BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339G05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,918,139 - 121,071,019
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14
Upstream gene2510027J23Rik, LOC435752
Downstream genePpia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339G05.bB6Ng01-339G05.g
ACCGA123396GA123397
length1,1011,042
definitionB6Ng01-339G05.b B6Ng01-339G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,069,918 - 121,071,019)(120,918,139 - 120,919,178)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcttcgaactcagaaatccacctgcc
gctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgtcgtcaatgctcttaa
ccgctgagccatctcaccaacccttccacatttttattattatattcctc
ctcctcctcctcttcctccttcttctcctcctcttcttcttcttccttct
ccttattattattagagtttccagatcccattatacatgatgacatcatg
gctgttaatcgaatatatccttgcagggtaaatactgataaatgaggctc
acaagtagaatctcactgggaactttgagaatgctaaatgtatagtaagt
aagactaaaaagctccagaatgaaccatcaccggagcaggcctggaccaa
gtctggatgtatatgaacttatgtgtttaattaatgtcagtattttgttc
agaatcatagtgtgagtattgtcaactgcagaacaaggggaccacattag
gatgttatgctgtctctgaagcaagcaaacaaacaaacgaaaaccctatg
aatgaagttagtaatgtgatccttccacagaagtttttgagcacatggcc
tagccaaaaggtaggaaactccatggtaaccttgcttgcaaatggccgtg
tcacagagttctctggagaagcaacccaaactgcgctctaggagaccagg
aagactatggaggtgaaatttaagtttgaaagagaagacagtgtgatggg
tattattggttgtcaacttgactacatctggaatgaactacaatccagaa
atggaggacactcctgtgacccagatcttgtgatgacacatgcctttagt
ccagatcttcaggtgggaagacacacctttaatctgggccacaccttctg
ctgggagcctatataaagacatggaaagaaggaagcttttggttctcttt
gcctgcttgcctcaccttgctaacacatccatttccttcactggcattgg
ggcttgctctttggggattctatcatatacaggagacagctgagacacct
agcttgtggggactggaaccagctactagatctgggctttccagtcacag
c
gaattctctgttccacccttgtgccagtctgatggttcctccactttggt
ggcctaactcctatcttcacacagaatccctgggcccaaattaccccttt
tttaaatggacattagtaacggtttattaaaggcccctcctactacaata
tgaattcctcatagctaattacatattcaagtagacctatttctgattta
tattcagaggtactggactcaaggagattcaacatatgaatgttggaggg
aacttatgcacatgtggaatccccagttcttttctgaatattgcacagta
tgtttcgtttttactgtatttctctgtaattcactgttatgggtcatgtg
acatgtgtgtatataatatatatgtgcagatatatatatgtgtatataca
tatatatatatgtatatatatatagtcgctttagaaaattcaacttatag
attaaaccagtgctacctgaatgcaaatcacagccgtcagtccaacaccc
aaagtccaaaagggactattgctgctcctacttacaaaacacttccttgt
atccgaatgtcacagtgacagatgacccattaccataaactggaaatcag
agttgccctggtcagcttcacctcatgggaggggttccttgggatgcagg
attttcagaggtatgcctcccatgggtgggtcacactcgtttttgtttta
tcataaattaatcttaacatatactatactagaggtcacattcacagcaa
ggagacaaaaggatgcaaaaccaaacagcttggcctctttacctcctgca
gcaggaagaagcactttaaaataacaggaagcaaactgctactcacactg
caagctcatgcataatttatgtgcattcttaataaaaattgtggtgactt
gttaaaagtacagatgagtttgtccagaagattggtttaggggattggag
agatggctcagcagataaaacacttgctactcttgcagaggacttcttgc
tttggctccagccacccacagccgtgatgatgtattaatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_121069918_121071019
seq2: B6Ng01-339G05.b_50_1150 (reverse)

seq1  GCTGTGACTGGGAAGCCCAAGAATCTAGTAGCTGCT--CAGT-CCCACAA  47
      ||||||||||| |||||||   |||||||||||| |  |||| |||||||
seq2  GCTGTGACTGGAAAGCCCA--GATCTAGTAGCTGGTTCCAGTCCCCACAA  48

seq1  GGCTAGGTGTCTCAGCTGGTCTCCTGTATATGATAGAATCCCAAAGAAGC  97
       |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||
seq2  -GCTAGGTGTCTCAGCT-GTCTCCTGTATATGATAGAATCCCCAAAGAGC  96

seq1  AAGCCCCAATGCCAGTGAAGG-AATGGATGTGTTAGCAAGGTGAGGGCAA  146
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGCCCCAATGCCAGTGAAGGAAATGGATGTGTTAGCAAGGTGA-GGCAA  145

seq1  GCAGGCAAAGAGAAACCAAAAGCTTCCTTC-TTCCATGTCTTTATATAGG  195
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAAAGAG-AACCAAAAGCTTCCTTCTTTCCATGTCTTTATATAGG  194

seq1  CTCCCAGCAGAAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTCCCACCTGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCAGAAGGTGTGGCCCAGATTAAAGGTGTGTCTTCCCACCTGAA  244

seq1  GATCTGGACTAAAGGCATGTGTCATCACAAGATCTGGGTCACAGGAGTGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGACTAAAGGCATGTGTCATCACAAGATCTGGGTCACAGGAGTGT  294

seq1  CCTCCATTTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATGTAGTCAAGTTGACAACC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTTCTGGATTGTAGTTCATTCCAGATGTAGTCAAGTTGACAACC  344

seq1  AATAATACCCATCACACTGTCTTCTCTTTCAAACTTAAATTTCACCTCCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACCCATCACACTGTCTTCTCTTTCAAACTTAAATTTCACCTCCA  394

seq1  TAGTCTTCCTGGTCTCCTAGAGCGCAGTTTGGGTTGCTTCTCCAGAGAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTCCTGGTCTCCTAGAGCGCAGTTTGGGTTGCTTCTCCAGAGAAC  444

seq1  TCTGTGACACGGCCATTTGCAAGCAAGGTTACCATGGAGTTTCCTACCTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGACACGGCCATTTGCAAGCAAGGTTACCATGGAGTTTCCTACCTT  494

seq1  TTGGCTAGGCCATGTGCTCAAAAACTTCTGTGGAAGGATCACATTACTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTAGGCCATGTGCTCAAAAACTTCTGTGGAAGGATCACATTACTAA  544

seq1  CTTCATTCATAGGGTTTTCGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTCAGAGACAGCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCATAGGGTTTTCGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTCAGAGACAGCA  594

seq1  TAACATCCTAATGTGGTCCCCTTGTTCTGCAGTTGACAATACTCACACTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCCTAATGTGGTCCCCTTGTTCTGCAGTTGACAATACTCACACTA  644

seq1  TGATTCTGAACAAAATACTGACATTAATTAAACACATAAGTTCATATACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGAACAAAATACTGACATTAATTAAACACATAAGTTCATATACA  694

seq1  TCCAGACTTGGTCCAGGCCTGCTCCGGTGATGGTTCATTCTGGAGCTTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACTTGGTCCAGGCCTGCTCCGGTGATGGTTCATTCTGGAGCTTTT  744

seq1  TAGTCTTACTTACTATACATTTAGCATTCTCAAAGTTCCCAGTGAGATTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTACTTACTATACATTTAGCATTCTCAAAGTTCCCAGTGAGATTC  794

seq1  TACTTGTGAGCCTCATTTATCAGTATTTACCCTGCAAGGATATATTCGAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGAGCCTCATTTATCAGTATTTACCCTGCAAGGATATATTCGAT  844

seq1  TAACAGCCATGATGTCATCATGTATAATGGGATCTGGAAACTCTAATAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCCATGATGTCATCATGTATAATGGGATCTGGAAACTCTAATAAT  894

seq1  AATAAGGAGAAGGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGAAGAAGGAGGAAGAGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGAGAAGGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGAAGAAGGAGGAAGAGGA  944

seq1  GGAGGAGGAGGAATATAATAATAAAAATGTGGAAGGGTTGGTGAGATGGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGAGGAATATAATAATAAAAATGTGGAAGGGTTGGTGAGATGGC  994

seq1  TCAGCGGTTAAGAGCATTGACGACACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCGGTTAAGAGCATTGACGACACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGG  1044

seq1  AGGCAGCGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCTACAAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAAGCCAGCCTGGTCTACAAAG  1094

seq1  TGAATTC  1102
      |||||||
seq2  TGAATTC  1101

seq1: chr3_120918139_120919178
seq2: B6Ng01-339G05.g_67_1108

seq1  GAATTCTCTGTTCCACCCTTGTGCCAGTCTGATGGTTCCTCCACTTTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTCCACCCTTGTGCCAGTCTGATGGTTCCTCCACTTTGGT  50

seq1  GGCCTAACTCCTATCTTCACACAGAATCCCTGGGCCCAAATTACCCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAACTCCTATCTTCACACAGAATCCCTGGGCCCAAATTACCCCTTT  100

seq1  TTTAAATGGACATTAGTAACGGTTTATTAAAGGCCCCTCCTACTACAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGGACATTAGTAACGGTTTATTAAAGGCCCCTCCTACTACAATA  150

seq1  TGAATTCCTCATAGCTAATTACATATTCAAGTAGACCTATTTCTGATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCCTCATAGCTAATTACATATTCAAGTAGACCTATTTCTGATTTA  200

seq1  TATTCAGAGGTACTGGACTCAAGGAGATTCAACATATGAATGTTGGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGAGGTACTGGACTCAAGGAGATTCAACATATGAATGTTGGAGGG  250

seq1  AACTTATGCACATGTGGAATCCCCAGTTCTTTTCTGAATATTGCACAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGCACATGTGGAATCCCCAGTTCTTTTCTGAATATTGCACAGTA  300

seq1  TGTTTCGTTTTTACTGTATTTCTCTGTAATTCACTGTTATGGGTCATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCGTTTTTACTGTATTTCTCTGTAATTCACTGTTATGGGTCATGTG  350

seq1  ACATGTGTGTATATAATATATATGTGCAGATATATATATGTGTATATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGTGTATATAATATATATGTGCAGATATATATATGTGTATATACA  400

seq1  TATATATATATGTATATATATATAGTCGCTTTAGAAAATTCAACTTATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATGTATATATATATAGTCGCTTTAGAAAATTCAACTTATAG  450

seq1  ATTAAACCAGTGCTACCTGAATGCAAATCACAGCCGTCAGTCCAACACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACCAGTGCTACCTGAATGCAAATCACAGCCGTCAGTCCAACACCC  500

seq1  AAAGTCCAAAAGGGACTATTGCTGCTCCTACTTACAAAACACTTCCTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAAAAGGGACTATTGCTGCTCCTACTTACAAAACACTTCCTTGT  550

seq1  ATCCGAATGTCACAGTGACAGATGACCCATTACCATAAACTGGAAATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAATGTCACAGTGACAGATGACCCATTACCATAAACTGGAAATCAG  600

seq1  AGTTGCCCTGGTCAGCTTCACCTCATGGGAGGGGTTCCTTGGGATGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCTGGTCAGCTTCACCTCATGGGAGGGGTTCCTTGGGATGCAGG  650

seq1  ATTTTCAGAGGTATGCCTCCCATGGGTGGGTCACACTCGTTTTTGTTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGAGGTATGCCTCCCATGGGTGGGTCACACTCGTTTTTGTTTTA  700

seq1  TCATAAATTAATCTTAACATATACTATACTAGAGGTCACATTCACAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATTAATCTTAACATATACTATACTAGAGGTCACATTCACAGCAA  750

seq1  GGAGACAAAAGGATGCAAAACCAAACAGCTTGGCCTCTTTACCTCCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAAAAGGATGCAAAACCAAACAGCTTGGCCTCTTTACCTCCTGCA  800

seq1  GCAGGAAGAAGCACTTTAAAATAACAGGAAGCAAACTGCTACTCACACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGAAGCACTTTAAAATAACAGGAAGCAAACTGCTACTCACACTG  850

seq1  CAAGCTCATGCATAATTTATGTGCATTCTTAATAAAAATTGTGGTGACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCATGCATAATTTATGTGCATTCTTAATAAAAATTGTGGTGACTT  900

seq1  GTTAAAAGTACAGATGAGTTTGTCCAGAAGAATTGGTTAGGGGGATTGGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||
seq2  GTTAAAAGTACAGATGAGTTTGTCCAGAAG-ATTGGTTTAGGGGATTGGA  949

seq1  GAGATGGCTCAGCAGATAAAAACACTTGCTACTCTTGCAGAGGACT--CT  998
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  GAGATGGCTCAGCAGAT-AAAACACTTGCTACTCTTGCAGAGGACTTCTT  998

seq1  GCTTTGGCTCCCAGCACCCACAGGCGTGATGATGTAT--ATATA  1040
      |||||||||||   ||||||||| |||||||||||||  |||||
seq2  GCTTTGGCTCCAGCCACCCACAGCCGTGATGATGTATTAATATA  1042