BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009O03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 107,382,527 - 107,566,094
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433743, 4933424M12Rik, 4930430J20Rik, Magoh, 0610037L13Rik
Upstream geneGm1027, BC026682, Acot11, Ssbp3, Mrpl37, 2810410C14Rik, Cdcp2, 2210012G02Rik, Tmem59, LOC546840, Lrrc42, 2900042B11Rik, Dio1, Yipf1, LOC652920, Tmem48, Glis1, Dmrtb1, LOC100039889
Downstream geneCpt2, Slc1a7, Podn, Scp2, Echdc2, Zyg11a, Zyg11b, LOC100040252, 2010305A19Rik, LOC545667, Gpx7, LOC665728, Zcchc11, LOC100040110, Prpf38a, Orc1l, Cc2d1b, Zfyve9, LOC100040326, 3110021N24Rik, Btf3l4, Txndc12, Kti12, Rab3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009O03.bB6Ng01-009O03.g
ACCDH845707DH845708
length9981,059
definitionDH845707|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O03, 5' end.DH845708|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,382,527 - 107,383,533)(107,565,034 - 107,566,094)
sequence
gaattcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatcctcctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgcccggct
catgaatgtctttaggtaacaataatcattgtcgttgtgagcattgtgtc
tgtgtgaaggcttatcatcgaaggcaagtttcatggtgtggttctggctg
tcatgaatgtgaccaacaagatggcttactggattggggcaggggttttc
agactcagtttatgaagttctagttcgttggtttgagttggtgatttgca
aatggctgttgaaataatgttctggagagctgacaacaaagagaacaccc
ggtttaaagacagcatgagctcagactattaagaatcgctccttgggcat
gatttaagcttccattcaatgatttaagctaacattcaatgttttacctt
gcctatgtggcagactagactatgccgtgttgaggtttggtctgcctccc
tagtgctgagattaaaggcatgtgccaccactgcccacctgtgatggttg
gttttaattgacaatgtaacacagtctagcatcacctgagaggagattcc
caaggagggaccgcctacactgagtatgaccatcagaatgtcttaataat
ggtaattacgtggggtcctgggatagatatatgtatgtgaatgaaagtaa
gctgaacatagagacaaaccctttctctcctaaattttttgtcagagtat
ttatcacatgaaatgaaaatagacaccagtctcaaaattatttctggttg
aatacaatgtggaccttctgttaccttgtacctgttggaagatgttctaa
cttcgaaaacctgcagagtaactgcttgcagtggtcagactgatgagcct
ggactagtcaggagcagagaagaacacccttagtaaatgctgccgggctg
ccgaggtattgcaggccactctggaatctgaatgagatcctgccccaa
gaattcctatttcagtctctgtaagaagcaaagttcgcttgcttcatccc
caccccagagagccttaaagccacatacctggggctggaagtcaactggt
tcaaggccccggcactcaaactccactatcgtcttgaacttctcattgtc
ttcagcctggaaaggaagtgtattgaggaggcaggaccaatggagaccac
ctcctccaatgccctctgccctttctaccttgtgggccctaactacacca
ctgagcctagaacaggacccagaacaagttagccctttataaaaacaaaa
cgcctgtcttgggtactgctccagagaggacctctgtagacacaggttgt
gcagaagagtgaggatccttggtcaaccttcctgcatgtcagcagagcag
aggaaacccggcctacttactgtaaggatctgaatcatgcactgagagcc
aagcactgggtcaatgaatggtaagtgaccaagaagacaagaatgctaag
ttacaagggctctagaccgtccacatggtcccagtaagcacaccatggcc
tttggataaccagccaccatgtcaggctggagagatggctcagaggttca
atttccagtggttgttagagatggtagctcataactatctataatgagat
ctggtgccctcttctggcctataggcatacatgcaggcaaaatgctgtat
acatagaaaccctgtctcaaaaaaccaaataaacaaacaaacaaacaaac
aaacaaacaaaacagaaaccaaacatccaccatgtcatgaggaaaggctg
ggtgtatggagagcgcacctcttgggaggtggatagccaggagccctgcc
tacctcacccctgggctcagactgtccagactgtcatcctgtgtactttt
aggaggaaactgcagtattacccagtggatgatgtgaatatggtggacaa
aagattcggagcaagtgagcactgagtttggtgcatgaaagagtaaatcg
cagaaaagtgggttcagtacctggcctttcatcattcaggaggctgaaac
aggagatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_107382527_107383533
seq2: B6Ng01-009O03.b_48_1045

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCTCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCTCCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCCGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCCGGCT  100

seq1  CATGAATGTCTTTAGGTAACAATAATCATTGTCGTTGTGAGCATTGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGTCTTTAGGTAACAATAATCATTGTCGTTGTGAGCATTGTGTC  150

seq1  TGTGTGAAGGCTTATCATCGAAGGCAAGTTTCATGGTGTGGTTCTGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAAGGCTTATCATCGAAGGCAAGTTTCATGGTGTGGTTCTGGCTG  200

seq1  TCATGAATGTGACCAACAAGATGGCTTACTGGATTGGGGCAGGGGTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAATGTGACCAACAAGATGGCTTACTGGATTGGGGCAGGGGTTTTC  250

seq1  AGACTCAGTTTATGAAGTTCTAGTTCGTTGGTTTGAGTTGGTGATTTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGTTTATGAAGTTCTAGTTCGTTGGTTTGAGTTGGTGATTTGCA  300

seq1  AATGGCTGTTGAAATAATGTTCTGGAGAGCTGACAACAAAGAGAACACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTGTTGAAATAATGTTCTGGAGAGCTGACAACAAAGAGAACACCC  350

seq1  GGTTTAAAGACAGCATGAGCTCAGACTATTAAGAATCGCTCCTTGGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAAAGACAGCATGAGCTCAGACTATTAAGAATCGCTCCTTGGGCAT  400

seq1  GATTTAAGCTTCCATTCAATGATTTAAGCTAACATTCAATGTTTTACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAGCTTCCATTCAATGATTTAAGCTAACATTCAATGTTTTACCTT  450

seq1  GCCTATGTGGCAGACTAGACTATGCCGTGTTGAGGTTTGGTCTGCCTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTGGCAGACTAGACTATGCCGTGTTGAGGTTTGGTCTGCCTCCC  500

seq1  TAGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCCACCTGTGATGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCCACCTGTGATGGTTG  550

seq1  GTTTTAATTGACAATGTAACACAGTCTAGCATCACCTGAGAGGAGATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATTGACAATGTAACACAGTCTAGCATCACCTGAGAGGAGATTCC  600

seq1  CAAGGAGGGACCGCCTACACTGAGTATGACCATCAGAATGTCTTAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGGGACCGCCTACACTGAGTATGACCATCAGAATGTCTTAATAAT  650

seq1  GGTAATTACGTGGGGTCCTGGGATAGATATATGTATGTGAATGAAAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTACGTGGGGTCCTGGGATAGATATATGTATGTGAATGAAAGTAA  700

seq1  GCTGAACATAGAGACAAACCCTTTCTCTCCTAAA-TTTTTGTCAGAGTAT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTGAACATAGAGACAAACCCTTTCTCTCCTAAATTTTTTGTCAGAGTAT  750

seq1  TTATCACATGAAATGAAAATAAGACACCAGTCTCAAAATTATTTCTGGTT  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACATGAAATGAAAAT-AGACACCAGTCTCAAAATTATTTCTGGTT  799

seq1  GAATACAATGTGGACCTTCTGTTACCTTGTACCTGTTGGAAGATGTTCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAATGTGGACCTTCTGTTACCTTGTACCTGTTGGAAGATGTTCTA  849

seq1  ACTTCAGAAAACCTGCAGAGTAACTGCTTGCAAGTGGTCAGACTGATGAG  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTTC-GAAAACCTGCAGAGTAACTGCTTGC-AGTGGTCAGACTGATGAG  897

seq1  CCTGGACTAGTCAGGAGCAGAGACAGGAACACCCTTAAGTTAAAATGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||  ||||||||
seq2  CCTGGACTAGTCAGGAGCAGAG--AAGAACACCCTT-AGT--AAATGCTG  942

seq1  CCGGGGCTGCAGAGGGAATTGCAGGCCAGCCTGGAATCTGAATGAGATCC  999
      || ||||||| || || |||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CC-GGGCTGCCGA-GGTATTGCAGGCCACTCTGGAATCTGAATGAGATCC  990

seq1  TGCCCCAA  1007
      ||||||||
seq2  TGCCCCAA  998

seq1: chr4_107565034_107566094
seq2: B6Ng01-009O03.g_69_1127 (reverse)

seq1  TCATACTCCTGTTTCAGCCTCCTGAATGCTGAGAGGCCAGGTACTTGACA  50
      |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||  
seq2  TCAT-CTCCTGTTTCAGCCTCCTGAATGATGAAAGGCCAGGTAC-TGAAC  48

seq1  CCACGTCTCCTGCGTATTTACTCTCTCATGCACC-AACTCAGTGCTCACT  99
      |||| | | ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCAC-TTTTCTGCG-ATTTACTCTTTCATGCACCAAACTCAGTGCTCACT  96

seq1  TGCTCCGTATCTTTTGTCCACCATATCCACATCATCCACTGGGTAATACT  149
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCGAATCTTTTGTCCACCATATTCACATCATCCACTGGGTAATACT  146

seq1  GCAGTTTCCTCCTAAAAGTACACAGGATGACAGTCTGGGCAGTCTGAGCC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCAGTTTCCTCCTAAAAGTACACAGGATGACAGTCTGGACAGTCTGAGCC  196

seq1  CAGGGGTGAGGTAGGCAGGGCTCCTGGCTATCCACCTCCCAAGAGGTGCG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTGAGGTAGGCAGGGCTCCTGGCTATCCACCTCCCAAGAGGTGCG  246

seq1  CTCTCCATACACCCAGCC-TTCCTCATGACATGGTGGATGTTTGGTTTCT  298
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATACACCCAGCCTTTCCTCATGACATGGTGGATGTTTGGTTTCT  296

seq1  GTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATTTGGTTTTTTGAGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATTTGGTTTTTTGAGAC  346

seq1  AGGGTTTCTATGTATACAGCATTTTGCCTGCATGTATGCCTATAGGCCAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTCTATGTATACAGCATTTTGCCTGCATGTATGCCTATAGGCCAG  396

seq1  AAGAGGGCACCAGATCTCATTATAGATAGTTATGAGCTACCATCTCTAAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCACCAGATCTCATTATAGATAGTTATGAGCTACCATCTCTAAC  446

seq1  AACCACTGGAAATTGAACCTCTGAGCCATCTCTCCAGCCTGACATGGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGGAAATTGAACCTCTGAGCCATCTCTCCAGCCTGACATGGTGG  496

seq1  CTGGTTATCCAAAGGCCATGGTGTGCTTACTGGGACCATGTGGACGGTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTATCCAAAGGCCATGGTGTGCTTACTGGGACCATGTGGACGGTCT  546

seq1  AGAGCCCTTGTAACTTAGCATTCTTGTCTTCTTGGTCACTTACCATTCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCTTGTAACTTAGCATTCTTGTCTTCTTGGTCACTTACCATTCAT  596

seq1  TGACCCAGTGCTTGGCTCTCAGTGCATGATTCAGATCCTTACAGTAAGTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGTGCTTGGCTCTCAGTGCATGATTCAGATCCTTACAGTAAGTA  646

seq1  GGCCGGGTTTCCTCTGCTCTGCTGACATGCAGGAAGGTTGACCAAGGATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGGGTTTCCTCTGCTCTGCTGACATGCAGGAAGGTTGACCAAGGATC  696

seq1  CTCACTCTTCTGCACAACCTGTGTCTACAGAGGTCCTCTCTGGAGCAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTTCTGCACAACCTGTGTCTACAGAGGTCCTCTCTGGAGCAGTA  746

seq1  CCCAAGACAGGCGTTTTGTTTTTATAAAGGGCTAACTTGTTCTGGGTCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGACAGGCGTTTTGTTTTTATAAAGGGCTAACTTGTTCTGGGTCCT  796

seq1  GTTCTAGGCTCAGTGGTGTAGTTAGGGCCCACAAGGTAGAAAGGGCAGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAGGCTCAGTGGTGTAGTTAGGGCCCACAAGGTAGAAAGGGCAGAG  846

seq1  GGCATTGGAGGAGGTGGTCTCCATTGGTCCTGCCTCCTCAATACACTTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGGAGGAGGTGGTCTCCATTGGTCCTGCCTCCTCAATACACTTCC  896

seq1  TTTCCAGGCTGAAGACAATGAGAAGTTCAAGACGATAGTGGAGTTTGAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGGCTGAAGACAATGAGAAGTTCAAGACGATAGTGGAGTTTGAGT  946

seq1  GCCGGGGCCTTGAACCAGTTGACTTCCAGCCCCAGGTATGTGGCTTTAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGGCCTTGAACCAGTTGACTTCCAGCCCCAGGTATGTGGCTTTAAG  996

seq1  GCTCTCTGGGGTGGGGATGAAGCAAGCGAACTTTGCTTCTTACAGAGACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGGGGTGGGGATGAAGCAAGCGAACTTTGCTTCTTACAGAGACT  1046

seq1  GAAATAGGAATTC  1061
      |||||||||||||
seq2  GAAATAGGAATTC  1059