BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027F11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 87,646,268 - 87,821,587
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMllt3, BC057079
Upstream geneSlc24a2
Downstream genePtplad2, Ifnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12, C87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027F11.bB6Ng01-027F11.g
ACCDH858110DH858111
length981782
definitionDH858110|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F11, 5' end.DH858111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,820,606 - 87,821,587)(87,646,268 - 87,647,036)
sequence
gaattcattttaattaacttttctctgccttgattacaggaaagcacatt
tatgagccacagaggaaagagtcactccagtcactccttgctaatacaga
cttaaaacaggtcatctgtgactcaaagtgatcactttgaaatatatcct
cagattccttccatcagccaagcagcatggcgctcagatccccacaaatg
gcctgaccttgatcttggaatgggatagcctgacaaatgaaccaccacac
tagaatcacggcacaccggcaactgtgtgccttttaatctgcagccataa
caatagtaactaaaatttctctctccccgtcaactcccttggcactttac
tcatgactctggatcccatggtccatcatcgacagggaattatgagaagt
ggcttattagctcatttcttacactgtgtgtggctttccaaacagcaagt
gcaaggactgccagtggttcccacgggataggtggaactcaagtagcact
tagcaggctgagttgtgcatccacacaggcacactttttgttcagtttgc
cagaggtgttttagtttatcctgttctgtttttcttctaattcttagtac
ccagcagaaagagatcaaagattctcttctctaatgattcttaaaggagt
tttcattgctactaatctcaaagtagacagtattgatttatacttcagtg
aatactgtacataccattaaatctggacttttttagtgccaccatttcta
gacagtttgcccagtttctccaatcaatcacctaggatcaagaagtacca
agtataaactaacaattaacaagccttgactgggcatcgagggagggatg
aacagtgagggccttacctgcaagcatggaagcatgctacagcacatctg
aagggtgctctgctcccgtactgacagctgcgcttcctcacagacacctc
tgggctgagaagattttgagcagcgacagtc
gaattcaattcacttgtctgagagtcacatgtctgttctaccattctaag
attaagaatcagctctgactgagtgcactcacatgcatatgatcatctga
attatgggtagcctaacactccctgaaaaaaaaaggtgagcctaagacaa
ccacgaagatctggcactgcacaggcttggcgggcagatcatcttcaaga
tgacccctgtctggcaccatataacacacaagcacagcatagcactcctg
agaccacatctgagaagaccctgggagccactaagatgaccaagcaagtg
gtggagaaatggaaaagagaaacagaaggatgtgtgcccaatgcagaact
ggagggtagtaaggaacagcgtgatgtgagtagccggtgatgccacctgg
gactatggtggggtcctggtctgtgctgccaccagcagtcacatctgggc
tcatgaccttgcagcagtgggggtctgctaccaccaaaggccaggacatc
cctggtttgggctgccaccagggtacatgctgatgtctgagggctatgca
gatgtgggatagatgtgctgtagatgtggggattagaggtgagctcgccc
cagagaatgagtatgggagagctggctctgcctcttatctgcagagtggt
ggcttagttgagagaaaaagacacccttctccttcccttgacatttatgg
caggcaaggagagctggctctggagtcatgagaatgggagaactagacat
gttcctcaccagtgcagcactcgaagagtagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_87820606_87821587
seq2: B6Ng01-027F11.b_43_1023 (reverse)

seq1  GACTGTCGCTGCTCAAAGTCTTACTTCAGCCCAGAGGTGTCTGTGAGGAA  50
      ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCGCTGCTCAAAATCTT--CTCAGCCCAGAGGTGTCTGTGAGGAA  48

seq1  GCGCAGCTGTCAGTACGGGAGCAGAGCACCCTTCAGCTGTGCTGTAGCAT  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCGCAGCTGTCAGTACGGGAGCAGAGCACCCTTCAGATGTGCTGTAGCAT  98

seq1  GCTTCCATGCTTGCAGGTAAGGCCCTCACTGTTCATCCCTCCCTCGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATGCTTGCAGGTAAGGCCCTCACTGTTCATCCCTCCCTCGATGC  148

seq1  CCAGTC-AGGCTTGTTAATTGTTAGTTTATACTTGGTACTTCTTGATCCT  199
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAAGGCTTGTTAATTGTTAGTTTATACTTGGTACTTCTTGATCCT  198

seq1  AGGTGATTGATTGGAGAAACTGGGCAAACTGTCTAGAAATGGTGGCACTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATTGATTGGAGAAACTGGGCAAACTGTCTAGAAATGGTGGCACTA  248

seq1  AAAAAGTCCAGATTTAATGGTATGTACAGTATTCACTGAAGTATAAATCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTCCAGATTTAATGGTATGTACAGTATTCACTGAAGTATAAATCA  298

seq1  ATACTGTCTACTTTGAGATTAGTAGCAATGAAAACTCCTTTAAGAATCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGTCTACTTTGAGATTAGTAGCAATGAAAACTCCTTTAAGAATCAT  348

seq1  TAGAGAAGAGAATCTTTGATCTCTTTCTGCTGGGTACTAAGAATTAGAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGAGAATCTTTGATCTCTTTCTGCTGGGTACTAAGAATTAGAAG  398

seq1  AAAAACAGAACAGGATAAACTAAAACACCTCTGGCAAACTGAACAAAAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGAACAGGATAAACTAAAACACCTCTGGCAAACTGAACAAAAAG  448

seq1  TGTGCCTGTGTGGATGCACAACTCAGCCTGCTAAGTGCTACTTGAGTTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGTGTGGATGCACAACTCAGCCTGCTAAGTGCTACTTGAGTTCC  498

seq1  ACCTATCCCGTGGGAACCACTGGCAGTCCTTGCACTTGCTGTTTGGAAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCCCGTGGGAACCACTGGCAGTCCTTGCACTTGCTGTTTGGAAAG  548

seq1  CCACACACAGTGTAAGAAATGAGCTAATAAGCCACTTCTCATAATTCCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACAGTGTAAGAAATGAGCTAATAAGCCACTTCTCATAATTCCCT  598

seq1  GTCGATGATGGACCATGGGATCCAGAGTCATGAGTAAAGTGCCAAGGGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGATGATGGACCATGGGATCCAGAGTCATGAGTAAAGTGCCAAGGGAG  648

seq1  TTGACGGGGAGAGAGAAATTTTAGTTACTATTGTTATGGCTGCAGATTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGGGGAGAGAGAAATTTTAGTTACTATTGTTATGGCTGCAGATTAA  698

seq1  AAGGCACACAGTTGCCGGTGTGCCGTGATTCTAGTGTGGTGGTTCATTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACACAGTTGCCGGTGTGCCGTGATTCTAGTGTGGTGGTTCATTTG  748

seq1  TCAGGCTATCCCATTCCAAGATCAAGGTCAGGCCATTTGTGGGGATCTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTATCCCATTCCAAGATCAAGGTCAGGCCATTTGTGGGGATCTGA  798

seq1  GCGCCATGCTGCTTGGCTGATGGAAGGAATCTGAGGATATATTTCAAAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCATGCTGCTTGGCTGATGGAAGGAATCTGAGGATATATTTCAAAGT  848

seq1  GATCACTTTGAGTCACAGATGACCTGTTTTAAGTCTGTATTAGCAAGGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTTTGAGTCACAGATGACCTGTTTTAAGTCTGTATTAGCAAGGAG  898

seq1  TGACTGGAGTGACTCTTTCCTCTGTGGCTCATAAATGTGCTTTCCTGTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGAGTGACTCTTTCCTCTGTGGCTCATAAATGTGCTTTCCTGTAA  948

seq1  TCAAGGCAGAGAAAAGTTAATTAAAATGAATTC  982
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAGAGAAAAGTTAATTAAAATGAATTC  981

seq1: chr4_87646268_87647036
seq2: B6Ng01-027F11.g_66_834

seq1  GAATTCAATTCACTTGTCTGAGAGTCACATGTCTGTTCTACCATTCTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCACTTGTCTGAGAGTCACATGTCTGTTCTACCATTCTAAG  50

seq1  ATTAAGAATCAGCTCTGACTGAGTGCACTCACATGCATATGATCATCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAATCAGCTCTGACTGAGTGCACTCACATGCATATGATCATCTGA  100

seq1  ATTATGGGTAGCCTAACACTCCCTGAAAAAAAAAGGTGAGCCTAAGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGGTAGCCTAACACTCCCTGAAAAAAAAAGGTGAGCCTAAGACAA  150

seq1  CCACGAAGATCTGGCACTGCACAGGCTTGGCGGGCAGATCATCTTCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGAAGATCTGGCACTGCACAGGCTTGGCGGGCAGATCATCTTCAAGA  200

seq1  TGACCCCTGTCTGGCACCATATAACACACAAGCACAGCATAGCACTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCTGTCTGGCACCATATAACACACAAGCACAGCATAGCACTCCTG  250

seq1  AGACCACATCTGAGAAGACCCTGGGAGCCACTAAGATGACCAAGCAAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACATCTGAGAAGACCCTGGGAGCCACTAAGATGACCAAGCAAGTG  300

seq1  GTGGAGAAATGGAAAAGAGAAACAGAAGGATGTGTGCCCAATGCAGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAAATGGAAAAGAGAAACAGAAGGATGTGTGCCCAATGCAGAACT  350

seq1  GGAGGGTAGTAAGGAACAGCGTGATGTGAGTAGCCGGTGATGCCACCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTAGTAAGGAACAGCGTGATGTGAGTAGCCGGTGATGCCACCTGG  400

seq1  GACTATGGTGGGGTCCTGGTCTGTGCTGCCACCAGCAGTCACATCTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGGTGGGGTCCTGGTCTGTGCTGCCACCAGCAGTCACATCTGGGC  450

seq1  TCATGACCTTGCAGCAGTGGGGGTCTGCTACCACCAAAGGCCAGGACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTTGCAGCAGTGGGGGTCTGCTACCACCAAAGGCCAGGACATC  500

seq1  CCTGGTTTGGGCTGCCACCAGGGTACATGCTGATGTCTGAGGGCTATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTTGGGCTGCCACCAGGGTACATGCTGATGTCTGAGGGCTATGCA  550

seq1  GATGTGGGATAGATGTGCTGTAGATGTGGGGATTAGAGGTGAGCTCGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGGATAGATGTGCTGTAGATGTGGGGATTAGAGGTGAGCTCGCCC  600

seq1  CAGAGAATGAGTATGGGAGAGCTGGCTCTGCCTCTTATCTGCAGAGTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGAGTATGGGAGAGCTGGCTCTGCCTCTTATCTGCAGAGTGGT  650

seq1  GGCTTAGTTGAGAGAAAAAGACACCCTTCTCCTTCCCTTGACATTTATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGTTGAGAGAAAAAGACACCCTTCTCCTTCCCTTGACATTTATGG  700

seq1  CAGGC-AGGAGAGCTGGCTCTGGAGTCATGAGAATGGGAGAACTAGACAT  749
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAGGAGAGCTGGCTCTGGAGTCATGAGAATGGGAGAACTAGACAT  750

seq1  GTCCCTCACCAGCTGCAGCA  769
      || ||||||||| |||||||
seq2  GTTCCTCACCAG-TGCAGCA  769