BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342I19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 67,062,016 - 67,240,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRsrc1, Mlf1, Gfm1
Upstream geneVeph1, LOC625115, Shox2
Downstream geneLxn, Rarres1, Mfsd1, LOC667207, Gm412, EG208426, EG545531, LOC631379
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342I19.bB6Ng01-342I19.g
ACCGA125600GA125601
length1,1691,132
definitionB6Ng01-342I19.b B6Ng01-342I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,062,016 - 67,063,189)(67,239,523 - 67,240,671)
sequence
gaattcagaattaatgattatggggaagtgggtgatactggaaatataat
aattggtacctagagaattttaggtagtaaaatattctaaacctataaga
tagatacgtttaaatgattcagaggagaaaggaaggaataaaaagtgatc
taacacactggggtaaaaataaaaagtacatagagacttgtagttctggg
accaaaaactccatgcttgctacaaaatataacatggaccacaagtggca
caattgacaggtgatttttttattttgtttttcttaaaatagaaaaattc
aaacatgaagtgagtagagaagccccgccatgactccaggttctgctgtg
tctggcaattgttagatggttttagcactcagacgcctcacctggagaat
agaggctttcaggattggggtatgttgtgctcatgtttagtttgtagagg
ctagctttatttggcatgcagaacataaatctggaaaaggtgctgttttt
caacaaattactttaaaattctatccaaactaaatcttattcaagaaaaa
tattgtaggactcatcagaagatgagaatgtctctaggttcccagattcc
atatcatgccgtagcagcgattaatgatgtctcatagaaggacttgcgac
ttccctaatgtgaggaaagacagatttaaaaacttaggatcgtgaaggaa
ttgatcatgtatctggagtctggtggactaaaggtaaaacttgaaacttg
aaaacttcaagacaaaaatgtaagaaacttgtgtctcttctccctcctcc
cttcttcccttcctcttccctccctcctcccccccaccactttgtgcagt
acacatgtgtatagtgtacacacacaggtcttctcatgcattatggaggc
cagagtccactatgtctctgtctgcaccttttgaagcaggtctcttactg
agcctggggtgcattgatttgggctagactggctcgccagcacacgccag
ggatgctactgtctccaccttgccagccctggattacaagtatgcaccac
atgcttcagatcttcatgccactttatccaaagtccattccaatagattt
tcttaggttaagaaaaattacaaattctataaaataaattaaaaagaaac
ctctgatagcatggagaac

gaattctgtttgggcggatatgactgctcaattgctaacgacatgtaatc
ttgataaaaagcttgaaaaatccaattacttgagcacatgtaaacatgga
aggcccaaaccacaaaggtgtcctttgatctttgattcccacatgtgagt
ggcatgggctcacacaaacactcgtcattcactcacacacacacacatac
acacaaacacttgccattcactcacacacatacacacacacacacacaca
cgcaccaacgcacgcacgcacgcacgcgcactgaatagacaggagctctc
tcatgtgcctaagaacagggagagaaagcatgacagaagacgatacatga
aggccagttccaaaggtcccaaaatctgctccgtgagagctgcaaactga
gaaaagacacacagaaatcacacaaagagccaaagtcatcaagtcacaga
gaaagagaagtttcctgaaaccaggacaaaactagtaaaaagagttcatc
tagtgctaacccccaataaccaccaaacactgcctactctcagcaaaaga
tatttcaaacacccaaagaagataaacatcactttcacatttgcaaatac
atcctccgacagatgttttgtcatcagatatacggttcatagcccactta
ccaccgcaagggtttcagcccgtgcccatcagctctgctgggtaaaatct
gataggggcacgatgctacattgctacatttgttaagaacaaaaccttcc
tctgctttatctaaagaaaacacaagcactcccagcatctacagcttccc
cagcggtaacacagcagcacagttctctggagtcaactgcactagaaata
aatacaagacacattttccccatttcacagaggaagaagctaatgaatca
cagggtaaattaagccactgagactgtgttccactcactaacatcacaga
aatgcaatcaagaaagaaactttaggatacaacttataatggatattgtc
ctgaatgtgaaagccggcatgctgcagctcagtacctccatttgtggagg
gacctgatgggttagaaggccaattcgtcagtttgttatgagtaaggacg
tgtaggctcatttgacgactgacctgtcatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_67062016_67063189
seq2: B6Ng01-342I19.b_47_1215

seq1  GAATTCAGAATTAATGATTATGGGGAAGTGGGTGATACTGGAAATATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATTAATGATTATGGGGAAGTGGGTGATACTGGAAATATAAT  50

seq1  AATTGGTACCTAGAGAATTTTAGGTAGTAAAATATTCTAAACCTATAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTACCTAGAGAATTTTAGGTAGTAAAATATTCTAAACCTATAAGA  100

seq1  TAGATACGTTTAAATGATTCAGAGGAGAAAGGAAGGAATAAAAAGTGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACGTTTAAATGATTCAGAGGAGAAAGGAAGGAATAAAAAGTGATC  150

seq1  TAACACACTGGGGTAAAAATAAAAAGTACATAGAGACTTGTAGTTCTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACTGGGGTAAAAATAAAAAGTACATAGAGACTTGTAGTTCTGGG  200

seq1  ACCAAAAACTCCATGCTTGCTACAAAATATAACATGGACCACAAGTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAACTCCATGCTTGCTACAAAATATAACATGGACCACAAGTGGCA  250

seq1  CAATTGACAGGTGATTTTTTTATTTTGTTTTTCTTAAAATAGAAAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGACAGGTGATTTTTTTATTTTGTTTTTCTTAAAATAGAAAAATTC  300

seq1  AAACATGAAGTGAGTAGAGAAGCCCCGCCATGACTCCAGGTTCTGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGAAGTGAGTAGAGAAGCCCCGCCATGACTCCAGGTTCTGCTGTG  350

seq1  TCTGGCAATTGTTAGATGGTTTTAGCACTCAGACGCCTCACCTGGAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAATTGTTAGATGGTTTTAGCACTCAGACGCCTCACCTGGAGAAT  400

seq1  AGAGGCTTTCAGGATTGGGGTATGTTGTGCTCATGTTTAGTTTGTAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTTCAGGATTGGGGTATGTTGTGCTCATGTTTAGTTTGTAGAGG  450

seq1  CTAGCTTTATTTGGCATGCAGAACATAAATCTGGAAAAGGTGCTGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTTATTTGGCATGCAGAACATAAATCTGGAAAAGGTGCTGTTTTT  500

seq1  CAACAAATTACTTTAAAATTCTATCCAAACTAAATCTTATTCAAGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATTACTTTAAAATTCTATCCAAACTAAATCTTATTCAAGAAAAA  550

seq1  TATTGTAGGACTCATCAGAAGATGAGAATGTCTCTAGGTTCCCAGATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAGGACTCATCAGAAGATGAGAATGTCTCTAGGTTCCCAGATTCC  600

seq1  ATATCATGCCGTAGCAGCGATTAATGATGTCTCATAGAAGGACTTGCGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATGCCGTAGCAGCGATTAATGATGTCTCATAGAAGGACTTGCGAC  650

seq1  TTCCCTAATGTGAGGAAAGACAGATTTAAAAACTTAGGATCGTGAAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAATGTGAGGAAAGACAGATTTAAAAACTTAGGATCGTGAAGGAA  700

seq1  TTGATCATGTATCTGGAGTCTGGTGGACTAAAGGTAAAACTTGAAACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCATGTATCTGGAGTCTGGTGGACTAAAGGTAAAACTTGAAACTTG  750

seq1  AAAACTTCAAGACAAAAATGTAAGAAACTTGTGTCTCTTCTCCCTCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCAAGACAAAAATGTAAGAAACTTGTGTCTCTTCTCCCTCCTCC  800

seq1  CTTCTTCCCTTCCTCTTCCCTCCCTCCTCCCCCCCACCACTTTGTGCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCCTTCCTCTTCCCTCCCTCCTCCCCCCCACCACTTTGTGCAGT  850

seq1  ACACATGTGTATAGTGTACACACACAGGTCTTCTCATGCA-TATGGAGGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACACATGTGTATAGTGTACACACACAGGTCTTCTCATGCATTATGGAGGC  900

seq1  CAGAGTCCACTATGTCTCTGTCTGCACCTTTTGAAGCAGGGTCTCTTACT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGAGTCCACTATGTCTCTGTCTGCACCTTTTGAAGCA-GGTCTCTTACT  949

seq1  GAGCCTGGGGTGCATTGATTT-GGCTAGACTGGCTCGCCAGCACACGCCA  998
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGGGGTGCATTGATTTGGGCTAGACTGGCTCGCCAGCACACGCCA  999

seq1  GGGATGCTACTGTCTCCACCTTGCCAGCCCTGGGATTACAAGTATGCACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTACTGTCTCCACCTTGCCAGCCCT-GGATTACAAGTATGCACC  1048

seq1  ACATGGCTCAGATCTTCATG-CACTTTATCCAAAGTCCCATTCCCAATAA  1097
      |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| 
seq2  ACATGCTTCAGATCTTCATGCCACTTTATCCAAAGT-CCATT-CCAATAG  1096

seq1  GATTTCTTAAGTTAAGAAATATTACAAATTCTATAAAATAAAATTTAAAA  1147
        ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   | |||
seq2  ATTTTCTTAGGTTAAGAAAAATTACAAATTCTATAAAATAAA---TTAAA  1143

seq1  AAGAAAACTCTGATAAGCATGGAGAAC  1174
      |||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAAACCTCTGAT-AGCATGGAGAAC  1169


seq1: chr3_67239523_67240671
seq2: B6Ng01-342I19.g_67_1198 (reverse)

seq1  CCATGACA-GTCAGTCGTCAGATGAAGCGCTACAACGTTCCCTTTTTAAC  49
      |||||||| ||||||||||| ||| ||| |||| ||||  ||||    ||
seq2  CCATGACAGGTCAGTCGTCAAATG-AGC-CTAC-ACGT--CCTT----AC  41

seq1  CTTCATTAACAAACTGGACCGAATGGGC--TCTAACCCATCCAGGGCCCT  97
        ||| ||||||||||   ||||| |||  |||||||||| |||| ||||
seq2  --TCA-TAACAAACTG--ACGAATTGGCCTTCTAACCCAT-CAGGTCCCT  85

seq1  CCAACAAAT-GAGGTACTGAGCCTGCAGCATGCCGGCTTTCACATTCAGG  146
      || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-ACAAATGGAGGTACTGAG-CTGCAGCATGCCGGCTTTCACATTCAGG  133

seq1  ACAATTAATTCCATTATTAAGTTGTATCCTAAAGTTTCTTTCTTGATTGC  196
      |||||    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAT---ATCCATTA-TAAGTTGTATCCTAAAGTTTCTTTCTTGATTGC  179

seq1  ATTTCTGTGATGTTAGTGAGTGGAACACAGTCTCAGTGGCTTAATTTACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTGATGTTAGTGAGTGGAACACAGTCTCAGTGGCTTAATTTACC  229

seq1  CTGTGATTCATTAGCTTCTTCCTCTGTGAAATGGGGAAAATGTGTCTTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATTCATTAGCTTCTTCCTCTGTGAAATGGGGAAAATGTGTCTTGT  279

seq1  ATTTATTTCTAGTGCAGTTGACTCCAGAGAACTGTGCTGCTGTGTTACCG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTCTAGTGCAGTTGACTCCAGAGAACTGTGCTGCTGTGTTACCG  329

seq1  CTGGGGAAGCTGTAGATGCTGGGAGTGCTTGTGTTTTCTTTAGATAAAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAAGCTGTAGATGCTGGGAGTGCTTGTGTTTTCTTTAGATAAAGC  379

seq1  AGAGGAAGGTTTTGTTCTTAACAAATGTAGCAATGTAGCATCGTGCCCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGGTTTTGTTCTTAACAAATGTAGCAATGTAGCATCGTGCCCCT  429

seq1  ATCAGATTTTACCCAGCAGAGCTGATGGGCACGGGCTGAAACCCTTGCGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATTTTACCCAGCAGAGCTGATGGGCACGGGCTGAAACCCTTGCGG  479

seq1  TGGTAAGTGGGCTATGAACCGTATATCTGATGACAAAACATCTGTCGGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGTGGGCTATGAACCGTATATCTGATGACAAAACATCTGTCGGAG  529

seq1  GATGTATTTGCAAATGTGAAAGTGATGTTTATCTTCTTTGGGTGTTTGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATTTGCAAATGTGAAAGTGATGTTTATCTTCTTTGGGTGTTTGAA  579

seq1  ATATCTTTTGCTGAGAGTAGGCAGTGTTTGGTGGTTATTGGGGGTTAGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTTTGCTGAGAGTAGGCAGTGTTTGGTGGTTATTGGGGGTTAGCA  629

seq1  CTAGATGAACTCTTTTTACTAGTTTTGTCCTGGTTTCAGGAAACTTCTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGAACTCTTTTTACTAGTTTTGTCCTGGTTTCAGGAAACTTCTCT  679

seq1  TTCTCTGTGACTTGATGACTTTGGCTCTTTGTGTGATTTCTGTGTGTCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGACTTGATGACTTTGGCTCTTTGTGTGATTTCTGTGTGTCTT  729

seq1  TTCTCAGTTTGCAGCTCTCACGGAGCAGATTTTGGGACCTTTGGAACTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTTTGCAGCTCTCACGGAGCAGATTTTGGGACCTTTGGAACTGG  779

seq1  CCTTCATGTATCGTCTTCTGTCATGCTTTCTCTCCCTGTTCTTAGGCACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTATCGTCTTCTGTCATGCTTTCTCTCCCTGTTCTTAGGCACA  829

seq1  TGAGAGAGCTCCTGTCTATTCAGTGCGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTTGGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGCTCCTGTCTATTCAGTGCGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTTGGT  879

seq1  GCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGAGTGAATGGCAAGTGTTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGAGTGAATGGCAAGTGTTTG  929

seq1  TGTGTATGTGTGTGTGTGTGAGTGAATGACGAGTGTTTGTGTGAGCCCAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTGTGTGTGTGTGAGTGAATGACGAGTGTTTGTGTGAGCCCAT  979

seq1  GCCACTCACATGTGGGAATCAAAGATCAAAGGACACCTTTGTGGTTTGGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCACATGTGGGAATCAAAGATCAAAGGACACCTTTGTGGTTTGGG  1029

seq1  CCTTCCATGTTTACATGTGCTCAAGTAATTGGATTTTTCAAGCTTTTTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATGTTTACATGTGCTCAAGTAATTGGATTTTTCAAGCTTTTTAT  1079

seq1  CAAGATTACATGTCGTTAGCAATTGAGCAGTCATATCCGCCCAAACAGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTACATGTCGTTAGCAATTGAGCAGTCATATCCGCCCAAACAGAA  1129

seq1  TTC  1149
      |||
seq2  TTC  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |