BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346O12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 56,954,974 - 57,110,835
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTm4sf1
Upstream geneLOC100040139, LOC666585
Downstream geneLOC383862, Tm4sf4, Wwtr1, Commd2, Gm410, EG623114, Rnf13, LOC675537, Pfn2, EG433594, LOC100040216, 4921539H07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346O12.bB6Ng01-346O12.g
ACCGA128672GA128673
length1,1461,153
definitionB6Ng01-346O12.b B6Ng01-346O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,109,690 - 57,110,835)(56,954,974 - 56,956,113)
sequence
gaattccattctatctttgtatgtgcacatgtgtgtgttctgaggcatgt
ttgctctagtgtttgcttgtgcgtgtacacattgaggccagaagttgctg
atgttacgatgtcttctttgctttctaccttgtctgtctgatttgtttgt
ttgtttgtttgtttaagacaaagactctaactgaacttagaactaggctg
tatgaccaatgacccttcagatgaatctgtctcagtgaatcaggtacagg
tatgtcatggggtcttcctttatttgggtgcaaaaccttattttcctata
attgtacagcaaacacttttgtctgctgagctgtctcctccagttgcctg
ttgttagtgtgctatgtgaagctgacaagcctataaatgccacatatgga
ttttagagaaagcaatgtggaggccaggttatgtcctgctctaggtgact
ccctatcatttaaagcagtggttttcaaagctttccctttccctaggaac
tctgccttaaacaaagacatctggcaccatttatgagtgcaaatgcagag
gcaggatgactctcagcaagcaattttacatgtgctgacatcaacacctg
ttcatcgccacaacgagacaccaactattcctaagaggaaaaagatgtaa
cctatatacccacaaagtggattgggaatatatggtcatatggtatatta
aaaccatatcatagaaactattgagaatttacctaacacatcatgacaac
aaagtgaacagcaccctacctgaaccatgtaaaagggaaaaagctgtaat
gaagacatccctatgaacctgtcaactatcttgtgtgtgtacactggaag
acagacagacatagaagtcctgactgtccttgatgcttcagctcagcatg
ctacttgatgtcctacagcttgatgtcgcccactaaagtttcttagtttt
tgacaggtcctatgtctcttaggctctactctacctgcaacccaataact
tggctatgtgggtctacaaaatctcaaccagattaataaaggttctactg
taaacacgtcagtgactctcaatatatatgcatcagcttttctgcctgct
cttcgaggtcctctgacaattgaagcttctcaatcttttatagcca

gaattcctccttatgcaaaggaggcatccccagaaacctggccctggcca
atgaaatacacttactcccaaagaccctacccagcctccaaagctttaag
taccatttgttccccctattaaaccaattgtctctttgaagctgcctccc
gagggagggtctgttctctctaagctcaccaccgcctgaggtctcttctg
ctcccagccattcctgctccacttcccctctcaggatctactggttgtaa
ggggtggctaatcatgctgcagttggtctgggaagtgaagccagaatggc
atagtggtatcagcaaagagttctaataccagggaaattgtcattttctt
tttttttcttttatttctttctttatttacatttcaaatgttatcccctt
tcccagtctctccccacccactgtggaaaaatccttatcccatccccctc
tgcttctacgagtataagggtgttcccccacctactcacccactcctgcc
tctctgccctagcatccccctacactgtggcatcaagctttcacagcacc
aagggcctcccctcccagttgatgtcctaaaaggccatcctctgctgcat
aagcagctggagccatgggtccctccatgtgtactctttggttggtgatt
tagtccctgggagctctggagggtctcgttggtttatattgttgttcttc
ctatggggttgcaaactccttcaactccttcagtcctttctctaactcat
ctatcagagaaattgtcattttctaaagagaaaattttagttatgaaaag
gtcacattttattttaaaaaaaaaaggttcaagaagggaaataaatgatg
tctaagctgtgctgagaccaggatgtagaggttacagaaagcatgtcaca
cgacatttcagcataagcaaagggcaggaaatagaattgtgggtgccact
gggcctatggctttaaataaagaaggttatccagcccagtatcttcaaat
accatgctaagcaggatccagaaacaccaaacatgtgcttcaggtactta
acagggatgctttcagagactccctttcagttcttcaggctaacttgtcc
atgcttgtggacctcttttctgggaagcctaattgttggtcaggttaaaa
atc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_57109690_57110835
seq2: B6Ng01-346O12.b_50_1195 (reverse)

seq1  TGGCTATAAAAGGATTGAAGAAGCCTCAAATGTCAGA-GACCTCGAAGAG  49
      ||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||| 
seq2  TGGCTATAAAA-GATTG-AGAAGCTTCAATTGTCAGAGGACCTCGAAGA-  47

seq1  GCAGGCAG-AAAGCTGATGC--ATATATGAAGAGTCACTGAAGGTGTTTA  96
      |||||||| |||||||||||  ||||||  |||||||||| | |||||||
seq2  GCAGGCAGAAAAGCTGATGCATATATATTGAGAGTCACTG-ACGTGTTTA  96

seq1  CAGTAG-ACCTTTATTAATCTGGTTGAAGATTTTGTAGACCCACATAGCC  145
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAACCTTTATTAATCTGGTTG-AGATTTTGTAGACCCACATAGCC  145

seq1  AAGTTATTGGGTTGCAGGGTAGAGTAGAGCCTAAGAGACATAGGACCTGT  195
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTGGGTTGCA-GGTAGAGTAGAGCCTAAGAGACATAGGACCTGT  194

seq1  CAAAAACT-AGAAACTTTAGTGGGCGACATCAAGCTGTAGGACATCAAGT  244
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACTAAGAAACTTTAGTGGGCGACATCAAGCTGTAGGACATCAAGT  244

seq1  AGCATGCTGAGCTGAAGCATCAAGGACAGTCAGGACTTCTATGTCTGTCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCTGAGCTGAAGCATCAAGGACAGTCAGGACTTCTATGTCTGTCT  294

seq1  GTCTTCCAGTGTACACACACAAGATAGTTGACAGGTTCATAGGGATGTCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCAGTGTACACACACAAGATAGTTGACAGGTTCATAGGGATGTCT  344

seq1  TCATTACAGCTTTTTCCCTTTTACATGGTTCAGGTAGGGTGCTGTTCACT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACAGCTTTTTCCCTTTTACATGGTTCAGGTAGGGTGCTGTTCACT  394

seq1  TTGTTGTCATGATGTGTTAGGTAAATTCTCAATAGTTTCTATGATATGGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTCATGATGTGTTAGGTAAATTCTCAATAGTTTCTATGATATGGT  444

seq1  TTTAATATACCATATGACCATATATTCCCAATCCACTTTGTGGGTATATA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATACCATATGACCATATATTCCCAATCCACTTTGTGGGTATATA  494

seq1  GGTTACATCTTTTTCCTCTTAGGAATAGTTGGTGTCTCGTTGTGGCGATG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACATCTTTTTCCTCTTAGGAATAGTTGGTGTCTCGTTGTGGCGATG  544

seq1  AACAGGTGTTGATGTCAGCACATGTAAAATTGCTTGCTGAGAGTCATCCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGTTGATGTCAGCACATGTAAAATTGCTTGCTGAGAGTCATCCT  594

seq1  GCCTCTGCATTTGCACTCATAAATGGTGCCAGATGTCTTTGTTTAAGGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCATTTGCACTCATAAATGGTGCCAGATGTCTTTGTTTAAGGCA  644

seq1  GAGTTCCTAGGGAAAGGGAAAGCTTTGAAAACCACTGCTTTAAATGATAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCTAGGGAAAGGGAAAGCTTTGAAAACCACTGCTTTAAATGATAG  694

seq1  GGAGTCACCTAGAGCAGGACATAACCTGGCCTCCACATTGCTTTCTCTAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCACCTAGAGCAGGACATAACCTGGCCTCCACATTGCTTTCTCTAA  744

seq1  AATCCATATGTGGCATTTATAGGCTTGTCAGCTTCACATAGCACACTAAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATATGTGGCATTTATAGGCTTGTCAGCTTCACATAGCACACTAAC  794

seq1  AACAGGCAACTGGAGGAGACAGCTCAGCAGACAAAAGTGTTTGCTGTACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAACTGGAGGAGACAGCTCAGCAGACAAAAGTGTTTGCTGTACA  844

seq1  ATTATAGGAAAATAAGGTTTTGCACCCAAATAAAGGAAGACCCCATGACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGGAAAATAAGGTTTTGCACCCAAATAAAGGAAGACCCCATGACA  894

seq1  TACCTGTACCTGATTCACTGAGACAGATTCATCTGAAGGGTCATTGGTCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTACCTGATTCACTGAGACAGATTCATCTGAAGGGTCATTGGTCA  944

seq1  TACAGCCTAGTTCTAAGTTCAGTTAGAGTCTTTGTCTTAAACAAACAAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCTAGTTCTAAGTTCAGTTAGAGTCTTTGTCTTAAACAAACAAAC  994

seq1  AAACAAACAAATCAGACAGACAAGGTAGAAAGCAAAGAAGACATCGTAAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAATCAGACAGACAAGGTAGAAAGCAAAGAAGACATCGTAAC  1044

seq1  ATCAGCAACTTCTGGCCTCAATGTGTACACGCACAAGCAAACACTAGAGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAACTTCTGGCCTCAATGTGTACACGCACAAGCAAACACTAGAGC  1094

seq1  AAACATGCCTCAGAACACACACATGTGCACATACAAAGATAGAATGGAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGCCTCAGAACACACACATGTGCACATACAAAGATAGAATGGAAT  1144

seq1  TC  1146
      ||
seq2  TC  1146


seq1: chr3_56954974_56956113
seq2: B6Ng01-346O12.g_70_1222

seq1  GAATTCCTCCTTATGCAAAGGAGGCATCCCCAGAAACCTGGCCCTGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTATGCAAAGGAGGCATCCCCAGAAACCTGGCCCTGGCCA  50

seq1  ATGAAATACACTTACTCCCAAAGACCCTACCCAGCCTCCAAAGCTTTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATACACTTACTCCCAAAGACCCTACCCAGCCTCCAAAGCTTTAAG  100

seq1  TACCATTTGTTCCCCCTATTAAACCAATTGTCTCTTTGAAGCTGCCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTTGTTCCCCCTATTAAACCAATTGTCTCTTTGAAGCTGCCTCCC  150

seq1  GAGGGAGGGTCTGTTCTCTCTAAGCTCACCACCGCCTGAGGTCTCTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGGTCTGTTCTCTCTAAGCTCACCACCGCCTGAGGTCTCTTCTG  200

seq1  CTCCCAGCCATTCCTGCTCCACTTCCCCTCTCAGGATCTACTGGTTGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCCATTCCTGCTCCACTTCCCCTCTCAGGATCTACTGGTTGTAA  250

seq1  GGGGTGGCTAATCATGCTGCAGTTGGTCTGGGAAGTGAAGCCAGAATGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGCTAATCATGCTGCAGTTGGTCTGGGAAGTGAAGCCAGAATGGC  300

seq1  ATAGTGGTATCAGCAAAGAGTTCTAATACCAGGGAAATTGTCATTTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGTATCAGCAAAGAGTTCTAATACCAGGGAAATTGTCATTTTCTT  350

seq1  TTTTTTTCTTTTATTTCTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTTTATTTCTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTT  400

seq1  TCCCAGTCTCTCCCCACCCACTGTGGAAAAATCCTTATCCCATCCCCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTCTCTCCCCACCCACTGTGGAAAAATCCTTATCCCATCCCCCTC  450

seq1  TGCTTCTACGAGTATAAGGGTGTTCCCCCACCTACTCACCCACTCCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTACGAGTATAAGGGTGTTCCCCCACCTACTCACCCACTCCTGCC  500

seq1  TCTCTGCCCTAGCATCCCCCTACACTGTGGCATCAAGCTTTCACAGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCCCTAGCATCCCCCTACACTGTGGCATCAAGCTTTCACAGCACC  550

seq1  AAGGGCCTCCCCTCCCAGTTGATGTCCTAAAAGGCCATCCTCTGCTGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCTCCCCTCCCAGTTGATGTCCTAAAAGGCCATCCTCTGCTGCAT  600

seq1  AAGCAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTGGAGCCATGGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTGGTGATT  650

seq1  TAGTCCCTGGGAGCTCTGGAGGGTCTCGTTGGTTTATATTGTTGTTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTGGGAGCTCTGGAGGGTCTCGTTGGTTTATATTGTTGTTCTTC  700

seq1  CTATGGGGTTGCAAACTCCTTCAACTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGTTGCAAACTCCTTCAACTCCTTCAGTCCTTTCTCTAACTCAT  750

seq1  CTATCAGAGAAATTGTCATTTTCTAAAGAGAAAATTTTAGTTATGAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGAGAAATTGTCATTTTCTAAAGAGAAAATTTTAGTTATGAAAAG  800

seq1  GTCACATTTTATTTTAAAAAAAAAAGGTTCAAGAAGGGAATTAAATGATG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTCACATTTTATTTTAAAAAAAAAAGGTTCAAGAAGGGAAATAAATGATG  850

seq1  TCTAAGCTGTGCTGAGACCAGGATGTAGAGGTTACAGAAAGCATGTCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCTGTGCTGAGACCAGGATGTAGAGGTTACAGAAAGCATGTCACA  900

seq1  CGACATTTCAGCATAAGCAAAGGGCAGGAAATAGAATTGTGGGTGCCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACATTTCAGCATAAGCAAAGGGCAGGAAATAGAATTGTGGGTGCCACT  950

seq1  -GGCCTATGGCTTTAAATAAAGAAGGGTTATCCAGCCCAGTATCTTCAAA  999
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTATGGCTTTAAATAAAGAA-GGTTATCCAGCCCAGTATCTTCAAA  999

seq1  TA-CATGCTAAGCAGGATCCAGAAACA-CAAACATGTGC-TCAGGTACTT  1046
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TACCATGCTAAGCAGGATCCAGAAACACCAAACATGTGCTTCAGGTACTT  1049

seq1  -ACA-GGATGC-TTCAGAGACTCAC-TTCAGTTCTTCAAGCCTAC-TGTC  1091
       ||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||  || ||||
seq2  AACAGGGATGCTTTCAGAGACTCCCTTTCAGTTCTTCAGGCTAACTTGTC  1099

seq1  CATGCTTGTG--ACTC-TTTCT-GGAAG-CTAATGTTGGGTCAAGTTAAA  1136
      ||||||||||   ||| ||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||
seq2  CATGCTTGTGGACCTCTTTTCTGGGAAGCCTAATTGTTGGTCAGGTTAAA  1149

seq1  AATC  1140
      ||||
seq2  AATC  1153


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |