BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-014H09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 43,923,740 - 44,118,963
singlet/doubletdoublet
Overlap geneReck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313
Upstream geneN28178, Dnajb5, 1700022I11Rik, Vcp, Fancg, Pigo, Stoml2, B230312A22Rik, Unc13b, 4930417M19Rik, Rusc2, 4833436C18Rik, Tesk1, Cd72, Sit1, Rmrp, LOC622404, E130306D19Rik, Car9, Tpm2, Tln1, Creb3, Gba2, 1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155
Downstream geneOTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk, Pax5, 5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014H09.bB6Ng01-014H09.g
ACCDH848996DH848997
length962439
definitionDH848996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014H09, 5' end.DH848997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014H09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,923,740 - 43,924,698)(44,118,520 - 44,118,963)
sequence
gaattcttagctgcctctctataaacctcttcctgccacccgtcttctct
agcccctttggcaccccctacacacacacctttagatgctggttgggtct
cctggccgtctcctttatgattcccacacccgggcttccagctatgctcc
ctctcccacagtaaatggcatctgttgtgtatttctttgtgtgcttgttt
gcccagcctggattgcaagtgtacagcagcactcctggccactggggttg
tcgctgttgtgatttgagtcattttacttgaatctcatgaagtctaggtg
gccatcttttgtgatcactctgcctccatctgccaagtgctatgtgatga
caggcgtgtgctacacacctggctttggttattttacagatacaaaagca
gtcaccttcaaaggactttgctttgacttgagaaaaattgcattagttat
acaatataggaaggttcttacagatgtgcctactgtatagaaattttgag
atttctgtttcaaagtacacagttattaagtttgctaagtcgcctagctc
tctcttggtttttcagatccaaataataagttaaggcactgtccttatgc
tttctttggtttggccttgctttgtctataaatctgtacaactgcagcac
ggagaggcctttcctgttttctcagcatgggcacgttggacactggggag
gcagctttggtaatgtgacagttttaggtgccttgttgtacgttagcagt
cctgacatgcattaaaacaccagattgtgctcctaaattgtcattacaac
ctgcaatacttgcatgttgcttcttgcacacttccagggttgtgcactac
ataggtagggatgtagttgactagagagttaagttgatgagtgtggacgt
cctgtggtcatggagcacgtgaatgaccccaggtctgtagtcctgctgaa
gtcacgtggtca
attatttattccaggctggcctccaactcatagaggcagagatatgcctg
tctctgcttcctaagcgctgggattaaggcatgggtccctatgctcagca
gttggttgatttttttgagacaagctctcactatgtggctcccactggcc
tgaccatgttaaccttcaactcacagagatccacctgcctttgcctcctg
agtgctgggattaaggagactcccatgcccagcctgttttctgttttttg
gttttttggtttttttggtttgtttttgagacaccagtctcacttgacat
aggctagcctttctgtgtaggttaggatgaccttgatcttgctcttctgg
tttccatagaatgctgcaccagctgcccacagctttttcctttaacacat
gtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_43923740_43924698
seq2: B6Ng01-014H09.b_32_994

seq1  GGAATTCTTAGCTGCCTCTCTATAAACCTCTTCCTGCCACCCGTCTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTTAGCTGCCTCTCTATAAACCTCTTCCTGCCACCCGTCTTCTC  50

seq1  TAGCCCCTTTGGCACCCCCTACACACACACCTTTAGATGCTGGTTGGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCTTTGGCACCCCCTACACACACACCTTTAGATGCTGGTTGGGTC  100

seq1  TCCTGGCCGTCTCCTTTATGATTCCCACACCCGGGCTTCCAGCTATGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCCGTCTCCTTTATGATTCCCACACCCGGGCTTCCAGCTATGCTC  150

seq1  CCTCTCCCACAGTAAATGGCATCTGTTGTGTATTTCTTTGTGTGCTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCACAGTAAATGGCATCTGTTGTGTATTTCTTTGTGTGCTTGTT  200

seq1  TGCCCAGCCTGGATTGCAAGTGTACAGCAGCACTCCTGGCCACTGGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCCTGGATTGCAAGTGTACAGCAGCACTCCTGGCCACTGGGGTT  250

seq1  GTCGCTGTTGTGATTTGAGTCATTTTACTTGAATCTCATGAAGTCTAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCTGTTGTGATTTGAGTCATTTTACTTGAATCTCATGAAGTCTAGGT  300

seq1  GGCCATCTTTTGTGATCACTCTGCCTCCATCTGCCAAGTGCTATGTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTTTTGTGATCACTCTGCCTCCATCTGCCAAGTGCTATGTGATG  350

seq1  ACAGGCGTGTGCTACACACCTGGCTTTGGTTATTTTACAGATACAAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCGTGTGCTACACACCTGGCTTTGGTTATTTTACAGATACAAAAGC  400

seq1  AGTCACCTTCAAAGGACTTTGCTTTGACTTGAGAAAAATTGCATTAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCTTCAAAGGACTTTGCTTTGACTTGAGAAAAATTGCATTAGTTA  450

seq1  TACAATATAGGAAGGTTCTTACAGATGTGCCTACTGTATAGAAATTTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATAGGAAGGTTCTTACAGATGTGCCTACTGTATAGAAATTTTGA  500

seq1  GATTTCTGTTTCAAAGTACACAGTTATTAAGTTTGCTAAGTCGCCTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGTTTCAAAGTACACAGTTATTAAGTTTGCTAAGTCGCCTAGCT  550

seq1  CTCTCTTGGTTTTTCAGATCCAAATAATAAGTTAAGGCACTGTCCTTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGGTTTTTCAGATCCAAATAATAAGTTAAGGCACTGTCCTTATG  600

seq1  CTTTCTTTGGTTTGGCCTTGCTTTGTCTATAAATCTGTACAACTGCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTGGTTTGGCCTTGCTTTGTCTATAAATCTGTACAACTGCAGCA  650

seq1  CGGAGAGGCCTTTCCTGTTTTCTCAGCATGGGCACGTTGGACACTGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAGGCCTTTCCTGTTTTCTCAGCATGGGCACGTTGGACACTGGGGA  700

seq1  GGCAGCTTTGGTAATGTGACAGTTTTAGGTGCCTTGTTGTACGTTAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTTGGTAATGTGACAGTTTTAGGTGCCTTGTTGTACGTTAGCAG  750

seq1  TCCTGACATGCATT-AAACACCAGATTGTGCTCCTAAATTGTCATTACAA  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACATGCATTAAAACACCAGATTGTGCTCCTAAATTGTCATTACAA  800

seq1  CCTGCAATACTTGCATG-TGCTTC-TGCACACTTCCAGGGTTGTGGCACT  847
      ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGCAATACTTGCATGTTGCTTCTTGCACACTTCCAGGGTTGT-GCACT  849

seq1  ACATAGGTAGGGATGTAGTTGACTAGAGAGTTAAGTTGATGAGTGTGACC  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ACATAGGTAGGGATGTAGTTGACTAGAGAGTTAAGTTGATGAGTGTGGAC  899

seq1  GTCATGT-GTCAGTGAGCACGTGAATGACCCCATGTCTGTAGTCCTGCTG  946
      ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGGTCATGGAGCACGTGAATGACCCCAGGTCTGTAGTCCTGCTG  949

seq1  -AGTCACGTGTTCA  959
       ||||||||| |||
seq2  AAGTCACGTGGTCA  963

seq1: chr4_44118520_44118963
seq2: B6Ng01-014H09.g_70_513 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATGTGTTAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACATACATGTGTTAAAGG  50

seq1  AAAAAGCTGTGGGCAGCTGGTGCAGCATTCTATGGAAACCAGAAGAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCTGTGGGCAGCTGGTGCAGCATTCTATGGAAACCAGAAGAGCAA  100

seq1  GATCAAGGTCATCCTAACCTACACAGAAAGGCTAGCCTATGTCAAGTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGGTCATCCTAACCTACACAGAAAGGCTAGCCTATGTCAAGTGAG  150

seq1  ACTGGTGTCTCAAAAACAAACCAAAAAAACCAAAAAACCAAAAAACAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGTCTCAAAAACAAACCAAAAAAACCAAAAAACCAAAAAACAGAA  200

seq1  AACAGGCTGGGCATGGGAGTCTCCTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCTGGGCATGGGAGTCTCCTTAATCCCAGCACTCAGGAGGCAAAG  250

seq1  GCAGGTGGATCTCTGTGAGTTGAAGGTTAACATGGTCAGGCCAGTGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGGATCTCTGTGAGTTGAAGGTTAACATGGTCAGGCCAGTGGGAG  300

seq1  CCACATAGTGAGAGCTTGTCTCAAAAAAATCAACCAACTGCTGAGCATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGTGAGAGCTTGTCTCAAAAAAATCAACCAACTGCTGAGCATAG  350

seq1  GGACCCATGCCTTAATCCCAGCGCTTAGGAAGCAGAGACAGGCATATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCATGCCTTAATCCCAGCGCTTAGGAAGCAGAGACAGGCATATCTC  400

seq1  TGCCTCTATGAGTTGGAGGCCAGCCTGGAATACATAATGAATTC  444
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCCTCTATGAGTTGGAGGCCAGCCTGGAATAAATAATGAATTC  444