BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030B22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 47,369,441 - 47,491,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b
Upstream gene5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b, Nans, Trim14, Coro2a, Tbc1d2, Gabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12, Col15a1
Downstream geneLOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs, Tex10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030B22.bB6Ng01-030B22.g
ACCDH860120DH860121
length8451,106
definitionDH860120|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030B22, 5' end.DH860121|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030B22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,369,441 - 47,370,281)(47,490,640 - 47,491,758)
sequence
gaattccatctcttggaagtatatagtattaaaaagtttgtgttatccat
tgttactatcctgcattgttaactaactgtatttgagtatgtattgagta
ttcaggggtaaattatgccttcatgtcctcagaacctactaccgtgtctt
acagtctgttctacataaatctgtgttgattaaatgaattctgtgtgagc
agttctgtttatgtacagattatgctatattgatttagaattatatatgt
atatatataacgagaaagttgtatgatgtggcaaataaaacagttattta
ttttgtgatacttgctttgtataattcatgagattttaggaattagatga
gaaaatatgtgtatttaaatttgaagttgctggtcttttagcaatgaata
ggacttgtgtataaccactgcccactaggctgcttaatgttttgattgtt
tagatacatattctgattgcctaatgcccttgtagtacctgttaactgtt
tttaataatcaccttttgtggagaggcatatcagtgtttgatagggaagt
ggtagtaccggctgaggtcactggagagagcttcctggactcattctgac
taaaagattttgaagggtctctagaacttagataggcagagaggatgatt
ccatgatttctaacgttcttgtctttatgttcccaataacctcatggcaa
gcccagtgattctttactttagtctataccgtgtgttttggattatcaac
ttgtattatctttcccccagtttctaaaatctctcttaatatgtgcctag
aaatgagacagaatggtaatgtaagtggggtgaagtcaaggagga
gaattccaggatagccagggctacacagagaagccctgtctcgaaaaacg
aagaaaaaagaaaagagaaaaagagaagttattgatatataaatctgact
tgtttattataagcttctagagttttgtttctaccaggtagctgggtatt
gtggggggctgaccctggggtggacgttcattgcgtggtgctggcatggc
agcgaagggaacttgggaactcgggagctctggctcaccagagagtggca
ggcagagagtagctggaaggagcatgggaactaatatttcttgcaacact
accaaatcccaatactctctctattgaaatcccattcctgtgtgggggct
gctgacagaaatcctgtctatagccaaggaagctcatcctaccacatgag
tggaagattagagccttggtccagtctgactccagttgtactcatgacaa
ctctgacggcagtcagtgcccatgatttgtgtctactctgctagcgaatg
acatttcagatacattagctatgggctacagtagcctggaaacatacaac
cctgtgcatgactgcttctctgggaaggctgactgtaaatagcaaaagaa
gatgtacggggtgtgcagaaagcctccctgggcagccatgtctctaatct
ggaaggtgggtacctgaaatcttctttgttcataaaacaggagttacagc
tacaaccaaagacaagccagtgtccacgtgggacgttatcacctgagcca
caactaccacctccacacgattgccactctccaaagcacaatccctgagt
ttagctctcttcaaagctagaatttcaagatccctacagaagcaataaga
tttgttgttgttacttctcccaccggcagttggacagaagcagagtccct
gaaagcaggtccatagaaacatcaaactgggctcacaatattcctcatac
cttattggagctagctgaggtgcctaacaaagcccactttacttcttaac
tttcaacaagtcgcaccttcttcctgcaccttaaaccatgctgtcaccct
accagtgtgcgggctttggcctactgctatggctgctggacgggctagag
aaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47369441_47370281
seq2: B6Ng01-030B22.b_45_889

seq1  GAATTCCATCTCTTGGAAGTATATAGTATTAAAAAGTTTGTGTTATCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCTTGGAAGTATATAGTATTAAAAAGTTTGTGTTATCCAT  50

seq1  TGTTACTATCCTGCATTGTTAACTAACTGTATTTGAGTATGTATTGAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTATCCTGCATTGTTAACTAACTGTATTTGAGTATGTATTGAGTA  100

seq1  TTCAGGGGTAAATTATGCCTTCATGTCCTCAGAACCTACTACCGTGTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGGTAAATTATGCCTTCATGTCCTCAGAACCTACTACCGTGTCTT  150

