BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029A04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 108,539,012 - 108,687,889
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab3b, Nrd1
Upstream geneMagoh, 0610037L13Rik, Cpt2, Slc1a7, Podn, Scp2, Echdc2, Zyg11a, Zyg11b, LOC100040252, 2010305A19Rik, LOC545667, Gpx7, LOC665728, Zcchc11, LOC100040110, Prpf38a, Orc1l, Cc2d1b, Zfyve9, LOC100040326, 3110021N24Rik, Btf3l4, Txndc12, Kti12
Downstream geneOsbpl9, Calr4, Eps15, LOC666144, 4922503N01Rik, Rnf11, 4930522H14Rik, Cdkn2c, LOC100040307, Faf1, Dmrta2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029A04.bB6Ng01-029A04.g
ACCDH859330DH859331
length7641,132
definitionDH859330|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029A04, 5' end.DH859331|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029A04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,539,012 - 108,539,772)(108,686,745 - 108,687,889)
sequence
gaattccatcccaggccggggggtggtggtgcacgcctttaatcccagca
cttgggagacagaggcaggcggatttctgagttcgaggccagcctggtct
acagagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaaccctttctca
aaaaaacaaacaaacaaacaaacaaagaatttcatcccagggatacacta
atccagcatggtggatacaatgtaatccaaactctggagttggaggcagg
aacatcagaagttcagctcatagttgagttcacagcattgagtgatatga
aaccttgtgtacaactgtgtttgatagggaggtcaagcagatcacacaaa
ggatgcaggtacgtgtggtgggtctcgggtgctatctgagcttttgatat
tcttagcttttgagttagcagaagttagtggtgtgttaaaacaatgcatt
ccaaaagataattctcaaggtgtcggtcagacgctgacgtgggcaatgaa
tagctactcaggggatgaaggcaggaggtaatttggctttgtatccggac
cgtcccagctctccacaaccaacaagttctaatcagatcctcacagtgtc
taacatgggcgtggctttctttctggatcttcagttgtggtgattataca
gctgtgtacatttgtcaaaactgaaactaaacacaaacattttgtaccac
atacaatttgtaccttttatatatttaatttaaaacatgttttttcacaa
tttttaaagtaaaa
gaattcatttaagagaattattgaagccaagcacagtggggcatgactat
agtcccagctactggcagtaccacctgaacctaagacttggagaccagcc
tgaacaaccaagtgagattcccatctctaaaaataatgaggaggatgtgt
acgtatgggatatgttgagtacaagtctgcatatggaggttagagacctt
tcagaagtggcttctctctgctgtgtgagtcccaaagatcaaattcaggt
caccaaacttgtatagtaagcacctctaactactgagctatcttgtcagt
cccacgggctaaccactttttaagtattcttttgagatcttaattaataa
tctagcaatagatgctatacattaaggctataccatgctgatggactgat
attcagctctaagttgagcatgcttttcatgcttgtaatcccagcacttg
gcaagtggggtctggagctgcggttctcaacctgtgggtcgtgacccttt
tggcaaatccctatctccaaaaatatttacgctatgattcatagcagtac
aaaaaattacaattataaagcagcagcaacaaaattagatttatggttgg
gggggtcaccacaacatgagggtcacagtattaggaaggtctagagaatc
aggggttcaaagtcatcccagctacacagagttcaagactagcctaggct
atatcacactatctcaaaaaataaaataaaataaaataaaataaaataaa
ataaaacaaatcaaaaaagaaaacaactttaacaaatatttgctggttag
ctctactataatatctccaaaaatgttacctaccctctgatataggaatt
ccctcctgtaaaatgaaagcattcttcaaagatatattaagaaaatctcc
tcgcctcaagttcaactctctcactccacccccctgcttacttatttatc
ccagtgttgacactttcgcacagatggagattaaagttcaattccctcca
tggaaactaccacgcagtattaagccactcaggccaagtgaagatgtgac
tagccctggtctcctttcttcccccgtcttcaggaggatactgccctata
ctctagcctagctaggaatgtcagagtctcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_108539012_108539772
seq2: B6Ng01-029A04.b_44_806

seq1  GAATTCCATCCCAGGCCGGGGGGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCCAGGCCGGGGGGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCA  50

seq1  CTTGGGAGACAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAGACAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCT  100

seq1  ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTTTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTTTCTCA  150

seq1  AAAAAACAAACAAACAAACAAACAAAGAATTTCATCCCAGGGATACACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAACAAACAAACAAACAAAGAATTTCATCCCAGGGATACACTA  200

seq1  ATCCAGCATGGTGGATACAATGTAATCCAAACTCTGGAGTTGGAGGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCATGGTGGATACAATGTAATCCAAACTCTGGAGTTGGAGGCAGG  250

seq1  AACATCAGAAGTTCAGCTCATAGTTGAGTTCACAGCATTGAGTGATATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAGAAGTTCAGCTCATAGTTGAGTTCACAGCATTGAGTGATATGA  300

seq1  AACCTTGTGTACAACTGTGTTTGATAGGGAGGTCAAGCAGATCACACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTGTGTACAACTGTGTTTGATAGGGAGGTCAAGCAGATCACACAAA  350

seq1  GGATGCAGGTACGTGTGGTGGGTCTCGGGTGCTATCTGAGCTTTTGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAGGTACGTGTGGTGGGTCTCGGGTGCTATCTGAGCTTTTGATAT  400

seq1  TCTTAGCTTTTGAGTTAGCAGAAGTTAGTGGTGTGTTAAAACAATGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTTTTGAGTTAGCAGAAGTTAGTGGTGTGTTAAAACAATGCATT  450

seq1  CCAAAAGATAATTCTCAAGGTGTCGGTCAGACGCTGACGTGGGCAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGATAATTCTCAAGGTGTCGGTCAGACGCTGACGTGGGCAATGAA  500

seq1  TAGCTACTCAGGGGATGAAGGCAGGAGGTAATTTGGCTTTGTATCCGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACTCAGGGGATGAAGGCAGGAGGTAATTTGGCTTTGTATCCGGAC  550

seq1  CGTCCCAGCTCTCCACAACCAACAAGTTCTAATCAGATCCTCACAGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCCAGCTCTCCACAACCAACAAGTTCTAATCAGATCCTCACAGTGTC  600

seq1  TAACATGGGCGTGGCTTTCTTTCTGGATCTTCAGTTGTGGTGATTATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGGCGTGGCTTTCTTTCTGGATCTTCAGTTGTGGTGATTATACA  650

seq1  GCTGTGTACATTTGTCAAAACTGAAACTAAACACAAACA-TTTGTACCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTGTGTACATTTGTCAAAACTGAAACTAAACACAAACATTTTGTACCAC  700

seq1  ATACAATTTGTACC-TTTATATATTTAATTT-AAACATGTATTTTCAACA  747
      |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||
seq2  ATACAATTTGTACCTTTTATATATTTAATTTAAAACATGTTTTTTC-ACA  749

seq1  ATTTTCAAAGTAAA  761
      ||||| ||||||||
seq2  ATTTTTAAAGTAAA  763

seq1: chr4_108686745_108687889
seq2: B6Ng01-029A04.g_67_1198 (reverse)

seq1  GTGAGACTCTGTACAATTCCTAGCTAAGGCTAGAGTAATAAGGGCAGTAT  50
      ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||   ||||||||||
seq2  GTGAGACTCTG-AC-ATTCCTAGCT-AGGCTAGAGTA--TAGGGCAGTAT  45

seq1  CATCCTTGGAAGACGGGGGAAAAGAAAGGAGAGCAAGGCTAGTCAACATC  100
      | ||||  |||||||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||
seq2  CCTCCT--GAAGACGGGGG--AAGAAAGGAGACCAGGGCTAGTC-ACATC  90

seq1  TTCACTTGGCCCTGAGT-GCTAAATTACTGCGTGGTAGTTTCCATGGAGG  149
      ||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGG-CCTGAGTGGCTTAA-TACTGCGTGGTAGTTTCCATGGAGG  138

seq1  GAATTGAACTTTAATCT-CATCTGTGCGAAAGTGTCAACACTGGGATAAA  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGAACTTTAATCTCCATCTGTGCGAAAGTGTCAACACTGGGATAAA  188

seq1  TAAGTAAGCAGGGGGGTTGGAGTGAGAGAGTTGAACTTGAGGCGAGGAGA  248
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAGCAGGGGGG-TGGAGTGAGAGAGTTGAACTTGAGGCGAGGAGA  237

seq1  TTTTCCTTAATATATCTTTTGAAGAATGCTTTCATTTTACAGGAGGGAAT  298
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTT-CTTAATATATC-TTTGAAGAATGCTTTCATTTTACAGGAGGGAAT  285

seq1  TCCTATATCAGAGGGTAGGTAACATTTTTGGAGATATTATAGTAGAGCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATCAGAGGGTAGGTAACATTTTTGGAGATATTATAGTAGAGCTA  335

seq1  ACCAGCAAATATTTGTTAAAGTTGTTTTCTTTTTTGATTTGTTTTATTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAAATATTTGTTAAAGTTGTTTTCTTTTTTGATTTGTTTTATTTT  385

seq1  ATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTGAGATAGTGTGATATAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTGAGATAGTGTGATATAGC  435

seq1  CTAGGCTAGTCTTGAACTCTGTGTAGCTGGGATGACTTTGAACCCCTGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTAGTCTTGAACTCTGTGTAGCTGGGATGACTTTGAACCCCTGAT  485

seq1  TCTCTAGACCTTCCTAATACTGTGACCCTCATGTTGTGGTGACCCCCCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGACCTTCCTAATACTGTGACCCTCATGTTGTGGTGACCCCCCCA  535

seq1  ACCATAAATCTAATTTTGTTGCTGCTGCTTTATAATTGTAATTTTTTGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAATCTAATTTTGTTGCTGCTGCTTTATAATTGTAATTTTTTGTA  585

seq1  CTGCTATGAATCATAGCGTAAATATTTTTGGAGATAGGGATTTGCCAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATGAATCATAGCGTAAATATTTTTGGAGATAGGGATTTGCCAAAA  635

seq1  GGGTCACGACCCACAGGTTGAGAACCGCAGCTCCAGACCCCACTTGCCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACGACCCACAGGTTGAGAACCGCAGCTCCAGACCCCACTTGCCAA  685

seq1  GTGCTGGGATTACAAGCATGAAAAGCATGCTCAACTTAGAGCTGAATATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGATTACAAGCATGAAAAGCATGCTCAACTTAGAGCTGAATATC  735

seq1  AGTCCATCAGCATGGTATAGCCTTAATGTATAGCATCTATTGCTAGATTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATCAGCATGGTATAGCCTTAATGTATAGCATCTATTGCTAGATTA  785

seq1  TTAATTAAGATCTCAAAAGAATACTTAAAAAGTGGTTAGCCCGTGGGACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAGATCTCAAAAGAATACTTAAAAAGTGGTTAGCCCGTGGGACT  835

seq1  GACAAGATAGCTCAGTAGTTAGAGGTGCTTACTATACAAGTTTGGTGACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGATAGCTCAGTAGTTAGAGGTGCTTACTATACAAGTTTGGTGACC  885

seq1  TGAATTTGATCTTTGGGACTCACACAGCAGAGAGAAGCCACTTCTGAAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGATCTTTGGGACTCACACAGCAGAGAGAAGCCACTTCTGAAAG  935

seq1  GTCTCTAACCTCCATATGCAGACTTGTACTCAACATATCCCATACGTACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAACCTCCATATGCAGACTTGTACTCAACATATCCCATACGTACA  985

seq1  CATCCTCCTCATTATTTTTAGAGATGGGAATCTCACTTGGTTGTTCAGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCCTCATTATTTTTAGAGATGGGAATCTCACTTGGTTGTTCAGGC  1035

seq1  TGGTCTCCAAGTCTTAGGTTCAGGTGGTACTGCCAGTAGCTGGGACTATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCCAAGTCTTAGGTTCAGGTGGTACTGCCAGTAGCTGGGACTATA  1085

seq1  GTCATGCCCCACTGTGCTTGGCTTCAATAATTCTCTTAAATGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCCCCACTGTGCTTGGCTTCAATAATTCTCTTAAATGAATTC  1132