BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004K07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 74,982,299 - 75,099,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039833
Upstream geneJmjd2c, LOC100040258, LOC100039814, LOC636847, 3110001D03Rik, LOC623529
Downstream geneLOC100039884, LOC667845, Ptprd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004K07.bB6Ng01-004K07.g
ACCDH841996DH841997
length1,0741,094
definitionDH841996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004K07, 5' end.DH841997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004K07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,982,299 - 74,983,380)(75,098,183 - 75,099,278)
sequence
gaattctgccattgtagatggttgatcatgctatctagcccatagagatc
attccacttgagttctccaagaaattttatagctctcctatagttgaata
cttgaactaaagagcaacagctggactgacctgccttaaccagtcacatc
tggacttcacctgttcaccacagaataccagtgtcttagtggtttgtgag
aaatggtacccatttgaatccataggaagcatgcatagtaaccaggcaat
ttattcctatgagtagtggctacattataagcccagtattatggtgcact
ccataattcttgcacttgtaaaatggaagcattagaataagaagttcaag
gtcatccttggctacatatgtagtcatgatacagaattataccttaattc
tcacctccgaggagaatctactccatgtacttaaaaaaattaggagaaac
cttattgatagtaacactcttccagctctaagtaatacttaaaagaggag
tcatccatgaatagaagatttttacaaacttacatatgccttaggtttat
gcattttccatacgatgttatccctaagtctctttcagtcttgtcccagg
ttacactttgaataatttcaaagggatgggtgactggctacttggcggat
ggaagttttattcagcagacatattgcctagctaacagaattatgctttt
tctgataagagaaacacaggaaacttagtggcatataaaaacttaagggt
ggttgtgagttgagacactgtactgcctcttgaaagaaagttctttgata
tgggataggtctaatggctgaatttctttgtatgtttgttttgttttgtc
ctttttattttggtgaagattttttcctctctctctctctttctcttgtt
ctctcaacttctctctctctctttcgttctctctctctttctctctctct
tcctttcttttcctttcatatagatgaagcctattagaattcatcttgat
gtacaaacatttagcagacattctcctcagctccagctttaattatggta
catatttcattcctatatttacta
gaattcctgtcctgccctcttatgtggtggcccaggcatgagtattcttg
aagatcctgaatttgaagccagcctggtctacagagggaattcaggacag
tcacatctgccctgcctgcacacctaagcagtgagttttggtagtgttgg
tcttcaaccttctgcagtacacacagtaaagacaggggtaaggtgccaag
gcatgaattctaggagctgtcttcaatcagcccaccacctctggacagtc
caagtgccaataagtccctcagccacaggacaaaatcttcttcccttcag
gagttaactttgggtagggttgagctatagagcctggaaatcaggctcat
caggagaagcaagttggggcctgcctctcctctagctctagggggttcct
ggagaagaatgtggaaggaagtgttccttggcctgactgtacacaagtct
aaccacgcctgctttctaggctttcttcccacctccccttttcctagaag
gcagttttctgtcttgtatctctctaagagtccaatgcttaatcaagttc
tggtctcccaggaaagcaggtcacaggactaatataggattgcaggagct
ttccagttcattcctttagtgccacaaggtatcaggaagatgatggtcta
agcattcattcctatcttggatgctctatcctcccagcaggtggtcagtg
cagtcattcaccactggaagaagctggaagtggttcctcaacttctgaac
ttcagtctccatcatgacttagcaaacagccgtggaaactcagtacttgt
gttgtttgcactgctatagaggtacagtgaggtccactctgcataggtat
ggtcagaagatggcccagagtctgcagttcagtcttcaatctcttcaagc
actgaagtgcttctgtaggatggcaaagcgagctgtgcagtcaagattgg
cagttcactatcaaagatctctaccacaggcacccccaattcttaaaatg
tcaaaagctttagtgtatgacagagattatggatgctgaggtctcatgaa
aaaaggggagggggcgcatattttaaaaaacaataaaatcaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_74982299_74983380
seq2: B6Ng01-004K07.b_46_1119

seq1  GAATTCTGCCATTGTAGATGGTTGATCATGCTATCTAGCCCATAGAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCATTGTAGATGGTTGATCATGCTATCTAGCCCATAGAGATC  50

seq1  ATTCCACTTGAGTTCTCCAAGAAATTTTATAGCTCTCCTATAGTTGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCACTTGAGTTCTCCAAGAAATTTTATAGCTCTCCTATAGTTGAATA  100

seq1  CTTGAACTAAAGAGCAACAGCTGGACTGACCTGCCTTAACCAGTCACATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTAAAGAGCAACAGCTGGACTGACCTGCCTTAACCAGTCACATC  150

