BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343B10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 147,351,360 - 147,457,547
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540, Ttll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream geneLOC100040354
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343B10.bB6Ng01-343B10.g
ACCGA125962GA125963
length1,1091,145
definitionB6Ng01-343B10.b B6Ng01-343B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,456,436 - 147,457,547)(147,351,360 - 147,352,519)
sequence
gaattctacaaggacagttatttgactatagctaccttttggcattatta
atgtttttttgtagataagctagttttcctctctagtaagttaaagcaga
atgattgcattcctgaggtcctggccctttgacatgctgccctttggttt
gtatttcttgtactatccctatcattcaatatagaaatatctcattacca
acagggagccattcttatcactagttatttgtatcttattaattttttgt
atagctatacaaaatatcccagactaagtaactaaataatagcctatgtg
tgtgttaaggaggctgggaagtcattaatatatgctcaaagttgtctata
tactcttttaacacgatttataatttaagtgaataagactatatcattaa
aaattacattgcaaagtttgatgttgcatgttttatgttaatgattttat
tctctctaaaagaatacatttgttagcaaggctgtcattacagttcttca
aatgaattctgtgaggggatatttctgtatctttgagttttacttctttt
tgtatttattctgactatttgctaaagcagaaatatatatattcaactta
aattctccaaatttctttctaggaaattctttgagtatagtagtctagtt
aaaaggcattaatagtaaacatttatatccttgtgggctcatgtcaatct
gtttcacagaactgacgaaacaatttgctcttgttctctgctgacatagc
tctcagtatgctctggccagtctgaacttcaattcctttattccatccta
ctttcccctggctactgatcccaaccgttatccttgcagggaacacttca
ttaccttctaagcatgctattaatctgagctcaacgtcacttcctcaggg
aatttactgacccaagccgggtcccttggtcctatatttccttttaccat
gcagatttttgcatgatagttgagtgattgattaatatctgtcattccca
gtaacagtcagggcattacgtactaggtgtggactattgaatgagatctg
tgcctttggtgaggctgaattacgggcaatgggaaatcaggactggtgtc
tgagaacaa

gaattctgcagtgatttccaatgctatcctcagcatttccaatcagaaaa
gggctgaaaaagcttatttttcagcttttttggtgaaggacttaaggttt
tattctatatagatttggagagcccaagtataatcactcaaggttatttc
tatgctcaggttggtagaggactacaagactctcatggtgacaatcagta
tggtagatactcctgacatgtaaagttattaaaaatattgatatatgatt
tagccactcattctctaaaaatctcaatatagcatatatttctgacatat
gggctatgatcctcaggcaaatacatctctttctaatttgtaagaagttt
atgaccaaataggtataatgttgcattaactcaaactattacttccaagc
cttgattacatgtaaccctgtcataatttaatttctttaaattaaagcag
atattacaaactatcaacataagcaatatttggccttctgacatttattt
tgcttgtgctttatttaaaacacttaagccaatatctaaaactggatagt
tagattaaaaccacgatattttcattttccttcttgctttggaaaataaa
cacctatacctagattaaaatatggcaagggtgagctagagctgactggc
aatccaaatgaatgagccctccctacactcctggacaccaagccagggaa
tctggcgaagtgtctgtgagagttttgaggtgggataggctacccactcc
ggtggcaccattccctagataggtgaaactgaacagtataagtgaagaga
ataagctgaggactagctaatgcctatccattaattcattgttctctttt
ttgtgactgtagacaagttcactcaatgtcctgtcctatgacatctcaac
cattccacaatggattgtttaaggaatgtataaaccaaatgagtcctgtt
ctattcagttgtttctgtcagaataggataacagaaaagatgaaaagaaa
ctagatgagactcaaacacatttctttaagtacaccctacaaagcttgag
aaaaagacagcactctgaaacttagccaagaatcacatgtctctcatcat
gttttcctccccgtggagtcactttctagagacaactgttgtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147456436_147457547
seq2: B6Ng01-343B10.b_48_1156 (reverse)

seq1  TTGTTCTCAGACACAAGTCTTGATTT-CCATTGCCCCTTATTCAGCCCTT  49
      |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | ||||||||  |
seq2  TTGTTCTCAGACACCAGTCCTGATTTCCCATTGCCCGTAATTCAGCC--T  48

seq1  CACCAAA-GCACAGATCTCATTCAATAGTCCACACCTTAGTACGTAATGC  98
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACCAAAGGCACAGATCTCATTCAATAGTCCACACC-TAGTACGTAATGC  97

seq1  CCTGACTGTTACTGGGAATGACAGATATTAATCAATCACTCAACTATCAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGACTGTTACTGGGAATGACAGATATTAATCAATCACTCAACTATCA-  146

seq1  TGCAAAAATCTGCATGGTAAAAGGAAATATAGGACCAAGGGACCCGGCTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAATCTGCATGGTAAAAGGAAATATAGGACCAAGGGACCCGGCTT  196

seq1  GGGTCAGTAAATTCCCTGAGGAAGTGACGTTTGAGCTCAGATTAATAGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGTAAATTCCCTGAGGAAGTGACG-TTGAGCTCAGATTAATAGCA  245

seq1  TGCTTAGAAGGTAATGAAGTGTTCCCTGCAAGGATAACGGTTGGGATCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAAGGTAATGAAGTGTTCCCTGCAAGGATAACGGTTGGGATCAG  295

seq1  TAGCCAGGGGAAAGTAGGATGGAATAAAGGAATTGAAGTTCAGACTGGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGGGGAAAGTAGGATGGAATAAAGGAATTGAAGTTCAGACTGGCC  345

seq1  AGAGCATACTGAGAGCTATGTCAGCAGAGAACAAGAGCAAATTGTTTCGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATACTGAGAGCTATGTCAGCAGAGAACAAGAGCAAATTGTTTCGT  395

seq1  CAGTTCTGTGAAACAGATTGACATGAGCCCACAAGGATATAAATGTTTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTGTGAAACAGATTGACATGAGCCCACAAGGATATAAATGTTTAC  445

seq1  TATTAATGCCTTTTAACTAGACTACTATACTCAAAGAATTTCCTAGAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGCCTTTTAACTAGACTACTATACTCAAAGAATTTCCTAGAAAG  495

seq1  AAATTTGGAGAATTTAAGTTGAATATATATATTTCTGCTTTAGCAAATAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGGAGAATTTAAGTTGAATATATATATTTCTGCTTTAGCAAATAG  545

seq1  TCAGAATAAATACAAAAAGAAGTAAAACTCAAAGATACAGAAATATCCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATAAATACAAAAAGAAGTAAAACTCAAAGATACAGAAATATCCCC  595

seq1  TCACAGAATTCATTTGAAGAACTGTAATGACAGCCTTGCTAACAAATGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAATTCATTTGAAGAACTGTAATGACAGCCTTGCTAACAAATGTA  645

seq1  TTCTTTTAGAGAGAATAAAATCATTAACATAAAACATGCAACATCAAACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAGAGAGAATAAAATCATTAACATAAAACATGCAACATCAAACT  695

seq1  TTGCAATGTAATTTTTAATGATATAGTCTTATTCACTTAAATTATAAATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAATGTAATTTTTAATGATATAGTCTTATTCACTTAAATTATAAATC  745

seq1  GTGTTAAAAGAGTATATAGACAACTTTGAGCATATATTAATGACTTCCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAAAGAGTATATAGACAACTTTGAGCATATATTAATGACTTCCCA  795

seq1  GCCTCCTTAACACACACATAGGCTATTATTTAGTTACTTAGTCTGGGATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTTAACACACACATAGGCTATTATTTAGTTACTTAGTCTGGGATA  845

seq1  TTTTGTATAGCTATACAAAAAATTAATAAGATACAAATAACTAGTGATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATAGCTATACAAAAAATTAATAAGATACAAATAACTAGTGATAA  895

seq1  GAATGGCTCCCTGTTGGTAATGAGATATTTCTATATTGAATGATAGGGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCTCCCTGTTGGTAATGAGATATTTCTATATTGAATGATAGGGAT  945

seq1  AGTACAAGAAATACAAACCAAAGGGCAGCATGTCAAAGGGCCAGGACCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGAAATACAAACCAAAGGGCAGCATGTCAAAGGGCCAGGACCTC  995

seq1  AGGAATGCAATCATTCTGCTTTAACTTACTAGAGAGGAAAACTAGCTTAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCAATCATTCTGCTTTAACTTACTAGAGAGGAAAACTAGCTTAT  1045

seq1  CTACAAAAAAACATTAATAATGCCAAAAGGTAGCTATAGTCAAATAACTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAAAAACATTAATAATGCCAAAAGGTAGCTATAGTCAAATAACTG  1095

seq1  TCCTTGTAGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAGAATTC  1109


seq1: chr3_147351360_147352519
seq2: B6Ng01-343B10.g_67_1211

seq1  GAATTCTGCAGTGATTTCCAATGCTATCCTCAGCATTTCCAATCAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGTGATTTCCAATGCTATCCTCAGCATTTCCAATCAGAAAA  50

seq1  GGGCTGAAAAAGCTTATTTTTCAGCTTTTTTGGTGAAGGACTTAAGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAAAAAGCTTATTTTTCAGCTTTTTTGGTGAAGGACTTAAGGTTT  100

seq1  TATTCTATATAGATTTGGAGAGCCCAAGTATAATCACTCAAGGTTATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATATAGATTTGGAGAGCCCAAGTATAATCACTCAAGGTTATTTC  150

seq1  TATGCTCAGGTTGGTAGAGGACTACAAGACTCTCATGGTGACAATCAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCAGGTTGGTAGAGGACTACAAGACTCTCATGGTGACAATCAGTA  200

seq1  TGGTAGATACTCCTGACATGTAAAGTTATTAAAAATATTGATATATGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGATACTCCTGACATGTAAAGTTATTAAAAATATTGATATATGATT  250

seq1  TAGCCACTCATTCTCTAAAAATCTCAATATAGCATATATTTCTGACATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACTCATTCTCTAAAAATCTCAATATAGCATATATTTCTGACATAT  300

seq1  GGGCTATGATCCTCAGGCAAATACATCTCTTTCTAATTTGTAAGAAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATGATCCTCAGGCAAATACATCTCTTTCTAATTTGTAAGAAGTTT  350

seq1  ATGACCAAATAGGTATAATGTTGCATTAACTCAAACTATTACTTCCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAAATAGGTATAATGTTGCATTAACTCAAACTATTACTTCCAAGC  400

seq1  CTTGATTACATGTAACCCTGTCATAATTTAATTTCTTTAAATTAAAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTACATGTAACCCTGTCATAATTTAATTTCTTTAAATTAAAGCAG  450

seq1  ATATTACAAACTATCAACATAAGCAATATTTGGCCTTCTGACATTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACAAACTATCAACATAAGCAATATTTGGCCTTCTGACATTTATTT  500

seq1  TGCTTGTGCTTTATTTAAAACACTTAAGCCAATATCTAAAACTGGATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGCTTTATTTAAAACACTTAAGCCAATATCTAAAACTGGATAGT  550

seq1  TAGATTAAAACCACGATATTTTCATTTTCCTTCTTGCTTTGGAAAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAAAACCACGATATTTTCATTTTCCTTCTTGCTTTGGAAAATAAA  600

seq1  CACCTATACCTAGATTAAAATATGGCAAGGGTGAGCTAGAGCTGACTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATACCTAGATTAAAATATGGCAAGGGTGAGCTAGAGCTGACTGGC  650

seq1  AATCCAAATGAATGAGCCCTCCCTACACTCCTGGACACCAAGCCAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAATGAATGAGCCCTCCCTACACTCCTGGACACCAAGCCAGGGAA  700

seq1  TCTGGCGAAGTGTCTGTGAGAGTTTTGAGGTGGGATAGGCTACCCACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCGAAGTGTCTGTGAGAGTTTTGAGGTGGGATAGGCTACCCACTCC  750

seq1  GGTGGCACCATTCCCTAGATAGGTGAAACTGAACAGTATAAGTGAAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCACCATTCCCTAGATAGGTGAAACTGAACAGTATAAGTGAAGAGA  800

seq1  ATAAGCTGAGGACTAGCTAATGCCTATCCATTAATTCATTGTTCTCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTGAGGACTAGCTAATGCCTATCCATTAATTCATTGTTCTCTTTT  850

seq1  TTGTGACTGTAGACAAGTTCACTCAATGTCCTGTCCTATGACATCTCAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTGTAGACAAGTTCACTCAATGTCCTGTCCTATGACATCTCAAC  900

seq1  CATTCCACAATGGATTGTTTAAGGAATGTATAAACCAAATGAGTCCTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCACAATGGATTGTTTAAGGAATGTATAAACCAAATGAGTCCTGTT  950

seq1  CTATTCAGTTGTTTCTGTCAGAATAGGATAACAGAAAAAGATGAAAAGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTATTCAGTTGTTTCTGTCAGAATAGGATAACAG-AAAAGATGAAAAGAA  999

seq1  ACTAAGATGAGACTCAAACACATTTCTTTAAGTACACCCTACCAAAGGCT  1050
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||
seq2  ACT-AGATGAGACTCAAACACATTTCTTTAAGTACACCCTAC--AAAGCT  1046

seq1  TGGAGAAAAAAAGACAGCCACTCTGAAACCTAGCCAAGAATCACCAATGG  1100
      |   || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||| 
seq2  T---GAGAAAAAGACAG-CACTCTGAAACTTAGCCAAGAATCAC--ATG-  1089

seq1  TCCTCTCATCAATGTTTCTCCCCCGTGGAGTCACTTTCTTTGGAGACAAC  1150
        |||||||||   ||||  ||||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  -TCTCTCATCATGTTTTCCTCCCCGTGGAGTCACTTTC--TAGAGACAAC  1136

seq1  TGTTTGTCTA  1160
      || |||||||
seq2  TG-TTGTCTA  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |