BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348M06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 37,784,384 - 37,913,158
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665811
Upstream gene4932438A13Rik, Tenr, LOC652987, Il2, Il21, Cetn4, Bbs12, LOC100041328, Fgf2, LOC100040649, Nudt6, Spata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik
Downstream geneEG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824, Fat4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348M06.bB6Ng01-348M06.g
ACCGA129958GA129959
length1,2281,114
definitionB6Ng01-348M06.b B6Ng01-348M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,911,917 - 37,913,158)(37,784,384 - 37,785,506)
sequence
gaattctcactaaggaaacaaaaacagagacatggaggttccataaaact
actgtacttttaattctattccacttatctgtcagagctgaagagatgtc
ttagcagtaaagagcactggctgctctttcggaggaccagattcagttcc
tagcaccaacatggcagctcacaactgctcataactctagattcagggga
tccaatacctcctttgaccttctttcatgctgcatgcatgcacatgagat
agagacatacattcaggcaaaatatttatcaacataaaataaaacaaatt
ttaaacactaaaaaagagcacttgtcatcaatttgttgagtagattcttg
gcatgcttgttttccctgagtgtttcttcctcacatctgtatggatggtg
agttctgtcctggagctgagagaggaagtttctccattcataacacaagg
catgggtaaggcatggcagccagaatttaaggctcacacggctcccgcag
ccatgaagctaagaaagatggatggtgaactgtatgatgccatgcatagt
caaggtgggtcttctcacttcacttctagataatccctcactggcatgct
caaaggcttgtgtctctgatgagtctagatcctatcaagttgacaatcaa
tattaaccatcataattattaactgattctaaagagcaagcattaggttg
atggaccagctcctagcttagctagtgatgtctcactgctaggagatcag
gtttgggtaaggagtgtgaagtccttcagctcaaagctctaagattagat
ctaaagagaacagttacgttacagccatgaaacaaagtgaagaggaagaa
gaacgagatggcaagaaaaatacttgaaagaaataatatgctactagaaa
tgaaatcttagggtttgtctaagaaggcactctttaagcaactgctgaga
tttgagtggcccttctatacaaagtgttaaatacaatgattgttccgatg
taaacgttgtacatcatttacatagttccctaaaatatttgcagcagata
tcttgctgaatgactgtacttcctgccccccccaaaaaatgcacaactgc
ataaagaaatgccttgtacataaattgtatttatagacacctggatggta
gaacatgtgtctaaacctaaaacattgttagcatagatcggttatcaggc
gtgataagacatgggtgaatctttcaac
gaattcactaaaagtacatccatattgaggaatctgaagataatataatc
aattatgagaaactggaaaatgaggagatagaggcttaaaattaagacaa
gatagtagagagaaattaaaataaataaaatcacttcagtataaatacac
tgattaagacaatcaactagatttatatttatatttccaattttatattt
cataaatttttgtatttttaataaaaaccgcaaaatgatagaagtgctat
aaacagaaaaatatatcagataaatatattgtggtaatgctaactaaata
tgaactttaaaagttagagaagttagaattagttcgccctgatgaacctg
caattttgcaagatgaagccttcttggatctgtttagaatgagtcacatt
atcctcacaaacttaaggcaatgctggagcacagtaaaagtgaaattaat
gagccagaagatttaatgcagctctgacatggtgatatgccaggcatccc
acttttatttcctatgtagacggactgaataactacacgcttggcatgat
gtctcagtggttagtccctcccagtgatgagacattgctctccatgtact
tatggagtagctgtaaaggtagactacacaccagacaacagaagaacaat
caatgtcaacatgaagtagcctggccgtgggaaatacactcgcacattag
tgtttgaaagacgccctgaactcaggtgttttaaagcactcctataggat
agcctatgaatttaattatcctatgtgcacacagaaggtcatggatgatg
tcagtctgtgatgatcgttatttaccaaagatcacggctctgtgtaatat
atctctttcaactgtaggggtgagtcctacccaggggttgagttctagtc
caggggtcctgataccaatactttgtgagtcagttttctagaaaaaatag
tgttcttattaattttattgtcacattttcacacctgaaaaagagaggcc
ttcactgaagattgtctggttcgaatgatcaatggccgtgggcatatttg
tgaggtattttctgatatggtggatgtgcaggtccagttcactggaacat
tgtcatccctggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_37911917_37913158
seq2: B6Ng01-348M06.b_45_1272 (reverse)

