BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342E24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,852,307 - 18,957,394
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC545508, Bhlhb5, Cyp7b1, LOC622921, LOC100040153
Downstream geneArmc1, Mtfr1, Pde7a, Dnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304, LOC100040237, 4632415L05Rik, Cp, Hps3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342E24.bB6Ng01-342E24.g
ACCGA125435GA125436
length1,117553
definitionB6Ng01-342E24.b B6Ng01-342E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,852,307 - 18,853,416)(18,956,837 - 18,957,394)
sequence
gaattcaagataatccttttctacatagaaaactacagaaaggaccaggt
gccagggtctaatatttccttccagtacactccccaactccatcctcaca
attaccagatggctgcccactaggctctacctcctaaagcagaggtttat
atcttgtgggtcgagacccctttgatatacatatatcttgcatatcatat
atttacattgttattcataatagtagcaaattacagttatgaagtagcaa
caaaatagttttatggctaggctacaccacaacatgagggactgtattaa
agaattgcaggattaggaagaccaagtatctactaccttccaattgtatc
atgagctgaagaccaagactttatgacatgatcctttaaggatacttatc
aattccctatcaatccctctttcatctgtccccattctcttggccttggc
ccttcaaactattatttgtttataattgtgagtccataattgatgaatgt
gcacttctactactaaattttaagtctcatggaagcataaatgcaatggc
atctcttgcctatacatcagtgagatttctcactgcatatagcaccacta
tagttactgagcacctcttacatgggtgggatcatgccatgggttataaa
agcagaacatgatggggaaatacaggaaaacacatgactagttttgctct
atgtatagggtccacatttttgtatttctgtgtagctgtgtcccaacatt
gagtatgtatgcagaagataacaataaataatgtatgggcagatgagtaa
gtgaataaattagtcaacacatcaatttacctttcttcagtcaagaacag
attaaaggggcttcctgtgaaaatttctcccagctcgctctgtcatttac
taagatcagagttacttatagtggatagcttttccaagttcaagtagact
tccattgtgaattgattatgtctttgtaatcctgttactcaacacaatac
cttacacataacagagatatgtacttatcagtgggattatggatgatgat
atgtaatgtacataaaaggaacccatctaattatttttaattggccactg
gaataatatttgtcctt
cagggccaagaagtgggagtgggtaggtaggggagcagggcagggggagg
gtataggggactttcgggatagcatttgaaatgtaaataaagaaaatatc
ttaaaaaaaacaatgtgaaattgagcaaggcaggacagagccctgagatg
gtataattagggagacattcaaaggagccacggacacatgacgctgaatt
cacaggagatagcttagacttttcagttacagagatgtctctatttcttt
cccatgtgactttgggaagagtacctttggttctcattgaccttgtctga
aaacttctgtcctgcctctcaggaggaacaacatttgaagaaggaggaat
gtgagcagtaagaggtttaaaaagcccacaggaggacttactgcaacagc
atgaggtaagattgacccttggcattcctttaacatccacactgtttgaa
atgccacgggcgcgcgcggcagccagcgcggtaagtgcatcaccttcatg
gtgctggctctgtaaagcaggtggcaggagcaagttgttttcagacagct
gga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18852307_18853416
seq2: B6Ng01-342E24.b_47_1163

seq1  GAATTCAAGATAATCCTTTTCTACATAGAAAACTACAGAAAGGACCAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATAATCCTTTTCTACATAGAAAACTACAGAAAGGACCAGGT  50

seq1  GCCAGGGTCTAATATTTCCTTCCAGTACACTCCCCAACTCCATCCTCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGTCTAATATTTCCTTCCAGTACACTCCCCAACTCCATCCTCACA  100

seq1  ATTACCAGATGGCTGCCCACTAGGCTCTACCTCCTAAAGCAGAGGTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCAGATGGCTGCCCACTAGGCTCTACCTCCTAAAGCAGAGGTTTAT  150

seq1  ATCTTGTGGGTCGAGACCCCTTTGATATACATATATCTTGCATATCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTGGGTCGAGACCCCTTTGATATACATATATCTTGCATATCATAT  200

seq1  ATTTACATTGTTATTCATAATAGTAGCAAATTACAGTTATGAAGTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATTGTTATTCATAATAGTAGCAAATTACAGTTATGAAGTAGCAA  250

seq1  CAAAATAGTTTTATGGCTAGGCTACACCACAACATGAGGGACTGTATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAGTTTTATGGCTAGGCTACACCACAACATGAGGGACTGTATTAA  300

seq1  AGAATTGCAGGATTAGGAAGACCAAGTATCTACTACCTTCCAATTGTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGCAGGATTAGGAAGACCAAGTATCTACTACCTTCCAATTGTATC  350

seq1  ATGAGCTGAAGACCAAGACTTTATGACATGATCCTTTAAGGATACTTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTGAAGACCAAGACTTTATGACATGATCCTTTAAGGATACTTATC  400

seq1  AATTCCCTATCAATCCCTCTTTCATCTGTCCCCATTCTCTTGGCCTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCTATCAATCCCTCTTTCATCTGTCCCCATTCTCTTGGCCTTGGC  450

seq1  CCTTCAAACTATTATTTGTTTATAATTGTGAGTCCATAATTGATGAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAAACTATTATTTGTTTATAATTGTGAGTCCATAATTGATGAATGT  500

seq1  GCACTTCTACTACTAAATTTTAAGTCTCATGGAAGCATAAATGCAATGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCTACTACTAAATTTTAAGTCTCATGGAAGCATAAATGCAATGGC  550

seq1  ATCTCTTGCCTATACATCAGTGAGATTTCTCACTGCATATAGCACCACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTGCCTATACATCAGTGAGATTTCTCACTGCATATAGCACCACTA  600

seq1  TAGTTACTGAGCACCTCTTACATGGGTGGGATCATGCCATGGGTTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACTGAGCACCTCTTACATGGGTGGGATCATGCCATGGGTTATAAA  650

seq1  AGCAGAACATGATGGGGAAATACAGGAAAACACATGACTAGTTTTGCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAACATGATGGGGAAATACAGGAAAACACATGACTAGTTTTGCTCT  700

seq1  ATGTATAGGGTCCACA-TTTTGTATTTCTGTGTAGCTGTGTCCCAACATT  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAGGGTCCACATTTTTGTATTTCTGTGTAGCTGTGTCCCAACATT  750

seq1  GAGTATGTATGCAGAAGATAACAATAAATAATGTATGGGCAGATGAGTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGTATGCAGAAGATAACAATAAATAATGTATGGGCAGATGAGTAA  800

seq1  GTGAATAAATTAGTCAACACATCAA-TTACCTTTCTTCAGTCAAGAACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATAAATTAGTCAACACATCAATTTACCTTTCTTCAGTCAAGAACAG  850

seq1  ATTAAA-GGGCTTCCTGTGAAAATTTCTCCCAGCTCGCTCTGTCATTTAC  897
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGGGCTTCCTGTGAAAATTTCTCCCAGCTCGCTCTGTCATTTAC  900

seq1  TAAGATCAGAGTTACTTATAGTGGATAGCTTTTCCAAGTTCAAGTAGACT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCAGAGTTACTTATAGTGGATAGCTTTTCCAAGTTCAAGTAGACT  950

seq1  TCCATTGTGAATTGATAATGTCTTTGTAATCCTGTTACTCAACACAATAC  997
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGTGAATTGATTATGTCTTTGTAATCCTGTTACTCAACACAATAC  1000

seq1  CTTACACATAACAGAGATATGTAACTAATCAGT-GGATAATGGATGGATG  1046
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||
seq2  CTTACACATAACAGAGATATGT-ACTTATCAGTGGGATTATGGAT-GATG  1048

seq1  ATATGT-ATGTACATAAAAGGAACCAATCTAA-TATTTTTATTTGCACAC  1094
      |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||
seq2  ATATGTAATGTACATAAAAGGAACCCATCTAATTATTTTTAATTGGCCAC  1098

seq1  AG--AT-ATATTTGTCCTT  1110
       |  || ||||||||||||
seq2  TGGAATAATATTTGTCCTT  1117

seq1: chr3_18956837_18957394
seq2: B6Ng01-342E24.g_66_624 (reverse)

seq1  TCCAGCTGTCTG-AAACAACTTGCTCCTGCCACCTGCTTTACAGAGCCAG  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGTCTGAAAACAACTTGCTCCTGCCACCTGCTTTACAGAGCCAG  50

seq1  CACCATGAAGGTGATGCACTTACCGCGCTGGCTGCCGCGCGCGCCCGTGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGAAGGTGATGCACTTACCGCGCTGGCTGCCGCGCGCGCCCGTGG  100

seq1  CATTTCAAACAGTGTGGATGTTAAAGGAATGCCAAGGGTCAATCTTACCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAAACAGTGTGGATGTTAAAGGAATGCCAAGGGTCAATCTTACCT  150

seq1  CATGCTGTTGCAGTAAGTCCTCCTGTGGGCTTTTTAAACCTCTTACTGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGTTGCAGTAAGTCCTCCTGTGGGCTTTTTAAACCTCTTACTGCT  200

seq1  CACATTCCTCCTTCTTCAAATGTTGTTCCTCCTGAGAGGCAGGACAGAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCCTCCTTCTTCAAATGTTGTTCCTCCTGAGAGGCAGGACAGAAG  250

seq1  TTTTCAGACAAGGTCAATGAGAACCAAAGGTACTCTTCCCAAAGTCACAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGACAAGGTCAATGAGAACCAAAGGTACTCTTCCCAAAGTCACAT  300

seq1  GGGAAAGAAATAGAGACATCTCTGTAACTGAAAAGTCTAAGCTATCTCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGAAATAGAGACATCTCTGTAACTGAAAAGTCTAAGCTATCTCCT  350

seq1  GTGAATTCAGCGTCATGTGTCCGTGGCTCCTTTGAATGTCTCCCTAATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTCAGCGTCATGTGTCCGTGGCTCCTTTGAATGTCTCCCTAATTA  400

seq1  TACCATCTCAGGGCTCTGTCCTGCCTTGCTCAATTTCACATTGTTTTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCTCAGGGCTCTGTCCTGCCTTGCTCAATTTCACATTGTTTTTTT  450

seq1  TAAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGCTATCCCGAAAGTCCCCTA  500

seq1  TACCCTCCCCCTGCCCTGCTCCCCTACCTACCCACTCCCACTTCTTGGCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCCCCCTGCCCTGCTCCCCTACCTACCCACTCCCACTTCTTGGCC  550

seq1  CTGGAATTC  558
      |||||||||
seq2  CTGGAATTC  559