BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338D23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 28,727,822 - 28,837,270
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1527
Upstream geneE030011K20Rik, Pld1, Tnik, Slc2a2, EG624446, Eif5a2, Rpl22l1
Downstream gene6130401L20Rik, LOC100040676
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338D23.bB6Ng01-338D23.g
ACCGA122614GA122615
length6781,148
definitionB6Ng01-338D23.b B6Ng01-338D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,727,822 - 28,728,496)(28,836,131 - 28,837,270)
sequence
gaattcaataataaatatggcaaggtgcacaaacaagagaacagaaacca
gatgaaaaggaacccttcagcacagaaggtcagggagcaccctcctactc
cctcagtctcagaacaatccccaattgtgcctttgctcagccatcagctt
atgcgccaagtcggtctggaaatccgtttgtgatgagttgaaagctttaa
catacaactggaaaattagtgcagtttattttagtttgtacaggcctcca
gtcatcatgcaaggagtggaaaatagcgtttattgtcccctggaaagcac
ggtgcttatagaccttgaaatacattttagatatgtttatatataggaag
ccatatttatgatgtatttgtatacttaaaaatgaactcacatgtttgat
aaaataatatgcagtttgcctaggaacacatattgtagaaaacagactta
taaaatagggttgatatcccttctacataatttacccaatatgtatagtt
gaatgtagggatttgggggtgaagggagctgttgggaagactttgttctg
ccttatatatatataaaaaaaggctcattttgttctgtatttgaatattt
ctatttaattttgaaatgcataaggagagacacctttaaagacctcctat
taggacatagatacagctcacctgatgt

gaattcagtcatccttcccaactattttagaaatgtgtttaatctcagag
taattacaggaggaaaaatagtcttggctgtcccttaaactctcataacc
ttcagtctatgcccctctccaccaaatccccatttaaactttcaaggaag
ccagacatttcagttccatggattttcttataaaagaaggctagcacaca
gaataaggtcaccaaaaatcctgtcactaatcccaaactgcaattaagca
ataatgaccctcaacctgaaacttccttcagaattaatggttattccaaa
actcccagtgactccatgtagcctcagtcactcagaacctccctgggatg
aagggagaactgtaggcaaaatgtgtttatggctcaaatcatccctaaac
ttatcttttccattgctttatgtgagttgggtctccatgacattcattgt
aggaaaaagccaatcttaataaagataagagaaagggaagattgaaattt
aaaaagtaaagtaggagatttcttttgggagggttggaagggaagatgta
aattatgcatagaatatttagcctttgttgctgacttttctctagtggtc
agaaatacaaagatgcaaatacatatggaacacatagatttatcactata
gtaaatatgaagtgaaggtacagttatcgataatgttagattaggtgcca
ccatctcacaggtcaagccacattctcttcaacccccaccccttgcatct
gctgtcatgaggtctttccttctaaccttgtagccctgggaacataagca
acctgactgtagacacatagtatacttaataattgtgtggcatgattctt
ccttgaaaccttttttaggaggaaccttgttttgtctggagaaaattaag
actttccctctctatagattttaaacattaagatagccaggttttcagga
gattcatatgttctcctcctttgaacactgaagattatctatctccctta
gacaaatgaggaatcactgaaaccaaagagtttaagaagacattattcta
ggttcttattctttgtataggctggacataagcctatatttctagtgaca
ggcaggtccaaaacaaggtttagagcaaggcacagattggcaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_28727822_28728496
seq2: B6Ng01-338D23.b_47_723

seq1  GAATTCAATAATAAATATGGCAAGGTGCACAAACAAGAGAACAGAAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAATAAATATGGCAAGGTGCACAAACAAGAGAACAGAAACCA  50

seq1  GATGAAAAGGAACCCTTCAGCACAGAAGGTCAGGGAGCACCCTCCTACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAGGAACCCTTCAGCACAGAAGGTCAGGGAGCACCCTCCTACTC  100

seq1  CCTCAGTCTCAGAACAATCCCCAATTGTGCCTTTGCTCAGCCATCAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTCTCAGAACAATCCCCAATTGTGCCTTTGCTCAGCCATCAGCTT  150

seq1  ATGCGCCAAGTCGGTCTGGAAATCCGTTTGTGATGAGTTGAAAGCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCCAAGTCGGTCTGGAAATCCGTTTGTGATGAGTTGAAAGCTTTAA  200

seq1  CATACAACTGGAAAATTAGTGCAGTTTATTTTAGTTTGTACAGGCCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAACTGGAAAATTAGTGCAGTTTATTTTAGTTTGTACAGGCCTCCA  250

seq1  GTCATCATGCAAGGAGTGGAAAATAGCGTTTATTGTCCCCTGGAAAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCATGCAAGGAGTGGAAAATAGCGTTTATTGTCCCCTGGAAAGCAC  300

seq1  GGTGCTTATAGACCTTGAAATACATTTTAGATATGTTTATATATAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTATAGACCTTGAAATACATTTTAGATATGTTTATATATAGGAAG  350

seq1  CCATATTTATGATGTATTTGTATACTTAAAAATGAACTCACATGTTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTATGATGTATTTGTATACTTAAAAATGAACTCACATGTTTGAT  400

seq1  AAAATAATATGCAGTTTGCCTAGGAACACATATTGTAGAAAACAGACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATATGCAGTTTGCCTAGGAACACATATTGTAGAAAACAGACTTA  450

seq1  TAAAATAGGGTTGATATCCCTTCTACATAATTTACCCAATATGTATAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGGGTTGATATCCCTTCTACATAATTTACCCAATATGTATAGTT  500

seq1  GAATGTAGGGATTTGGGGGTGAAGGGAGCTGTTGGGAAGACTTTGTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGGGATTTGGGGGTGAAGGGAGCTGTTGGGAAGACTTTGTTCTG  550

seq1  CCTTATATATATATAAAAAAAGGCTCATTTTGTTCTGTATTTGAATATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATATATATAAAAAAAGGCTCATTTTGTTCTGTATTTGAATATTT  600

seq1  CTATTTAA-TTTGAAATGCATAAGGAGAGACACCTTTAAAGACCTCCTA-  648
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTATTTAATTTTGAAATGCATAAGGAGAGACACCTTTAAAGACCTCCTAT  650

seq1  TAGGACATAGATACAGCTCACCTGATG  675
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATAGATACAGCTCACCTGATG  677


seq1: chr3_28836131_28837270
seq2: B6Ng01-338D23.g_65_1212 (reverse)

seq1  TTTTTTTTCCAATCTGGTGCTTGGCTCTTTAAAC--TGTTTTGGACTTG-  47
      ||||||| ||||||| |||| | ||||  |||||  |||||||||| || 
seq2  TTTTTTTGCCAATCT-GTGCCTTGCTC--TAAACCTTGTTTTGGACCTGC  47

seq1  CTGTCACTAG-AATATAGGCTTATGTCCAGCCCTATAC-AAGA--TAGAA  93
      |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||   ||||
seq2  CTGTCACTAGAAATATAGGCTTATGTCCAG-CCTATACAAAGAATAAGAA  96

seq1  CTTAGA--TATGTC-TCTTAAACTCCTTGG-TTCAGTGATTCCTCATTTG  139
      | ||||   ||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATAATGTCTTCTTAAACTCTTTGGTTTCAGTGATTCCTCATTTG  146

seq1  TCTAAGGGAGATAGATAATCTTCAGTGTTCAAGGGAGGAG-ACATATGAA  188
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCTAAGGGAGATAGATAATCTTCAGTGTTCAAAGGAGGAGAACATATGAA  196

seq1  TCTCCTGAAAACCTGGCTATCTTAATGTTTAAAATCTATAGAGAGGGAAA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAAAACCTGGCTATCTTAATGTTTAAAATCTATAGAGAGGGAAA  246

