BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018L19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 151,275,124 - 151,392,915
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnajc11, Thap3, Phf13, Klhl21
Upstream genePark7, Tnfrsf9, Uts2, Per3, Vamp3, Camta1, LOC100041960
Downstream geneZbtb48, Tas1r1, Nol9, EG666980, Plekhg5, Tnfrsf25, Espn, LOC100043284, Hes2, Acot7, Gpr153, Hes3, Icmt, Rnf207, Rpl22, Chd5, Kcnab2, LOC100042028, Nphp4, LOC667039, Gm833
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018L19.bB6Ng01-018L19.g
ACCDH852053DH852054
length1,023945
definitionDH852053|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L19, 5' end.DH852054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,275,124 - 151,276,143)(151,391,976 - 151,392,915)
sequence
gaattcctcctccccagagataaccctctaaatgctcatattgatagcaa
acggtcagcctttaaaaatatacatatgagcaacactaaacggactccgc
agctgaattgatttgcatatatatgtgtgtaacaacaataattaaagaat
aagagggaataaatttgaaaggggggtacataagtggggttagactccag
agaagcagctcagacatggtgtaattatattttttaaagattaaaaataa
aaggtcaagataaggtgaaaatcatgagtaaagaaatatgggtgttactt
ttaaatctctcctgtggagtagacctcagacccaagcaaagagtagctgg
ttctcctaaccaacgttggtgctgtcctcagagcaagcctgccctccctg
tgcagacagcccaggactcgtcagaaactggttgtctaaaaggaaaaaga
aaaaaaaaaatggttgtgctttaactgagcattatttatcatcggatgcg
tgactaaagaaaacaaactcaggatgtcagacccagcgctcacctccacc
cggagtccttcacccatagggcttcagagtcgcaaaaacagaaagcagaa
gtgaaggaccgtaagggggcgctagcgagccacaggcgctgggctcaacc
ccacagagcagccaggcaggtggggcatacctataaccccagcaccaggt
aggctgaagcaggaggatttctataaattagaggtgcctgggctttgtag
ggagctccaaatcactgagatggcctatctcgatgggagagagagacaca
gagagaaaatataagagatgggaggggcgttctctaggctccacccttta
ctccggagctattggcagtccatagcagctgaagaggaagggttggttgg
gtaatctcctctgaggagttgccactggtaggtcccaatgctctggtgga
tgtccctacattgacctaccagtgggtagcacttagacttaacagattat
cagaggaggaggaagaagaggag
gaattcaaatcctagcaaccacatggtgcctcacaaccacccataatgag
atctgatacctgcttctggtgcgttagaagtcagctacagtgtacttaga
tataataaatctttgggctggagcgagcagggactgagtgaatggagttg
accggagtgagaagaggtcctaaaaattcaatccccaacaaccacatgaa
ggctcacaaccatctgtacagctacagtgtactcacatacataaatcata
aaaaaaaggaaaagttttcactccgcacttacacaccacgtgactttcat
tccatgaagcagctgagatagggcaatgtgcagttactaagctgcctcat
atctgttctggagatgccacaaggttacagggtgcagcacttagcacagg
aggccctccatccatcttcaggggtcctagcctgtttcctttccagccca
ggcaccagcctgccctgcctttagataggctctgaggaaaaagaatgatc
cagcttgaaggcttcgggggttgtggggtgtggagtctcacagcctgtta
gggagcccttcaaagcagtggttctcaactttcctaatgctacaaccctt
ttaacataacccctcttgtagtggtgactccctaaccatagttactttca
tcgtttgttacttcatagctgtaattttgcttctgttatgaactgtaaat
gtaaatgtctgtggttttcagtctttttggggttcaccacctaggtaccc
ctcccagcacagagtccatctttatgggcaggagcctgcctttgggtagc
atgccatgttttcaccactgacgtaagatagggcctcaaaggctgtgagg
caagctccctcagatgctggggctccccaacttacatcttgccgacactg
catctctagtagatccttccctacacacctgcctttcacaccatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_151275124_151276143
seq2: B6Ng01-018L19.b_44_1066

seq1  GAATTCCTCCTCCCCAGAGATAACCCTCTAAATGCTCATATTGATAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTCCCCAGAGATAACCCTCTAAATGCTCATATTGATAGCAA  50

seq1  ACGGTCAGCCTTTAAAAATATACATATGAGCAACACTAAACGGACTCCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTCAGCCTTTAAAAATATACATATGAGCAACACTAAACGGACTCCGC  100

seq1  AGCTGAATTGATTTGCATATATATGTGTGTAACAACAATAATTAAAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATTGATTTGCATATATATGTGTGTAACAACAATAATTAAAGAAT  150

seq1  AAGAGGGAATAAATTTGAAAGGGGGGTACATAAGTGGGGTTAGACTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAATAAATTTGAAAGGGGGGTACATAAGTGGGGTTAGACTCCAG  200

seq1  AGAAGCAGCTCAGACATGGTGTAATTATATTTTTTAAAGATTAAAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGCTCAGACATGGTGTAATTATATTTTTTAAAGATTAAAAATAA  250

seq1  AAGGTCAAGATAAGGTGAAAATCATGAGTAAAGAAATATGGGTGTTACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAAGATAAGGTGAAAATCATGAGTAAAGAAATATGGGTGTTACTT  300

seq1  TTAAATCTCTCCTGTGGAGTAGACCTCAGACCCAAGCAAAGAGTAGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCTCTCCTGTGGAGTAGACCTCAGACCCAAGCAAAGAGTAGCTGG  350

seq1  TTCTCCTAACCAACGTTGGTGCTGTCCTCAGAGCAAGCCTGCCCTCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAACCAACGTTGGTGCTGTCCTCAGAGCAAGCCTGCCCTCCCTG  400

seq1  TGCAGACAGCCCAGGACTCGTCAGAAACTGGTTGTCTAAAAGGAAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACAGCCCAGGACTCGTCAGAAACTGGTTGTCTAAAAGGAAAAAGA  450

seq1  AAAAAAAAAATGGTTGTGCTTTAACTGAGCATTATTTATCATCGGATGCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATGGTTGTGCTTTAACTGAGCATTATTTATCATCGGATGCG  500

seq1  TGACTAAAGAAAACAAACTCAGGATGTCAGACCCAGCGCTCACCTCCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAAGAAAACAAACTCAGGATGTCAGACCCAGCGCTCACCTCCACC  550

seq1  CGGAGTCCTTCACCCATAGGGCTTCAGAGTCGCAAAAACAGAAAGCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGTCCTTCACCCATAGGGCTTCAGAGTCGCAAAAACAGAAAGCAGAA  600

seq1  GTGAAGGACCGTAAGGGGGCGCTAGCGAGCCACAGGCGCTGGGCTCAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGACCGTAAGGGGGCGCTAGCGAGCCACAGGCGCTGGGCTCAACC  650

seq1  CCACAGAGCAGCCAGGCAGGTGGGGCATACCTATAACCCCAGCACCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGCAGCCAGGCAGGTGGGGCATACCTATAACCCCAGCACCAGGT  700

seq1  AGGCTGAAGCAGGAGGATTTCTATAAATTAGAGGTGCCTGGGCTTTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAAGCAGGAGGATTTCTATAAATTAGAGGTGCCTGGGCTTTGTAG  750

seq1  GGAGCTCCAAATCACTGAGATGGCCTATCTCGATGGGAGAGAGAGACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCCAAATCACTGAGATGGCCTATCTCGATGGGAGAGAGAGACACA  800

seq1  GAGAGAAAATATAAGAGATGGGAGGGGCGTTCTCTAGGCTCCACCCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAAATATAAGAGATGGGAGGGGCGTTCTCTAGGCTCCACCCTTTA  850

seq1  CTCCGGAGCTATTGGCAGTCCATAGCAGCTGAAGAGGAAGGG-TGGGTGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  CTCCGGAGCTATTGGCAGTCCATAGCAGCTGAAGAGGAAGGGTTGGTTGG  900

seq1  GTAATCTCCTCTGAGGAGTGGCCACTGGTAGGTTCCCAATGCTCTGGTGG  949
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTAATCTCCTCTGAGGAGTTGCCACTGGTAGG-TCCCAATGCTCTGGTGG  949

seq1  ATGTCCCTACATTGACCTACAGGTGGGTAGCACTAAGACTTAACAGATTA  999
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGTCCCTACATTGACCTACCAGTGGGTAGCACTTAGACTTAACAGATTA  999

seq1  TCAGAGGAGGAGGAGGAGGAG---  1020
      |||||||||||||| || |||   
seq2  TCAGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAG  1023

seq1: chr4_151391976_151392915
seq2: B6Ng01-018L19.g_69_1013 (reverse)