seq1  GTTGAAAGA-TCACCCATG-CTTATCA-GCCTGATTAGACAGGATCTATG  47
      ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||   |   ||||||||
seq2  GTTGAAAGATTCACCCATGTCTTATCACGCCTGAT---AACCGATCTATG  47

seq1  CTAACAATGTTTTTAGTTTTTAGACCACATGGTTTCTACCATCAGGGTGT  97
      |||||||||||||  |  |||||| ||||||  ||||||||||  |||||
seq2  CTAACAATGTTTTAGG--TTTAGA-CACATG--TTCTACCATCCAGGTGT  92

seq1  CTATAAATTACAATTTTATGTACAGAGCATTTCTTTAATGCAGTGTGGCA  147
      ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||   |||
seq2  CTATAAA-TACAA-TTTATGTACAAGGCATTTCTTT-ATGCAGTTGTGCA  139

seq1  TTTTTTTGGGGGGGGGCAGGAAGTACAGTCATTCAGCAAGATAATCTGCT  197
      ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTTT--GGGGGGGGCAGGAAGTACAGTCATTCAGCAAGAT-ATCTGCT  186

seq1  GCAAATATTTTAGGGAACTATGTAAATGATGTAACAACGTTTACATCGGA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAAATATTTTAGGGAACTATGTAAATGATGT-ACAACGTTTACATCGGA  235

seq1  ACAATCATTGTATTTAACACTTTGTATAGAAGGGCCACTCAAATCTCAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATTGTATTTAACACTTTGTATAGAAGGGCCACTCAAATCTCAGC  285

seq1  AGTTTGCTTAAAGAGTGCCTTCTTAGACAAACCCTAAGATTTCATTTCTA  347
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTGCTTAAAGAGTGCCTTCTTAGACAAACCCTAAGATTTCATTTCTA  334

seq1  GTAGCATATTATTTTCTTTCAAGTATTTTTCTTGCCATCTCGTTCTTCTT  397
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATATTA-TTTCTTTCAAGTATTTTTCTTGCCATCTCGTTCTTCTT  383

seq1  CCTCTTCACTTTGTTTCATGGCTGTAACGTAACTGTTCTCTTTAGATCTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCACTTTGTTTCATGGCTGTAACGTAACTGTTCTCTTTAGATCTA  433

seq1  ATCTTAGAGCTTTGAGCTGAAGGACTTCACACTCCTTACCCAAACCTGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGAGCTTTGAGCTGAAGGACTTCACACTCCTTACCCAAACCTGAT  483

seq1  CTCCTAGCAGTGAGACATCACTAGCTAAGCTAGGAGCTGGTCCATCAACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGCAGTGAGACATCACTAGCTAAGCTAGGAGCTGGTCCATCAACC  533

seq1  TAATGCTTGCTCTTTAGAATCAGTTAATAATTATGATGGTTAATATTGAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTGCTCTTTAGAATCAGTTAATAATTATGATGGTTAATATTGAT  583

seq1  TGTCAACTTGATAGGATCTAGACTCATCAGAGACACAAGCCTTTGAGCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACTTGATAGGATCTAGACTCATCAGAGACACAAGCCTTTGAGCAT  633

seq1  GCCAGTGAGGGATTATCTAGAAGTGAAGTGAGAAGACCCACCTTGACTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGAGGGATTATCTAGAAGTGAAGTGAGAAGACCCACCTTGACTAT  683