seq1  GTCTTAATTTTCTCCAGACAAAACAAGGTTCCTCCTAAAAAAGGTTTCAA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATTTTCTCCAGACAAAACAAGGTTCCTCCTAAAAAAGGTTTCAA  296

seq1  GGAAGAATCATGCCACACAATTATTAAGTATACTATGTGTCTACAGTCAG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATCATGCCACACAATTATTAAGTATACTATGTGTCTACAGTCAG  346

seq1  GTTGCTTATGTTCCCAGGGCTACAAGGTTAGAAGGAAAGACCTCATGACA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTATGTTCCCAGGGCTACAAGGTTAGAAGGAAAGACCTCATGACA  396

seq1  GCAGATGCAAGGGGTGGGGGTTGAAGAGAATGTGGCTTGACCTGTGAGAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGCAAGGGGTGGGGGTTGAAGAGAATGTGGCTTGACCTGTGAGAT  446

seq1  GGTGGCACCTAATCTAACATTATCGATAACTGTACCTTCACTTCATATTT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCACCTAATCTAACATTATCGATAACTGTACCTTCACTTCATATTT  496

seq1  ACTATAGTGATAAATCTATGTGTTCCATATGTATTTGCATCTTTGTATTT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGTGATAAATCTATGTGTTCCATATGTATTTGCATCTTTGTATTT  546

seq1  CTGACCACTAGAGAAAAGTCAGCAACAAAGGCTAAATATTCTATGCATAA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCACTAGAGAAAAGTCAGCAACAAAGGCTAAATATTCTATGCATAA  596

seq1  TTTACATCTTCCCTTCCAACCCTCCCAAAAGAAATCTCCTACTTTACTTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATCTTCCCTTCCAACCCTCCCAAAAGAAATCTCCTACTTTACTTT  646

seq1  TTAAATTTCAATCTTCCCTTTCTCTTATCTTTATTAAGATTGGCTTTTTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTCAATCTTCCCTTTCTCTTATCTTTATTAAGATTGGCTTTTTC  696

seq1  CTACAATGAATGTCATGGAGACCCAACTCACATAAAGCAATGGAAAAGAT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGAATGTCATGGAGACCCAACTCACATAAAGCAATGGAAAAGAT  746

seq1  AAGTTTAGGGATGATTTGAGCCATAAACACATTTTGCCTACAGTTCTCCC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGGGATGATTTGAGCCATAAACACATTTTGCCTACAGTTCTCCC  796

seq1  TTCATCCCAGGGAGGTTCTGAGTGACTGAGGCTACATGGAGTCACTGGGA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCCAGGGAGGTTCTGAGTGACTGAGGCTACATGGAGTCACTGGGA  846

seq1  GTTTTGGAATAACCATTAATTCTGAAGGAAGTTTCAGGTTGAGGGTCATT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGAATAACCATTAATTCTGAAGGAAGTTTCAGGTTGAGGGTCATT  896

seq1  ATTGCTTAATTGCAGTTTGGGATTAGTGACAGGATTTTTGGTGACCTTAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTAATTGCAGTTTGGGATTAGTGACAGGATTTTTGGTGACCTTAT  946

seq1  TCTGTGTGCTAGCCTTCTTTTATAAGAAAATCCATGGAACTGAAATGTCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGCTAGCCTTCTTTTATAAGAAAATCCATGGAACTGAAATGTCT  996

seq1  GGCTTCCTTGAAAGTTTAAATGGGGATTTGGTGGAGAGGGGCATAGACTG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCTTGAAAGTTTAAATGGGGATTTGGTGGAGAGGGGCATAGACTG  1046

seq1  AAGGTTATGAGAGTTTAAGGGACAGCCAAGACTATTTTTCCTCCTGTAAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTATGAGAGTTTAAGGGACAGCCAAGACTATTTTTCCTCCTGTAAT  1096

seq1  TACTCTGAGATTAAACACATTTCTAAAATAGTTGGGAAGGATGACTGAAT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGAGATTAAACACATTTCTAAAATAGTTGGGAAGGATGACTGAAT  1146

seq1  TC  1140
      ||
seq2  TC  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |