BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345B04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 42,495,657 - 42,615,712
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSclt1, D3Ertd751e, LOC666031, LOC100039204
Downstream geneLOC100039219, LOC677788, LOC100039264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345B04.bB6Ng01-345B04.g
ACCGA127388GA127389
length1,0611,086
definitionB6Ng01-345B04.b B6Ng01-345B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,495,657 - 42,496,716)(42,614,612 - 42,615,712)
sequence
gaattccatcatgatataatctttgctgaagttcacagacagtgtgctgt
gctttcttgatctatttccctgttttgctcattttcctttatagaattat
catcacgaactcccgatatccttctcatggctctgatatcatccatatcc
tgatgtttcattactattaattatttctatataagtcctactgttggtag
cagctaaggcgatggaccgaagctcaggtctgtggtgatttctgcagcag
cttggaaaattgtttttgagacctttattcaggccaagtcagggttcttg
actccactgtagaaaagaatttcaagagaaaacagtatgaaacagactca
atgtttacttagaacttttaaaaaaggttgaagcatgtgggttaatgaaa
gagaagcatactgggaaataaaacacatgtaagcacgggtgtgctgacag
gcaagcatgtgtatctaagcacaagccagatgcacacttttcgtgactcc
taagttatactgtttaaagtgttacgttggcaacatttcccacctccctt
tctgacttttacataaaagagatcctaaagtggtttttgagatcacttca
ataggattatatctgatataataaagtcagagtttgcctgcacacaggat
taagccatatttttactatgaatgaagtttttcatgaattcttaaaaatt
tgagaatctaaagttgggaaaggagaaaatccctacttggttaccagtgt
ataacttaaatagaattccaggttattttaatgttgtttcttgaaatcta
tctatgtatccatctatgcatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctg
tctatctatctataatttaagccctatccctctgtacacatctttttatt
tgtgctagaatttcttcacttgatcttaacccaaaaggccgagaagcgat
gtgtgcatattctgactcacctcatgaagccgttttttagctatattcag
agtgctctcta

gaattcaatgtcagtgtgaagtgtagtggcatggttaaacatcatctaag
aagttagtaatgttaaacgttactaacacagaatcccaaggaatctagag
acaattcctggaaaattgctagtttcatttcacaattctttaatgttaac
tggaagtgccagtgggtatcaaacttgaaaacataacgaacaagataagt
tggggggacaaaacttattataatattctcaggataagagatatactatt
cctggtacaactccagatcagcaatagttaagactataccaaaaattatg
ggtacagaaagttgccaggagcagtttgttcattgtggaaccaaggcaac
tgaatacatttagaaaatggtgaggacgaattcaatgtacaatattcaaa
gagtgaaaagctgtaactgtactcagccaaagttctgttagaattcattc
tgaaattcattaattatattttattctttgtgtttcaacatatctatgtg
gtcatccatttttgattatcaggaatttatgttacttgtcctttgaacca
tcttcatgctatgaatttttatctttattgacatttttacacatagataa
acatccaacagaatacgaacatacatcattctctaaaaaaatattaaata
ttggatgaccttactctctgatactctaatatgtgtgtgaggttgctgat
atatcatagttcacagtaagctagaaaatctgccattaaaatgcttttcc
aaagtttcagaatttcctcagcaaaatttgtccacaaactctatttttta
aaatgcctactatctaccaatttatatactagtctcttttaccattaatg
agatcaggtatatttttccctggggcagccactatctgtcatttccagtc
tgacatcagtaataattctcctatttctagggttaaatgagtgggatcag
cctagttgctgtccttgaaaatagattgttaaagtgaacatctgtagagc
tttatagttcccgtccttcaatgctttatgcatttaacctgctattcatg
caatttaaaaaattctctggcatgactggctcatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_42495657_42496716
seq2: B6Ng01-345B04.b_46_1106

seq1  GAATTCCATCATGATATAATCTTTGCTGAAGTTCACAGACAGTGTGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCATGATATAATCTTTGCTGAAGTTCACAGACAGTGTGCTGT  50

seq1  GCTTTCTTGATCTATTTCCCTGTTTTGCTCATTTTCCTTTATAGAATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTTGATCTATTTCCCTGTTTTGCTCATTTTCCTTTATAGAATTAT  100

seq1  CATCACGAACTCCCGATATCCTTCTCATGGCTCTGATATCATCCATATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACGAACTCCCGATATCCTTCTCATGGCTCTGATATCATCCATATCC  150

seq1  TGATGTTTCATTACTATTAATTATTTCTATATAAGTCCTACTGTTGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTCATTACTATTAATTATTTCTATATAAGTCCTACTGTTGGTAG  200

seq1  CAGCTAAGGCGATGGACCGAAGCTCAGGTCTGTGGTGATTTCTGCAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGGCGATGGACCGAAGCTCAGGTCTGTGGTGATTTCTGCAGCAG  250

seq1  CTTGGAAAATTGTTTTTGAGACCTTTATTCAGGCCAAGTCAGGGTTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAAATTGTTTTTGAGACCTTTATTCAGGCCAAGTCAGGGTTCTTG  300

seq1  ACTCCACTGTAGAAAAGAATTTCAAGAGAAAACAGTATGAAACAGACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTGTAGAAAAGAATTTCAAGAGAAAACAGTATGAAACAGACTCA  350

seq1  ATGTTTACTTAGAACTTTTAAAAAAGGTTGAAGCATGTGGGTTAATGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTACTTAGAACTTTTAAAAAAGGTTGAAGCATGTGGGTTAATGAAA  400

seq1  GAGAAGCATACTGGGAAATAAAACACATGTAAGCACGGGTGTGCTGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCATACTGGGAAATAAAACACATGTAAGCACGGGTGTGCTGACAG  450

seq1  GCAAGCATGTGTATCTAAGCACAAGCCAGATGCACACTTTTCGTGACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATGTGTATCTAAGCACAAGCCAGATGCACACTTTTCGTGACTCC  500

seq1  TAAGTTATACTGTTTAAAGTGTTACGTTGGCAACATTTCCCACCTCCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTATACTGTTTAAAGTGTTACGTTGGCAACATTTCCCACCTCCCTT  550

seq1  TCTGACTTTTACATAAAAGAGATCCTAAAGTGGTTTTTGAGATCACTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTTTTACATAAAAGAGATCCTAAAGTGGTTTTTGAGATCACTTCA  600

seq1  ATAGGATTATATCTGATATAATAAAGTCAGAGTTTGCCTGCACACAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTATATCTGATATAATAAAGTCAGAGTTTGCCTGCACACAGGAT  650

seq1  TAAGCCATATTTTTACTATGAATGAAGTTTTTCATGAATTCTTAAAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCATATTTTTACTATGAATGAAGTTTTTCATGAATTCTTAAAAATT  700

seq1  TGAGAATCTAAAGTTGGGAAAGGAGAAAATCCCTACTTGGTTACCAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATCTAAAGTTGGGAAAGGAGAAAATCCCTACTTGGTTACCAGTGT  750

seq1  ATAACTTAAATAGAATTCCAGGTTATTTTAATGTTGTTTCTTGAAATCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTAAATAGAATTCCAGGTTATTTTAATGTTGTTTCTTGAAATCTA  800

seq1  TCTATGTATCCATCTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTATCCATCTATGCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATC  850

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTG  900

seq1  TCTATCTATCTATAA-TTAAG-CCTATCCCTCTGTACACATCTTTTTAAT  948
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTATCTATCTATAATTTAAGCCCTATCCCTCTGTACACATCTTTTTATT  950

seq1  TGTGCTAGAA-TTCTTCACTTGATCTTAACCC-AAAGGCCGAGAAGCGAT  996
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAGAATTTCTTCACTTGATCTTAACCCAAAAGGCCGAGAAGCGAT  1000

seq1  GTGTGCCATAATTCTTGACTCACCTCATGAAAGCG-TTTTTAGCTATATT  1045
      ||||| ||| |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||
seq2  GTGTG-CAT-ATTC-TGACTCACCTCATGAAGCCGTTTTTTAGCTATATT  1047

seq1  CCAGAGTGGTCTCTA  1060
       ||||||| ||||||
seq2  -CAGAGTGCTCTCTA  1061


seq1: chr3_42614612_42615712
seq2: B6Ng01-345B04.g_66_1151 (reverse)

seq1  TGATGAGCAAATCATGCCCAGAGAATTTTTTAAATGGCATTGAATTAAGC  50
      |||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||  |||
seq2  TGATGAGCCAGTCATG-CCAGAGAATTTTTTAAATTGCA-TGAAT--AGC  46

seq1  CAGGGTTAAAATTGGCATAAAAGCAATGAAGGGACGGGGAACTATAAAGC  100
         |||||||    |||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||
seq2  --AGGTTAAA---TGCAT-AAAGCATTGAA-GGAC-GGGAACTATAAAGC  88

seq1  TCTTACAGATGTTTCACTTTAACAATCTATTTTCAAGGACAGCAAACTAG  150
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TC-TACAGATG-TTCACTTTAACAATCTATTTTCAAGGACAGC-AACTAG  135

seq1  GCTGAT-CCACTCATTTTAACCCTAGAAATAGGAGAATTATTACTGATGT  199
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCCCACTCA-TTTAACCCTAGAAATAGGAGAATTATTACTGATGT  184

seq1  CAGACTGGAAATGACAGATAGTGGCTGCCCCAGGGAAAAATATACCTGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGAAATGACAGATAGTGGCTGCCCCAGGGAAAAATATACCTGAT  234

seq1  CTCATTAATGGTAAAAGAGACTAGTATATAAATTGGTAGATAGTAGGCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAATGGTAAAAGAGACTAGTATATAAATTGGTAGATAGTAGGCAT  284

seq1  TTTAAAAAATAGAGTTTGTGGACAAATTTTGCTGAGGAAATTCTGAAACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATAGAGTTTGTGGACAAATTTTGCTGAGGAAATTCTGAAACT  334

seq1  TTGGAAAAGCATTTTAATGGCAGATTTTCTAGCTTACTGTGAACTATGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAAGCATTTTAATGGCAGATTTTCTAGCTTACTGTGAACTATGAT  384

seq1  ATATCAGCAACCTCACACACATATTAGAGTATCAGAGAGTAAGGTCATCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGCAACCTCACACACATATTAGAGTATCAGAGAGTAAGGTCATCC  434

seq1  AATATTTAATATTTTTTTAGAGAATGATGTATGTTCGTATTCTGTTGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTAATATTTTTTTAGAGAATGATGTATGTTCGTATTCTGTTGGAT  484

seq1  GTTTATCTATGTGTAAAAATGTCAATAAAGATAAAAATTCATAGCATGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATCTATGTGTAAAAATGTCAATAAAGATAAAAATTCATAGCATGAA  534

seq1  GATGGTTCAAAGGACAAGTAACATAAATTCCTGATAATCAAAAATGGATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTCAAAGGACAAGTAACATAAATTCCTGATAATCAAAAATGGATG  584

seq1  ACCACATAGATATGTTGAAACACAAAGAATAAAATATAATTAATGAATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATAGATATGTTGAAACACAAAGAATAAAATATAATTAATGAATTT  634

seq1  CAGAATGAATTCTAACAGAACTTTGGCTGAGTACAGTTACAGCTTTTCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGAATTCTAACAGAACTTTGGCTGAGTACAGTTACAGCTTTTCAC  684

seq1  TCTTTGAATATTGTACATTGAATTCGTCCTCACCATTTTCTAAATGTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAATATTGTACATTGAATTCGTCCTCACCATTTTCTAAATGTATT  734

seq1  CAGTTGCCTTGGTTCCACAATGAACAAACTGCTCCTGGCAACTTTCTGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCCTTGGTTCCACAATGAACAAACTGCTCCTGGCAACTTTCTGTA  784

seq1  CCCATAATTTTTGGTATAGTCTTAACTATTGCTGATCTGGAGTTGTACCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAATTTTTGGTATAGTCTTAACTATTGCTGATCTGGAGTTGTACCA  834

seq1  GGAATAGTATATCTCTTATCCTGAGAATATTATAATAAGTTTTGTCCCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGTATATCTCTTATCCTGAGAATATTATAATAAGTTTTGTCCCCC  884

seq1  CAACTTATCTTGTTCGTTATGTTTTCAAGTTTGATACCCACTGGCACTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTATCTTGTTCGTTATGTTTTCAAGTTTGATACCCACTGGCACTTC  934

seq1  CAGTTAACATTAAAGAATTGTGAAATGAAACTAGCAATTTTCCAGGAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAACATTAAAGAATTGTGAAATGAAACTAGCAATTTTCCAGGAATT  984

seq1  GTCTCTAGATTCCTTGGGATTCTGTGTTAGTAACGTTTAACATTACTAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAGATTCCTTGGGATTCTGTGTTAGTAACGTTTAACATTACTAAC  1034

seq1  TTCTTAGATGATGTTTAACCATGCCACTACACTTCACACTGACATTGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGATGATGTTTAACCATGCCACTACACTTCACACTGACATTGAAT  1084

seq1  TC  1101
      ||
seq2  TC  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |