BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009M06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 76,633,201 - 76,750,738
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePtprd, LOC667858, LOC667862
Downstream geneLOC100039974
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009M06.bB6Ng01-009M06.g
ACCDH845621DH845622
length8731,030
definitionDH845621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009M06, 5' end.DH845622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,749,866 - 76,750,738)(76,633,201 - 76,634,241)
sequence
gaattctcttttgtgttattcatcatctcacttttacctcctaatcacta
tttccttgagggagaaaaatttaattcttttatgattcaaataatcttgt
tttccagatctttttagctaactattcttttaaaaatcactatgaattat
tttaatgctcattcttacatttgttgtaaatgattgagaaaatataagaa
catatacaaagaaaattaaaaactctaaataaatattttacaggtcagag
agcactctgactttgtaagttaaatgccaggttctatattatatgtgttt
gtgcatgtgcacagagaaatgggtgtgaatttattttctttggtccttgc
ataaaattggagttgtaaaatgacagtgcttattactctgttttgaatca
gataatactataatatcatttttcctgtcaatattttataactttttaaa
atttattttttataaatatgggtatattgcatgcatatatatctgtgcag
aactgtgtttggtgttcagagaggtcacagatgatgttataaattgcagt
atcagataactgtgaggcatcatgttggtgctaagtactaaagtcagatc
ctctgaaagagctgctaaagatgctaagtgctgagacacttgtccagccc
taatttgccacaggttgtgtactactttaaaaaaataatgtcctaaaatc
cactaatctgcctcaacctctccatttctctgctttttgacatgtgtact
attctttcttggtgactgttacatatcagaactgaagacaattatatata
tatacttatgtatatacttatacaaggatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatat
gaattcataaattaatacaagtaatctcaaggcccatatagaataaaagc
tgtaaatagggctctgtaaatacacacgtgtcacaggcaaattgtggtag
gaaaagaaagcaggcttagaacaaatttatgattgaggaaagtgttcctt
ctaggttaggaatgaaatcactttctggcaattaaagttcataaacttgg
aatgggaaatttattgtaggtgcaaggacagaaaataaatgatagactag
tctatccatataagacttcaaaataataaaacacaaggcaagttgatttg
tctcttcacaaaactttgctaacttatgatataaaattgatgctttaaac
ttgtaataaatgtgtgcacctagtaacaaataattaatgattagtaaggt
actagtcttaatggaaagattgtaaacaatactgctgtgattcaagtctt
atcagtctatgacatgaactattgctttaaacttactatgaacttgtgga
atgtaaaaatacttagataatcatgtgatcaattatcttgagaaggcata
aaaccaatatatataaagaactcaagaagttggactccagaaaaacaaat
aaccctgttaaaaatggggtacagagctaaaaaaatgaattctcaactga
ggaatattgaatgactgagaagcacctaaaaaatattcaacatccttaat
catcagggaaatgcaaataaaaacaaccctgagatttcatctcacaccaa
tcagaatggctaagataaaaaactcagatgacaggagatgctggtgagga
tgtgagaaagagaacactcctccattgctggtgggcctgcatgctggtac
aacactctggaatcagtttggcagttcttagaaaattggacatagttttc
tggaaaatcagctataccagttctgagataacctagatgatgcctcaatt
tgtaataggaacatgttcactatgttcttagtaccctatttatatagcag
aactgaataaccaatttccttacagaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_76749866_76750738
seq2: B6Ng01-009M06.b_42_914 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCCTT  50

seq1  GTATAAGTATATACATAAGTATATATATATAATTGTCTTCAGTTCTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGTATATACATAAGTATATATATATAATTGTCTTCAGTTCTGATA  100

seq1  TGTAACAGTCACCAAGAAAGAATAGTACACATGTCAAAAAGCAGAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACAGTCACCAAGAAAGAATAGTACACATGTCAAAAAGCAGAGAAAT  150

