BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020K18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,492,366 - 153,632,850
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6
Upstream geneLOC100042089, Ajap1, BC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27
Downstream geneArhgef16, Prdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020K18.bB6Ng01-020K18.g
ACCDH853405DH853406
length8871,041
definitionDH853405|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020K18, 5' end.DH853406|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,492,366 - 153,493,254)(153,631,788 - 153,632,850)
sequence
gaattcaacaagtgtttctgcacatctctctcgaatgaggccaaggttga
agatctgctgtcactgtacaccgggcccaagatggtgtctaggtgctgac
tttaaagatatcctctgtgcattcccatggacagcagagagagcttgtga
acgaacacacacgcgagtgctcatgaatacaaagctgaggtggtgcttgg
tggcttcaaaccacgtgtgcctcttctcacacgggactgggggtggcgat
ggcagggggggggacagctaaattggttcaactgaacatatgagaccatg
ggtctcccccattccacagaggctgctggaaggactggcttccattcctc
ttagctattctaagcaaccagttcttccatcttagaaatacctgcgtaat
gactgcttgtggcggcactgggttgcctgcctgattaattgtgcaggatg
atcagggtcgtcctagccctgaagcaggaggaagaactccagggagtggg
ggggctggttagaacgtggttgccttagggagcaggtttgcccagctagc
tcagtcctcagccactctgagcttccaatagagacatccacatcatgctt
aagtggcaacggtcagggcccccaaagccccagcgtcaatatttactcac
gtccgagactgaagggctgcctttgtgggcccaactcctgctcagaaaaa
cagaggacacgcccttcagaggtcagaggctgccctggctgacagccaag
gccagggaggttggcagatggaggctcagttaagactccctgccctccca
acctgcttgacattgccagagcacctgtctttgtctcatctgactcttcc
atccgggccgtcggcctctcatcctcaactcagtgag
gaattctagcccgtggcctggagacttagggctaagaaccagggtctgca
tagctgataggctatccctaggtcggaccactttccagttaggacaaccc
tggctttctcctctcaagcatctttcacagatatcaaacactaccatcac
cctctctttctccgctaagccaccattcccttccttccctgagagtccgt
gtaacagagacaggaactctgccaggggctgggaagttggttttgttcca
caagccaagatcaatgtcccagaagcttcctgggacgtcctgtcttgctt
gcctgcactaccaggtgtgagctaagagtcacaccagtctagggtcagtg
caccagatacctagaggccaacacagcagtgatataggcctccagctgat
atgtaactgcaagtcaactcatctatagaggctaccataatgctcccagc
acagtgtgaagcagtacaaagcaggtgttcccatatatatagacagatgt
agtagaactcaccaaggtgacagaaacggccatagaggcctgggtcacag
aggcaggccccatagaggcggtggcaccggccccggttagcacagtggca
tttcttacgacagtgtttgccgtagaagcccttggggcagcctgtgggga
acagtttaaagagaatcaagaagttggcccacccacacatggtcctcaga
tgaagacacacttagaggcctagtatccaggtcaggagacaggagcagcc
atgtccaatggacacaagctgaacttcctgatgaggcctgttagctgggc
tggccagtccctcagagccagcagcactgtgcacactcaccagcccgcaa
aactctaagtgtcctgaccctgacccacacagaatgtagagcccaacctc
tccacccagaggaaagttccaggctcacctgtcagaccacaccaggcctg
ggagctcagcttaagctgcccttgtcctctgctctgcctgccattgtctc
tacaaagggaataagatagttgatcctcaagctgcaggtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_153492366_153493254
seq2: B6Ng01-020K18.b_41_927

seq1  GAATTCAACAAGTGTTTCTGCACATCTCTCTCGAATGAGGCCAAGGTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAAGTGTTTCTGCACATCTCTCTCGAATGAGGCCAAGGTTGA  50

seq1  AGATCTGCTGTCACTGTACACCGGGCCCAAGATGGTGTCTAGGTGCTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGCTGTCACTGTACACCGGGCCCAAGATGGTGTCTAGGTGCTGAC  100

seq1  TTTAAAGATATCCTCTGTGCATTCCCATGGACAGCAGAGAGAGCTTGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGATATCCTCTGTGCATTCCCATGGACAGCAGAGAGAGCTTGTGA  150

seq1  ACGAACACACACGCGAGTGCTCATGAATACAAAGCTGAGGTGGTGCTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAACACACACGCGAGTGCTCATGAATACAAAGCTGAGGTGGTGCTTGG  200

seq1  TGGCTTCAAACCACGTGTGCCTCTTCTCACACGGGACTGGGGGTGGCGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCAAACCACGTGTGCCTCTTCTCACACGGGACTGGGGGTGGCGAT  250

seq1  GGCAGGGGGGGGGACAGCTAAATTGGTTCAACTGAACATATGAGACCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGGGGGGACAGCTAAATTGGTTCAACTGAACATATGAGACCATG  300

seq1  GGTCTCCCCCATTCCACAGAGGCTGCTGGAAGGACTGGCTTCCATTCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCCCCATTCCACAGAGGCTGCTGGAAGGACTGGCTTCCATTCCTC  350

seq1  TTAGCTATTCTAAGCAACCAGTTCTTCCATCTTAGAAATACCTGCGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTATTCTAAGCAACCAGTTCTTCCATCTTAGAAATACCTGCGTAAT  400

seq1  GACTGCTTGTGGCGGCACTGGGTTGCCTGCCTGATTAATTGTGCAGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTTGTGGCGGCACTGGGTTGCCTGCCTGATTAATTGTGCAGGATG  450

seq1  ATCAGGGTCGTCCTAGCCCTGAAGCAGGAGGAAGAACTCCAGGGAGTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGTCGTCCTAGCCCTGAAGCAGGAGGAAGAACTCCAGGGAGTGGG  500

seq1  GGGGCTGGTTAGAACGTGGTTGCCTTAGGGAGCAGGTTTGCCCAGCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGTTAGAACGTGGTTGCCTTAGGGAGCAGGTTTGCCCAGCTAGC  550

seq1  TCAGTCCTCAGCCACTCTGAGCTTCCAATAGAGACATCCACATCATGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTCAGCCACTCTGAGCTTCCAATAGAGACATCCACATCATGCTT  600

seq1  AAGTGGCAACGGTCAGGGCCCCCAAAGCCCCAGCGTCAATATTTACTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCAACGGTCAGGGCCCCCAAAGCCCCAGCGTCAATATTTACTCAC  650

seq1  GTCCGAGACTGAAGGGCTGCCTTTGTGGGCCCAACTCCTGCTCAGAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGAGACTGAAGGGCTGCCTTTGTGGGCCCAACTCCTGCTCAGAAAAA  700

seq1  CAGAGGACACGCCCTTCAGAGGTCAGAGGCTGCCCTGGCTGACAGCCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACACGCCCTTCAGAGGTCAGAGGCTGCCCTGGCTGACAGCCAAG  750

seq1  GCCAGGGAGGTTGGCAGATGGAGGCCCAGTTAAGACTCCCTGCCCTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGAGGTTGGCAGATGGAGGCTCAGTTAAGACTCCCTGCCCTCCCA  800

seq1  ACCTGCTTGACATTGCCAGAGCACCTGTTCTTTGTCTCATCTGACTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTGACATTGCCAGAGCACCTG-TCTTTGTCTCATCTGACTCTTC  849

seq1  CATCCGGGCCGTCGGCGCTCTCATCCTCAACTCAGTGAG  889
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGGGCCGTCGGC-CTCTCATCCTCAACTCAGTGAG  887

seq1: chr4_153631788_153632850
seq2: B6Ng01-020K18.g_69_1109 (reverse)

seq1  GGACCTGGCAGCTTTTGAGGATTCAACTATCTATATCCCTTTTGGTAGAG  50
      |||||| |||||  ||||||| ||||||||||   |||||||  ||||||
seq2  GGACCT-GCAGC--TTGAGGA-TCAACTATCTTATTCCCTTT--GTAGAG  44

seq1  ACATGGGGCAGGGCAGAGCCAGAGGGACAAGGGCAGCTTTAGCCCTGAGG  100
      |||   |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||  ||||| 
seq2  ACA-ATGGCA-GGCAGAG-CAGA-GGACAAGGGCAGCTTAAG--CTGAG-  87

seq1  CCTCCCAGGCCTGGGTGTGGTCCTGACCAGGTGAGGCCTTGGAACTTTCC  150
       ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||  | ||||||||| |
seq2  -CTCCCAGGCCT-GGTGTGGT-CTGA-CAGGTGAG--CCTGGAACTTT-C  130

seq1  CTCTGGGGTGGAGAGGTTGGGCTCTACATTCTGTGTGGGTCAGGGGTCAG  200
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTCT-GGGTGGAGAGGTTGGGCTCTACATTCTGTGTGGGTCA-GGGTCAG  178

seq1  GACACTTAGAGTTTTGCGGGCTGGTGAGTGTGCACAGTGCTGCTGGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTAGAGTTTTGCGGGCTGGTGAGTGTGCACAGTGCTGCTGGCTCT  228

seq1  GAGGGACTGGCCAGCCCAGCTAACAGGCCTCATCAGGAAGTTCAGCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACTGGCCAGCCCAGCTAACAGGCCTCATCAGGAAGTTCAGCTTGT  278

seq1  GTCCATTGGACATGGCTGCTCCTGTCTCCTGACCTGGATACTAGGCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGGACATGGCTGCTCCTGTCTCCTGACCTGGATACTAGGCCTCT  328

seq1  AAGTGTGTCTTCATCTGAGGACCATGTGTGGGTGGGCCAACTTCTTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTCTTCATCTGAGGACCATGTGTGGGTGGGCCAACTTCTTGATT  378

seq1  CTCTTTAAACTGTTCCCCACAGGCTGCCCCAAGGGCTTCTACGGCAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAAACTGTTCCCCACAGGCTGCCCCAAGGGCTTCTACGGCAAACA  428

seq1  CTGTCGTAAGAAATGCCACTGTGCTAACCGGGGCCGGTGCCACCGCCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGTAAGAAATGCCACTGTGCTAACCGGGGCCGGTGCCACCGCCTCT  478

seq1  ATGGGGCCTGCCTCTGTGACCCAGGCCTCTATGGCCGTTTCTGTCACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCCTGCCTCTGTGACCCAGGCCTCTATGGCCGTTTCTGTCACCTT  528

seq1  GGTGAGTTCTACTACATCTGTCTATATATATGGGAACACCTGCTTTGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTTCTACTACATCTGTCTATATATATGGGAACACCTGCTTTGTAC  578

seq1  TGCTTCACACTGTGCTGGGAGCATTATGGTAGCCTCTATAGATGAGTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCACACTGTGCTGGGAGCATTATGGTAGCCTCTATAGATGAGTTGA  628

seq1  CTTGCAGTTACATATCAGCTGGAGGCCTATATCACTGCTGTGTTGGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGTTACATATCAGCTGGAGGCCTATATCACTGCTGTGTTGGCCTC  678

seq1  TAGGTATCTGGTGCACTGACCCTAGACTGGTGTGACTCTTAGCTCACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATCTGGTGCACTGACCCTAGACTGGTGTGACTCTTAGCTCACACC  728

seq1  TGGTAGTGCAGGCAAGCAAGACAGGACGTCCCAGGAAGCTTCTGGGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGCAGGCAAGCAAGACAGGACGTCCCAGGAAGCTTCTGGGACAT  778

seq1  TGATCTTGGCTTGTGGAACAAAACCAACTTCCCAGCCCCTGGCAGAGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTGGCTTGTGGAACAAAACCAACTTCCCAGCCCCTGGCAGAGTTC  828

seq1  CTGTCTCTGTTACACGGACTCTCAGGGAAGGAAGGGAATGGTGGCTTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGTTACACGGACTCTCAGGGAAGGAAGGGAATGGTGGCTTAGC  878

seq1  GGAGAAAGAGAGGGTGATGGTAGTGTTTGATATCTGTGAAAGATGCTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGAGAGGGTGATGGTAGTGTTTGATATCTGTGAAAGATGCTTGA  928

seq1  GAGGAGAAAGCCAGGGTTGTCCTAACTGGAAAGTGGTCCGACCTAGGGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAAGCCAGGGTTGTCCTAACTGGAAAGTGGTCCGACCTAGGGAT  978

seq1  AGCCTATCAGCTATGCAGACCCTGGTTCTTAGCCCTAAGTCTCCAGGCCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATCAGCTATGCAGACCCTGGTTCTTAGCCCTAAGTCTCCAGGCCA  1028

seq1  CGGGCTAGAATTC  1063
      |||||||||||||
seq2  CGGGCTAGAATTC  1041