BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-028I19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 79,344,188 - 79,478,467
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040026, LOC100040036, LOC667922
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028I19.bB6Ng01-028I19.g
ACCDH858997DH858998
length1,1511,121
definitionDH858997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I19, 5' end.DH858998|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,344,188 - 79,345,366)(79,477,328 - 79,478,467)
sequence
gaattcagatccagaaagtttaatagtaattactacaaaaatgatcatta
aactgaagttcattttctcttagtttgcccagaacaatcatttatgtgta
tttttgaagttctttatgaacattatagataatttgtcagtctggaaaac
atatggagtttattaacttacagaaatatttaagcaagcaaacatggcaa
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ttaatactactaataaatatactcacatatactcccagaaaaagataatt
tactgattcattatccacataagctaccaggatggatcactaagagaaag
gattctggacgaaagaaaattgctattcctttatataaaactttttcagt
tatttagaggtataaaacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_79344188_79345366
seq2: B6Ng01-028I19.b_46_1196

seq1  GAATTCAGATCCAGAAAGTTTAATAGTAATTACTACAAAAATGATCATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCCAGAAAGTTTAATAGTAATTACTACAAAAATGATCATTA  50

seq1  AACTGAAGTTCATTTTCTCTTAGTTTGCCCAGAACAATCATTTATGTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTTTGAAGTTCTTTATGAACATTATAGATAATTTGTCAGTCTGGAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAAGTTCTTTATGAACATTATAGATAATTTGTCAGTCTGGAAAAC  150

seq1  ATATGGAGTTTATTAACTTACAGAAATATTTAAGCAAGCAAACATGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGTTTATTAACTTACAGAAATATTTAAGCAAGCAAACATGGCAA  200

seq1  AAATATAAGATTTTTTTTGCTGTACATATTGTCTGCCATATTTGTAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAGATTTTTTTTGCTGTACATATTGTCTGCCATATTTGTAATAC  250

seq1  TTATGTTAAATATAAAGTCAGAAGAAATATAATGTTAAATAGGAGGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTATCTTGAGTTTTATTTACATATGAGAATTGGGATAATAGAATCCAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGAGTTTTATTTACATATGAGAATTGGGATAATAGAATCCAGTA  350

seq1  CTAAGCAAAGTATTTTGTTTGTAATGATACAACACAGATTTGTAGTAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAAAGTATTTTGTTTGTAATGATACAACACAGATTTGTAGTAATT  400

seq1  TGCTTATATGATTATTTTCTTTTCATTTTAAATCTATAACATTTTTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATATGATTATTTTCTTTTCATTTTAAATCTATAACATTTTTCTCT  450

seq1  TATGTTTCTCTACAAATGGTCATGAATACTTATTGTTACACACACAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTCTCTACAAATGGTCATGAATACTTATTGTTACACACACAATTT  500

seq1  TCACACATATTTGACGTTTGCACTATATGTATCACTGATAAAACAAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATATTTGACGTTTGCACTATATGTATCACTGATAAAACAAACAT  550

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCCAAGCATAAAATCATTCAGTCCTAAATTTTACTAAAAATATTT  600

seq1  TCAATTAAAAGACAAGTATATGTATTATCAATATAAATTGATGATAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAAAAGACAAGTATATGTATTATCAATATAAATTGATGATAATAT  650

seq1  TTTTATATCTAGTTTTCAAAATAGACATGAATACTCTAACAGTTGTTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATCTAGTTTTCAAAATAGACATGAATACTCTAACAGTTGTTTCA  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACGACTGTATATTAGAGAAAATTTGGTAAATTTTTATTATAAATTAA  750

seq1  CAGTATACTATTGAATGCTATAAAAATTTTGGAAAAGACAAAATAGTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATACTATTGAATGCTATAAAAATTTTGGAAAAGACAAAATAGTAAA  800

seq1  AACAGAAGAATAATTGACTTTTTGCTAGTCCATCTACAGATCCTACTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAGAATAATTGACTTTTTGCTAGTCCATCTACAGATCCTACTGTC  850

seq1  ACTACACAGCTTACCTTAGATACCCCAGTCATGGGTCCACAGGAAAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTACACAGCTTACCTTAGATACCCCAGTCATGGGTCCACAGG-AAAAAT  899

seq1  TGTCAGGGTACAACATCTCATAGAAAAAACTCAGGGTCCTGTTTGCCATA  950
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTCACGGTACAACATCTCATAG-AAAAACTCA-GGTCCTGTTTGCCATA  947

seq1  AGATATTTTTTCTACTTAAACAGGTATACTCTTCATACCAATGAAGATGG  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTTTCTACTTAAACA-GTATACTCTTCATACCAATGAAGATGG  996

seq1  AATGGGGGTCATCAACTAATTCTTTAAAATATAAAGCATTTATTATTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  AATGGGGGTCATCAACTAATTCTTT-AAATAT-AAGCATTTATTATTTTA  1044

seq1  TTTTGAGAATTTTATAGATGAGTTTTATATATTTTATATATTTATTCAAT  1100
       |||||||| ||||||||  |||   | |||    |||||     |||  
seq2  -TTTGAGAA-TTTATAGAGAAGTGAAAAATA----ATATA-----TCA--  1081

seq1  TTCCAGCCCACACTTTCTCTCATCTCTTTCCTAGTTCCCTAACTCCCTAT  1150
      || |||||  |||  |||||||||||||||| |||  ||||||| |||||
seq2  TTTCAGCC--CACCGTCTCTCATCTCTTTCC-AGT--CCTAACT-CCTAT  1125

seq1  CACTCTCATGATCTTATTCTCTCTTATTT  1179
      ||| |||| || |||||| ||||||||||
seq2  CAC-CTCAGGA-CTTATT-TCTCTTATTT  1151

seq1: chr4_79477328_79478467
seq2: B6Ng01-028I19.g_65_1185 (reverse)

seq1  TTTGTTTTTATACCTCTATAATATAACTTGAAAAAAGATATTATAATAAA  50
      |||| ||||||||||||   | ||||| |||||||   | |||||   ||
seq2  TTTG-TTTTATACCTCT---AAATAAC-TGAAAAA--GTTTTATA--TAA  41

seq1  AGGAATAGCAATTTTTCTTTCGTCCAGAATTTCTTTCTCTATAGTGATCA  100
      ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| 
seq2  AGGAATAGCAA-TTTTCTTTCGTCCAGAA-TCCTTTCTCT-TAGTGATCC  88

seq1  ATCTTGGTAGCTTAATTGGTTGGATATGGAATCAGTTAAAATATCTTTCT  150
      ||| ||||||||||  ||  ||||||  ||||||| |||| ||||||| |
seq2  ATCCTGGTAGCTTA--TG--TGGATAATGAATCAG-TAAATTATCTTTTT  133

seq1  CTGGGAGTATATGTGAGTATATTTATTAGTAGTATTAAATGAGTTGATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGTATATGTGAGTATATTTATTAGTAGTATTAAATGAGTTGATGT  183

seq1  GCCTTCATTTAGAATGGAACTATTGTATAATTCTGTGTTTCTCTGCCCAC  250
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GC--TCATTTAGAATGGAACTATTGTATAATTCTGTGTTTCTCTGCCCAC  231

seq1  TTTCACTCTTTGCTGATGACCACGTCTACTCTGTCAACAACATAGCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCTTTGCTGATGACCACGTCTACTCTGTCAACAACATAGCTTCT  281

seq1  TCAGTCTATACCTGACATGTAACTCAGTTTTTTCAGTTCTCCAATGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTATACCTGACATGTAACTCAGTTTTTTCAGTTCTCCAATGTGGA  331

seq1  CTGACAAGATAAGCACTCATTGAGGCAGACCCAGTGTCATGAACTAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAGATAAGCACTCATTGAGGCAGACCCAGTGTCATGAACTAAGAG  381

seq1  GCTATTCGGTTCCTGTCCTACCATGTGATCACTGTTCATCTATAAAATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTCGGTTCCTGTCCTACCATGTGATCACTGTTCATCTATAAAATCT  431

seq1  CTATCTCTTTAGCAATTTAGTAACTCCGCTCTGTAATGTGTATTTATGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTTTAGCAATTTAGTAACTCCGCTCTGTAATGTGTATTTATGTA  481

seq1  TATATTTTTGGTTTTGTCCCTTTAAATGACATATAGTACTATAGACTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTGGTTTTGTCCCTTTAAATGACATATAGTACTATAGACTGTT  531

seq1  ACTGAGACTGCTTCTATAAAAAATATAATTGTAAAATAAATTTCTCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACTGCTTCTATAAAAAATATAATTGTAAAATAAATTTCTCTAGT  581

seq1  GGACATGATAGCATCTGGAAATGAATCTCAGTGTGAAAATTCTAATTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGATAGCATCTGGAAATGAATCTCAGTGTGAAAATTCTAATTACT  631

seq1  AAAGATTTTCACGCTCATATAAAGAGTATTAAGAACCTATTATGTGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTTCACGCTCATATAAAGAGTATTAAGAACCTATTATGTGAAAT  681

seq1  ATTTAAAAAAATATGCAAGATAAATGCAATTAGCAATCTTGATTTAACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAAATATGCAAGATAAATGCAATTAGCAATCTTGATTTAACTG  731

seq1  TTGTGAGGATCACAGAATTTAATGACTCTGTATGCAGAACGTGAACATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGGATCACAGAATTTAATGACTCTGTATGCAGAACGTGAACATTT  781

seq1  GCGAGAATGTAAGGTAGATGTTGGTGCCAACATTTGTATTCTCACATCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGAATGTAAGGTAGATGTTGGTGCCAACATTTGTATTCTCACATCTC  831

seq1  TAGATAAAGTGCCACAGGAAAATAATGACATAAAGTCATATTGCCAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAGTGCCACAGGAAAATAATGACATAAAGTCATATTGCCAATTT  881

seq1  CAGATGCACATAAATAACCTACATGTTTCTAAGCAAGGCAAAGCATGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCACATAAATAACCTACATGTTTCTAAGCAAGGCAAAGCATGTTC  931

seq1  TATCCAACAATCATTAATTTACATTGCTAAAGTCCAAATGAAAGCTCTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAACAATCATTAATTTACATTGCTAAAGTCCAAATGAAAGCTCTTA  981

seq1  TCATAGAGTTGGAAGACTTATAATAAAAGCTTAAAACACAACCTGGAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAGTTGGAAGACTTATAATAAAAGCTTAAAACACAACCTGGAAGG  1031

seq1  ATTTTGGTAATAAAGTTTAGGCCACTGATTAGAAATTATTGGGACTATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTAATAAAGTTTAGGCCACTGATTAGAAATTATTGGGACTATTT  1081

seq1  AAGTTGGGAGGACCCAAGTCAATTTGAAGACATTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGGAGGACCCAAGTCAATTTGAAGACATTGAATTC  1121