seq1  GGAGAGGTTGAGGCAGATTAGTGGATTTTAGGACATTATTTTTTTAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTTGAGGCAGATTAGTGGATTTTAGGACATTATTTTTTTAAAGT  200

seq1  AGTACACAACCTGTGGCAAATTAGGGCTGGACAAGTGTCTCAGCACTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACAACCTGTGGCAAATTAGGGCTGGACAAGTGTCTCAGCACTTAG  250

seq1  CATCTTTAGCAGCTCTTTCAGAGGATCTGACTTTAGTACTTAGCACCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTAGCAGCTCTTTCAGAGGATCTGACTTTAGTACTTAGCACCAAC  300

seq1  ATGATGCCTCACAGTTATCTGATACTGCAATTTATAACATCATCTGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGCCTCACAGTTATCTGATACTGCAATTTATAACATCATCTGTGAC  350

seq1  CTCTCTGAACACCAAACACAGTTCTGCACAGATATATATGCATGCAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGAACACCAAACACAGTTCTGCACAGATATATATGCATGCAATAT  400

seq1  ACCCATATTTATAAAAAATAAATTTTAAAAAGTTATAAAATATTGACAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATTTATAAAAAATAAATTTTAAAAAGTTATAAAATATTGACAGG  450

seq1  AAAAATGATATTATAGTATTATCTGATTCAAAACAGAGTAATAAGCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGATATTATAGTATTATCTGATTCAAAACAGAGTAATAAGCACTG  500

seq1  TCATTTTACAACTCCAATTTTATGCAAGGACCAAAGAAAATAAATTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTACAACTCCAATTTTATGCAAGGACCAAAGAAAATAAATTCACA  550

seq1  CCCATTTCTCTGTGCACATGCACAAACACATATAATATAGAACCTGGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTCTGTGCACATGCACAAACACATATAATATAGAACCTGGCAT  600

seq1  TTAACTTACAAAGTCAGAGTGCTCTCTGACCTGTAAAATATTTATTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTACAAAGTCAGAGTGCTCTCTGACCTGTAAAATATTTATTTAGA  650

seq1  GTTTTTAATTTTCTTTGTATATGTTCTTATATTTTCTCAATCATTTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAATTTTCTTTGTATATGTTCTTATATTTTCTCAATCATTTACAA  700

seq1  CAAATGTAAGAATGAGCATTAAAATAATTCATAGTGATTTTTAAAAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTAAGAATGAGCATTAAAATAATTCATAGTGATTTTTAAAAGAAT  750

seq1  AGTTAGCTAAAAAGATCTGGAAAACAAGATTATTTGAATCATAAAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCTAAAAAGATCTGGAAAACAAGATTATTTGAATCATAAAAGAAT  800

seq1  TAAATTTTTCTCCCTCAAGGAAATAGTGATTAGGAGGTAAAAGTGAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTTCTCCCTCAAGGAAATAGTGATTAGGAGGTAAAAGTGAGATG  850

seq1  ATGAATAACACAAAAGAGAATTC  873
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAACACAAAAGAGAATTC  873

seq1: chr4_76633201_76634241
seq2: B6Ng01-009M06.g_79_1097

seq1  TTAATACAAGTAATCTCAAGGCCCATATAGAATAAAAGCTGTAAATAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAAGTAATCTCAAGGCCCATATAGAATAAAAGCTGTAAATAGGG  50

seq1  CTCTGTAAATACACACGTGTCACAGGCAAATTGTGGTAGGAAAAGAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAAATACACACGTGTCACAGGCAAATTGTGGTAGGAAAAGAAAGC  100

seq1  AGGCTTAGAACAAATTTATGATTGAGGAAAGTGTTCCTTCTAGGTTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTAGAACAAATTTATGATTGAGGAAAGTGTTCCTTCTAGGTTAGGA  150

seq1  ATGAAATCACTTTCTGGCAATTAAAGTTCATAAACTTGGAATGGGAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCACTTTCTGGCAATTAAAGTTCATAAACTTGGAATGGGAAATT  200

seq1  TATTGTAGGTGCAAGGACAGAAAATAAATGATAGACTAGTCTATCCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAGGTGCAAGGACAGAAAATAAATGATAGACTAGTCTATCCATAT  250

seq1  AAGACTTCAAAATAATAAAACACAAGGCAAGTTGATTTGTCTCTTCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTCAAAATAATAAAACACAAGGCAAGTTGATTTGTCTCTTCACAA  300

seq1  AACTTTGCTAACTTATGATATAAAATTGATGCTTTAAACTTGTAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGCTAACTTATGATATAAAATTGATGCTTTAAACTTGTAATAAAT  350

seq1  GTGTGCACCTAGTAACAAATAATTAATGATTAGTAAGGTACTAGTCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACCTAGTAACAAATAATTAATGATTAGTAAGGTACTAGTCTTAA  400

seq1  TGGAAAGATTGTAAACAATACTGCTGTGATTCAAGTCTTATCAGTCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGATTGTAAACAATACTGCTGTGATTCAAGTCTTATCAGTCTATG  450

seq1  ACATGAACTATTGCTTTAAACTTACTATGAACTTGTGGAATGTAAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAACTATTGCTTTAAACTTACTATGAACTTGTGGAATGTAAAAATA  500

seq1  CTTAGATAATCATGTGATCAATTATCTTGAGAAGGCATAAAACCAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATAATCATGTGATCAATTATCTTGAGAAGGCATAAAACCAATATA  550

seq1  TATAAAGAACTCAAGAAGTTGGACTCCAGAAAAACAAATAACCCTGTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGAACTCAAGAAGTTGGACTCCAGAAAAACAAATAACCCTGTTAA  600

seq1  AAATGGGGTACAGAGCTAAAAAAATGAATTCTCAACTGAGGAATATTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGGTACAGAGCTAAAAAAATGAATTCTCAACTGAGGAATATTGAA  650

seq1  TGACTGAGAAGCACCTAAAAAATATTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGAAGCACCTAAAAAATATTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAA  700

seq1  TGCAAATAAAAACAACCCTGAGATTTCATCTCACACCAATCAGAATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATAAAAACAACCCTGAGATTTCATCTCACACCAATCAGAATGGCT  750

seq1  AAGATAAAAAACTCAGATGACAGGAGATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGATAAAAAACTCAGATGACAGGAGATGCTGGTGAGGATGT-GAGAAAG  799

seq1  AGGAACACTCCTCCATTGCTGGTGGGCCTGCATGCTGGTACAACCACTCT  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-GAACACTCCTCCATTGCTGGTGGGCCTGCATGCTGGTACAA-CACTCT  847

seq1  GGAAATCAGTTTGGCAGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTTCTTCTGGAA  900
      || |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GG-AATCAGTTTGGCAGTT-CTTAGAAAATTGGACATAGTT-TTCTGGAA  894

seq1  GATCCAGCTATACCAGTTCTGAGCATAAACCTAGATGATGCTCCAATATG  950
       || ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||| ||
seq2  AAT-CAGCTATACCAGTTCTGAG-AT-AACCTAGATGATGCCTCAATTTG  941

seq1  TAATAGGGACACATGTTCCACTATGTTCATAGTAGCCTTATTTATAATAG  1000
      |||||||   ||||||| |||||||||| ||||| || ||||||| ||||
seq2  TAATAGG--AACATGTT-CACTATGTTCTTAGTA-CCCTATTTAT-ATAG  986

seq1  CCAGAACCTGGAAATAACCCAGATGTCCCTTAACAGAGGAA  1041
       ||||| |||  |||||||   || |||  | |||||||||
seq2  -CAGAA-CTG--AATAACC--AATTTCC--TTACAGAGGAA  1019