BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029D22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 60,619,892 - 60,752,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039028, LOC620982, LOC100039054, LOC100039063
Upstream geneHsdl2, E130308A19Rik, LOC100041592, 1110054O05Rik, Snx30, Slc46a2, LOC100041656, Mup4, LOC620807, LOC100041658, LOC620846, Mup2, LOC620882, LOC100041687, LOC667221, LOC100038948, LOC620997, Mup1, LOC620942, LOC100039008
Downstream geneLOC667234, LOC100039089, LOC667239, LOC100039116, LOC667242, LOC100039150, LOC100039019, LOC100039177, LOC621093, LOC100039206, LOC621127, LOC100039228, LOC384021, LOC100039247, LOC667278, Mup5, LOC435785, LOC667295, LOC100039305, LOC546832, OTTMUSG00000007485, Mup3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029D22.bB6Ng01-029D22.g
ACCDH859499DH859500
length1,1431,055
definitionDH859499|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029D22, 5' end.DH859500|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029D22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,751,053 - 60,752,228)(60,619,892 - 60,620,943)
sequence
gaattctccaagacatgaatgtgctccacaaaaagtctcatgctgccatg
ttcttctatcttttctcttttgtcagaagccaggataatagtgtaccatt
ccccattaatctgtagtagataagcaaatggttaagagagaagaagcagg
gataccacatgtacatgtttccacttgaactccagcctatgcattagggc
ctgagcatacacaggggtatatctcatgccagttgccacaatacttagca
tagtgtccctacctctcagtgagaacagaggtccccaaacattgttagat
ctgagtagctggtcttacttcaaggtctggagccattcatttgtctaata
cattgtggcactataaccattccctcaaagaacccacttgactaaaacat
ttccccaaagcacattctgatcatacatacaattcactgatcgtactttt
tctatattaaagttccttcacatagacctagcttcttctgcatggacaca
gactagggttagtcccaaacacagcagcagcagcagcagctgcatttggt
ctgaaatagaattatctgtgtgtcaggactacgtctttctggtgatgttg
cctacactccactccccagctcctttgcttgtccttatatactctctggg
ttcagtgggtttttttttttttcttcctgtatgggtcgactctacctctg
tcaggctttgtggaatattttctcatttattgatgagagtccaaggattg
ttcctgccattttcaaacttggcaatatcatcacctatggattgatttag
tagtcttacatttctcaaaacatattcccaagaaaacagtgggtgttcaa
gggaactgtgatctggaactagaggcacctttcgatctggctttgaatca
gaaagacagttttggaggggatgggaaatgaactggaaggacagtatgta
tagatatttgctttaggtgagtatggaagagtgatgactcacttttgcaa
agatcattcatatttcatgtgtatgagcatgctttgattgtactgagtac
atgcacagctgtgcagtgaggtcaagagatcaaatctttgacctgttttt
gctgagagaacagttaatcctcacttacctggcatctaactga
gaattcagacatatactgaaaaacagctaagacttccaaccttgaggact
gaaaaattaatgaattcttggtatttctgttagtagattagctgaactat
atagtctgtaagccattctaataaacaattcacatacatgctgtaaggtt
ttctcttctagagaaccccacctaacacaataccacagaggaatttacat
ttaatttggaatgggtaagaagtaatgaaggcatttggaaaggaactgga
ataggaaaaatgtgtgatgccgcataagatgagacaaaatgtctaaccca
aaaggaccaataacagtttcctatggagaaagagctcagactatctaagg
taacttcagtagaagaatctaagcttggagataggggtttagcctgctgg
ctgtgagtggtaacttggttatcgtgacaccataggttcaatccttagca
gttgaagaacaaaagaatataactcacagattaaaagactagtaaccaaa
ggttttcattgtaaggttagcttgaaacatttgtaatgaaaaatgagatt
aatcttttaaagtagacaatgggtcttttgtagatggagttacagatggt
tgtaagccaccatgtgggtgcgataaaccaaacctaagtcctcagaagga
acagcctgtgcttttaactgatgatgcatctctccagtcccctgatttgt
tatttatatttatttgctatttgtatgtttttggattcattttatgtgta
taagtgttttggctgcatgtatgtctatcacagacatgactcatccctga
ggagtcagaaaaaggtcccagatcttctagaactggaaggtgtagattgt
tgtgagctatccacgtgtatgctggaaactgaattcaggtcttatgtgag
ggcatcaagtgctctaacactgagctacctctccagactcaatttttcta
tttttaaaagggacttatatggagcacatgttctgtggctatactctcca
cctacctcgcttcaaattatacatccaattgtataatacatactaatgta
atatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_60751053_60752228
seq2: B6Ng01-029D22.b_39_1181 (reverse)

seq1  TCAGTTTTAGGATGCCAGGTAAGTGAGGTAATTAAACCTGTGTCCTCAGC  50
      ||||||    ||||||||||||||||||  |||||  ||||   ||||||
seq2  TCAGTT---AGATGCCAGGTAAGTGAGG--ATTAA--CTGTTCTCTCAGC  43

seq1  AAAAACAAGTTTCAAAGAATCTGATTCCTTCTTTGACCTCCACTGCACCA  100
      ||||||| |  |||||| || ||||  |    ||||||| ||||||||  
seq2  AAAAACAGG--TCAAAG-ATTTGATCTC----TTGACCT-CACTGCAC--  83

seq1  GACCTGTGCATGGTACTCAGGTACACATTCAAAACCAATGCTCATACACA  150
       | |||||||| ||||||||    ||| ||||| |  |||||||||||||
seq2  -AGCTGTGCAT-GTACTCAG---TACAATCAAAGC--ATGCTCATACACA  126

seq1  TGAAATATGAATGAATCTTTTGCAAAAGTTGAGTCATTCAACTTCTTCCA  200
      ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||   |||||||
seq2  TGAAATATGAATG-ATC-TTTGCAAAAG-TGAGTCA-TCA--CTCTTCCA  170

seq1  TACTCACCTTAAAGCAAATATTCTATACATACTTGTCCTTCCAGTTCATT  250
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TACTCACC-TAAAGCAAATA-TCTATACATAC-TGTCCTTCCAGTTCATT  217

seq1  TCCCATCCCCTCCAAAACTGTCTTTCTGATTCAAAGCCAGATCGAAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCCCTCCAAAACTGTCTTTCTGATTCAAAGCCAGATCGAAAGGT  267

seq1  GCCTCTAGTTCCAGATCACAGTTCCCTTGAACACCCACTGTTTTCTTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTAGTTCCAGATCACAGTTCCCTTGAACACCCACTGTTTTCTTGGG  317

seq1  AATATGTTTTGAGAAATGTAAGACTACTAAATCAATCCATAGGTGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTTTTGAGAAATGTAAGACTACTAAATCAATCCATAGGTGATGAT  367

seq1  ATTGCCAAGTTTGAAAATGGCAGGAACAATCCTTGGACTCTCATCAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAAGTTTGAAAATGGCAGGAACAATCCTTGGACTCTCATCAATAA  417

seq1  ATGAGAAAATATTCCACAAAGCCTGACAGAGGTAGAGTCGACCCATACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAATATTCCACAAAGCCTGACAGAGGTAGAGTCGACCCATACAG  467

seq1  GAAGAAAAAAAAAAAAACCCACTGAACCCAGAGAGTATATAAGGACAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAAAAAAAAAAACCCACTGAACCCAGAGAGTATATAAGGACAAGC  517

seq1  AAAGGAGCTGGGGAGTGGAGTGTAGGCAACATCACCAGAAAGACGTAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGCTGGGGAGTGGAGTGTAGGCAACATCACCAGAAAGACGTAGTC  567

seq1  CTGACACACAGATAATTCTATTTCAGACCAAATGCAGCTGCTGCTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACACAGATAATTCTATTTCAGACCAAATGCAGCTGCTGCTGCTGC  617

seq1  TGCTGTGTTTGGGACTAACCCTAGTCTGTGTCCATGCAGAAGAAGCTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTTTGGGACTAACCCTAGTCTGTGTCCATGCAGAAGAAGCTAGG  667

seq1  TCTATGTGAAGGAACTTTAATATAGAAAAAGTACGATCAGTGAATTGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTGAAGGAACTTTAATATAGAAAAAGTACGATCAGTGAATTGTAT  717

seq1  GTATGATCAGAATGTGCTTTGGGGAAATGTTTTAGTCAAGTGGGTTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATCAGAATGTGCTTTGGGGAAATGTTTTAGTCAAGTGGGTTCTTT  767

seq1  GAGGGAATGGTTATAGTGCCACAATGTATTAGACAAATGAATGGCTCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAATGGTTATAGTGCCACAATGTATTAGACAAATGAATGGCTCCAG  817

seq1  ACCTTGAAGTAAGACCAGCTACTCAGATCTAACAATGTTTGGGGACCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGAAGTAAGACCAGCTACTCAGATCTAACAATGTTTGGGGACCTCT  867

seq1  GTTCTCACTGAGAGGTAGGGACACTATGCTAAGTATTGTGGCAACTGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCACTGAGAGGTAGGGACACTATGCTAAGTATTGTGGCAACTGGCA  917

seq1  TGAGATATACCCCTGTGTATGCTCAGGCCCTAATGCATAGGCTGGAGTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATACCCCTGTGTATGCTCAGGCCCTAATGCATAGGCTGGAGTTC  967

seq1  AAGTGGAAACATGTACATGTGGTATCCCTGCTTCTTCTCTCTTAACCATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAAACATGTACATGTGGTATCCCTGCTTCTTCTCTCTTAACCATT  1017

seq1  TGCTTATCTACTACAGATTAATGGGGAATGGTACACTATTATCCTGGCTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATCTACTACAGATTAATGGGGAATGGTACACTATTATCCTGGCTT  1067

seq1  CTGACAAAAGAGAAAAGATAGAAGAACATGGCAGCATGAGACTTTTTGTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAAAGAGAAAAGATAGAAGAACATGGCAGCATGAGACTTTTTGTG  1117

seq1  GAGCACATTCATGTCTTGGAGAATTC  1176
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATTCATGTCTTGGAGAATTC  1143

seq1: chr4_60619892_60620943
seq2: B6Ng01-029D22.g_66_1120

seq1  GAATTCAGACATATACTGAAAAACAGCTAAGACTTCCAACCTTGAGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACATATACTGAAAAACAGCTAAGACTTCCAACCTTGAGGACT  50

seq1  GAAAAATTAATGAATTCTTGGTATTTCTGTTAGTAGATTAGCTGAACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTAATGAATTCTTGGTATTTCTGTTAGTAGATTAGCTGAACTAT  100

seq1  ATAGTCTGTAAGCCATTCTAATAAACAATTCACATACATGCTGTAAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTGTAAGCCATTCTAATAAACAATTCACATACATGCTGTAAGGTT  150

seq1  TTCTCTTCTAGAGAACCCCACCTAACACAATACCACAGAGGAATTTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTAGAGAACCCCACCTAACACAATACCACAGAGGAATTTACAT  200

seq1  TTAATTTGGAATGGGTAAGAAGTAATGAAGGCATTTGGAAAGGAACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGGAATGGGTAAGAAGTAATGAAGGCATTTGGAAAGGAACTGGA  250

seq1  ATAGGAAAAATGTGTGATGCCGCATAAGATGAGACAAAATGTCTAACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAAATGTGTGATGCCGCATAAGATGAGACAAAATGTCTAACCCA  300

seq1  AAAGGACCAATAACAGTTTCCTATGGAGAAAGAGCTCAGACTATCTAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACCAATAACAGTTTCCTATGGAGAAAGAGCTCAGACTATCTAAGG  350

seq1  TAACTTCAGTAGAAGAATCTAAGCTTGGAGATAGGGGTTTAGCCTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCAGTAGAAGAATCTAAGCTTGGAGATAGGGGTTTAGCCTGCTGG  400

seq1  CTGTGAGTGGTAACTTGGTTATCGTGACACCATAGGTTCAATCCTTAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTGGTAACTTGGTTATCGTGACACCATAGGTTCAATCCTTAGCA  450

seq1  GTTGAAGAACAAAAGAATATAACTCACAGATTAAAAGACTAGTAACCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGAACAAAAGAATATAACTCACAGATTAAAAGACTAGTAACCAAA  500

seq1  GGTTTTCATTGTAAGGTTAGCTTGAAACATTTGTAATGAAAAATGAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCATTGTAAGGTTAGCTTGAAACATTTGTAATGAAAAATGAGATT  550

seq1  AATCTTTTAAAGTAGACAATGGGTCTTTTGTAGATGGAGTTACAGATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTAAAGTAGACAATGGGTCTTTTGTAGATGGAGTTACAGATGGT  600

seq1  TGTAAGCCACCATGTGGGTGCGATAAACCAAACCTAAGTCCTCAGAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCACCATGTGGGTGCGATAAACCAAACCTAAGTCCTCAGAAGGA  650

seq1  ACAGCCTGTGCTTTTAACTGATGATGCATCTCTCCAGTCCCCTGATTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGTGCTTTTAACTGATGATGCATCTCTCCAGTCCCCTGATTTGT  700

seq1  TATTTATATTTATTTGCTATTTGTATGTTTTTGGATTCATTTTATGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATTTATTTGCTATTTGTATGTTTTTGGATTCATTTTATGTGTA  750

seq1  TAAGTGTTTTGGCTGCATGTATGTCTATCACAGACATGACTCATCCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTTTGGCTGCATGTATGTCTATCACAGACATGACTCATCCCTGA  800

seq1  GGAGTCAGAAAAAGGTCCCAGATCTTCTAGAACTGG-AGGTGTAGATTGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAGTCAGAAAAAGGTCCCAGATCTTCTAGAACTGGAAGGTGTAGATTGT  850

seq1  TGTGAGCTAT-CACGTGTATGCTGGAAACTGAATTCAGGTCTTATGTGAG  898
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTATCCACGTGTATGCTGGAAACTGAATTCAGGTCTTATGTGAG  900

seq1  GGCATCAAGTGCTCTTAACACTGAGCTACCTCTCCAGACTCAATTTTTCT  948
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAAGTGCTC-TAACACTGAGCTACCTCTCCAGACTCAATTTTTCT  949

seq1  ATTTTTAAAAGGGAC-TATAATGAGCACATGTTCTGT-GCTATAACTCTC  996
      ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ATTTTTAAAAGGGACTTATATGGAGCACATGTTCTGTGGCTAT-ACTCTC  998

seq1  CAGCTA-CTCGCTTCAAATTATACATACAAATGTAATATACATACAAATG  1045
      || ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||| ||||
seq2  CACCTACCTCGCTTCAAATTATACATCCAATTGTATAATACATACTAATG  1048

seq1  TAATATG  1052
      |||||||
seq2  TAATATG  1055