seq1  TGGACTTCACCTGTTCACCACAGAATACCAGTGTCTTAGTGGTTTGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTCACCTGTTCACCACAGAATACCAGTGTCTTAGTGGTTTGTGAG  200

seq1  AAATGGTACCCATTTGAATCCATAGGAAGCATGCATAGTAACCAGGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTACCCATTTGAATCCATAGGAAGCATGCATAGTAACCAGGCAAT  250

seq1  TTATTCCTATGAGTAGTGGCTACATTATAAGCCCAGTATTATGGTGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCTATGAGTAGTGGCTACATTATAAGCCCAGTATTATGGTGCACT  300

seq1  CCATAATTCTTGCACTTGTAAAATGGAAGCATTAGAATAAGAAGTTCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAATTCTTGCACTTGTAAAATGGAAGCATTAGAATAAGAAGTTCAAG  350

seq1  GTCATCCTTGGCTACATATGTAGTCATGATACAGAATTATACCTTAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCTTGGCTACATATGTAGTCATGATACAGAATTATACCTTAATTC  400

seq1  TCACCTCCGAGGAGAATCTACTCCATGTACTTAAAAAAATTAGGAGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCCGAGGAGAATCTACTCCATGTACTTAAAAAAATTAGGAGAAAC  450

seq1  CTTATTGATAGTAACACTCTTCCAGCTCTAAGTAATACTTAAAAGAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGATAGTAACACTCTTCCAGCTCTAAGTAATACTTAAAAGAGGAG  500

seq1  TCATCCATGAATAGAAGATTTTTACAAACTTACATATGCCTTAGGTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCATGAATAGAAGATTTTTACAAACTTACATATGCCTTAGGTTTAT  550

seq1  GCATTTTCCATACGATGTTATCCCTAAGTCTCTTTCAGTCTTGTCCCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCCATACGATGTTATCCCTAAGTCTCTTTCAGTCTTGTCCCAGG  600

seq1  TTACACTTTGAATAATTTCAAAGGGATGGGTGACTGGCTACTTGGCGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTTTGAATAATTTCAAAGGGATGGGTGACTGGCTACTTGGCGGAT  650

seq1  GGAAGTTTTATTCAGCAGACATATTGCCTAGCTAACAGAATTATGCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTTTATTCAGCAGACATATTGCCTAGCTAACAGAATTATGCTTTT  700

seq1  TCTGATAAGAGAAACACAGGAAACTTAGTGGCATATAAAAACTTAAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAAGAGAAACACAGGAAACTTAGTGGCATATAAAAACTTAAGGGT  750

seq1  GGTTGTGAGTTGAGACACTGTACTGCCTCTTGAAAGAAAGTTCTTTGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGAGTTGAGACACTGTACTGCCTCTTGAAAGAAAGTTCTTTGATA  800

seq1  TGGGATAGGTCTAATGGCTGAATTTCTTTGTATGTTTGTTTTGTTTTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAGGTCTAATGGCTGAATTTCTTTGTATGTTTGTTTTGTTTTGTC  850

seq1  CTTTTTATTTTGGTGAAGATTTTTTCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTTTGGTGAAGATTTTTTCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTGTT  900

seq1  CTCTCAACTTCTCTCTCTCTCTTTCGTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAACTTCTCTCTCTCTCTTTCGTTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCT  950

seq1  TCCTTTCTTTTCCTTTCATATAGGAATGAAGCCTAATTAGAATTCAATCT  1000
      |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TCCTTTCTTTTCCTTTCATATAG--ATGAAGCCT-ATTAGAATTC-ATCT  996

seq1  TGATGTACAAACA-TTAGCAGACAATTTCTCTTCAGCTCCAAGCTTTAAT  1049
      ||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||
seq2  TGATGTACAAACATTTAGCAGACA--TTCTCCTCAGCTCC-AGCTTTAAT  1043

seq1  TATGGTACATAATTTTCATTCCTATATTTACTA  1082
      |||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTACATA--TTTCATTCCTATATTTACTA  1074

seq1: chr4_75098183_75099278
seq2: B6Ng01-004K07.g_66_1159 (reverse)

seq1  CTTTGA-TTTATTGTTTTT--ATATACTGCCGCCCCCTCCCCTTTTGTCA  47
      |||||| ||||||||||||  | ||| || |||||||||||||||| |||
seq2  CTTTGATTTTATTGTTTTTTAAAATA-TG-CGCCCCCTCCCCTTTTTTCA  48

seq1  TGAGACCTCAGCATCCATAATCTCTGTCATACACTAAAGCCTTTTGACAT  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TGAGACCTCAGCATCCATAATCTCTGTCATACACTAAAG-CTTTTGACA-  96

seq1  TTTTAAGAATTGGGGGTGCCTGTGGTAGAGATCTTTGATAGTGAACTGCC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGAATTGGGGGTGCCTGTGGTAGAGATCTTTGATAGTGAACTGCC  146

seq1  AATCTTGACTGCACAGCTCGCTTTGCCATCCTACAGAAGCACTTCAGTGC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGACTGCACAGCTCGCTTTGCCATCCTACAGAAGCACTTCAGTGC  196

seq1  TTGGAAGAGATTGAAGACTGAACTGCAGACTCTGGGCCATCTTCTGACCA  247
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-GAAGAGATTGAAGACTGAACTGCAGACTCTGGGCCATCTTCTGACCA  245

seq1  TACCTATGCAGAGTGGACCTCACTGTACCTCTATAGCAGTGCAAACAACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTATGCAGAGTGGACCTCACTGTACCTCTATAGCAGTGCAAACAACA  295

seq1  CAAGTACTGAGTTTCCACGGCTGTTTGCTAAGTCATGATGGAGACTGAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACTGAGTTTCCACGGCTGTTTGCTAAGTCATGATGGAGACTGAAG  345

seq1  TTCAGAAGTTGAGGAACCACTTCCAGCTTCTTCCAGTGGTGAATGACTGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGTTGAGGAACCACTTCCAGCTTCTTCCAGTGGTGAATGACTGC  395

seq1  ACTGACCACCTGCTGGGAGGATAGAGCATCCAAGATAGGAATGAATGCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCACCTGCTGGGAGGATAGAGCATCCAAGATAGGAATGAATGCTT  445

seq1  AGACCATCATCTTCCTGATACCTTGTGGCACTAAAGGAATGAACTGGAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCATCTTCCTGATACCTTGTGGCACTAAAGGAATGAACTGGAAA  495

seq1  GCTCCTGCAATCCTATATTAGTCCTGTGACCTGCTTTCCTGGGAGACCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCAATCCTATATTAGTCCTGTGACCTGCTTTCCTGGGAGACCAG  545

seq1  AACTTGATTAAGCATTGGACTCTTAGAGAGATACAAGACAGAAAACTGCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGATTAAGCATTGGACTCTTAGAGAGATACAAGACAGAAAACTGCC  595

seq1  TTCTAGGAAAAGGGGAGGTGGGAAGAAAGCCTAGAAAGCAGGCGTGGTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGAAAAGGGGAGGTGGGAAGAAAGCCTAGAAAGCAGGCGTGGTTA  645

seq1  GACTTGTGTACAGTCAGGCCAAGGAACACTTCCTTCCACATTCTTCTCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTGTACAGTCAGGCCAAGGAACACTTCCTTCCACATTCTTCTCCA  695

seq1  GGAACCCCCTAGAGCTAGAGGAGAGGCAGGCCCCAACTTGCTTCTCCTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCCCTAGAGCTAGAGGAGAGGCAGGCCCCAACTTGCTTCTCCTGA  745

seq1  TGAGCCTGATTTCCAGGCTCTATAGCTCAACCCTACCCAAAGTTAACTCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTGATTTCCAGGCTCTATAGCTCAACCCTACCCAAAGTTAACTCC  795

seq1  TGAAGGGAAGAAGATTTTGTCCTGTGGCTGAGGGACTTATTGGCACTTGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGAAGAAGATTTTGTCCTGTGGCTGAGGGACTTATTGGCACTTGG  845

seq1  ACTGTCCAGAGGTGGTGGGCTGATTGAAGACAGCTCCTAGAATTCATGCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCAGAGGTGGTGGGCTGATTGAAGACAGCTCCTAGAATTCATGCC  895

seq1  TTGGCACCTTACCCCTGTCTTTACTGTGTGTACTGCAGAAGGTTGAAGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACCTTACCCCTGTCTTTACTGTGTGTACTGCAGAAGGTTGAAGAC  945

seq1  CAACACTACCAAAACTCACTGCTTAGGTGTGCAGGCAGGGCAGATGTGAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTACCAAAACTCACTGCTTAGGTGTGCAGGCAGGGCAGATGTGAC  995

seq1  TGTCCTGAATTCCCTCTGTAGACCAGGCTGGCTTCAAATTCAGGATCTTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGAATTCCCTCTGTAGACCAGGCTGGCTTCAAATTCAGGATCTTC  1045

seq1  AAGAATACTCATGCCTGGGCCACCACATAAGAGGGCAGGACAGGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATACTCATGCCTGGGCCACCACATAAGAGGGCAGGACAGGAATTC  1094