seq1  GCATGGCATCATACAGTTCACCATCCATCTTTCTTAGCTTCATGGCTGCG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCATCATACAGTTCACCATCCATCTTTCTTAGCTTCATGGCTGCG  733

seq1  GGAGCCGTGTGAGCCTTAAATTCTGGCTGCCATGCCTTACCCATGCCTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCGTGTGAGCCTTAAATTCTGGCTGCCATGCCTTACCCATGCCTTG  783

seq1  TGTTATGAATGGAGAAACTTCCTCTCTCAGCTCCAGGACAGAACTCACCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGAATGGAGAAACTTCCTCTCTCAGCTCCAGGACAGAACTCACCA  833

seq1  TCCATACAGATGTGAGGAAGAAACACTCAGGGAAAACAAGCATGCCAAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACAGATGTGAGGAAGAAACACTCAGGGAAAACAAGCATGCCAAGA  883

seq1  ATCTACTCAACAAATTGATGACAAGTGCTCTTTTTTAGTGTTTAAAATTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTCAACAAATTGATGACAAGTGCTCTTTTTTAGTGTTTAAAATTT  933

seq1  GTTTTATTTTATGTTGATAAATATTTTGCCTGAATGTATGTCTCTATCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTTTATGTTGATAAATATTTTGCCTGAATGTATGTCTCTATCTC  983

seq1  ATGTGCATGCATGCAGCATGAAAGAAGGTCAAAGGAGGTATTGGATCCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGCATGCAGCATGAAAGAAGGTCAAAGGAGGTATTGGATCCCC  1033

seq1  TGAATCTAGAGTTATGAGCAGTTGTGAGCTGCCATGTTGGTGCTAGGAAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTAGAGTTATGAGCAGTTGTGAGCTGCCATGTTGGTGCTAGGAAC  1083

seq1  TGAATCTGGTCCTCCGAAAGAGCAGCCAGTGCTCTTTACTGCTAAGACAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTGGTCCTCCGAAAGAGCAGCCAGTGCTCTTTACTGCTAAGACAT  1133

seq1  CTCTTCAGCTCTGACAGATAAGTGGAATAGAATTAAAAGTACAGTAGTTT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGCTCTGACAGATAAGTGGAATAGAATTAAAAGTACAGTAGTTT  1183

seq1  TATGGAACCTCCATGTCTCTGTTTTTGTTTCCTTAGTGAGAATTC  1242
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAACCTCCATGTCTCTGTTTTTGTTTCCTTAGTGAGAATTC  1228

seq1: chr3_37784384_37785506
seq2: B6Ng01-348M06.g_66_1179

seq1  GAATTCACTAAAAGTACATCCATATTGAGGAATCTGAAGATAATATAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAAAGTACATCCATATTGAGGAATCTGAAGATAATATAATC  50

seq1  AATTATGAGAAACTGGAAAATGAGGAGATAGAGGCTTAAAATTAAGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAGAAACTGGAAAATGAGGAGATAGAGGCTTAAAATTAAGACAA  100

seq1  GATAGTAGAGAGAAATTAAAATAAATAAAATCACTTCAGTATAAATACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTAGAGAGAAATTAAAATAAATAAAATCACTTCAGTATAAATACAC  150

seq1  TGATTAAGACAATCAACTAGATTTATATTTATATTTCCAATTTTATATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAAGACAATCAACTAGATTTATATTTATATTTCCAATTTTATATTT  200

seq1  CATAAATTTTTGTATTTTTAATAAAAACCGCAAAATGATAGAAGTGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATTTTTGTATTTTTAATAAAAACCGCAAAATGATAGAAGTGCTAT  250

seq1  AAACAGAAAAATATATCAGATAAATATATTGTGGTAATGCTAACTAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAAAATATATCAGATAAATATATTGTGGTAATGCTAACTAAATA  300