seq1  CTTGGTGTGAGAGGCAGGTGTGGTGGGAAGGATCTAGCTAGGGATGCGGT  50
      | |||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||| ||||| ||
seq2  CATGGTGTGAAAGGCAGGTGTGTAGGGAAGGATCTA-CTAGAGATGCAGT  49

seq1  GTCGGC-AGATGTAAGTTTGGGGAG-CCCAGCATCTGAGGGAGCTTGCCT  98
      |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCAAGATGTAAG-TTGGGGAGCCCCAGCATCTGAGGGAGCTTGCCT  98

seq1  CACAGCCTTTGAGGCCCTTTCTTACGTCAGTGGTG-AAACATGGCATGCT  147
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACAGCCTTTGAGGCCCTATCTTACGTCAGTGGTGAAAACATGGCATGCT  148

seq1  ACCCAAAGGCAGGCTCCTGCCCATAAAGATGGACTCTGTGCTGGGA-GGG  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCCAAAGGCAGGCTCCTGCCCATAAAGATGGACTCTGTGCTGGGAGGGG  198

seq1  TACCTAGGTGGTGAACCCC-AAAAGACTGAAAACCACAGACATTTACATT  245
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGTGGTGAACCCCAAAAAGACTGAAAACCACAGACATTTACATT  248

seq1  TACAGTTCATAACAGAAGCAAAATTACAGCTATGAAGTAAC-AACGATGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TACAGTTCATAACAGAAGCAAAATTACAGCTATGAAGTAACAAACGATGA  298

seq1  AAGTAACTATGGTTAGGGAGTCACCACTACAAGAGGGGTTATGTT-AAAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGTAACTATGGTTAGGGAGTCACCACTACAAGAGGGGTTATGTTAAAAG  348

seq1  GGTTGTAGCATTAGGAAAGTTGAGAACCACTGCTTTGAAGGGCTCCCTAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTAGCATTAGGAAAGTTGAGAACCACTGCTTTGAAGGGCTCCCTAA  398

seq1  CAGGCTGTGAGACTCCACACCCCACAACCCCCGAAGCCTTCAAGCTGGAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTGAGACTCCACACCCCACAACCCCCGAAGCCTTCAAGCTGGAT  448

seq1  CATTCTTTTTCCTCAGAGCCTATCTAAAGGCAGGGCAGGCTGGTGCCTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTTTCCTCAGAGCCTATCTAAAGGCAGGGCAGGCTGGTGCCTGG  498

seq1  GCTGGAAAGGAAACAGGCTAGGACCCCTGAAGATGGATGGAGGGCCTCCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAAGGAAACAGGCTAGGACCCCTGAAGATGGATGGAGGGCCTCCT  548

seq1  GTGCTAAGTGCTGCACCCTGTAACCTTGTGGCATCTCCAGAACAGATATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAGTGCTGCACCCTGTAACCTTGTGGCATCTCCAGAACAGATATG  598

seq1  AGGCAGCTTAGTAACTGCACATTGCCCTATCTCAGCTGCTTCATGGAATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCTTAGTAACTGCACATTGCCCTATCTCAGCTGCTTCATGGAATG  648

seq1  AAAGTCACGTGGTGTGTAAGTGCGGAGTGAAAACTTTTCCTTTTTTTTAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCACGTGGTGTGTAAGTGCGGAGTGAAAACTTTTCCTTTTTTTTAT  698

seq1  GATTTATGTATGTGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATGTATGTGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTC  748

seq1  ATGTGGTTGTTGGGGATTGAATTTTTAGGACCTCTTCTCACTCCGGTCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTTGTTGGGGATTGAATTTTTAGGACCTCTTCTCACTCCGGTCAA  798

seq1  CTCCATTCACTCAGTCCCTGCTCGCTCCAGCCCAAAGATTTATTATATCT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTCACTCAGTCCCTGCTCGCTCCAGCCCAAAGATTTATTATATCT  848

seq1  AAGTACACTGTAGCTGACTTCTAACGCACCAGAAGCAGGTATCAGATCTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACACTGTAGCTGACTTCTAACGCACCAGAAGCAGGTATCAGATCTC  898

seq1  ATTATGGGTGGTTGTGAGGCACCATGTGGTTGCTAGGATTTGAATTC  940
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGGTGGTTGTGAGGCACCATGTGGTTGCTAGGATTTGAATTC  945