seq1  ACAGTCTGTTCTACATAAATCTGTGTTGATTAAATGAATTCTGTGTGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGTTCTACATAAATCTGTGTTGATTAAATGAATTCTGTGTGAGC  200

seq1  AGTTCTGTTTATGTACAGATTATGCTATATTGATTTAGAATTATATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGTTTATGTACAGATTATGCTATATTGATTTAGAATTATATATGT  250

seq1  ATATATATAACGAGAAAGTTGTATGATGTGGCAAATAAAACAGTTATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATAACGAGAAAGTTGTATGATGTGGCAAATAAAACAGTTATTTA  300

seq1  TTTTGTGATACTTGCTTTGTATAATTCATGAGATTTTAGGAATTAGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGATACTTGCTTTGTATAATTCATGAGATTTTAGGAATTAGATGA  350

seq1  GAAAATATGTGTATTTAAATTTGAAGTTGCTGGTCTTTTAGCAATGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGTGTATTTAAATTTGAAGTTGCTGGTCTTTTAGCAATGAATA  400

seq1  GGACTTGTGTATAACCACTGCCCACTAGGCTGCTTAATGTTTTGATTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGTGTATAACCACTGCCCACTAGGCTGCTTAATGTTTTGATTGTT  450

seq1  TAGATACATATTCTGATTGCCTAATGCCCTTGTAGTACCTGTTAACTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACATATTCTGATTGCCTAATGCCCTTGTAGTACCTGTTAACTGTT  500

seq1  TTTAATAATCACCTTTTGTGGAGAGGCATATCAGTGTTTGATAGGGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAATCACCTTTTGTGGAGAGGCATATCAGTGTTTGATAGGGAAGT  550

seq1  GGTAGTACCGGCTGAGGTCACTGGAGAGAGCTTCCTGGACTCATTCTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTACCGGCTGAGGTCACTGGAGAGAGCTTCCTGGACTCATTCTGAC  600

seq1  TAAAAGATTTTGAAGGGTCTCTAGAACTTAGATAGGCAGAGAGGATGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGATTTTGAAGGGTCTCTAGAACTTAGATAGGCAGAGAGGATGATT  650

seq1  CCATGATTTCTAACGTTCTTGTCTTTATGTTCCCAATAACCTCATGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATTTCTAACGTTCTTGTCTTTATGTTCCCAATAACCTCATGGCAA  700

seq1  GCCCAGTGATTCTTTACTTTAGTCTATACCGTGTG-TTTGGATTATCAAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCCAGTGATTCTTTACTTTAGTCTATACCGTGTGTTTTGGATTATCAAC  750

seq1  TTGTATTATCTTTCCCCCAG-TTCTAAAATCTCTC-TAATATGTGCCTAG  797
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGTATTATCTTTCCCCCAGTTTCTAAAATCTCTCTTAATATGTGCCTAG  800

seq1  AAATGAGACAGAATGGTAATGTAAGT-GGGTGAAGTCAAGGAGGA  841
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGACAGAATGGTAATGTAAGTGGGGTGAAGTCAAGGAGGA  845

seq1: chr4_47490640_47491758
seq2: B6Ng01-030B22.g_67_1172 (reverse)

seq1  GGGTTGCTCTAGCACGTGCCAGCAGCCATAGCAGTAGGCCAAAGCACGCA  50
      ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGGTTTCTCTAGCCCGT-CCAGCAGCCATAGCAGTAGGCCAAAGCCCGCA  49

seq1  CGTGGTTAGGGTGAACAGCATTTGGTTAAAGGTGCAGGAAGAAGGTGCAG  100
      |   | ||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CACTGGTAGGGTG-ACAGCA--TGGTTTAAGGTGCAGGAAGAAGGTGC-G  95

seq1  ACTTGGTTGAAGGTTAAGAAGTTAAAGTGGGCTCTGTTAGGCACCTCAGC  150
      |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTT-GTTGAAAGTTAAGAAG-TAAAGTGGGCTTTGTTAGGCACCTCAGC  143

seq1  TAGCTTCCCAGATAAGGTAATGAGGAATATTGTGAGCCCAGTTTGATGTT  200
      |||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCT--CCA-ATAAGGT-ATGAGGAATATTGTGAGCCCAGTTTGATGTT  189

seq1  TCTATGGACCCTGCTTTTCAGGGACTCTGC-TCTGTCCCACTGCCGGTGG  249
      |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TCTATGGA-CCTGC-TTTCAGGGACTCTGCTTCTGTCCAACTGCCGGTGG  237

seq1  CAGAAGTAACAACAACAAATCCTATTGGCTTCTGTAGGGATCTTGAAATT  299
       |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTAACAACAACAAATCTTATT-GCTTCTGTAGGGATCTTGAAATT  286

seq1  CTAGCTTTGAAGAGAGCTAAACTCAGGGATTGTGCTTTGGAGAGTGGCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTTGAAGAGAGCTAAACTCAGGGATTGTGCTTTGGAGAGTGGCAA  336

seq1  TCGTGTGGAGGTGGTAGTTGTGGCTCAGGTGATAACGTCCCACGTGGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTGGAGGTGGTAGTTGTGGCTCAGGTGATAACGTCCCACGTGGACA  386

seq1  CTGGCTTGTCTTTGGTTGTAGCTGTAACTCCTGTTTTATGAACAAAGAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGTCTTTGGTTGTAGCTGTAACTCCTGTTTTATGAACAAAGAAG  436

seq1  ATTTCAGGTACCCACCTTCCAGATTAGAGACATGGCTGCCCAGGGAGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGTACCCACCTTCCAGATTAGAGACATGGCTGCCCAGGGAGGCT  486

seq1  TTCTGCACACCCCGTACATCTTCTTTTGCTATTTACAGTCAGCCTTCCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCACACCCCGTACATCTTCTTTTGCTATTTACAGTCAGCCTTCCCA  536

seq1  GAGAAGCAGTCATGCACAGGGTTGTATGTTTCCAGGCTACTGTAGCCCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCAGTCATGCACAGGGTTGTATGTTTCCAGGCTACTGTAGCCCAT  586

seq1  AGCTAATGTATCTGAAATGTCATTCGCTAGCAGAGTAGACACAAATCATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGTATCTGAAATGTCATTCGCTAGCAGAGTAGACACAAATCATG  636

seq1  GGCACTGACTGCCGTCAGAGTTGTCATGAGTACAACTGGAGTCAGACTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGACTGCCGTCAGAGTTGTCATGAGTACAACTGGAGTCAGACTGG  686

seq1  ACCAAGGCTCTAATCTTCCACTCATGTGGTAGGATGAGCTTCCTTGGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGCTCTAATCTTCCACTCATGTGGTAGGATGAGCTTCCTTGGCTA  736

seq1  TAGACAGGATTTCTGTCAGCAGCCCCCACACAGGAATGGGATTTCAATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGGATTTCTGTCAGCAGCCCCCACACAGGAATGGGATTTCAATAG  786

seq1  AGAGAGTATTGGGATTTGGTAGTGTTGCAAGAAATATTAGTTCCCATGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTATTGGGATTTGGTAGTGTTGCAAGAAATATTAGTTCCCATGCT  836

seq1  CCTTCCAGCTACTCTCTGCCTGCCACTCTCTGGTGAGCCAGAGCTCCCGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGCTACTCTCTGCCTGCCACTCTCTGGTGAGCCAGAGCTCCCGA  886

seq1  GTTCCCAAGTTCCCTTCGCTGCCATGCCAGCACCACGCAATGAACGTCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCAAGTTCCCTTCGCTGCCATGCCAGCACCACGCAATGAACGTCCA  936

seq1  CCCCAGGGTCAGCCCCCCACAATACCCAGCTACCTGGTAGAAACAAAACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGTCAGCCCCCCACAATACCCAGCTACCTGGTAGAAACAAAACT  986

seq1  CTAGAAGCTTATAATAAACAAGTCAGATTTATATATCAATAACTTCTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGCTTATAATAAACAAGTCAGATTTATATATCAATAACTTCTCTT  1036

seq1  TTTCTCTTTTCTTTTTTCTTCGTTTTTCGAGACAGGGCTTCTCTGTGTAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTTCTTTTTTCTTCGTTTTTCGAGACAGGGCTTCTCTGTGTAG  1086

seq1  CCCTGGCTATCCTGGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTATCCTGGAATTC  1106