
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGCAAGACCAGCTAACAC  973


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |