BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340E05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,161,153 - 118,291,556
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream gene4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneLOC100043275
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340E05.bB6Ng01-340E05.g
ACCGA124022GA124023
length1,0491,178
definitionB6Ng01-340E05.b B6Ng01-340E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,290,540 - 118,291,556)(118,161,153 - 118,162,355)
sequence
gaattcttatctactgctgggtatgagacagctattagctttaataatag
cttgtttcccccatgaaaagatcttctaaatacatcagaacgaacacaca
tctgaacttgtgaagactgaggcaggatatataggacctgcacatatcta
caacagatggggtcttagagcttaaagagtggacacaagactagatccct
aacccagaagctatctccaattgacagtcacttgcctatctttcttaaat
gggaaatacaactaggaaacagttacttaaaattcatttcattccaataa
ctgaaatgtctgtgtgcttttaatggcagtacttcccataaatgagcaga
ctcatattttctataagctctcctggcacttgaatttactcaaaggctta
aacatgttttttcaaaagatgatagatattaccttctaattaaggttaca
ctactaacgtagattagaatttgaattaatgaaggactctgtgatggaaa
ttaactaatttgccaattaattatgtaacaggatagattgcaagcatcat
tcatgctgtttgtacatgtgacaacttgggaaaccaaaggctacatagtt
aatgcatctcttataacctttactgttatgtcagtagtttaaaaaaaaag
gtgaaataaggtgtactatttagaagatttgtttttaaattttattcatg
tgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaatatttcccataattttttaccaat
cctgtctctgccataaccagaactttgaaatgacaatacagattacccta
gcaaaggaagcagcatttaatagagaggtggctggggaatttatgttaat
tatgtaactacattggaaaatgtatcaatataaccttttataatttattt
tggaaatttgtatttggtgatacttacattcacctgtatgtatttatgta
tttactttcatcatcatatgtggttcactcgctcattctcctctccttcc
cattcttcttcttctcttctcttcttcttcttctcttctctctttcttt
gaattcatggctacttttaatgcattaaagttgtagaacgaacattttgc
aaaatatattcatcaagaattgcttagatagctagcaagttagacgtgag
attgatctcccaaatccacgttaaaaccaaaaccaaaaaccaaaaaccaa
aaccaaaaccaagaccaaaacaacaaaaatgaacaaacaggtgtgcaagg
tcatcattcttgtactctgaccaacacatatacacatgcacaccagtgaa
caagcacagaacacatgcacataatgagttgacataaaataatcatttaa
caataaggttaaattatggtcctcttatggagataaagctttacgtcaat
gaggagtagaaaacataaaaaaaaaaattatgagccaatttcccattttt
ttgcattagaaagaaagaagaaataattcacaaacatttcgtacaagctt
agctgacaactattttcatatttcacccaggacttccttcttaaggtttt
gatcaagttagacgcactgctcagaagacaaatggcatcacaggacaggt
attatgaatcttagttaaagattatgtagattgctctggaaaagtagtga
ttcatcaaacaatatgaagatgtcattgacattagatcccacaggaccga
tgtgtggtctttctgtggtactgtactccttatgatggctttcttaaggt
ccccatcacatcctattgtaattgttgattcatgagctttctttctcact
agaagttgtctgagtacacatggtccttaaattacctatcatccctttca
aacttatggcagtactcagtaaatgagaagtgaaatagtaaatgtatgaa
tgagaagtgaggagttataactaagatgaaggggaagtcatattagataa
agtatcagttgggtagacagaacgaatatcagacttctatttttgtgcta
cccacacattaactgtggtgtcctttagtggggagcagattaaatggtga
taaagatctttcttatttattttgtcgtcacacaggcatatatcctttgt
agtcaaaacagtctgactttactgatttcgattgatactgattatctaca
gccatgtttgcagcctccattattccagagaacttatgactattgattac
caacttattattcaacggatgtctttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118290540_118291556
seq2: B6Ng01-340E05.b_45_1093 (reverse)

seq1  AAAGAAAGAGAGA------------------AAGAGA-------------  19
      |||||||||||||                  ||||||             
seq2  AAAGAAAGAGAGAAGAGAAGAAGAAGAAGAGAAGAGAAGAAGAAGAATGG  50

seq1  ----GAG-GGAGAATGAGCGAGTGAACCACATTATGATGATGAAAGTAAA  64
          ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GAAGGAGAGGAGAATGAGCGAGTGAACCACA-TATGATGATGAAAGT-AA  98

seq1  ATACATAAATACATACAGGTGAATTGTAAGTTATCACCAAATACAAATTT  114
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATACATAAATACATACAGGTGAA-TGTAAG-TATCACCAAATACAAATTT  146

seq1  CCAAAATAAATTATAAAAGGTTATATTGATACATTTTCCAATGTAGTTAC  164
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATAAATTATAAAAGGTTATATTGATACATTTTCCAATGTAGTTAC  196

seq1  ATAATTAACATAAATTCCCCAGCCACCTCTCTATTAAATGCTGCTTCCTT  214
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAACATAAATTCCCCAGCCACCTCTCTATTAAATGCTGCTTCCTT  246

seq1  TGCTAGGGTAATCTGTATTGTCATTTCAAAGTTCTGGTTATGGCAGAGAC  264
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGGTAATCTGTATTGTCATTTCAAAGTTCTGGTTATGGCAGAGAC  296

seq1  AGGATTGGTAAAAAATTATGGGAAATATTCACACACACACACACACACAT  314
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGGTAAAAAATTATGGGAAATATTCACACACACACACACACACAT  346

seq1  ACACATGAATAAAATTTAAAAACAAATCTTCTAAATAGTACACCTTATTT  364
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGAATAAAATTTAAAAACAAATCTTCTAAATAGTACACCTTATTT  396

seq1  CACCTTTTTTTTTAAACTACTGACATAACAGTAAAGGTTATAAGAGATGC  414
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTTTTTTTAAACTACTGACATAACAGTAAAGGTTATAAGAGATGC  446

seq1  ATTAACTATGTAGCCTTTGGTTTCCCAAGTTGTCACATGTACAAACAGCA  464
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTATGTAGCCTTTGGTTTCCCAAGTTGTCACATGTACAAACAGCA  496

seq1  TGAATGATGCTTGCAATCTATCCTGTTACATAATTAATTGGCAAATTAGT  514
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATGCTTGCAATCTATCCTGTTACATAATTAATTGGCAAATTAGT  546

seq1  TAATTTCCATCACAGAGTCCTTCATTAATTCAAATTCTAATCTACGTTAG  564
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCATCACAGAGTCCTTCATTAATTCAAATTCTAATCTACGTTAG  596

seq1  TAGTGTAACCTTAATTAGAAGGTAATATCTATCATCTTTTGAAAAAACAT  614
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAACCTTAATTAGAAGGTAATATCTATCATCTTTTGAAAAAACAT  646

seq1  GTTTAAGCCTTTGAGTAAATTCAAGTGCCAGGAGAGCTTATAGAAAATAT  664
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGCCTTTGAGTAAATTCAAGTGCCAGGAGAGCTTATAGAAAATAT  696

seq1  GAGTCTGCTCATTTATGGGAAGTACTGCCATTAAAAGCACACAGACATTT  714
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGCTCATTTATGGGAAGTACTGCCATTAAAAGCACACAGACATTT  746

seq1  CAGTTATTGGAATGAAATGAATTTTAAGTAACTGTTTCCTAGTTGTATTT  764
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTGGAATGAAATGAATTTTAAGTAACTGTTTCCTAGTTGTATTT  796

seq1  CCCATTTAAGAAAGATAGGCAAGTGACTGTCAATTGGAGATAGCTTCTGG  814
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTAAGAAAGATAGGCAAGTGACTGTCAATTGGAGATAGCTTCTGG  846

seq1  GTTAGGGATCTAGTCTTGTGTCCACTCTTTAAGCTCTAAGACCCCATCTG  864
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGGATCTAGTCTTGTGTCCACTCTTTAAGCTCTAAGACCCCATCTG  896

seq1  TTGTAGATATGTGCAGGTCCTATATATCCTGCCTCAGTCTTCACAAGTTC  914
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGATATGTGCAGGTCCTATATATCCTGCCTCAGTCTTCACAAGTTC  946

seq1  AGATGTGTGTTCGTTCTGATGTATTTAGAAGATCTTTTCATGGGGGAAAC  964
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTGTTCGTTCTGATGTATTTAGAAGATCTTTTCATGGGGGAAAC  996

seq1  AAGCTATTATTAAAGCTAATAGCTGTCTCATACCCAGCAGTAGATAAGAA  1014
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTATTAAAGCTAATAGCTGTCTCATACCCAGCAGTAGATAAGAA  1046

seq1  TTC  1017
      |||
seq2  TTC  1049

seq1: chr3_118161153_118162355
seq2: B6Ng01-340E05.g_65_1242

seq1  GAATTCATGGCTACTTTTAATGCATTAAAGTTGTAGAACGAACATTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCTACTTTTAATGCATTAAAGTTGTAGAACGAACATTTTGC  50

seq1  AAAATATATTCATCAAGAATTGCTTAGATAGCTAGCAAGTTAGACGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATTCATCAAGAATTGCTTAGATAGCTAGCAAGTTAGACGTGAG  100

seq1  ATTGATCTCCCAAATCCACGTTAAAACCAAAACCAAAAACCAAAAACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCTCCCAAATCCACGTTAAAACCAAAACCAAAAACCAAAAACCAA  150

seq1  AACCAAAACCAAGACCAAAACAACAAAAATGAACAAACAGGTGTGCAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAACCAAGACCAAAACAACAAAAATGAACAAACAGGTGTGCAAGG  200

seq1  TCATCATTCTTGTACTCTGACCAACACATATACACATGCACACCAGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATTCTTGTACTCTGACCAACACATATACACATGCACACCAGTGAA  250

seq1  CAAGCACAGAACACATGCACATAATGAGTTGACATAAAATAATCATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACAGAACACATGCACATAATGAGTTGACATAAAATAATCATTTAA  300

seq1  CAATAAGGTTAAATTATGGTCCTCTTATGGAGATAAAGCTTTACGTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGGTTAAATTATGGTCCTCTTATGGAGATAAAGCTTTACGTCAAT  350

seq1  GAGGAGTAGAAAACATAAAAAAAAAAATTATGAGCCAATTTCCCATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTAGAAAACATAAAAAAAAAAATTATGAGCCAATTTCCCATTTTT  400

seq1  TTGCATTAGAAAGAAAGAAGAAATAATTCACAAACATTTCGTACAAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTAGAAAGAAAGAAGAAATAATTCACAAACATTTCGTACAAGCTT  450

seq1  AGCTGACAACTATTTTCATATTTCACCCAGGACTTCCTTCTTAAGGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACAACTATTTTCATATTTCACCCAGGACTTCCTTCTTAAGGTTTT  500

seq1  GATCAAGTTAGACGCACTGCTCAGAAGACAAATGGCATCACAGGACAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGTTAGACGCACTGCTCAGAAGACAAATGGCATCACAGGACAGGT  550

seq1  ATTATGAATCTTAGTTAAAGATTATGTAGATTGCTCTGGAAAAGTAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAATCTTAGTTAAAGATTATGTAGATTGCTCTGGAAAAGTAGTGA  600

seq1  TTCATCAAACAATATGAAGATGTCATTGACATTAGATCCCACAGGACCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAAACAATATGAAGATGTCATTGACATTAGATCCCACAGGACCGA  650

seq1  TGTGTGGTCTTTCTGTGGTACTGTACTCCTTATGATGGCTTTCTTAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGTCTTTCTGTGGTACTGTACTCCTTATGATGGCTTTCTTAAGGT  700

seq1  CCCCATCACATCCTATTGTAATTGTTGATTCATGAGCTTTCTTTCTCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCACATCCTATTGTAATTGTTGATTCATGAGCTTTCTTTCTCACT  750

seq1  AGAAGTTGTCTGAGTACACATGGTCCTTAAATTACCTATCATCCCTTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTGTCTGAGTACACATGGTCCTTAAATTACCTATCATCCCTTTCA  800

seq1  AACTTATGGCAGTACTCAGTAAATGAGAAGTGAAATAGTAAATGTATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGGCAGTACTCAGTAAATGAGAAGTGAAATAGTAAATGTATGAA  850

seq1  TGAGAAGTGAGGAGTTATAACTAAGATGAAGGGGAAGTCATATTAGATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGTGAGGAGTTATAACTAAGATGAAGGGGAAGTCATATTAGATAA  900

seq1  AGTATCAGTTGGGTAGACAGAACGAAATATCAGACTTCTAATTTTTGTGC  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTATCAGTTGGGTAGACAGAACG-AATATCAGACTTCT-ATTTTTGTGC  948

seq1  TACCCAACACATTAAACTGTTGGTGTCCTTTAGTGGGGAAGCAGAATAAA  1000
      ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TACCC-ACACATT-AACTG-TGGTGTCCTTTAGTGGGG-AGCAGATTAAA  994

seq1  TGGTGATAAAAGATCTTTCCTTATTTATTTT-TCGTCACACAAGGGCATA  1049
      ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||
seq2  TGGTGAT-AAAGATCTTT-CTTATTTATTTTGTCGTCACACA--GGCATA  1040

seq1  TAATCTTTGTAGTCACAAAAAGTCTTTGACTTTACTGATTTCAATTGTTT  1099
      ||  ||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||  |
seq2  TATCCTTTGTAGTCA-AAACAGTC--TGACTTTACTGATTTCGATTG-AT  1086

seq1  TATGAATTTATCCTTACAGCCATGTTTTGCAGCCT-CATTATT-CAGAGA  1147
        |||  |||||  |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  ACTGA--TTATC--TACAGCCATG-TTTGCAGCCTCCATTATTCCAGAGA  1131

seq1  AATTTAGTGACATATATGATTACACACACTTATATTATTCAAACAGTTGT  1197
      | ||   |||| ||| ||||||| || |||  |||||||| ||| | |||
seq2  ACTT--ATGAC-TAT-TGATTAC-CA-ACT--TATTATTC-AACGGATGT  1172

seq1  CTTTCA  1203
      ||||||
seq2  CTTTCA  1178