Query= MSMg01no525_b04.b1 MSMg01no525_b04.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no525_b04.b1 PHD_FILE: MSMg01no525_b04.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Wed May 18 20:59:33 2005
(562 letters)
>mm_chr3_47907791_47908753
Length = 963
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Identities = 558/561 (99%), Gaps = 3/561 (0%)
Strand = Plus / Minus
Query: 5 gaattctttagttg-aaaaaaaatgcttagctatctaaagagataaggaagaaactttct 63
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Sbjct: 691 gaattctttagttgaaaaaaaaatgcttagctatctaaagagataaggaagaaactttct 632
Query: 64 ctttcaaactagcattcatatggatagaaatcctcctggaaaatctatatgtgtagctat 123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 631 ctttcaaactagcattcatatggatagaaatcctcctggaaaatctatatgtgtagctat 572
Query: 124 agaccaacagaataatgagaaaggattgtttttattctctatcttgtctgagaaaactga 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 571 agaccaacagaataatgagaaaggattgtttttattctctatcttgtctgagaaaactga 512
Query: 184 cacccaattaatcaatataaaataaatttgatatgattgtattacaggacaaaaaaatgt 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 511 cacccaattaatcaatataaaataaatttgatatgattgtattacaggacaaaaaaatgt 452
Query: 244 gaaattaacgtacatattgtataagaaaatggtatcaactaaattcaagtaggactccca 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 451 gaaattaacgtacatattgtataagaaaatggtatcaactaaattcaagtaggactccca 392
Query: 304 ctggaacacaaggggcaaagttaagaatagaattttctatgaaaaatgtgagaatccgca 363
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Sbjct: 391 ctggaacacaaggggcaaagttaagaatagaattttctatgaaaaatgtgagaatccgca 332
Query: 364 tctactctttatagatggtgtcttgaagccaatgggattgtttagggtattgttaacatc 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 331 tctactctttatagatggtgtcttgaagccaatgggattgtttagggtattgttaacatc 272
Query: 424 aaagttaatttctgaacgtagatattgatttgattgttgtataggaaaatatctttctgt 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 271 aaagttaatttctgaacgtagatattgatttgattgttgtataggaaaatatctttctgt 212
Query: 484 gtgggaaatatac--atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 541
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Sbjct: 211 gtgggaaatatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 152
Query: 542 tatatatatatataaagattt 562
|||||||||||||||||||||
Sbjct: 151 tatatatatatataaagattt 131
Score = 114 bits (59), Expect = 1e-29
Identities = 59/59 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 497 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 139 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 197
Score = 112 bits (58), Expect = 6e-29
Identities = 58/58 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 498 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 138 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 195
Score = 112 bits (58), Expect = 6e-29
Identities = 58/58 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 497 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 141 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 198
Score = 110 bits (57), Expect = 2e-28
Identities = 60/61 (98%)
Strand = Plus / Plus
Query: 492 tatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 551
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 138 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 197
Query: 552 t 552
|
Sbjct: 198 t 198
Score = 110 bits (57), Expect = 2e-28
Identities = 63/65 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 491 atatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 550
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 139 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 198
Query: 551 atata 555
||||
Sbjct: 199 gtata 203
Score = 108 bits (56), Expect = 8e-28
Identities = 62/64 (96%)
Strand = Plus / Plus
Query: 491 atatacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 550
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 141 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgt 200
Query: 551 atat 554
||||
Sbjct: 201 atat 204
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 181
Number of extensions: 65
Number of successful extensions: 65
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 41
Number of HSP's successfully gapped: 16
Length of query: 562
Length of database: 963
Length adjustment: 10
Effective length of query: 552
Effective length of database: 953
Effective search space: 526056
Effective search space used: 526056
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no525_b04.g1 MSMg01no525_b04.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no525_b04.g1 PHD_FILE: MSMg01no525_b04.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Wed May 18 20:59:33 2005
(650 letters)
>mm_chr3_47749750_47750799
Length = 1050
Score = 1257 bits (650), Expect = 0.0
Identities = 650/650 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 ttcctgacaagtgaacactgagttttatttttgcctggggatttgtttccagagcaaagt 60
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Sbjct: 201 ttcctgacaagtgaacactgagttttatttttgcctggggatttgtttccagagcaaagt 260
Query: 61 ttatttactacaaataaattctacaatataggaaagtcacagaaaacctcaaacaacctt 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 261 ttatttactacaaataaattctacaatataggaaagtcacagaaaacctcaaacaacctt 320
Query: 121 gatttctatgcaaaatgcagcacatgcttgattgttcttatgattgttttctcagaataa 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 321 gatttctatgcaaaatgcagcacatgcttgattgttcttatgattgttttctcagaataa 380
Query: 181 aatcagaattttcatcataaaatgaatatgattcttatgtatcatgtgcctattttcttg 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 381 aatcagaattttcatcataaaatgaatatgattcttatgtatcatgtgcctattttcttg 440
Query: 241 attacacataatatctagtccacaaaacatgtaatactagggttgcagtgtgtgttgtgg 300
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Sbjct: 441 attacacataatatctagtccacaaaacatgtaatactagggttgcagtgtgtgttgtgg 500
Query: 301 gtatttattaggaacttggtacttttgtccttttattttactatgtaagtactaattcct 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 501 gtatttattaggaacttggtacttttgtccttttattttactatgtaagtactaattcct 560
Query: 361 ttaaaatgagacaatgagaaaaatactaaatattgtagtattatatacagtattataaca 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 561 ttaaaatgagacaatgagaaaaatactaaatattgtagtattatatacagtattataaca 620
Query: 421 tgcactcataagttgcaatatttatgtgtgtgtctgtgtgtgcgtatatctatgcatggg 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 621 tgcactcataagttgcaatatttatgtgtgtgtctgtgtgtgcgtatatctatgcatggg 680
Query: 481 taaaggtgatttatcatataatggtggaggctgtctttatttgtattatgaagtgatata 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 681 taaaggtgatttatcatataatggtggaggctgtctttatttgtattatgaagtgatata 740
Query: 541 tggtaagtcttttctacattgaattctatttacataatgtgaaatataagtgtatgaaat 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 741 tggtaagtcttttctacattgaattctatttacataatgtgaaatataagtgtatgaaat 800
Query: 601 agggactctgcagtccatgaggtaaagctaagcacaaataataactgata 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 801 agggactctgcagtccatgaggtaaagctaagcacaaataataactgata 850
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 34
Number of extensions: 1
Number of successful extensions: 1
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 650
Length of database: 1050
Length adjustment: 10
Effective length of query: 640
Effective length of database: 1040
Effective search space: 665600
Effective search space used: 665600
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