seq1  TGAACTTTAAAAGTTAGAGAAGTTAGAATTAGTTCGCCCTGATGAACCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTTAAAAGTTAGAGAAGTTAGAATTAGTTCGCCCTGATGAACCTG  350

seq1  CAATTTTGCAAGATGAAGCCTTCTTGGATCTGTTTAGAATGAGTCACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGCAAGATGAAGCCTTCTTGGATCTGTTTAGAATGAGTCACATT  400

seq1  ATCCTCACAAACTTAAGGCAATGCTGGAGCACAGTAAAAGTGAAATTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCACAAACTTAAGGCAATGCTGGAGCACAGTAAAAGTGAAATTAAT  450

seq1  GAGCCAGAAGATTTAATGCAGCTCTGACATGGTGATATGCCAGGCATCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGAAGATTTAATGCAGCTCTGACATGGTGATATGCCAGGCATCCC  500

seq1  ACTTTTATTTCCTATGTAGACGGACTGAATAACTACACGCTTGGCATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTATTTCCTATGTAGACGGACTGAATAACTACACGCTTGGCATGAT  550

seq1  GTCTCAGTGGTTAGTCCCTCCCAGTGATGAGACATTGCTCTCCATGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGTGGTTAGTCCCTCCCAGTGATGAGACATTGCTCTCCATGTACT  600

seq1  TATGGAGTAGCTGTAAAGGTAGACTACACACCAGACAACAGAAGAACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGTAGCTGTAAAGGTAGACTACACACCAGACAACAGAAGAACAAT  650

seq1  CAATGTCAACATGAAGTAGCCTGGCCGTGGGAAATACACTCGCACATTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCAACATGAAGTAGCCTGGCCGTGGGAAATACACTCGCACATTAG  700

seq1  TGTTTGAAAGACGCCCTGAACTCAGGTGTTTTAAAGCACTCCTATAGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAAGACGCCCTGAACTCAGGTGTTTTAAAGCACTCCTATAGGAT  750

seq1  AGCCTATGAATTTAATTATCCTATGTGCACACAGAAGGTCATGGATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATGAATTTAATTATCCTATGTGCACACAGAAGGTCATGGATGATG  800

seq1  TCAGTCTGTGATGATCGTTATTTACCAAAGATCACGGCTCTGTGTAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGTGATGATCGTTATTTACCAAAGATCACGGCTCTGTGTAATAT  850

seq1  ATCTCTTTCAACTGTAGGGGTGAGTCCTACCCAGGGG-TGAGTTCTAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATCTCTTTCAACTGTAGGGGTGAGTCCTACCCAGGGGTTGAGTTCTAGTC  900

seq1  CAGGGGTCCTGATACCAATACTTTGTGAGTCAGTTTTCTAG-AAAAATAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGGGGTCCTGATACCAATACTTTGTGAGTCAGTTTTCTAGAAAAAATAG  950

seq1  TGTTCTTATTAATTTTATTGTCAACATTTCACACCTG-AAAAGAGAGGCC  997
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTTCTTATTAATTTTATTGTCACATTTTCACACCTGAAAAAGAGAGGCC  1000

seq1  TTCAACTGAAGAATTGTCTGGTTCGAAATGGATCAAATGGGCCCGTGGGC  1047
      ||| ||||||| |||||||||||||||   |||| |||||  ||||||||
seq2  TTC-ACTGAAG-ATTGTCTGGTTCGAA--TGATC-AATGG--CCGTGGGC  1043

seq1  ATATTTGTGAGGTATTTTCTGATTAATGGTTGATGTGGAAGGTTCCAGTC  1097
      |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |  | |||||| 
seq2  ATATTTGTGAGGTATTTTCTGAT--ATGGTGGATGTGCA--GGTCCAGTT  1089

seq1  CACTGGAGACAATGTCATCCCTGGAC  1123
      ||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  CACTGGA-ACATTGTCATCCCTGGAC  1114