BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029L24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 148,143,061 - 148,233,051
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041755, Casz1
Upstream geneLOC100041677, LOC277692, MGC67181, D4Wsu114e, Fv1, Mfn2, Plod1, 2510039O18Rik, Nppb, Nppa, Clcn6, Mthfr, LOC433806, Agtrap, 2610109H07Rik, Mad2l2, Fbxo6, Fbxo44, Fbxo2, Ptchd2, Ubiad1, Frap1, Angptl7, Exosc10, LOC100043151, Srm, Masp2, Tardbp, Gm572, LOC100041733, LOC100041742
Downstream genePex14, LOC670864, Dffa, Cort, Apitd1, LOC666774, Pgd, Kif1b, LOC100041794, Ube4b, Rbp7, LOC627985, Nmnat1, Lzic, Ctnnbip1, Clstn1, Pik3cd, D4Ertd429e, Slc25a33
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029L24.bB6Ng01-029L24.g
ACCDH859860DH859861
length7431,088
definitionDH859860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029L24, 5' end.DH859861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,143,061 - 148,143,802)(148,231,944 - 148,233,051)
sequence
gaattcccttacccatcatccacggccatacccacagcagagtgagctgg
acatcgttaggctcccagcccacccgtggggaggttctcagagcctgttg
gaccctggaggggtctgggagctgcctggttattctatcactgtttactc
tccagtgtgtcgtagaggcttcaaaaccctcagcaatgaggtgggcttga
gttcaaatcttacctcctctacactacttgtataaactctttgcctcccc
agccgtttcccatgactcttcctgcagatgacatgttcccgtgagggtca
ccaaacactattaattgtatttgcccacacgacaacgacgagaacgacga
ccttgggcccctctcccatgccaggtggagaggcctttaggacagtcttg
ccaagtcttcctaccaactccatgaagtcaggcctttggtcattactctt
cctatttatagatgactgaactcaggcatgggcaataattcaaatgcctg
gggtggtgctctaggaagagacaaagcctgcgcttgaacccagatatcgt
gcaggacccacaggtcccaggctacgtgatatctcatcgcccccaatatg
cagttacagcagtggcgtggaagtgaacagccaccctttccagcaagcct
cacgttcttttcctctaaacaagataccatgggctccctcacacactcct
gagaactgctttccatcggcagggggtggagtgggggtgtgtt
gaattcttctctcagccaactgcacctggcttccaattccagcaggccca
ggtccacaatccaacattccccattgctctttttgtttgcttgttttgtt
tttgggtttgtttttcgttttgttgttttgttttgttttgttttgagaca
gggtttctctgtgtagccttggctgtcctgaaaccctctcttcagtccag
gctggcctcaaactcacagagatccacctgcctctgcctcttgagtgctg
gtcttaaaggcgtgtgccaccactgcccagcttccacatcgctcttaagc
ctattttgcagatgaggaaactgagtcctgagatgtaaagtcatgtgctt
aagaagggcagtgctttgagactcaaccacctctgagcttccctccaaac
atacaatggccctctctcaaggtcgaatccgcaccatgccaggccacgtg
ggaaacacaggaacaaatgagctacaagtctgtccttgtagagctccagc
agggcacacagggtcaagcaagcagccacggccgcacatgtccaatccat
cactatggggcagggaagggacaaagcaaggcaggggatcagcctggccc
caagtgggaggggctaaggccgtgcaggtgttcccaaggtggtaggctgg
gctgagtgcccagcgaggctgggccaagcttcacctggcccaggtgggag
gaatttcctgaaaggcttctgcagaacagggtgaaggaaggaagcaaagg
cccttggcagtccccctgaccacggatgtgcatgtgcagctcatgaatat
ttcagcggccatttatttatccctgtaccattcagcttgctgggccaggg
acccaaggtggataaatatagccactaaacgatcaatggggcatccgctc
ccgtatactagccacatccattagcctctcgttccacaacctgctggctg
ggcaccttgtcctgttcaattggtttccggtttcatattgtgaggacagc
tcttctcaaccctgggtgtcccctcacttctctggtcctcctcctcggct
ggcacgactcaaagctgctgtcagcttgaaggcctatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_148143061_148143802
seq2: B6Ng01-029L24.b_46_788

seq1  GAATTCCCTTACCCATCATCCACGGCCATACCCACAGCAGAGTGAGCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTACCCATCATCCACGGCCATACCCACAGCAGAGTGAGCTGG  50

seq1  ACATCGTTAGGCTCCCAGCCCACCCGTGGGGAGGTTCTCAGAGCCTGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGTTAGGCTCCCAGCCCACCCGTGGGGAGGTTCTCAGAGCCTGTTG  100

seq1  GACCCTGGAGGGGTCTGGGAGCTGCCTGGTTATTCTATCACTGTTTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGGAGGGGTCTGGGAGCTGCCTGGTTATTCTATCACTGTTTACTC  150

seq1  TCCAGTGTGTCGTAGAGGCTTCAAAACCCTCAGCAATGAGGTGGGCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGTGTCGTAGAGGCTTCAAAACCCTCAGCAATGAGGTGGGCTTGA  200

seq1  GTTCAAATCTTACCTCCTCTACACTACTTGTATAAACTCTTTGCCTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAATCTTACCTCCTCTACACTACTTGTATAAACTCTTTGCCTCCCC  250

seq1  AGCCGTTTCCCATGACTCTTCCTGCAGATGACATGTTCCCGTGAGGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTTTCCCATGACTCTTCCTGCAGATGACATGTTCCCGTGAGGGTCA  300

seq1  CCAAACACTATTAATTGTATTTGCCCACACGACAACGACGAGAACGACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACTATTAATTGTATTTGCCCACACGACAACGACGAGAACGACGA  350

seq1  CCTTGGGCCCCTCTCCCATGCCAGGTGGAGAGGCCTTTAGGACAGTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGCCCCTCTCCCATGCCAGGTGGAGAGGCCTTTAGGACAGTCTTG  400

seq1  CCAAGTCTTCCTACCAACTCCATGAAGTCAGGCCTTTGGTCATTACTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCTTCCTACCAACTCCATGAAGTCAGGCCTTTGGTCATTACTCTT  450

seq1  CCTATTTATAGATGACTGAACTCAGGCATGGGCAATAATTCAAATGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTATAGATGACTGAACTCAGGCATGGGCAATAATTCAAATGCCTG  500

seq1  GGGTGGTGCTCTAGGAAGAGACAAAGCCTGCGCTTGAACCCAGATATCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGCTCTAGGAAGAGACAAAGCCTGCGCTTGAACCCAGATATCGT  550

seq1  GCAGGACCCACAGGTCCCAGGCTACGTGATATCTCATCGCCCCCAATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACCCACAGGTCCCAGGCTACGTGATATCTCATCGCCCCCAATATG  600

seq1  CAGTTACAGCAGTGGCGTGGAAGTGAACAGCCACCCTTTCCAGCAAGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACAGCAGTGGCGTGGAAGTGAACAGCCACCCTTTCCAGCAAGCCT  650

seq1  CACGTTCTTTTCCTCTAAACAAGATACCATGGGCTCCCTCACACACTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTCTTTTCCTCTAAACAAGATACCATGGGCTCCCTCACACACTCCT  700

seq1  GAGAACTGCTTTCCATCGGCAGGGGGTGGAGT-GGGGTGTGTT  742
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGAACTGCTTTCCATCGGCAGGGGGTGGAGTGGGGGTGTGTT  743

seq1: chr4_148231944_148233051
seq2: B6Ng01-029L24.g_65_1152 (reverse)

seq1  GATAGGCCCCTCCAAGCTGACAGCAGCCTTGGGCTCCGTGCCCAGCCGGA  50
      ||||||  ||| ||||||||||||||| ||| |   |||| |||||| ||
seq2  GATAGG--CCTTCAAGCTGACAGCAGCTTTGAG--TCGTG-CCAGCC-GA  44

seq1  GGAGGGGAGGACCCAGAGGAGGTGAAGGGGGACACCCAGGGTTGGAGAGG  100
      |||  |||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||| |||| |
seq2  GGA--GGAGGA-CCAGA-GAAGTGA--GGGGACACCCAGGGTT-GAGAAG  87

seq1  GGCTGTGCCTCCACCACTAATGAAAACCGGAAACCAATTGAACAGGACAA  150
       ||||| ||| ||| |   ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGT-CCT-CACAA--TATG-AAACCGGAAACCAATTGAACAGGACAA  132

seq1  GGTGCCCAGCCAGCAGGTTGTGGGAACGAGGGGCCTAATGGATGTGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||
seq2  GGTGCCCAGCCAGCAGGTTGT-GGAACGAGAGG-CTAATGGATGTGGCTA  180

seq1  GTATACGGGAGCGGATGCCCCATTGATCGTTTAGTGGCTATATTTATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACGGGAGCGGATGCCCCATTGATCGTTTAGTGGCTATATTTATCCA  230

seq1  CCTTGGGTCCCTGGCCCAGCAAGCTGGATGGTACAGGGATAAATAAATGG  300
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTCCCTGGCCCAGCAAGCTGAATGGTACAGGGATAAATAAATGG  280

seq1  CCGCTGAAATATTCATGAGCTGCACATGCACATCCGTGGTCAGGGGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTGAAATATTCATGAGCTGCACATGCACATCCGTGGTCAGGGGGACT  330

seq1  GCCAAGGGCCTTTGCTTCCTTCCTTCACCCTGTTCTGCAGAAGCCTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGGCCTTTGCTTCCTTCCTTCACCCTGTTCTGCAGAAGCCTTTCA  380

seq1  GGAAATTCCTCCCACCTGGGCCAGGTGAAGCTTGGCCCAGCCTCGCTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTCCTCCCACCTGGGCCAGGTGAAGCTTGGCCCAGCCTCGCTGGG  430

seq1  CACTCAGCCCAGCCTACCACCTTGGGAACACCTGCACGGCCTTAGCCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCCCAGCCTACCACCTTGGGAACACCTGCACGGCCTTAGCCCCT  480

seq1  CCCACTTGGGGCCAGGCTGATCCCCTGCCTTGCTTTGTCCCTTCCCTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTGGGGCCAGGCTGATCCCCTGCCTTGCTTTGTCCCTTCCCTGCC  530

seq1  CCATAGTGATGGATTGGACATGTGCGGCCGTGGCTGCTTGCTTGACCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTGATGGATTGGACATGTGCGGCCGTGGCTGCTTGCTTGACCCTG  580

seq1  TGTGCCCTGCTGGAGCTCTACAAGGACAGACTTGTAGCTCATTTGTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCCTGCTGGAGCTCTACAAGGACAGACTTGTAGCTCATTTGTTCCT  630

seq1  GTGTTTCCCACGTGGCCTGGCATGGTGCGGATTCGACCTTGAGAGAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCCACGTGGCCTGGCATGGTGCGGATTCGACCTTGAGAGAGGGC  680

seq1  CATTGTATGTTTGGAGGGAAGCTCAGAGGTGGTTGAGTCTCAAAGCACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTATGTTTGGAGGGAAGCTCAGAGGTGGTTGAGTCTCAAAGCACTG  730

seq1  CCCTTCTTAAGCACATGACTTTACATCTCAGGACTCAGTTTCCTCATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTAAGCACATGACTTTACATCTCAGGACTCAGTTTCCTCATCTG  780

seq1  CAAAATAGGCTTAAGAGCGATGTGGAAGCTGGGCAGTGGTGGCACACGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAGGCTTAAGAGCGATGTGGAAGCTGGGCAGTGGTGGCACACGCC  830

seq1  TTTAAGACCAGCACTCAAGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGACCAGCACTCAAGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTG  880

seq1  AGGCCAGCCTGGACTGAAGAGAGGGTTTCAGGACAGCCAAGGCTACACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTGGACTGAAGAGAGGGTTTCAGGACAGCCAAGGCTACACAG  930

seq1  AGAAACCCTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAACAAAACGAAAAACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTGTCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAACAAAACGAAAAACA  980

seq1  AACCCAAAAACAAAACAAGCAAACAAAAAGAGCAATGGGGAATGTTGGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAAAACAAAACAAGCAAACAAAAAGAGCAATGGGGAATGTTGGAT  1030

seq1  TGTGGACCTGGGCCTGCTGGAATTGGAAGCCAGGTGCAGTTGGCTGAGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACCTGGGCCTGCTGGAATTGGAAGCCAGGTGCAGTTGGCTGAGAG  1080

seq1  AAGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1088