BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349M16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 149,830,755 - 149,945,427
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668893, EG381483, LOC100040620, LOC100040633
Downstream geneLOC100040455, LOC100040463, LOC623554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349M16.bB6Ng01-349M16.g
ACCGA130674GA130675
length1,0011,131
definitionB6Ng01-349M16.b B6Ng01-349M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,944,428 - 149,945,427)(149,830,755 - 149,831,897)
sequence
gaattcatagtttcatcattgagcaatccctcacggtccatattaacttc
acagagaattactttctcttattttcttcagaaccaggaagtgtgatcta
ataagaaaaacatatctatattatactgaaagtcatctggaaatgtgctt
ttctgtgacaaccatgtccaaatctacgattggagaataatgtcacctaa
tttattaaatactaaagattattcatagtccagattttttcaagaaattt
aagagtgtaaaacctagtcaatcttagcagacattgcttttgtaaatagg
aaaagaatggtttaagaagatcatcaataaatgataaaaaaattgatggt
agatgagaattccaaagaaaatgtaaggataaaccagtaagatgatgcta
caatgggcatcagtagggcaggaaaaggaccaggactctgttgggaaaga
gctggcagtcctgagatgagtttctcttgttgcaccatctcctgagcagt
tcatagtcatgctgtggtaccatctcctgaagagatcacagtgatgctgg
gggctgcaagcgggtggctcccatgtgtcttcatgtttagaccctttgac
aacagctcacttgtcctgcagctcttactaatttaaactccttcttgcct
tattttttctctttcaagataatttatgtattgctttctgaactcccttc
caatgtactcattttatggtctgctatacttcatctactcttaaatgctt
ttctcatataattcacttttttttttaaacgatgaaaatccaattttact
ttactacaccctatcctctcattcatgtgtgtccatatgtgtgggaatat
gtgttccaaggtgcacatgtggaagtcacaggacaaacggtaagaactgt
tttctccttccaccatgtggggcacagcaagtgcaggctgtcaggcttag
ttggcaagcacccttatttcctaaactacctggacagccgtgtgtgtgtg
t

gaattcccactttaggcccatggaatatttgtagtaacaactttgaatca
tcgtgatacttttagctattaggatgtagtattaaaaataagttcaaggg
ttaaaataaaatcacagtgaaaaatcagtaataaactcccttaagctgaa
agggacttttaaaaataattttgatcaaagtattattttagtaatgagct
gctatttatttatccttatttgatttagactttgatgcaaagcacatatt
taaaaatgttttatcttttcaactggagttgtattattatttaaatgaaa
aaaatgatgacagtatacacatatagacatcaccattaacaggatatctt
gtacttatttttccaatattaaagctaaaagccaaagcttcttaagtgta
aatgggcctttccactcattttctcttatgttgattaaagagagaatttt
tagaagcaggaaaatcacaataaaaacatatcaaaagccaagactgaagt
caaatcaatgaccaggtttggttgattttctactatatttagtttcagca
ttgatccaatatggaaagtactctgcatactatgaaatcaacactatgcc
ttttatgcagtggtatgttagatgaaatggtaaataaactacaacacaga
aaataccaagctatactaaatgaaaacaaaagaatattttattaaacatt
gagatacacaggagagtacaatgggctttgactccccactggctcattta
cacacacacatttcctttctgcgatgattatcatttgggagcagagttat
caggctctcaaaagaaatgatgtccttcttttcccatttagataaaatat
tctgttcaaatgctcctgatatcctgatggatatgtgtgtaaatgagcca
atcattagtattgcaggtctaacattcatatgatatgttctgatatcagc
ccttttcacccctaaatggactttaagcatgtcatcttgtattagacagt
cacccacacgagctcgttcatatgaaatttggcattttgtgaaatcatga
ccacagtatggcatgaaatacagagccatttatagttcatgtttggtgcc
acctggtgtgctagacaaatggagaattcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149944428_149945427
seq2: B6Ng01-349M16.b_51_1051 (reverse)

seq1  ACACACACACACGGCTGTCCAGGTAGTTTAGGAAATAAGGGTGCTTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACGGCTGTCCAGGTAGTTTAGGAAATAAGGGTGCTTGCCA  50

seq1  ACTAAGCCTGACAGCCTGCACTTGCTGTGCCCCACATGGTGGAAGGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCCTGACAGCCTGCACTTGCTGTGCCCCACATGGTGGAAGGAGAA  100

seq1  AACAGTTCTTACCGTTTGTCCTGTGACTTCCACATGTGCACCTTGGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTCTTACCGTTTGTCCTGTGACTTCCACATGTGCACCTTGGAACA  150

seq1  CATATTCCCACACATATGGACACACATGAATGAGAGGATAGGGTGTAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTCCCACACATATGGACACACATGAATGAGAGGATAGGGTGTAGTA  200

seq1  AAGTAAAATTGGATTTTCATCGTTT-AAAAAAAAAGTGAATTATATGAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATTGGATTTTCATCGTTTAAAAAAAAAAGTGAATTATATGAGA  250

seq1  AAAGCATTTAAGAGTAGATGAAGTATAGCAGACCATAAAATGAGTACATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTTAAGAGTAGATGAAGTATAGCAGACCATAAAATGAGTACATT  300

seq1  GGAAGGGAGTTCAGAAAGCAATACATAAATTATCTTGAAAGAGAAAAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGAGTTCAGAAAGCAATACATAAATTATCTTGAAAGAGAAAAAAT  350

seq1  AAGGCAAGAAGGAGTTTAAATTAGTAAGAGCTGCAGGACAAGTGAGCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGAAGGAGTTTAAATTAGTAAGAGCTGCAGGACAAGTGAGCTGT  400

seq1  TGTCAAAGGGTCTAAACATGAAGACACATGGGAGCCACCCGCTTGCAGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAAGGGTCTAAACATGAAGACACATGGGAGCCACCCGCTTGCAGCC  450

seq1  CCCAGCATCACTGTGATCTCTTCAGGAGATGGTACCACAGCATGACTATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCATCACTGTGATCTCTTCAGGAGATGGTACCACAGCATGACTATG  500

seq1  AACTGCTCAGGAGATGGTGCAACAAGAGAAACTCATCTCAGGACTGCCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCAGGAGATGGTGCAACAAGAGAAACTCATCTCAGGACTGCCAG  550

seq1  CTCTTTCCCAACAGAGTCCTGGTCCTTTTCCTGCCCTACTGATGCCCATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCCAACAGAGTCCTGGTCCTTTTCCTGCCCTACTGATGCCCATT  600

seq1  GTAGCATCATCTTACTGGTTTATCCTTACATTTTCTTTGGAATTCTCATC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATCATCTTACTGGTTTATCCTTACATTTTCTTTGGAATTCTCATC  650

seq1  TACCATCAATTTTTTTATCATTTATTGATGATCTTCTTAAACCATTCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCAATTTTTTTATCATTTATTGATGATCTTCTTAAACCATTCTTT  700

seq1  TCCTATTTACAAAAGCAATGTCTGCTAAGATTGACTAGGTTTTACACTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTTACAAAAGCAATGTCTGCTAAGATTGACTAGGTTTTACACTCT  750

seq1  TAAATTTCTTGAAAAAATCTGGACTATGAATAATCTTTAGTATTTAATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCTTGAAAAAATCTGGACTATGAATAATCTTTAGTATTTAATAA  800

seq1  ATTAGGTGACATTATTCTCCAATCGTAGATTTGGACATGGTTGTCACAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTGACATTATTCTCCAATCGTAGATTTGGACATGGTTGTCACAGA  850

seq1  AAAGCACATTTCCAGATGACTTTCAGTATAATATAGATATGTTTTTCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACATTTCCAGATGACTTTCAGTATAATATAGATATGTTTTTCTTA  900

seq1  TTAGATCACACTTCCTGGTTCTGAAGAAAATAAGAGAAAGTAATTCTCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCACACTTCCTGGTTCTGAAGAAAATAAGAGAAAGTAATTCTCTG  950

seq1  TGAAGTTAATATGGACCGTGAGGGATTGCTCAATGATGAAACTATGAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTAATATGGACCGTGAGGGATTGCTCAATGATGAAACTATGAATT  1000

seq1  C  1000
      |
seq2  C  1001


seq1: chr3_149830755_149831897
seq2: B6Ng01-349M16.g_68_1198

seq1  GAATTCCCACTTTAGGCCCATGGAATATTTGTAGTAACAACTTTGAATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACTTTAGGCCCATGGAATATTTGTAGTAACAACTTTGAATCA  50

seq1  TCGTGATACTTTTAGCTATTAGGATGTAGTATTAAAAATAAGTTCAAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGATACTTTTAGCTATTAGGATGTAGTATTAAAAATAAGTTCAAGGG  100

seq1  TTAAAATAAAATCACAGTGAAAAATCAGTAATAAACTCCCTTAAGCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAAAATCACAGTGAAAAATCAGTAATAAACTCCCTTAAGCTGAA  150

seq1  AGGGACTTTTAAAAATAATTTTGATCAAAGTATTATTTTAGTAATGAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTTTTAAAAATAATTTTGATCAAAGTATTATTTTAGTAATGAGCT  200

seq1  GCTATTTATTTATCCTTATTTGATTTAGACTTTGATGCAAAGCACATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTATTTATCCTTATTTGATTTAGACTTTGATGCAAAGCACATATT  250

seq1  TAAAAATGTTTTATCTTTTCAACTGGAGTTGTATTATTATTTAAATGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGTTTTATCTTTTCAACTGGAGTTGTATTATTATTTAAATGAAA  300

seq1  AAAATGATGACAGTATACACATATAGACATCACCATTAACAGGATATCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATGACAGTATACACATATAGACATCACCATTAACAGGATATCTT  350

seq1  GTACTTATTTTTCCAATATTAAAGCTAAAAGCCAAAGCTTCTTAAGTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTATTTTTCCAATATTAAAGCTAAAAGCCAAAGCTTCTTAAGTGTA  400

seq1  AATGGGCCTTTCCACTCATTTTCTCTTATGTTGATTAAAGAGAGAATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCTTTCCACTCATTTTCTCTTATGTTGATTAAAGAGAGAATTTT  450

seq1  TAGAAGCAGGAAAATCACAATAAAAACATATCAAAAGCCAAGACTGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCAGGAAAATCACAATAAAAACATATCAAAAGCCAAGACTGAAGT  500

seq1  CAAATCAATGACCAGGTTTGGTTGATTTTCTACTATATTTAGTTTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAATGACCAGGTTTGGTTGATTTTCTACTATATTTAGTTTCAGCA  550

seq1  TTGATCCAATATGGAAAGTACTCTGCATACTATGAAATCAACACTATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCAATATGGAAAGTACTCTGCATACTATGAAATCAACACTATGCC  600

seq1  TTTTATGCAGTGGTATGTTAGATGAAATGGTAAATAAACTACAACACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCAGTGGTATGTTAGATGAAATGGTAAATAAACTACAACACAGA  650

seq1  AAATACCAAGCTATACTAAATGAAAACAAAAGAATATTTTATTAAACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCAAGCTATACTAAATGAAAACAAAAGAATATTTTATTAAACATT  700

seq1  GAGATACACAGGAGAGTACAATGGGCTTTGACTCCCCACTGGCTCATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACACAGGAGAGTACAATGGGCTTTGACTCCCCACTGGCTCATTTA  750

seq1  CACACACACATTTCCTTTCTGCGATGATTATCATTTGGGAGCAGAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATTTCCTTTCTGCGATGATTATCATTTGGGAGCAGAGTTAT  800

seq1  CAGGCTCTCAAAAGAAATGATGTCCTTCTTTTCCCATTTAGATAAAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTCAAAAGAAATGATGTCCTTCTTTTCCCATTTAGATAAAATAT  850

seq1  TCTGTTCAAATGCTCCTGATATCCTGATGGATATGTGTGTAAATGAGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCAAATGCTCCTGATATCCTGATGGATATGTGTGTAAATGAGCCA  900

seq1  ATCATTAGTATTGCAGGTCTAACATTCATATGATATGTTCTGATATCAG-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCATTAGTATTGCAGGTCTAACATTCATATGATATGTTCTGATATCAGC  950

seq1  CCTTTTCACCCCTAAATGGACTTTAAGCATGTCAATCTGTATTAAGAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||   |||
seq2  CCTTTTCACCCCTAAATGGACTTTAAGCATGTCATCTTGTATTA--GACA  998

seq1  GTCACCCAACACGAGGCTCGTTCATAATGAAAATTTGGGCATTTTGTGAA  1049
      ||||||| |||||| |||||||||| ||||||  || |||||||||||||
seq2  GTCACCC-ACACGA-GCTCGTTCAT-ATGAAA--TTTGGCATTTTGTGAA  1043

seq1  ATTCATGGACCACAGTAATGGCATGAAAATACAGAGCCATTTTATAGTTT  1099
      | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||
seq2  A-TCAT-GACCACAGT-ATGGCATG-AAATACAGAGCCA-TTTATAG-TT  1087

seq1  CATGTTT-GTGCCACCTTGGTGTGGTAGACAAATGAAGAAATCAA  1143
      ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||
seq2  CATGTTTGGTGCCACC-TGGTGTGCTAGACAAATGGAGAATTCAA  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |