BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005D06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 92,029,875 - 92,145,598
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneElavl2, LOC664864, LOC620016, LOC654475, 4930577H14Rik, LOC664886, 1700011H22Rik, LOC68280
Downstream geneLOC620269, LOC384125, Tusc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005D06.bB6Ng01-005D06.g
ACCDH842404DH842405
length1,1091,133
definitionDH842404|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005D06, 5' end.DH842405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,144,485 - 92,145,598)(92,029,875 - 92,031,029)
sequence
gaattctctctccctttaggatcttgcccccatgctgtccttgataccta
tggtatgatactataactctctatgaagttatgagaagcaaaggtgattg
aagacttttcccactcagtattaataccacactatatctgtaagcaatga
ctttcttaccaaagttcaaatttgaaactaatgggtccatttctttcctg
tttgttacacatgttacatagggcatgatgctatggtgctaataaaagtc
ttttgaaatgtaattcattctgggtttcattctacaagtcagtaacacct
ttcttttataaaaatgtataataaatatatgttagccattagtacatgct
atattgcaacaaaaattattttatatgaatctatgtactagaaaatacta
ttaacaaaaattcttataatcatatctattcttgagttattggggaaatg
attttatgtttaatcaataaatgggtatttaacaatgttgatggttagtt
atgtctattatgtcatttttctttctagtgatccactcagtggggatcaa
ttattatctgttatttaacaagcattatgttttatacagaggggatacag
gaatgcataaagaaaatagttacaaatgttatctatattaatgacaaaat
cacatttctaacactaagtccattctgcatgctcatttgtaacaagaata
ccacatgttgatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
atattcacttttcttttatctttccctatatatagataagacatacatgc
atgtcatatctcatatatatgtgtataattatgtatgaatatgtgtatgt
gtaatccaattcccctgacttctaggctaggacatttggaccaatttttc
cactgtgataacactggaaatttagaacaaatatgcaacaaaaacttggg
gatctgggaaaggtactgacaatattatgctgtatgcttcacagattcaa
aaataaaaaaatgaatagttattttgtatgcctttgtcagtgttcatatg
gtagcattcaagttttgagttatgatgtacacagcctttaagaaaaaaaa
ctggggaga
gaattcaacatatgaggtaaaacttaagagctgattattttaaagtgtag
gctgacaggaatggaaataaacaatttttgttacatttaccatgacttta
atttgatcttctttaaagtgagatatggaaaatacaggttacattttaca
aaaagactaacaagtccattctttgtattcaacatcaggtttgatttctt
aaaatgagcaaaatataaatagtagtaaacattaaaattttctaataaag
gttaaatattttaatgtcctagactagttctaagaccagtgatagctaaa
aatcaaacttaaaatatcaaattatggctatgatctcatggtgaactcta
tgtggaaggaaatatactgcatttaatttaatgtctaactcttttataaa
tatccaagagggatgagctaaagccaagttggaaataccaggagaacaat
aacagaaagtaaaaacaatgaaacaggcttggcagcattgaaaatgaaga
actcataactacacacaatagacttcactgctcgctggtcttcagattgc
tttcataccccatggaattgaacaaataaagccaaatacatgccatttga
agggaacagaaatatcttacagtgggaaatattctaggtggcagaaagaa
aaagtttcaataactcaaacaaatgaaacattactcagaaatatttaaca
atagatctttaaagtgaatggttaagaaacaacatatgcaaaatgacttg
gcaggttaaaatatcatgacattcatattgttccttttccaaaacattaa
tatgtaattttgcaaggaaactacatatctaaaactttgaaaattgcagt
ttcccatagatatactttgataaatacaagcatataggtaacatatatac
ttaaatatgctttgaaaagtactatcaacaacatgtttaccatatataga
taaaattaggtaccctgcttggatgtatacaatgccattgtaaaatgagt
gagaagtgctggaaaagagatagggcattgattaaaaatgaaagacacag
cacataccattgacatggtataggatacagtatctaggtagacatgggat
tcatatctctaattctcacattcatcagttgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_92144485_92145598
seq2: B6Ng01-005D06.b_45_1153 (reverse)

seq1  TCTCCCCAGTTTTTCTTCTTAAAGGCCTGTGTACTATCATAAACTCAAAC  50
      |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| 
seq2  TCTCCCCAGTTTTTTTTCTTAAAGG-CTGTGTAC-ATCAT-AACTCAAAA  47

seq1  TTTGAAAGCTACCATATGAACACTGGACACCAAGGCATACAAAATAACTA  100
       ||||| ||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATGCTACCATATGAACACTG---ACAAAGGCATACAAAATAACTA  94

seq1  TTCATTTATTTATTTTTGAATCTGTGAAGCATACAGCATAATATTGTCAG  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTTTATTTTTGAATCTGTGAAGCATACAGCATAATATTGTCAG  144

seq1  TACCTT--CCAGATTCCCAAGTTTCTGTTGCATATTTGTTCTAACTCTCC  198
      ||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||
seq2  TACCTTTCCCAGATCCCCAAGTTTTTGTTGCATATTTGTTCTAAATTTCC  194

seq1  AGTGTTATCACAGTGG-AAAATTGGTCCAAATGTCCTAGCCTAGAAGTCA  247
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTATCACAGTGGAAAAATTGGTCCAAATGTCCTAGCCTAGAAGTCA  244

seq1  GGGGAATTGGATTACACATACACATATTCATACATAATTATACACATATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATTGGATTACACATACACATATTCATACATAATTATACACATATA  294

seq1  TATGAGATATGACATGCATGTATGTCTTATCTATATATAGGGAAAGATAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGATATGACATGCATGTATGTCTTATCTATATATAGGGAAAGATAA  344

seq1  AAGAAAAGTGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  397
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGTGA--ATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  392

seq1  TATATATCAACATGTGGTATTCTTGTTACAAATGAGCATGCAGAATGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCAACATGTGGTATTCTTGTTACAAATGAGCATGCAGAATGGAC  442

seq1  TTAGTGTTAGAAATGTGATTTTGTCATTAATATAGATAACATTTGTAACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTAGAAATGTGATTTTGTCATTAATATAGATAACATTTGTAACT  492

seq1  ATTTTCTTTATGCATTCCTGTATCCCCTCTGTATAAAACATAATGCTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTATGCATTCCTGTATCCCCTCTGTATAAAACATAATGCTTGT  542

seq1  TAAATAACAGATAATAATTGATCCCCACTGAGTGGATCACTAGAAAGAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAACAGATAATAATTGATCCCCACTGAGTGGATCACTAGAAAGAAA  592

seq1  AATGACATAATAGACATAACTAACCATCAACATTGTTAAATACCCATTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATAATAGACATAACTAACCATCAACATTGTTAAATACCCATTTA  642

seq1  TTGATTAAACATAAAATCATTTCCCCAATAACTCAAGAATAGATATGATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTAAACATAAAATCATTTCCCCAATAACTCAAGAATAGATATGATT  692

seq1  ATAAGAATTTTTGTTAATAGTATTTTCTAGTACATAGATTCATATAAAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAATTTTTGTTAATAGTATTTTCTAGTACATAGATTCATATAAAAT  742

seq1  AATTTTTGTTGCAATATAGCATGTACTAATGGCTAACATATATTTATTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGTTGCAATATAGCATGTACTAATGGCTAACATATATTTATTAT  792

seq1  ACATTTTTATAAAAGAAAGGTGTTACTGACTTGTAGAATGAAACCCAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTATAAAAGAAAGGTGTTACTGACTTGTAGAATGAAACCCAGAA  842

seq1  TGAATTACATTTCAAAAGACTTTTATTAGCACCATAGCATCATGCCCTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTACATTTCAAAAGACTTTTATTAGCACCATAGCATCATGCCCTAT  892

seq1  GTAACATGTGTAACAAACAGGAAAGAAATGGACCCATTAGTTTCAAATTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACATGTGTAACAAACAGGAAAGAAATGGACCCATTAGTTTCAAATTT  942

seq1  GAACTTTGGTAAGAAAGTCATTGCTTACAGATATAGTGTGGTATTAATAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTGGTAAGAAAGTCATTGCTTACAGATATAGTGTGGTATTAATAC  992

seq1  TGAGTGGGAAAAGTCTTCAATCACCTTTGCTTCTCATAACTTCATAGAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGGAAAAGTCTTCAATCACCTTTGCTTCTCATAACTTCATAGAGA  1042

seq1  GTTATAGTATCATACCATAGGTATCAAGGACAGCATGGGGGCAAGATCCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTATCATACCATAGGTATCAAGGACAGCATGGGGGCAAGATCCT  1092

seq1  AAAGGGAGAGAGAATTC  1114
      |||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAGAGAGAATTC  1109

seq1: chr4_92029875_92031029
seq2: B6Ng01-005D06.g_67_1199

seq1  GAATTCAACATATGAGGTAAAACTTAAGAGCTGATTATTTTAAAGTGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATATGAGGTAAAACTTAAGAGCTGATTATTTTAAAGTGTAG  50

seq1  GCTGACAGGAATGGAAATAAACAATTTTTGTTACATTTACCATGACTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACAGGAATGGAAATAAACAATTTTTGTTACATTTACCATGACTTTA  100

seq1  ATTTGATCTTCTTTAAAGTGAGATATGGAAAATACAGGTTACATTTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATCTTCTTTAAAGTGAGATATGGAAAATACAGGTTACATTTTACA  150

seq1  AAAAGACTAACAAGTCCATTCTTTGTATTCAACATCAGGTTTGATTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTAACAAGTCCATTCTTTGTATTCAACATCAGGTTTGATTTCTT  200

seq1  AAAATGAGCAAAATATAAATAGTAGTAAACATTAAAATTTTCTAATAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGCAAAATATAAATAGTAGTAAACATTAAAATTTTCTAATAAAG  250

seq1  GTTAAATATTTTAATGTCCTAGACTAGTTCTAAGACCAGTGATAGCTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATATTTTAATGTCCTAGACTAGTTCTAAGACCAGTGATAGCTAAA  300

seq1  AATCAAACTTAAAATATCAAATTATGGCTATGATCTCATGGTGAACTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAACTTAAAATATCAAATTATGGCTATGATCTCATGGTGAACTCTA  350

seq1  TGTGGAAGGAAATATACTGCATTTAATTTAATGTCTAACTCTTTTATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGGAAATATACTGCATTTAATTTAATGTCTAACTCTTTTATAAA  400

seq1  TATCCAAGAGGGATGAGCTAAAGCCAAGTTGGAAATACCAGGAGAACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAGAGGGATGAGCTAAAGCCAAGTTGGAAATACCAGGAGAACAAT  450

seq1  AACAGAAAGTAAAAACAATGAAACAGGCTTGGCAGCATTGAAAATGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGTAAAAACAATGAAACAGGCTTGGCAGCATTGAAAATGAAGA  500

seq1  ACTCATAACTACACACAATAGACTTCACTGCTCGCTGGTCTTCAGATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAACTACACACAATAGACTTCACTGCTCGCTGGTCTTCAGATTGC  550

seq1  TTTCATACCCCATGGAATTGAACAAATAAAGCCAAATACATGCCATTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATACCCCATGGAATTGAACAAATAAAGCCAAATACATGCCATTTGA  600

seq1  AGGGAACAGAAATATCTTACAGTGGGAAATATTCTAGGTGGCAGAAAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACAGAAATATCTTACAGTGGGAAATATTCTAGGTGGCAGAAAGAA  650

seq1  AAAGTTTCAATAACTCAAACAAATGAAACATTACTCAGAAATATTTAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCAATAACTCAAACAAATGAAACATTACTCAGAAATATTTAACA  700

seq1  ATAGATCTTTAAAGTGAATGGTTAAGAAACAACATATGCAAAATGACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCTTTAAAGTGAATGGTTAAGAAACAACATATGCAAAATGACTTG  750

seq1  GCAGGTTAAAATATCATGACATTCATATTGTTCCTTTTCCAAAACATTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTTAAAATATCATGACATTCATATTGTTCCTTTTCCAAAACATTAA  800

seq1  TATGTAATTTTGCAAGGAAACTACATATCTAAAACTTTGAAAATTGCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAATTTTGCAAGGAAACTACATATCTAAAACTTTGAAAATTGCAGT  850

seq1  TTCCCATAGATATACTTTGATAAATACAAGCATATAGTTAACATATATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCCATAGATATACTTTGATAAATACAAGCATATAGGTAACATATATAC  900

seq1  TTAAATATGCTTTGAAAAGTACTATCAACCACAATGTTTACCATAATATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||
seq2  TTAAATATGCTTTGAAAAGTACTATCAACAAC-ATGTTTACCAT-ATATA  948

seq1  GATAAAATTAGGTACCCTGCTTGGATGTATACAATGCCATTGTAAAAATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATAAAATTAGGTACCCTGCTTGGATGTATACAATGCCATTGT-AAAATG  997

seq1  AGTGGAAGAAGTGCTGGAAAAGAGATAGGGCATTGATTAAAAAATGAAAG  1050
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTG--AGAAGTGCTGGAAAAGAGATAGGGCATTGATT-AAAAATGAAAG  1044

seq1  GACCACA-AGCCAACATACAAATGACCAATTGGTATAGAATAACCAGTAT  1099
          ||| |||  |||||| | ||||    |||||||| |||  ||||||
seq2  ----ACACAGC--ACATACCATTGAC---ATGGTATAGGATA--CAGTAT  1083

seq1  CTAGGGTAGACCATGGGGAATTCCATATCTCTAATTCTCAACATTCATCA  1149
      ||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTA-GGTAGA-CATGGG--ATT-CATATCTCTAATTCTC-ACATTCATCA  1127

seq1  GTTGCA  1155
      ||||||
seq2  GTTGCA  1133